genome.fa.s9432.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009432.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113421_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327225

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3410--3484	21	3.6	21	96	1	134	33	33	16	17	1.92
7332--7370	20	2.0	20	100	0	78	48	25	0	25	1.51
7337--7381	20	2.3	20	84	3	56	57	15	0	26	1.38
8126--8185	20	3.0	20	66	9	59	38	3	40	18	1.67
8126--8206	40	2.0	40	95	0	144	39	2	35	22	1.67
16738--16783	24	1.9	24	82	8	58	41	17	4	36	1.69
17532--17583	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
17614--17666	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
18183--18263	19	4.5	19	71	16	64	48	24	16	11	1.78
18259--18443	19	10.1	19	75	14	147	13	21	21	43	1.86
18259--18443	33	5.1	38	76	12	147	13	21	21	43	1.86
18386--18443	20	2.9	20	80	10	64	15	24	17	43	1.87
20433--20525	42	2.2	42	82	0	114	21	38	16	23	1.92
21912--21948	14	2.6	14	82	0	56	32	0	21	45	1.52
22127--22277	19	8.7	19	61	21	62	15	21	20	43	1.88
22131--22257	33	3.9	32	84	8	175	14	21	19	44	1.87
22124--22253	66	2.0	66	95	0	233	16	20	19	43	1.87
24549--24573	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
24748--24801	24	2.2	24	93	0	90	38	20	14	25	1.91
24764--24815	24	2.2	24	82	0	59	36	21	15	26	1.93
25861--25918	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
25937--26004	19	3.8	19	85	14	101	13	20	17	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28001--28118	20	6.4	19	75	13	86	41	24	19	14	1.89
28075--28132	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
28059--28148	32	2.8	32	89	3	135	46	25	16	11	1.80
28144--28225	18	4.6	19	76	14	95	14	20	19	45	1.85
28144--28245	33	2.8	35	75	22	95	14	22	20	42	1.89
28210--28264	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
28740--28784	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
30103--30156	20	2.8	20	80	2	65	48	22	16	12	1.80
30390--30433	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
30621--30734	20	5.7	20	84	2	129	23	18	25	32	1.97
30724--30816	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
30601--30797	41	4.8	41	80	5	143	21	20	22	36	1.96
30724--30816	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
31659--31718	3	20.0	3	96	0	111	65	0	0	35	0.93
33591--33872	111	2.6	106	81	8	343	23	15	24	36	1.94
37986--38072	2	43.5	2	100	0	174	50	0	0	49	1.00
39179--39204	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
39391--39576	43	4.3	41	77	14	162	46	6	20	26	1.75
39390--39596	85	2.4	84	77	12	199	46	6	20	26	1.75
39546--39664	43	2.7	45	85	7	149	54	4	15	25	1.59
39724--39769	25	1.9	25	82	8	60	69	0	4	26	1.07
40964--41009	20	2.3	20	88	0	65	28	36	15	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41881--41921	21	1.9	22	90	5	66	78	2	14	4	1.03
41876--41921	21	2.3	19	85	11	56	80	2	13	4	0.95
42130--42164	17	2.0	18	94	5	63	11	28	0	60	1.32
44826--44868	15	2.8	16	80	16	54	32	6	4	55	1.47
47251--47323	21	3.3	21	70	10	65	39	16	16	27	1.90
47252--47341	45	2.0	45	93	0	153	38	17	12	31	1.87
48270--48310	19	2.2	19	90	0	64	36	12	9	41	1.76
50384--50803	54	7.7	54	84	5	499	32	18	18	30	1.95
57025--57074	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
57298--57764	54	8.7	54	87	1	589	33	18	17	31	1.94
62293--62331	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
62717--62801	30	2.9	28	72	6	80	41	4	16	37	1.69
69828--69877	24	2.1	24	100	0	100	56	8	12	24	1.62
73793--73821	15	1.9	15	100	0	58	34	3	0	62	1.12
