genome.fa.s9568.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009568.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116927_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  696633

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903--1365	184	2.5	185	97	1	871	22	12	19	45	1.84
903--1365	91	5.0	93	97	2	873	22	12	19	45	1.84
1397--1524	19	7.3	19	74	18	116	45	28	17	8	1.78
1433--1524	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
1520--1581	18	3.7	18	81	16	87	12	22	20	43	1.86
1541--1595	14	3.7	14	76	21	58	10	21	23	43	1.84
1525--1613	32	2.8	32	88	6	137	11	21	22	44	1.83
1586--1650	19	3.4	18	87	4	76	10	16	27	44	1.81
3557--3592	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
3696--3796	19	5.6	19	83	14	142	43	17	23	14	1.87
3825--4141	19	18.4	19	77	19	333	13	21	18	46	1.83
3803--4113	51	6.0	52	81	12	376	14	21	17	45	1.84
3837--4141	33	8.9	34	81	15	275	13	21	18	46	1.84
6410--6434	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6606--6652	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
7334--7703	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
8302--8337	16	2.2	16	90	9	56	66	8	0	25	1.19
8303--8345	17	2.5	17	81	7	52	69	6	0	23	1.12
9899--9935	17	2.1	18	85	14	51	27	13	0	59	1.35
14654--14693	21	1.9	21	94	0	71	30	17	2	50	1.59
14668--14732	31	2.1	30	83	8	78	30	21	4	43	1.73
17443--17523	12	6.7	12	71	18	69	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17451--17519	24	2.8	25	79	10	81	44	0	0	55	0.99
17428--17551	62	2.0	62	92	4	207	41	0	1	57	1.08
17474--17547	36	2.0	38	84	5	98	40	0	1	58	1.07
17717--17894	21	8.5	21	77	10	127	19	20	27	32	1.97
18080--18124	18	2.5	18	85	10	65	33	0	0	66	0.92
18586--18645	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
20604--20689	42	2.0	43	82	10	106	51	2	0	46	1.13
26294--26425	2	66.5	2	90	1	212	49	2	0	47	1.19
28949--28995	6	7.8	6	97	0	67	25	0	51	23	1.49
31551--31580	12	2.5	12	94	0	51	43	0	0	56	0.99
37180--37218	2	19.5	2	83	0	51	48	5	2	43	1.38
37162--37210	20	2.5	20	89	0	71	51	10	2	36	1.48
37172--37218	16	2.9	16	87	0	67	48	8	2	40	1.45
37751--37812	21	3.0	21	80	13	74	20	22	22	33	1.97
38417--38472	16	3.5	16	90	4	87	1	19	53	25	1.55
38417--38472	5	10.6	5	90	5	76	1	19	53	25	1.55
38603--38683	21	3.9	21	85	6	119	30	27	18	23	1.98
38698--38744	21	2.2	21	88	0	67	21	23	25	29	1.99
42851--43058	46	4.6	46	88	3	291	39	5	20	34	1.76
46520--46573	26	2.1	26	100	0	108	40	22	14	22	1.90
46807--46872	34	1.9	34	84	0	87	36	25	4	33	1.77
59041--59074	6	5.7	6	100	0	68	0	64	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68302--68341	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
74763--74841	25	3.0	25	73	20	70	36	5	7	50	1.53
75389--75432	20	2.3	19	96	4	79	38	0	4	56	1.20
94113--94364	80	3.1	80	76	10	287	33	11	14	40	1.83
95993--96039	18	2.6	19	76	10	53	65	2	10	21	1.33
96763--96812	21	2.4	21	96	0	91	16	6	34	44	1.72
96936--96967	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97413--97460	18	2.8	17	81	6	60	29	22	8	39	1.83
97783--97868	7	12.9	7	73	16	51	53	5	2	38	1.38
99452--99511	31	1.9	31	100	0	120	43	3	6	46	1.46
99534--99721	22	8.5	22	81	11	242	52	11	0	35	1.42
100234--100286	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
100276--100341	20	3.3	20	97	0	123	36	21	19	22	1.95
117026--117050	12	2.1	12	100	0	50	20	8	0	72	1.10
123211--123252	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
125107--125141	10	3.3	10	85	14	52	0	2	31	65	1.07
