genome.fa.s9437.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009437.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113495_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  392309

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5617--5661	22	2.1	22	91	4	74	24	17	17	40	1.91
16690--16730	21	1.9	21	85	5	55	39	12	9	39	1.76
18093--18123	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
20090--20125	3	12.3	3	94	5	65	63	0	0	36	0.94
20428--20620	55	3.5	55	90	2	284	29	25	14	31	1.95
20387--20785	54	7.3	53	82	7	231	24	26	15	33	1.95
20594--20785	54	3.5	54	86	3	253	24	25	17	33	1.96
33197--33226	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
35201--35230	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
36016--36040	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36428--36468	18	2.2	19	95	4	75	46	24	4	24	1.72
38251--38352	45	2.3	45	81	3	107	25	31	24	18	1.98
38981--39022	15	2.8	15	88	0	66	33	9	28	28	1.88
38981--39037	30	1.9	30	85	0	78	29	12	31	26	1.92
41288--41330	20	2.2	20	87	8	61	41	13	13	30	1.84
43838--43873	15	2.4	15	95	0	63	36	0	16	47	1.47
44742--44793	23	2.3	23	86	0	68	17	25	19	38	1.93
51641--51703	23	2.7	23	80	4	74	22	22	20	34	1.96
60323--60541	37	6.0	36	83	8	246	44	2	6	46	1.42
60443--60469	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
60323--60541	108	2.0	110	88	7	329	44	2	6	46	1.42
60609--60671	9	7.0	9	76	18	60	28	0	1	69	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60611--60671	4	14.8	4	78	13	61	27	0	1	70	0.97
60603--60669	24	2.9	24	84	8	77	28	0	1	70	0.96
71630--71745	50	2.4	49	89	4	173	42	13	22	21	1.88
71665--71760	50	1.9	50	85	4	131	44	11	21	21	1.84
73384--73453	36	1.9	37	91	2	115	48	5	7	38	1.54
73391--73565	37	4.7	37	85	2	208	45	4	8	41	1.55
73530--73590	23	2.6	23	89	2	86	40	1	11	45	1.50
73495--73626	59	2.2	62	83	5	171	43	3	8	44	1.52
73571--73650	36	2.2	36	90	4	124	47	2	6	43	1.41
73720--73772	15	3.5	15	82	12	63	28	0	3	67	1.07
75848--75905	23	2.4	25	82	8	66	55	1	3	39	1.27
75848--75905	26	2.4	23	85	8	71	55	1	3	39	1.27
75934--75966	15	2.2	15	89	10	50	21	0	0	78	0.75
75931--75959	13	2.1	14	93	6	51	24	0	0	75	0.80
82950--83102	44	3.5	44	93	0	261	32	21	7	39	1.81
83234--83395	40	4.1	40	91	0	261	35	25	15	24	1.94
84341--84416	30	2.5	29	81	8	89	32	23	6	36	1.81
85365--85423	30	2.0	30	86	6	84	33	18	8	38	1.81
87385--87538	6	24.8	6	73	15	109	4	14	2	78	1.01
87384--87457	25	2.9	25	91	4	121	2	14	2	79	0.95
87386--87486	5	19.8	5	69	23	52	2	15	1	79	0.95
90233--90385	44	3.5	44	90	0	216	28	20	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90407--90452	13	3.4	14	82	11	60	56	23	4	15	1.57
90517--90638	40	3.0	40	92	0	199	32	27	17	22	1.96
91583--91656	30	2.5	29	77	14	78	33	21	6	37	1.80
94639--94776	6	22.8	6	75	15	115	4	15	0	79	0.88
94651--94758	20	5.4	20	77	18	93	4	14	0	80	0.86
94671--94755	9	8.9	9	72	21	57	4	15	0	80	0.88
97442--97609	44	3.8	44	88	2	246	30	21	5	42	1.77
97741--97861	40	3.0	40	95	0	206	33	26	16	23	1.96
102202--102271	36	1.9	36	91	0	113	27	24	7	41	1.81
106813--106876	34	1.9	33	87	3	92	25	9	4	60	1.46
106864--106910	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
114148--114180	16	2.1	16	100	0	66	36	6	6	51	1.51
120044--120071	14	2.0	14	100	0	56	28	14	0	57	1.38
124401--124447	15	3.1	15	76	11	51	44	2	4	48	1.34
124486--124528	22	1.9	22	85	4	59	41	0	2	55	1.12
124456--124525	27	2.5	28	79	13	81	47	0	5	47	1.26
