genome.fa.s9457.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009457.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113716_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  528656

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--753	7	112.1	7	91	7	1157	42	56	0	0	1.02
756--957	7	30.3	7	91	7	307	14	59	25	0	1.35
4013--4052	21	1.9	21	89	0	62	15	30	32	22	1.94
4541--4590	19	2.6	19	100	0	100	22	32	16	30	1.95
7541--7579	20	2.0	20	89	0	60	15	30	30	23	1.95
8068--8117	19	2.6	19	100	0	100	22	32	16	30	1.95
16967--16996	15	2.0	15	100	0	60	33	0	40	26	1.57
17326--17535	65	3.3	63	81	11	230	30	23	19	26	1.98
18638--19123	200	2.4	199	83	6	565	39	16	16	28	1.90
19350--19511	87	1.9	87	97	0	306	33	14	11	40	1.82
19424--19484	23	2.7	23	92	0	95	32	16	8	42	1.78
19493--19548	22	2.5	22	94	0	94	39	14	12	33	1.83
23281--23325	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
24914--25366	149	3.0	149	98	0	879	27	17	20	34	1.95
25345--25389	23	2.0	23	81	0	54	22	24	26	26	2.00
28271--28323	26	2.1	25	82	10	63	66	0	0	33	0.92
28262--28323	12	5.1	13	77	16	62	67	0	0	32	0.91
28510--28718	103	2.0	105	88	1	314	33	18	25	22	1.97
30112--30184	29	2.5	29	93	0	128	26	27	17	28	1.98
30524--30559	18	2.1	17	89	5	54	11	11	5	72	1.28
30953--31001	16	2.9	18	75	25	61	44	0	2	53	1.12
31058--31108	18	2.9	18	85	5	70	39	0	9	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39617--39884	134	2.0	132	89	2	412	29	10	22	37	1.88
44586--44622	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
44769--44836	35	1.9	36	88	8	104	47	4	0	48	1.22
45308--45372	12	5.5	11	77	15	67	43	10	18	27	1.83
45315--45374	24	2.5	24	100	0	120	38	13	20	28	1.90
45750--45797	14	3.3	14	72	11	51	45	8	12	33	1.72
45742--45858	30	4.0	29	78	11	130	48	7	11	32	1.67
46123--46175	24	2.1	27	82	10	67	50	1	0	47	1.12
46136--46178	19	2.3	19	84	8	52	55	0	0	44	0.99
46114--46175	30	2.2	30	83	13	78	50	1	1	46	1.20
46362--46399	16	2.4	16	83	12	51	44	0	0	55	0.99
46385--46421	19	1.9	19	94	0	65	54	0	2	43	1.14
46716--46746	16	1.9	16	93	0	53	38	6	3	51	1.44
48124--48153	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60534--60582	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
60551--60675	46	2.8	45	84	4	153	31	17	20	31	1.95
61358--61416	29	2.1	27	84	12	75	55	20	3	20	1.57
63339--63418	22	3.6	22	77	5	90	23	23	26	26	2.00
63346--63437	42	2.1	42	86	7	123	23	21	27	27	1.99
63346--63437	21	4.3	21	77	9	80	23	21	27	27	1.99
67246--67285	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
68054--68090	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68118--68160	21	2.0	21	86	0	59	16	20	27	34	1.94
70111--70152	18	2.4	18	76	4	50	54	4	16	23	1.61
70436--70534	46	2.2	46	85	5	130	30	22	19	28	1.98
70475--70620	65	2.2	64	81	9	163	26	19	22	30	1.98
79507--79542	17	2.2	16	90	5	54	44	2	2	50	1.31
79708--79761	26	2.0	27	92	3	92	31	12	18	37	1.89
79605--79829	93	2.4	94	90	2	346	35	8	15	40	1.77
79605--79829	94	2.4	93	90	0	351	35	8	15	40	1.77
79790--79905	33	3.3	37	66	19	95	37	7	12	42	1.72
79735--79895	66	2.4	68	87	3	229	37	8	13	40	1.76
79697--79989	160	1.8	160	91	1	480	35	8	15	39	1.79
79804--80084	94	3.0	94	91	2	431	35	9	16	38	1.81
79605--80345	254	3.0	251	89	5	1107	37	8	14	39	1.77
79901--80194	160	1.8	161	88	3	457	37	8	16	38	1.78
79989--80149	65	2.4	67	86	5	220	37	8	14	39	1.77
80122--80252	26	4.9	27	73	15	101	37	9	16	36	1.82
