genome.fa.s9578.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009578.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116946_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  651624

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16006--16084	13	6.4	12	71	20	65	68	2	0	29	1.03
16002--16046	22	2.2	20	84	8	54	73	0	0	26	0.84
15997--16084	38	2.3	39	86	4	115	68	2	1	28	1.09
16062--16095	17	1.9	18	94	5	61	64	8	0	26	1.22
20379--20410	10	3.4	10	83	16	50	78	0	0	21	0.76
35172--35216	21	2.1	21	91	0	72	26	15	17	40	1.90
36165--36228	33	1.9	32	84	12	85	31	15	26	26	1.96
39228--39268	20	2.0	20	90	0	64	36	19	19	24	1.95
44153--44179	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
44069--44167	52	1.9	51	89	2	153	40	3	4	52	1.36
44190--44257	33	2.0	34	91	2	111	33	2	5	57	1.38
47114--47166	20	2.7	20	84	0	70	3	28	0	67	1.07
47283--47322	21	1.9	21	94	0	71	22	32	10	35	1.87
49603--49646	19	2.4	18	82	14	54	38	18	9	34	1.82
52551--52578	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59257--59317	31	2.0	29	81	12	70	39	1	24	34	1.65
67853--67919	21	3.2	21	71	0	71	32	17	16	32	1.93
68390--68430	20	2.0	22	85	9	59	19	17	12	51	1.76
68390--68429	21	2.0	20	85	5	53	20	17	12	50	1.78
68706--68737	17	1.9	16	93	6	55	53	0	9	37	1.34
69913--70156	49	5.0	49	89	1	362	37	15	20	26	1.92
69913--70156	99	2.5	98	88	1	362	37	15	20	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76424--76715	49	6.0	49	95	1	514	38	15	21	24	1.92
81505--81541	15	2.5	15	86	4	58	54	0	2	43	1.14
81716--81792	30	2.5	31	87	4	111	41	2	6	49	1.42
84639--84676	14	2.7	14	88	11	60	23	36	18	21	1.95
91209--91251	18	2.4	18	81	18	54	41	4	11	41	1.62
92471--92734	43	6.1	46	83	6	123	32	18	21	27	1.97
92503--92734	43	5.4	43	85	5	247	30	18	21	29	1.97
92483--92734	86	2.9	83	80	8	283	31	19	21	27	1.97
92843--92889	21	2.2	21	88	0	67	51	14	6	27	1.67
94945--95011	21	3.1	21	74	19	66	64	16	5	13	1.47
95625--95818	41	4.7	41	86	0	253	32	18	21	27	1.96
103979--104211	114	2.0	118	96	3	438	27	18	11	42	1.84
113069--113098	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
114457--114494	20	1.9	20	89	10	60	78	0	5	15	0.91
114455--114517	6	10.2	6	77	19	67	79	1	3	15	0.94
114481--114517	13	2.9	13	92	4	58	81	2	0	16	0.81
114526--114566	16	2.7	15	81	7	55	39	12	9	39	1.76
114550--114631	37	2.1	39	88	6	123	45	9	3	41	1.55
114550--114650	37	2.6	37	80	13	91	44	10	2	41	1.55
114564--114650	37	2.4	37	86	7	115	47	10	2	40	1.50
114658--114743	38	2.2	38	82	10	102	41	12	3	41	1.60
114677--114761	38	2.3	37	83	6	109	45	14	2	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115282--115842	201	2.8	201	83	0	739	26	21	19	32	1.97
120259--120332	24	3.1	24	84	0	94	21	14	29	33	1.94
123933--123979	21	2.2	21	88	0	67	12	8	25	53	1.67
124001--124311	45	6.9	45	95	0	552	40	6	21	31	1.79
124067--124185	24	5.2	24	60	28	62	44	4	19	31	1.70
128848--128901	23	2.5	22	87	6	83	33	18	20	27	1.96
132588--132709	63	1.9	64	81	5	149	55	4	7	31	1.49
133645--133682	3	13.0	3	88	5	60	65	0	2	31	1.06
133860--133991	63	2.1	64	82	4	160	52	3	9	34	1.53
133934--133974	13	3.4	13	77	16	52	65	4	2	26	1.25
133934--133977	23	1.9	23	81	9	54	68	4	2	25	1.20
134144--134200	21	2.7	21	97	0	105	36	26	19	17	1.94
134999--135036	3	13.0	3	88	5	60	65	0	2	31	1.06
135337--135569	39	6.0	39	87	0	322	22	23	11	42	1.85