124614--124653	9	4.8	9	79	14	50	37	0	2	60	1.11
124617--124659	12	3.6	12	81	6	52	32	0	2	65	1.06
125883--125945	20	3.2	19	76	17	58	28	3	1	66	1.16
125882--125931	17	2.7	17	79	14	55	26	4	2	68	1.18
127150--127209	27	2.2	27	81	3	75	55	13	3	28	1.54
127432--127480	21	2.3	21	100	0	98	42	6	22	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127563--127675	29	3.9	29	88	0	154	22	23	15	38	1.92
127564--127675	58	1.9	58	90	0	179	21	24	15	39	1.91
129490--129518	11	2.7	11	94	5	51	48	6	0	44	1.29
135390--135419	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
154675--154750	39	1.9	39	100	0	152	32	11	28	26	1.92
157119--157201	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
163225--163265	18	2.3	18	91	0	73	46	0	36	17	1.48
169664--169848	46	4.2	45	65	15	118	28	26	15	29	1.96
169479--169906	129	3.3	129	85	1	552	26	25	17	30	1.97
170578--170624	15	3.1	15	93	0	76	23	19	19	38	1.93
186955--187072	51	2.2	56	82	11	140	15	10	5	68	1.36
190752--190829	39	2.0	39	82	5	95	28	30	25	15	1.96
198393--199173	105	7.4	105	95	0	1307	34	24	18	23	1.96
200803--200828	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
201721--201776	28	2.0	28	89	6	87	30	1	1	66	1.12
201754--201807	24	2.3	22	81	12	63	37	1	1	59	1.19
201751--201808	25	2.3	25	85	5	73	37	1	1	58	1.18
201835--201899	31	2.1	31	85	5	87	46	3	0	50	1.17
203718--203771	23	2.4	24	75	12	60	33	7	7	51	1.58
204500--204524	7	3.6	7	100	0	50	28	0	60	12	1.32
205801--205851	20	2.5	21	84	9	70	43	15	11	29	1.82
206179--206216	20	1.9	20	100	0	76	36	18	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206993--207056	21	3.0	21	88	0	92	37	28	12	21	1.90
207904--207972	23	3.0	23	74	16	63	34	11	1	52	1.47
212087--212149	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
219266--219352	46	1.9	45	83	6	113	28	25	16	29	1.96
227133--227167	12	2.8	13	91	4	54	45	11	0	42	1.40
230032--230165	45	3.0	45	79	8	139	29	25	15	29	1.96
232510--232554	20	2.2	20	96	0	81	22	11	11	55	1.66
232700--232859	74	2.2	74	88	2	232	41	11	13	33	1.80
232896--233657	197	3.9	197	77	11	777	38	13	13	33	1.84
233014--233366	180	2.0	178	83	4	442	38	13	12	34	1.83
233191--233678	198	2.5	197	82	8	496	39	12	13	34	1.82
233805--234394	224	2.7	217	84	6	796	31	14	12	41	1.83
234526--234560	15	2.4	15	90	4	54	37	11	8	42	1.72
240973--241068	20	4.8	20	78	6	79	32	20	19	27	1.97
241242--241284	22	2.0	22	90	0	68	25	41	13	18	1.88
241670--241714	19	2.4	19	88	7	65	11	15	24	48	1.77
243179--243369	31	6.2	31	93	0	328	38	10	15	35	1.82
247081--247297	31	7.0	31	97	0	398	39	11	16	32	1.85
247975--248015	20	2.0	20	95	0	73	9	12	21	56	1.65
247983--248022	20	2.0	20	90	0	62	12	12	22	52	1.72
249922--249969	20	2.4	20	89	0	69	33	25	20	20	1.97
250526--250630	41	2.5	41	76	6	104	22	35	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252034--252095	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
252194--252247	20	2.7	20	85	0	72	44	25	18	11	1.83
252289--252546	74	3.4	74	84	6	288	25	20	21	32	1.97
252241--252608	20	19.6	20	76	14	311	25	19	21	33	1.97
252444--252600	54	2.9	54	87	3	244	23	17	24	34	1.96
252579--252839	129	2.0	129	97	0	495	41	14	13	29	1.85
252897--252931	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
254968--255000	14	2.3	15	89	5	50	6	24	24	45	1.75
256061--256151	20	4.6	20	84	5	96	25	21	19	32	1.97
256807--256845	19	2.1	19	85	0	51	35	2	5	56	1.35

Tables:   1   2