genome.fa.s9598.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009598.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116978_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  236377

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130378--130464	21	4.1	21	82	5	113	24	19	36	19	1.95
130604--130645	12	3.5	12	83	6	50	69	7	0	23	1.13
130756--130814	21	2.8	21	94	0	100	37	27	13	22	1.91
130868--130914	21	2.2	21	84	0	58	29	34	10	25	1.90
132368--132673	43	7.1	43	91	0	479	27	20	27	25	1.99
135726--135995	82	3.3	82	79	3	328	28	18	18	33	1.95
136254--136307	20	2.7	19	83	8	72	50	20	16	12	1.78
136672--136729	22	2.6	22	94	0	98	15	20	46	17	1.84
136833--136870	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
136897--136945	20	2.5	20	93	0	89	22	18	24	34	1.96
137170--137207	20	1.9	19	89	5	58	60	0	2	36	1.11
138874--138947	29	2.5	29	77	2	85	32	8	13	45	1.73
138864--139120	135	1.9	135	87	1	381	35	10	14	39	1.81
139020--139085	29	2.2	30	89	2	98	33	7	13	45	1.72
139121--139177	29	2.0	29	82	3	71	42	7	8	42	1.63
139230--139307	29	2.7	29	87	2	102	32	6	12	48	1.67
139011--139330	108	2.9	110	82	4	394	33	11	13	41	1.80
139749--139837	30	3.0	30	93	0	142	47	12	10	30	1.74
146609--146699	24	3.8	24	82	2	112	27	15	19	37	1.92
148793--148853	18	3.3	18	95	2	104	22	49	14	13	1.78
151328--151452	47	2.6	48	80	1	135	27	13	20	39	1.90
151328--151442	24	4.8	24	81	2	133	26	14	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152633--152994	179	2.0	180	95	0	654	26	15	24	33	1.95
157551--157647	51	1.9	51	89	0	149	17	29	28	23	1.97
157881--157929	17	2.9	16	79	8	53	32	0	2	65	1.04
157857--157926	23	3.0	23	76	17	65	28	0	2	68	1.04
157899--157936	12	2.9	14	76	15	53	26	0	0	73	0.83
157880--157928	18	2.8	18	74	17	50	32	0	2	65	1.04
157879--157936	26	2.2	27	84	3	73	27	0	1	70	0.97
162250--162291	17	2.5	17	81	11	50	66	2	2	28	1.16
162243--162319	30	2.6	30	74	13	72	66	2	1	29	1.13
163535--163625	23	4.1	22	77	13	80	74	3	2	19	1.06
164886--164939	23	2.4	21	76	14	54	77	3	5	12	1.07
164904--164946	17	2.6	16	85	3	50	79	4	2	13	1.00
164997--165181	36	4.8	36	74	20	158	45	5	2	45	1.40
165026--165305	42	6.8	44	74	18	255	45	4	3	46	1.42
164997--165305	122	2.5	121	82	9	367	44	4	3	46	1.41
165165--165195	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
165129--165227	53	1.9	51	93	4	171	45	4	2	48	1.32
165085--165268	89	2.1	85	90	5	280	43	3	3	48	1.39
165183--165303	35	3.5	34	81	8	127	42	4	4	47	1.44
165181--165311	37	3.7	36	81	8	151	44	4	4	46	1.44
165574--165612	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
167151--167176	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171252--171282	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
181108--181144	14	2.6	14	91	0	56	16	10	13	59	1.61
181408--181487	10	8.1	10	76	20	80	8	10	18	62	1.52
181408--181477	23	2.9	23	84	12	95	8	10	18	62	1.51
181405--181477	26	3.0	24	82	11	94	8	9	19	63	1.50
182944--182976	7	4.9	7	85	7	50	33	0	0	66	0.92
182951--182975	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
183388--183442	28	1.9	29	88	3	85	43	3	0	52	1.18
184714--184741	14	2.0	14	100	0	56	14	21	42	21	1.88
185588--185631	13	3.3	13	78	15	54	22	52	22	2	1.58
192841--192884	18	2.4	18	84	3	61	18	52	25	4	1.64
203956--204012	2	28.5	2	96	0	105	49	0	1	49	1.11
205524--205575	11	4.6	11	84	11	70	73	1	0	25	0.94
205638--205788	36	4.1	38	72	18	113	70	12	2	14	1.28
205777--205835	12	5.2	12	72	15	54	72	8	5	13	1.24
205908--205984	9	8.8	9	75	16	56	77	6	0	15	0.95
205862--205976	32	3.6	32	78	12	105	76	7	0	14	1.05
205950--205981	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
206203--206282	21	3.8	21	76	0	70	41	8	28	21	1.83
206416--206487	26	2.8	26	97	0	135	54	6	12	26	1.63
206487--206656	93	1.8	94	82	8	222	45	4	20	29	1.71
207232--207916	2	344.0	2	64	22	180	42	5	5	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207219--207349	11	12.1	10	71	17	59	38	6	2	52	1.41
207206--207272	31	2.2	31	88	0	98	37	5	1	55	1.34
207232--207350	37	3.1	38	78	11	127	39	5	2	52	1.39
207650--207695	11	3.9	12	86	11	51	36	6	8	47	1.60
207705--207993	13	21.4	13	70	20	111	43	4	5	46	1.47
207752--207821	19	3.9	19	71	24	53	44	4	5	45	1.47
208564--208604	16	2.6	16	92	0	64	31	21	21	24	1.98
214374--214416	20	2.2	20	100	0	86	34	27	13	23	1.93
214381--214425	20	2.2	20	92	0	72	37	26	15	20	1.92
214411--214493	21	4.0	21	71	6	69	33	24	18	24	1.96
214480--214505	13	2.0	13	100	0	52	38	30	23	7	1.83
214493--214605	20	5.7	20	80	8	131	33	24	20	21	1.97
214983--215053	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
215174--215228	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
215239--215356	14	7.1	18	67	25	80	10	24	21	44	1.83
215261--215350	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
215244--215358	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
217661--217694	11	3.0	11	86	4	50	17	0	17	64	1.29
217762--217797	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
217904--218003	18	5.6	18	82	14	136	43	18	24	15	1.87
217904--218003	33	2.8	38	78	18	133	43	18	24	15	1.87
218010--218336	33	9.5	33	78	15	208	14	20	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218032--218336	19	17.4	19	79	16	347	14	20	18	47	1.83
218032--218308	52	5.2	52	89	6	343	14	20	17	47	1.83
220609--220633	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
220807--220852	24	2.0	23	83	12	58	36	21	13	28	1.91
221543--221892	20	17.5	20	87	4	456	20	19	26	34	1.96
222345--222919	110	5.1	112	91	5	864	45	14	14	24	1.83
222793--223161	182	2.0	181	88	3	555	42	13	15	28	1.86
223196--223259	3	21.3	3	93	6	112	31	0	1	67	1.00
229138--229596	227	2.0	228	98	1	895	30	16	17	35	1.92

Tables:   1   2

The End!