135173--135398	123	1.8	123	87	3	339	26	21	13	38	1.91
135535--135592	26	2.2	26	90	6	91	18	25	6	48	1.73
135418--135712	143	2.1	143	84	2	387	23	23	9	43	1.83
135498--135629	65	2.0	65	88	0	192	22	25	8	43	1.81
135563--135730	39	4.3	39	86	0	228	25	22	10	42	1.85
135561--135730	78	2.2	78	93	2	297	24	22	10	42	1.85
135379--135730	182	1.9	182	88	0	533	23	23	10	42	1.84
136888--137036	54	2.8	54	89	2	219	28	22	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138625--138662	18	2.1	18	95	0	67	5	5	39	50	1.48
146596--146652	21	2.7	21	100	0	114	17	28	26	28	1.98
147083--147107	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
149394--149474	21	3.8	21	79	9	67	16	24	37	22	1.93
157117--157187	2	36.5	2	94	5	128	50	0	0	49	1.00
161907--162270	181	2.0	183	98	1	714	25	18	19	36	1.94
164415--164456	12	3.5	12	80	6	50	71	2	2	23	1.10
165605--165959	176	2.0	179	98	1	689	45	11	13	29	1.79
166829--166886	9	6.5	8	84	9	53	81	0	1	17	0.78
166830--166884	5	11.8	5	81	11	64	80	0	1	18	0.81
166938--167140	37	5.4	37	75	16	148	40	11	4	43	1.61
167016--167045	15	2.0	15	93	0	51	43	10	6	40	1.64
167106--167150	24	1.9	24	86	4	65	37	8	2	51	1.46
170532--170565	11	2.8	12	86	13	52	50	0	0	50	1.00
172854--172899	14	3.4	14	90	6	67	45	4	0	50	1.21
180251--180291	19	2.2	19	95	0	73	41	21	14	21	1.89
189435--189489	27	2.1	26	82	3	65	41	1	1	54	1.21
189932--189993	32	1.9	32	86	0	88	38	19	8	33	1.81
190386--190465	36	2.3	35	91	2	124	21	11	10	57	1.62
192019--192055	20	2.0	20	84	10	51	54	2	0	43	1.14
193248--193287	21	1.9	21	84	0	53	50	15	0	35	1.44
198738--198771	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199246--199296	24	2.1	24	85	7	68	60	11	1	25	1.41
208920--208953	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
209430--209478	24	2.0	24	84	7	64	59	12	2	26	1.44
215092--215123	16	2.0	16	100	0	64	43	25	0	31	1.55
215611--215636	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
227063--227106	22	2.0	23	86	4	63	70	2	11	15	1.26
228250--228301	25	2.1	25	85	0	68	36	26	5	30	1.80
229834--229902	3	23.0	3	88	5	95	39	0	0	60	0.97
231348--231419	27	2.7	26	72	6	72	26	1	4	68	1.16
234580--234668	36	2.5	35	75	13	92	21	15	7	55	1.66
237522--237636	18	6.6	17	76	13	92	79	0	17	2	0.90
237522--237636	9	13.2	8	73	19	72	79	0	17	2	0.90
237533--237627	17	5.4	17	75	13	77	78	1	16	3	0.93
237538--237634	26	3.7	26	74	9	99	78	1	17	3	0.94
237514--237635	7	17.4	7	69	16	58	78	0	18	2	0.91
237592--237623	11	2.8	11	95	4	55	75	0	25	0	0.81
239765--239982	114	1.9	114	87	0	319	33	15	20	30	1.94
240160--240223	32	2.0	32	93	3	112	35	18	14	31	1.91
243158--243490	76	4.4	76	93	1	562	23	20	21	34	1.97
243158--243490	151	2.2	152	95	0	596	23	20	21	34	1.97
243637--243706	12	5.8	12	73	20	58	42	0	0	57	0.99
243635--243706	15	4.6	16	80	13	78	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243635--243694	3	20.0	3	85	0	84	40	0	0	60	0.97
243938--243975	18	2.1	18	95	0	67	26	39	26	7	1.83
245152--245223	27	2.7	26	72	6	72	26	1	4	68	1.16
251274--251378	48	2.2	48	80	0	120	30	10	27	31	1.90
253137--253252	47	2.4	48	83	8	130	31	12	23	32	1.91
253114--253436	134	2.4	135	81	7	345	31	16	20	30	1.95
258981--259038	20	2.9	20	92	0	98	51	10	17	20	1.74
259452--259483	16	1.9	17	93	6	57	50	28	3	18	1.62
259630--259679	26	1.9	26	100	0	100	34	20	24	22	1.97
259699--259751	23	2.3	23	90	0	88	24	15	26	33	1.95

Tables:   1   2   3