80115--80267	81	1.9	80	94	1	270	40	8	15	35	1.77
81490--81528	20	1.9	21	84	5	53	46	20	15	17	1.84
81673--82304	183	3.5	183	85	1	840	44	12	13	29	1.80
82145--82466	164	2.0	162	87	1	464	46	13	12	28	1.79
83219--83700	195	2.5	195	81	6	521	41	14	13	30	1.84
83680--83736	26	2.2	26	87	0	87	40	12	14	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83966--84010	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
85887--85911	13	1.9	13	100	0	50	16	24	24	36	1.94
87113--87165	20	2.7	20	96	0	97	28	26	24	20	1.99
88697--88767	25	2.9	24	85	6	88	25	25	19	29	1.99
90144--90177	16	2.1	17	89	10	54	32	17	14	35	1.91
111381--111445	3	21.0	3	81	6	76	36	1	0	61	1.05
112782--112817	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
120794--121011	114	1.9	114	88	1	330	34	16	19	29	1.94
123020--123173	54	2.9	54	94	0	263	37	15	24	22	1.93
123540--123594	22	2.5	22	88	5	85	34	10	14	40	1.81
126285--126647	55	6.7	55	87	7	412	28	25	17	27	1.98
128042--128100	22	2.6	23	78	13	59	11	11	0	76	1.03
140869--141198	168	1.9	169	90	3	520	36	12	12	38	1.82
141203--141573	76	4.9	76	96	0	681	23	19	22	34	1.97
151177--151683	76	6.6	76	95	1	899	23	19	23	33	1.97
151817--151869	3	17.0	3	88	7	79	35	0	0	64	0.94
151927--151990	32	2.0	32	100	0	128	21	43	12	21	1.86
153170--153202	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
153208--153241	17	2.0	17	88	11	52	32	2	0	64	1.08
153148--153232	20	4.0	21	70	14	59	36	1	1	61	1.12
153247--153287	2	21.0	2	90	5	66	51	0	0	48	1.00
156898--156931	17	1.9	18	88	5	52	47	14	35	2	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159985--160018	13	2.6	13	90	0	50	2	14	0	82	0.79
160264--160310	24	2.0	23	83	8	58	29	2	12	55	1.49
161901--161946	4	11.0	4	86	4	56	67	0	6	26	1.15
162058--162124	35	1.9	35	90	6	109	49	28	4	17	1.66
164185--164396	106	2.0	105	90	0	334	21	20	25	32	1.98
164346--164717	64	5.8	64	92	0	600	22	19	24	33	1.97
164328--164717	129	3.0	129	92	0	629	22	19	25	33	1.97
165824--165866	13	3.1	14	86	10	61	0	0	11	88	0.52
165824--165865	15	2.9	15	89	6	61	0	0	11	88	0.53
176385--176430	4	11.0	4	86	4	56	67	0	6	26	1.15
176542--176609	36	1.9	36	87	3	102	50	26	5	17	1.69
183970--184012	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
183969--184018	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
185462--185489	11	2.5	11	100	0	56	35	46	10	7	1.66
190679--190820	31	4.6	31	90	1	214	20	19	19	40	1.92
194844--194999	31	5.0	31	88	0	222	20	15	22	41	1.89
195480--195522	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
208868--208933	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
213718--213757	5	8.4	5	88	5	57	35	0	0	65	0.93
213719--213779	14	4.6	13	76	13	54	27	0	0	72	0.85
213831--213897	33	2.0	33	94	0	116	41	23	7	26	1.81
213831--213912	33	2.5	33	88	4	112	39	23	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217947--218224	110	2.6	108	80	7	307	33	24	18	23	1.96
218712--218888	36	4.9	36	89	3	214	27	20	14	37	1.91
218737--218888	36	4.2	36	93	0	232	27	20	13	38	1.91
218769--218867	21	5.3	21	62	26	69	26	21	12	40	1.88
218800--218990	101	1.9	102	82	5	244	26	19	14	39	1.90
218770--219025	138	1.9	137	87	4	381	26	19	14	39	1.90
218977--219041	21	3.4	21	66	24	61	23	21	13	41	1.89
218903--219125	36	6.4	36	75	15	202	26	19	13	40	1.89
218747--219116	174	2.1	174	85	7	527	25	19	14	40	1.89
219608--219671	3	21.7	3	87	9	87	32	3	0	64	1.10

Tables:   1   2