genome.fa.s9577.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009577.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  348734

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529--573	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
1047--1092	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
1058--1102	20	2.3	20	84	3	65	37	20	24	17	1.93
1086--1144	19	3.4	19	68	22	65	47	18	18	15	1.83
1066--1146	19	4.5	19	70	16	55	41	20	22	14	1.89
1086--1169	33	2.6	33	94	1	143	47	17	19	15	1.83
1192--1281	14	5.8	14	71	21	72	12	17	22	47	1.80
1187--1298	33	3.4	32	92	3	188	12	18	22	46	1.82
1170--1298	65	2.0	67	89	6	201	12	17	24	45	1.83
1283--1338	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
3187--3225	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
3396--3471	20	3.8	20	72	6	73	17	19	21	42	1.90
3384--3487	40	2.9	34	76	15	109	15	22	22	40	1.91
3685--3734	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
3763--3812	20	2.5	20	86	3	64	22	22	18	38	1.94
4009--4043	12	2.9	12	86	0	52	17	40	5	37	1.73
4597--4650	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
4825--4849	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
6546--6634	19	5.2	19	65	25	72	44	17	23	13	1.84
6550--6634	33	2.6	33	96	0	152	45	17	23	12	1.83
6654--6710	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
6648--6728	33	2.5	33	93	0	144	12	23	19	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6668--6728	19	3.5	19	72	21	60	13	22	19	44	1.85
6835--6871	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
8227--8293	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
8567--8751	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	22	1.82
10465--10530	33	2.0	34	96	3	125	37	24	25	12	1.90
10462--10585	52	2.4	52	88	1	185	41	21	24	12	1.87
10440--10585	19	8.1	19	71	17	105	43	20	23	13	1.86
10581--10628	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
11147--11197	20	2.5	20	81	6	59	23	17	23	35	1.95
11194--11249	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
11187--11259	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
11314--11362	21	2.3	22	79	6	66	36	16	26	20	1.93
12546--12593	23	2.1	23	84	7	62	41	0	2	56	1.11
18121--18161	18	2.3	19	79	12	50	58	4	0	36	1.20
18403--18459	27	2.1	27	90	0	87	31	14	8	45	1.75
18744--18825	40	2.0	40	88	0	119	36	7	9	46	1.65
18841--18908	29	2.5	27	78	17	70	51	17	0	30	1.46
19564--19596	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
19662--19736	10	7.7	10	67	21	52	57	20	12	10	1.64
19658--19730	16	4.7	16	91	3	114	58	19	10	10	1.61
19666--19730	32	2.0	32	100	0	130	56	21	12	9	1.63
20482--20537	14	4.3	14	76	17	57	55	23	10	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20462--20536	24	3.1	24	84	3	89	57	20	9	13	1.63
21090--21128	20	2.0	20	89	0	60	58	2	0	38	1.12
23879--23919	20	2.0	21	90	4	66	34	19	19	26	1.96
24086--25917	916	2.0	905	82	6	2180	32	18	17	31	1.94
28339--28378	20	2.0	20	95	0	71	42	35	12	10	1.76
32773--33074	151	2.0	149	96	3	552	39	10	25	23	1.88
37348--37373	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
39560--39610	10	5.3	9	76	19	50	23	1	1	72	1.05
42623--42672	8	6.2	8	85	0	55	80	4	16	0	0.87
42630--42685	16	3.6	16	77	13	64	78	5	16	0	0.92
42609--42682	32	2.4	31	84	4	103	74	6	18	0	1.04
42624--42707	20	3.9	22	79	16	79	76	5	16	1	1.05
43309--43352	22	2.0	22	90	0	70	40	22	11	25	1.87
44976--45039	23	2.8	23	90	0	101	26	26	28	18	1.98