130184--130313	31	4.2	32	79	4	113	51	9	3	36	1.50
130188--130308	62	2.0	62	81	0	143	52	9	3	34	1.51
146229--146420	104	1.8	104	82	3	242	23	26	5	44	1.74
147441--147505	20	3.2	20	91	4	105	53	10	16	18	1.71
147268--147686	201	2.1	202	89	0	642	42	13	17	26	1.86
147642--147688	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147651--147693	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
149919--149983	21	3.1	21	90	0	94	41	12	30	15	1.84
150017--150082	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
151874--151922	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
151874--151937	19	3.4	19	91	2	85	32	0	12	54	1.38
152035--152993	200	4.8	200	95	0	1650	36	14	17	30	1.90
154494--154593	6	16.7	6	78	0	74	38	8	32	22	1.83
154494--154593	12	8.3	12	85	0	119	38	8	32	22	1.83
155807--156572	183	4.2	183	96	1	1349	35	14	16	33	1.89
159033--159097	25	2.6	25	100	0	130	38	10	13	36	1.80
159452--159516	23	2.8	23	90	0	103	35	6	20	38	1.77
159444--159521	23	3.5	22	85	3	95	35	5	20	38	1.75
159935--160007	23	3.2	23	88	0	101	36	5	19	38	1.75
159097--160405	490	2.7	489	95	0	2295	42	7	9	40	1.66
166171--166215	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
178857--179322	200	2.3	198	86	5	634	31	16	12	38	1.86
179425--179518	30	3.2	30	79	11	81	50	1	1	47	1.15
179436--179522	14	6.2	14	69	9	52	47	1	1	50	1.16
179450--179518	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
184853--184919	33	2.0	33	100	0	134	20	22	8	47	1.78
197028--197134	29	3.7	29	77	7	85	47	19	15	16	1.82
198694--198738	21	2.2	21	92	4	74	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205580--205644	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
207774--207812	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
208117--208256	36	3.9	36	96	0	253	26	15	15	42	1.87
208523--208580	28	2.1	28	87	6	82	44	8	15	31	1.76
210470--210507	18	2.1	18	95	0	67	52	7	5	34	1.53
210488--211946	328	4.4	334	87	4	1955	43	8	5	43	1.57
210314--211946	664	2.4	663	85	4	2249	43	8	5	43	1.56
213708--213765	24	2.4	24	97	0	107	32	20	13	32	1.92
219299--219345	20	2.2	20	85	7	58	44	0	2	53	1.12
220311--220343	15	2.1	16	88	5	50	54	0	9	36	1.32
220877--221157	20	14.2	20	77	11	215	38	23	19	18	1.93
220933--221157	40	5.7	40	84	7	248	38	23	19	18	1.93
220972--221115	74	1.9	75	91	1	236	40	22	19	17	1.91
222017--222070	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
224585--224622	20	1.9	20	94	0	67	39	23	15	21	1.92
224607--224636	14	2.1	14	93	0	51	43	23	20	13	1.86
224641--224734	33	2.8	33	96	0	170	44	18	24	12	1.84
224734--224808	19	4.2	18	75	16	59	14	17	24	44	1.86
224765--224809	19	2.4	19	92	0	72	15	17	20	46	1.84
224774--224817	19	2.3	19	80	0	52	20	15	18	45	1.85
224916--224952	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
226342--226421	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228387--228449	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
228493--228539	20	2.3	20	85	0	58	14	17	23	44	1.85
228503--228543	20	2.0	20	95	0	73	12	14	17	56	1.68
229104--229237	20	6.6	20	79	6	144	18	18	25	37	1.94
229107--229237	41	3.2	41	86	6	185	19	18	25	37	1.94
229251--229298	20	2.4	20	89	6	71	14	16	22	45	1.84
229104--229298	81	2.4	81	77	5	189	20	17	23	38	1.93
229348--229401	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
240405--240479	35	2.1	35	92	0	123	34	26	28	10	1.90
240556--240646	24	3.8	24	83	2	112	37	18	17	26	1.93

Tables:   1   2   3