genome.fa.s9459.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009459.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1147073

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964--1075	14	6.8	18	73	22	95	42	22	25	9	1.84
957--1070	33	3.5	33	92	2	203	44	21	24	9	1.82
1087--1140	14	3.6	14	77	18	63	9	25	24	40	1.85
1082--1128	18	2.9	17	75	18	55	8	23	23	44	1.80
1260--1330	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
1511--1565	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
1707--1899	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
1707--1899	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
1955--2006	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
7172--7298	61	2.1	61	96	0	236	40	14	11	33	1.82
9161--9187	14	1.9	14	100	0	54	11	14	22	51	1.73
10831--10875	21	2.1	21	83	0	54	31	13	6	48	1.68
12389--12466	5	14.6	5	77	16	68	16	2	7	73	1.18
14113--14166	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
19231--19308	38	2.1	38	97	0	147	20	26	10	42	1.84
20897--21076	71	2.5	70	84	7	229	33	24	23	17	1.96
20897--21076	36	5.1	35	87	4	213	33	24	23	17	1.96
20897--21076	35	5.1	35	87	4	195	33	24	23	17	1.96
22032--22130	31	3.2	31	86	2	135	38	10	9	42	1.70
24546--24844	150	2.0	149	99	0	589	38	18	12	30	1.88
30175--30216	23	2.0	22	86	13	61	30	2	4	61	1.29
30424--30481	25	2.3	25	80	11	66	51	3	0	44	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42040--42084	23	1.9	24	86	4	65	55	2	8	33	1.43
42940--42964	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
43532--43577	24	1.9	24	86	0	65	19	21	32	26	1.97
46303--46346	20	2.3	19	81	11	54	25	27	6	40	1.80
47723--47752	14	2.1	14	93	0	51	60	16	10	13	1.59
49925--49984	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
50008--50050	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
50010--50058	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
50013--50323	80	3.8	79	91	5	471	53	10	0	35	1.36
50195--50305	18	6.4	18	66	22	76	53	10	0	36	1.36
50213--50265	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
50254--50296	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
50222--50482	54	4.8	54	93	1	425	50	9	0	39	1.40
50256--50304	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
50190--50377	32	6.5	32	76	22	218	52	10	0	37	1.40
50460--50607	15	9.9	15	93	0	242	49	0	1	49	1.09
50381--50607	45	4.8	45	88	7	274	49	3	1	46	1.25
51488--51520	17	1.9	17	100	0	66	36	0	6	57	1.23
55410--55507	2	53.0	2	68	15	59	48	0	0	51	1.00
57774--57842	34	2.0	34	94	0	120	33	28	13	24	1.93
63575--63643	34	2.0	34	91	0	111	34	28	11	24	1.91
66303--66394	46	2.0	46	93	0	157	28	14	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69502--69604	34	3.0	34	95	0	188	33	30	12	24	1.92
70422--70454	7	4.7	7	100	0	66	30	12	42	15	1.83
87346--87433	44	2.0	44	100	0	176	50	9	18	22	1.75
93263--93295	13	2.5	13	95	0	57	3	0	45	51	1.16
96134--96185	16	3.2	17	72	22	58	42	0	19	38	1.51
96662--96719	30	2.0	28	83	9	73	15	6	12	65	1.45
101178--101246	29	2.4	29	82	4	77	49	7	0	43	1.30
103988--104017	6	5.0	6	100	0	60	0	66	16	16	1.25
105090--105139	19	2.6	20	72	15	52	38	0	14	48	1.44
105325--105379	28	1.9	28	85	10	76	49	5	1	43	1.36
112173--112203	15	2.1	15	100	0	62	12	29	38	19	1.89
114698--114781	23	3.6	23	80	3	87	14	10	16	58	1.63
114690--114807	47	2.5	47	76	0	119	16	11	16	55	1.68
114698--114816	24	5.0	23	79	3	103	14	11	16	57	1.66
116649--116812	83	2.0	83	85	0	220	40	4	11	43	1.60
117834--117870	18	2.1	18	100	0	74	10	35	32	21	1.88
