genome.fa.s9458.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009458.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113719_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1407308

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602545--602579	18	1.9	18	88	0	52	34	28	14	22	1.93
603710--603753	18	2.4	18	88	0	61	31	15	13	38	1.87
605161--605188	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
606298--606327	14	2.1	14	100	0	60	36	26	13	23	1.92
612204--612237	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
614691--614732	10	4.2	10	85	11	59	30	28	0	40	1.57
614856--615077	111	2.0	111	92	0	372	36	6	10	46	1.64
616973--616998	12	2.2	12	100	0	52	34	23	34	7	1.83
623515--623611	48	2.0	47	82	8	113	24	15	8	51	1.70
629048--629074	10	2.7	10	100	0	54	11	51	7	29	1.64
629737--629789	26	2.0	26	96	0	97	28	24	26	20	1.99
634748--634812	2	33.5	2	79	17	75	46	0	4	49	1.22
634748--634812	23	2.9	23	93	4	107	46	0	4	49	1.22
639273--639306	14	2.4	14	100	0	68	55	11	17	14	1.68
639273--639313	14	2.9	14	92	0	55	60	9	14	14	1.57
640301--640335	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
642798--642906	55	2.0	55	90	0	173	32	25	15	26	1.96
645534--645572	14	2.8	14	84	0	51	58	12	12	15	1.62
658529--659300	82	9.4	82	86	2	1043	33	15	14	36	1.88
668451--668579	43	3.0	44	86	7	167	41	21	24	12	1.88
675054--675083	11	2.7	11	94	0	51	46	23	3	26	1.68
675753--675777	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679214--679242	15	1.9	15	100	0	58	13	13	27	44	1.82
681161--681191	10	3.1	10	100	0	62	51	0	19	29	1.47
682396--682452	30	2.0	27	83	10	69	52	3	3	40	1.35
686795--686876	40	2.0	40	88	4	121	47	12	1	39	1.49
692636--692864	64	3.6	62	79	7	244	33	19	18	28	1.96
693308--693337	15	1.9	16	93	6	53	40	6	16	36	1.75
696625--696674	21	2.3	21	80	10	57	34	36	16	14	1.88
702592--702643	21	2.4	21	93	6	86	61	0	0	38	0.96
704939--704988	21	2.4	21	100	0	100	50	12	38	0	1.40
705735--705781	21	2.2	21	92	0	85	21	25	17	36	1.94
705772--705846	20	3.8	20	83	0	96	37	22	17	22	1.94
706607--706640	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
706766--706819	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
709058--709093	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
709412--709473	20	3.1	20	92	0	106	20	20	25	32	1.98
709482--709523	20	2.1	20	90	0	66	16	21	16	45	1.86
709584--709633	25	2.0	25	92	0	82	28	6	22	44	1.76
710020--710056	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
710012--710064	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
710359--710445	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
710682--710719	20	1.9	20	88	0	58	15	10	23	50	1.75
711988--712030	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711988--712159	66	2.6	67	90	3	258	29	27	26	16	1.97
712123--712160	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
712771--712829	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
716675--716716	20	2.1	20	86	0	57	45	19	16	19	1.86
717173--717233	20	3.0	20	90	0	104	19	19	22	37	1.94
717221--717273	20	2.6	21	77	19	67	28	13	28	30	1.94
719334--719390	22	2.6	22	71	15	55	40	3	3	52	1.35
722165--722205	21	1.9	22	90	5	66	63	0	31	4	1.15
723115--723171	22	2.6	22	71	15	55	40	3	3	52	1.35
723693--723735	18	2.3	19	80	4	52	62	4	0	32	1.15
724096--724143	21	2.3	21	85	0	60	22	27	29	20	1.99
728744--728828	39	2.2	39	84	0	116	31	29	9	29	1.88
730455--730710	125	2.1	125	82	3	302	39	2	5	52	1.38
730701--730734	17	2.1	16	88	5	50	50	2	0	47	1.16
738743--738782	21	1.9	21	100	0	80	37	10	0	52	1.35
739326--739365	21	1.9	21	84	0	53	47	10	0	42	1.37
741951--741996	25	1.9	25	86	8	69	58	6	6	28	1.48
759256--759304	20	2.5	19	83	9	55	4	10	14	71	1.27
762908--762940	12	2.8	12	95	0	57	30	48	12	9	1.71
765046--765113	34	2.0	34	91	5	111	35	13	8	42	1.75
775375--775404	15	1.9	16	93	6	53	43	20	30	6	1.77
782082--782130	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794446--794547	34	3.1	32	80	7	87	35	0	1	62	1.06
794458--794530	18	4.3	18	71	23	52	38	0	1	60	1.06
794494--794530	17	2.1	19	85	10	51	40	0	2	56	1.13
796257--796304	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
796308--796401	21	4.5	21	89	5	145	18	32	28	20	1.96
796924--797020	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
796922--797027	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
797421--797921	128	3.9	128	96	0	921	32	19	24	22	1.97
797992--798032	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
804945--804970	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
806653--806711	28	2.1	29	90	6	95	33	11	13	40	1.81
807955--807989	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
813616--813645	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
814052--814081	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
814144--814170	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
815667--815698	7	4.6	7	100	0	64	15	68	0	15	1.21
820123--820148	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
828611--828655	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
829265--829311	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
829489--829645	31	5.0	31	88	3	226	21	20	22	35	1.96
829491--829645	63	2.5	62	91	3	249	21	20	22	35	1.96
830529--830554	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831087--831113	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
833094--833136	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
834035--834137	30	3.4	30	98	0	197	24	19	24	32	1.98
836878--836909	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
837432--837474	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
838374--838476	30	3.4	30	98	0	197	24	19	24	32	1.98
839590--839634	7	6.4	7	94	0	72	26	11	15	46	1.79
844777--844806	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
844777--844911	65	2.1	65	88	0	198	28	0	13	57	1.36
844831--844871	16	2.6	16	88	0	64	29	0	14	56	1.39
844829--844957	45	2.8	46	78	2	134	30	0	14	54	1.46
844792--844938	65	2.2	67	90	2	235	26	0	15	57	1.44
844924--844962	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
845029--845110	36	2.2	36	91	6	130	45	14	7	32	1.73
846277--846312	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
846870--846908	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
847172--847263	11	8.9	10	71	19	57	42	0	3	54	1.16
847186--847248	32	1.9	33	87	3	92	38	0	3	58	1.14
851325--851398	38	1.9	39	88	2	114	43	5	14	36	1.69
856763--856908	41	3.4	41	67	14	112	23	21	19	34	1.96
856742--856907	90	1.8	90	92	0	278	24	22	19	34	1.96
856878--856997	21	5.8	20	76	13	93	24	19	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856897--856993	42	2.3	42	87	7	128	22	18	19	39	1.93
856920--857003	42	2.0	42	92	0	141	26	20	19	34	1.96
857603--857633	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
857722--857881	42	3.8	42	92	0	257	36	21	20	21	1.95
857726--857902	21	8.4	21	73	14	150	37	20	19	21	1.94
857725--857902	84	2.1	83	86	6	243	37	20	19	21	1.94
857726--857927	21	9.6	21	73	14	125	37	21	19	21	1.95
857914--857944	14	2.2	14	100	0	62	35	19	19	25	1.95
859487--859561	36	2.1	36	97	0	141	22	16	34	26	1.95
860008--860081	31	2.4	31	83	0	94	25	20	13	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6