genome.fa.s9589.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009589.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  660543

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1709--1743	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2907--2978	32	2.2	33	90	5	110	18	37	27	16	1.92
2907--2970	19	3.6	19	72	25	68	17	37	28	17	1.92
2913--2951	13	2.9	14	84	7	53	20	35	25	17	1.95
2902--2978	14	5.4	14	75	20	63	16	37	28	16	1.91
6710--6744	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
8068--8150	19	4.6	19	82	14	113	18	34	28	18	1.94
8092--8158	14	4.4	14	77	17	71	19	35	28	16	1.93
8074--8158	33	2.6	33	92	0	143	20	35	28	16	1.94
10275--10301	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19356--19401	15	3.1	15	78	6	58	43	2	0	54	1.12
19358--19507	14	11.0	14	63	21	59	49	3	0	46	1.23
19444--19499	19	3.1	17	70	22	51	51	0	0	48	1.00
19495--19535	8	5.2	8	88	5	66	60	0	0	39	0.96
19495--19535	15	2.6	16	84	7	66	60	0	0	39	0.96
19481--19544	23	2.9	23	86	4	87	59	0	1	39	1.07
19421--19527	37	2.8	37	74	16	101	55	1	0	42	1.17
19607--19711	48	2.2	48	81	8	117	51	3	1	42	1.31
43727--43788	30	2.1	30	82	8	74	53	6	6	33	1.52
44325--44363	20	2.0	20	94	0	69	41	28	15	15	1.87
50504--50566	20	3.1	20	73	8	56	33	15	28	22	1.95
51126--51183	24	2.4	24	76	0	71	22	24	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79182--79212	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
79466--79583	58	2.0	58	100	0	236	28	13	35	22	1.92
89357--89504	3	49.7	3	90	1	235	36	0	0	62	1.00
102284--102310	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
102636--102680	18	2.6	17	80	10	56	31	6	8	53	1.58
103462--103706	52	4.7	52	98	0	481	22	15	24	37	1.93
104344--105142	119	6.9	116	89	5	1222	37	13	19	29	1.90
104344--105140	233	3.4	233	95	1	1383	37	13	19	28	1.90
104347--105142	352	2.3	345	90	5	1244	37	13	19	28	1.90
105388--105528	3	47.7	3	89	1	214	34	0	0	64	0.99
106929--106981	23	2.2	25	83	10	65	35	1	1	60	1.19
108464--108618	60	2.6	58	80	6	168	39	10	9	40	1.72
111727--111775	15	3.2	15	91	8	73	20	2	16	61	1.44
123401--123542	7	19.7	7	72	16	71	78	1	13	6	1.00
123401--123553	23	6.7	22	73	15	75	79	1	13	6	0.99
123407--123544	46	3.1	45	78	10	133	79	1	12	6	0.98
124723--125235	51	10.0	51	95	0	873	30	15	26	28	1.96
126455--126497	16	2.7	16	96	0	77	18	2	18	60	1.47
126450--126505	16	3.4	16	83	11	69	21	1	16	60	1.44
128630--128669	16	2.4	17	88	12	57	45	0	7	47	1.31
130035--130068	14	2.5	13	90	4	50	20	0	32	47	1.51
130036--130068	13	2.4	14	90	5	50	21	0	33	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131488--131641	31	5.0	31	95	1	256	20	18	22	38	1.94
135859--136074	31	7.0	31	95	1	371	19	18	22	38	1.93
137572--137612	20	2.0	20	85	4	55	39	0	17	43	1.49
138333--138362	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
147014--147067	22	2.7	19	77	11	63	51	1	0	46	1.11
147883--147920	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
152682--152723	19	2.2	19	100	0	84	19	16	16	47	1.83
152826--152879	5	10.6	5	97	2	99	22	57	20	0	1.41
153373--153411	6	6.5	6	96	0	69	0	15	48	35	1.45
153559--153602	21	2.1	21	86	0	61	34	29	15	20	1.94
160320--160390	32	2.3	33	80	11	87	69	4	0	26	1.07
169640--169715	37	2.1	37	100	0	152	35	2	31	30	1.72
173702--173762	31	2.0	31	90	0	95	40	13	21	24	1.88
174983--175022	21	1.9	21	89	0	62	2	45	0	52	1.14
187023--187061	20	2.0	20	85	10	53	53	0	35	10	1.35
194050--194120	30	2.3	31	87	2	99	23	21	14	40	1.89
195550--195628	41	1.9	41	100	0	158	31	15	12	40	1.84