45050--45375	103	3.2	103	98	0	616	37	24	11	25	1.90
46127--46351	64	3.5	64	83	7	244	27	19	19	33	1.96
50825--50888	23	2.8	23	87	0	92	26	25	28	20	1.99
50908--51327	103	4.1	103	98	0	795	37	24	12	26	1.90
52079--52303	64	3.5	64	83	6	251	27	19	20	33	1.96
53820--53999	88	2.0	88	95	0	324	33	23	20	22	1.97
53734--54262	194	2.6	200	88	6	757	34	24	17	22	1.96
53908--54256	106	3.3	106	90	0	563	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54175--54336	87	1.9	87	86	2	236	32	24	19	24	1.98
64735--64764	15	2.1	14	93	6	51	40	23	6	30	1.80
71513--71564	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
71550--71647	41	2.4	41	89	0	142	38	22	18	20	1.93
71551--71647	20	4.7	21	71	12	76	38	22	18	20	1.94
72597--72621	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
74912--74976	19	3.7	19	70	19	59	44	16	23	15	1.86
74936--75026	47	1.9	47	95	0	164	41	18	23	16	1.90
75034--75090	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
75019--75108	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
75048--75108	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
75215--75251	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
76939--77123	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
78806--78927	20	6.8	19	67	20	75	42	20	24	12	1.86
78831--78927	33	2.9	33	92	1	158	40	22	25	11	1.87
78928--79008	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
79524--79657	20	6.7	20	82	5	135	25	17	24	32	1.97
79728--79768	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
84088--84275	102	1.8	102	91	0	313	40	19	12	27	1.87
90628--90706	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
91798--91873	29	2.6	28	88	10	109	39	23	5	31	1.77
98718--98823	29	3.7	29	88	3	162	35	22	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101246--101291	19	2.4	19	85	0	56	41	0	30	28	1.56
113558--113617	30	2.0	30	100	0	120	33	23	20	23	1.97
120132--120179	17	2.8	16	84	9	51	16	12	31	39	1.86
127666--127730	23	2.8	23	83	0	94	24	24	26	24	2.00
127749--127962	103	2.1	103	97	0	401	37	24	11	25	1.89
128509--128551	21	2.0	21	81	0	50	18	25	25	30	1.98
134585--134648	23	2.8	23	82	0	92	26	26	25	21	2.00
145520--145570	21	2.4	21	83	3	66	41	27	5	25	1.78
145533--145572	21	1.9	21	94	0	71	32	27	5	35	1.79
159092--159134	18	2.4	18	80	3	52	23	18	4	53	1.63
167606--167716	36	3.1	36	97	0	204	36	27	18	17	1.93
167828--167929	41	2.5	41	79	3	107	26	20	20	32	1.97
167712--168786	213	5.0	215	91	1	1696	33	15	18	32	1.92
168677--168819	42	3.4	41	76	5	144	27	20	20	30	1.98
168685--168838	83	1.9	83	88	0	236	27	20	21	31	1.98
176078--176161	23	3.7	23	95	1	143	22	32	26	19	1.97
185843--185913	33	2.2	33	87	2	99	43	14	8	33	1.75
187277--187331	24	2.3	24	81	6	58	34	0	5	60	1.20
188923--189240	143	2.2	142	97	0	600	32	10	15	41	1.81
203271--203352	42	2.0	42	82	4	103	23	21	20	34	1.97
203008--203913	231	3.9	233	86	1	1185	33	16	16	33	1.91
204292--204318	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204790--205051	135	1.9	136	82	6	327	40	16	13	29	1.87
204792--205068	136	2.0	136	81	5	319	41	16	12	29	1.86
206146--206203	26	2.3	26	87	3	82	48	0	0	51	1.00
214392--214439	24	2.0	25	88	12	73	18	4	0	77	0.93
214398--214468	22	3.5	20	75	11	63	18	5	1	74	1.08
214398--214449	9	5.4	9	75	11	50	19	3	0	76	0.93
214407--214466	15	4.2	13	78	16	57	16	3	1	78	0.97
215480--215520	18	2.2	20	86	8	59	39	7	7	46	1.60
222383--222423	20	2.0	20	86	9	57	39	9	7	43	1.65
224645--224673	10	2.7	11	89	10	51	17	6	0	75	1.01

Tables:   1   2