79768--79811	21	2.0	22	82	4	54	29	9	22	38	1.85
80558--80603	18	2.6	18	92	0	74	47	13	6	32	1.68
82837--82939	42	2.5	41	83	1	125	26	22	20	31	1.98
82575--83774	258	4.7	257	88	2	1696	33	16	17	33	1.92
83095--83197	42	2.5	41	82	1	116	24	22	23	30	1.99
82575--83774	514	2.3	516	88	2	1725	33	16	17	33	1.92
83609--83699	42	2.2	41	86	2	119	26	20	19	32	1.97
83562--83969	195	2.1	196	87	3	581	30	17	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83299--84228	454	2.1	453	85	3	1248	32	16	17	33	1.93
83735--84575	258	3.3	257	83	3	996	33	15	17	34	1.91
83028--84486	712	2.0	711	85	3	2027	32	16	17	33	1.93
94204--94323	49	2.5	51	82	9	144	29	20	9	41	1.83
101145--101273	46	2.8	48	81	6	140	29	21	6	42	1.77
104190--104215	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
119351--119412	19	3.7	17	72	28	53	32	0	3	64	1.09
119366--119394	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
122542--122602	20	3.0	20	83	9	88	31	9	14	44	1.78
129670--129723	23	2.3	23	83	0	72	24	20	24	31	1.98
139310--139335	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
139356--139391	14	2.6	14	86	0	54	8	5	0	86	0.72
145687--145748	23	2.7	23	74	0	61	16	22	29	32	1.95
152703--152760	23	2.5	23	83	10	82	17	24	20	37	1.93
159008--159055	20	2.5	19	86	6	69	22	6	14	56	1.61
163002--163049	6	7.8	6	86	4	51	75	0	22	2	0.91
167634--167704	23	3.0	24	81	6	81	46	1	5	46	1.35
167673--167782	49	2.3	48	81	10	109	47	1	7	43	1.41
168611--168640	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
172598--172626	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
174120--174153	16	2.1	16	100	0	68	76	0	11	11	1.02
174184--174357	70	2.5	69	83	11	201	41	10	4	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174196--174357	35	4.6	35	75	3	130	40	11	4	43	1.62
178281--178357	23	3.3	23	87	1	109	23	20	22	33	1.97
178287--178401	47	2.5	47	82	2	126	20	20	21	36	1.95
178329--178404	23	3.3	23	81	1	89	15	21	21	42	1.89
178370--178455	23	3.7	23	78	6	75	19	19	19	40	1.91
178397--178448	24	2.2	23	82	3	59	21	21	19	38	1.94
181600--181640	21	2.0	21	85	0	55	9	41	19	29	1.83
190252--190392	40	3.5	39	82	3	156	37	11	13	37	1.81
191258--191320	19	3.3	19	95	0	108	38	11	20	30	1.87
195107--195152	19	2.5	18	86	10	58	0	23	0	76	0.79
203648--203694	18	2.6	19	86	10	71	61	4	6	27	1.39
213846--213898	24	2.3	23	81	18	65	30	0	0	69	0.88
213948--214020	33	2.2	33	100	0	146	42	21	10	24	1.85
214360--214442	38	2.3	36	75	18	84	28	3	1	66	1.16
216547--216595	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
216568--216726	65	2.5	65	86	5	207	28	18	21	31	1.97
216567--216776	65	3.2	64	78	12	182	27	18	22	30	1.97
223186--223235	21	2.4	21	96	0	91	28	14	10	48	1.75
223180--223235	21	2.7	20	83	8	60	28	14	8	48	1.74
223186--223244	21	2.8	21	87	5	57	25	15	10	49	1.76
228644--229163	110	4.8	110	87	1	717	35	21	17	25	1.95
229270--229853	84	7.0	83	77	5	509	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229273--229853	249	2.3	249	88	2	797	30	24	19	25	1.98
230214--230272	18	3.4	18	76	23	56	30	0	0	69	0.89
230324--230391	33	2.1	33	97	0	127	42	20	10	26	1.84
230679--230747	36	1.9	36	85	11	97	24	4	0	71	1.05
230685--230758	36	2.1	36	82	12	91	24	4	1	70	1.13
234655--234713	18	3.4	18	76	23	56	30	0	0	69	0.89
234765--234835	33	2.2	33	97	0	133	42	22	9	25	1.84
241191--241218	13	2.2	13	100	0	56	28	10	28	32	1.90
241257--241361	18	5.8	18	95	0	183	17	20	32	29	1.96
244030--244087	20	2.8	20	81	2	80	36	13	32	17	1.89

Tables:   1   2