199656--199692	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
217527--217588	29	2.1	29	100	0	124	22	16	25	35	1.94
220034--220132	43	2.3	43	86	3	139	33	20	24	22	1.97
220555--220613	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
224846--224902	28	2.0	28	93	6	98	24	14	14	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225678--225751	36	2.0	37	97	2	141	8	24	8	59	1.53
226490--226712	43	5.2	42	79	4	241	26	21	18	32	1.97
226490--226712	85	2.6	85	78	4	252	26	21	18	32	1.97
240619--240781	30	5.4	30	95	0	290	32	23	19	24	1.97
240619--240803	90	2.0	91	90	1	291	33	23	18	23	1.97
241033--241197	4	41.2	4	96	0	303	50	23	0	26	1.50
242104--242146	21	2.0	21	81	0	50	18	25	27	27	1.98
245479--245641	30	5.4	30	98	0	299	31	23	19	24	1.98
245495--245668	30	5.8	30	93	0	105	33	24	18	23	1.97
245479--245666	90	2.1	91	90	1	297	32	24	19	23	1.97
245624--245719	31	3.1	30	74	12	88	32	20	19	27	1.97
259457--259543	31	2.8	31	84	3	113	55	2	1	41	1.20
261689--261723	17	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
262890--262930	22	1.9	21	85	14	57	43	0	2	53	1.13
262960--263014	23	2.4	24	78	6	69	40	3	3	52	1.36
263022--263057	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
265123--265256	3	44.7	3	93	3	234	35	0	0	64	0.99
266004--266032	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
266592--266627	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
278976--279481	52	9.7	52	96	0	922	24	15	23	36	1.93
280042--281273	113	10.9	113	94	0	2054	36	14	19	28	1.92
280042--281279	451	2.7	452	95	0	2167	36	14	19	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281568--281680	3	37.7	3	92	3	192	33	0	0	65	0.99
282430--282458	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
283020--283055	19	1.9	19	94	5	65	25	0	5	69	1.10
283021--283062	19	2.2	19	87	8	59	28	0	4	66	1.12
283081--283120	19	2.0	20	85	4	55	37	2	2	57	1.26
288802--288844	17	2.5	17	76	23	54	55	4	0	39	1.20
288988--289021	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
291777--291848	31	2.3	31	87	2	99	45	6	16	30	1.74
296254--296328	35	2.1	35	85	4	98	41	14	18	25	1.89
296188--296405	112	1.9	112	87	3	323	40	16	18	24	1.90
303354--303396	22	2.0	22	85	0	59	41	9	11	37	1.74
307577--307633	30	1.9	30	100	0	114	28	15	17	38	1.91
308825--308858	16	2.1	16	88	0	50	32	8	8	50	1.64
309085--309147	31	2.0	31	100	0	126	42	6	12	38	1.68
317676--317710	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
318826--318855	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
318832--318909	18	4.3	18	88	0	102	14	19	46	20	1.84
322637--322671	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
323760--323793	15	2.1	16	89	10	52	23	29	35	11	1.90
323791--323868	18	4.3	18	88	0	102	14	19	46	20	1.84
323783--323814	13	2.5	13	94	0	55	15	25	43	15	1.86
325240--325298	28	2.1	28	83	0	73	55	11	10	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325340--325369	14	2.1	14	100	0	60	10	30	6	53	1.60
336775--336840	7	9.7	7	90	6	109	46	0	53	0	1.00
340653--340694	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
342412--342488	32	2.4	32	86	0	100	16	33	14	35	1.89
343099--343140	12	3.6	12	84	15	61	28	19	7	45	1.76
362326--362395	28	2.4	29	86	6	90	37	7	18	37	1.78
362316--362395	15	5.5	15	82	8	94	37	6	17	38	1.75
362331--362395	29	2.3	28	84	7	78	36	7	18	36	1.80
362382--362427	20	2.3	20	96	0	83	45	8	17	28	1.78
362519--362606	26	3.5	26	68	24	71	47	1	1	50	1.16

Tables:   1   2   3