119888--119945	30	2.0	27	83	9	71	41	1	1	55	1.20
119893--119982	36	2.4	38	75	15	91	41	1	2	55	1.19
124140--124173	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
130600--130638	20	2.0	20	89	0	60	20	35	25	17	1.95
135598--135653	29	1.9	29	85	0	76	41	1	3	53	1.29
138430--138521	46	2.0	47	89	2	141	36	28	7	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144774--144827	18	2.8	19	76	21	58	35	7	9	48	1.63
148449--148493	13	3.5	13	84	0	63	24	22	24	28	1.99
148449--148500	26	2.0	26	84	0	68	25	21	21	32	1.98
148472--148779	85	3.6	85	88	2	431	30	19	16	33	1.94
150252--150282	12	2.6	12	94	0	53	70	9	6	12	1.31
151939--151994	15	3.7	15	87	2	76	8	21	10	58	1.58
159382--159417	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
159588--159680	12	7.8	12	72	9	73	17	17	18	47	1.83
159578--159682	48	2.2	49	84	6	135	18	17	17	47	1.83
159578--159682	24	4.4	24	79	7	115	18	17	17	47	1.83
159842--159866	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
163694--163745	18	2.9	18	85	0	59	40	9	34	15	1.80
172257--172287	16	1.9	16	93	0	53	25	25	29	19	1.99
177977--178109	70	1.9	70	88	0	203	19	12	21	47	1.81
180354--180463	21	5.2	20	71	16	89	22	20	24	31	1.98
180354--180660	42	7.2	42	87	7	395	22	22	24	30	1.99
180591--180658	21	3.2	21	68	15	68	22	22	22	33	1.97
180600--180667	21	3.4	19	69	15	64	25	22	20	32	1.98
181479--181549	21	3.4	21	69	21	67	25	30	23	19	1.98
181464--181620	83	1.9	84	90	1	253	29	24	24	21	1.99
181464--181620	42	3.8	42	90	1	253	29	24	24	21	1.99
181663--181713	19	2.7	19	93	0	84	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191136--191169	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
197126--197272	77	1.9	77	87	2	215	26	14	12	45	1.82
208358--208382	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
219284--219809	263	2.0	250	88	7	761	40	20	12	26	1.88
220153--220194	18	2.3	19	80	16	52	59	2	7	30	1.37
224151--224180	13	2.4	13	94	5	53	6	10	10	73	1.25
227015--227103	38	2.3	38	90	3	135	40	38	10	11	1.75
227683--228393	4	178.8	4	98	1	1394	25	0	24	50	1.50
229816--229846	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
230036--230096	27	2.3	27	80	11	72	40	0	4	54	1.22
230115--230160	22	2.1	21	84	4	56	52	13	0	34	1.40
231434--231462	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
232756--232861	54	1.9	55	94	1	187	47	5	9	37	1.60
236208--236494	144	2.0	141	93	3	495	39	15	20	24	1.91
237499--237693	108	1.8	108	84	2	266	47	18	15	18	1.83
240288--240336	17	3.1	15	83	13	62	26	0	6	67	1.14
241697--241737	18	2.2	18	86	8	55	51	12	2	34	1.52
244675--244708	9	3.9	9	84	7	52	55	0	0	44	0.99
245278--245328	2	26.5	2	92	7	88	50	0	0	49	1.00
252805--252858	22	2.6	20	77	16	56	20	14	25	38	1.91
259706--259787	21	3.9	21	78	9	87	21	20	24	32	1.98
260585--261080	21	23.8	21	77	12	292	35	23	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260581--261006	42	10.2	42	88	5	507	35	23	19	21	1.96
260578--261088	61	8.2	60	79	11	514	34	23	19	21	1.96
262367--262413	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
266671--266704	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
267004--267030	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
283765--283791	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
284249--284293	21	2.1	21	87	0	63	42	4	22	31	1.73
294446--294470	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
298286--298333	18	2.7	18	96	0	87	20	25	14	39	1.91
298322--299226	269	3.4	270	83	4	1019	31	14	22	30	1.94

Tables:   1   2   3   4