genome.fa.s9602.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009602.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1420948

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4780--4823	2	22.5	2	93	4	72	54	0	0	45	0.99
4984--5042	13	4.5	13	82	0	73	37	22	15	25	1.93
4978--5042	26	2.5	26	85	5	87	38	20	16	24	1.93
5237--5269	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7594--7655	10	5.9	11	74	25	55	69	0	19	11	1.18
7609--7663	20	2.8	20	97	0	101	70	0	18	10	1.15
10008--10044	18	2.1	18	100	0	74	37	0	10	51	1.37
18009--18060	18	2.9	18	100	0	104	23	21	28	26	1.99
19914--19954	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
20077--20174	50	2.0	50	81	0	115	23	28	31	16	1.96
20093--20202	50	2.2	50	85	0	139	21	29	33	15	1.94
23293--23360	36	1.9	34	85	11	93	33	16	20	29	1.94
27440--27513	24	3.5	20	76	18	71	27	17	29	25	1.97
28341--28446	18	5.9	18	93	0	167	19	23	31	25	1.98
28341--28446	54	2.0	54	94	0	185	19	23	31	25	1.98
30226--30340	57	2.0	57	94	0	203	27	25	24	22	2.00
32131--32232	51	2.0	51	86	0	141	44	10	9	35	1.73
32463--32494	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
36736--36762	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
38880--38988	53	2.0	54	80	1	121	47	11	2	38	1.53
42295--42425	20	6.6	20	86	6	140	30	25	21	22	1.99
42319--42425	20	5.3	20	91	0	160	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42608--42650	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
43038--43144	20	5.4	20	86	3	110	14	15	23	46	1.82
43284--43338	25	2.2	26	78	15	62	20	10	20	49	1.78
44869--44918	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
44915--45407	268	1.8	269	95	0	889	29	16	17	36	1.92
45404--45450	18	2.5	19	86	6	60	21	19	25	34	1.96
46185--46218	13	2.6	13	100	0	68	50	26	17	5	1.69
56474--56577	36	2.9	36	94	0	181	23	16	16	44	1.86
58356--58417	14	4.3	14	73	6	52	37	0	14	48	1.44
58516--58569	20	2.7	20	79	0	63	46	25	16	11	1.80
58563--58605	20	2.2	20	83	4	52	25	20	25	27	1.99
58816--58861	14	3.3	14	90	0	74	8	13	26	52	1.69
59605--59662	16	3.6	16	85	0	89	8	12	20	58	1.59
59735--59765	16	1.9	16	100	0	62	9	12	19	58	1.62
59835--60048	20	11.6	20	73	17	196	25	19	21	33	1.97
59850--60020	34	4.9	33	82	10	198	23	19	23	33	1.97
59835--60046	54	3.9	54	75	8	225	25	19	22	33	1.97
59835--59987	74	2.1	74	93	2	263	24	20	22	32	1.98
59926--60020	33	2.8	33	93	1	154	22	16	25	35	1.95
60019--60288	140	1.9	140	96	0	495	42	15	14	28	1.86
60348--60378	12	2.6	12	94	0	53	16	6	29	48	1.70
62409--62445	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63506--63572	20	3.3	20	89	0	98	25	20	26	26	1.99
63557--63635	20	4.0	20	94	0	131	27	20	15	36	1.92
63547--63632	40	2.2	40	89	4	129	26	19	17	36	1.94
65647--65679	16	2.1	16	94	0	57	54	24	15	6	1.63
65755--65822	10	6.1	10	72	21	55	61	20	8	8	1.52
70518--70595	35	2.2	35	76	17	81	41	12	25	20	1.88
73049--73096	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
74911--74945	13	2.7	13	100	0	70	40	8	0	51	1.33
75920--76041	63	1.9	63	85	5	165	44	4	5	45	1.49
75838--76073	132	1.8	130	82	9	309	43	3	6	46	1.45
78717--78839	56	2.2	55	81	8	133	30	23	18	27	1.98
84548--84601	22	2.5	22	96	0	99	24	22	22	31	1.98
84603--84632	13	2.3	13	100	0	60	30	30	26	13	1.94
87254--87413	65	2.5	66	85	5	202	29	24	19	26	1.98
90364--91469	550	2.0	550	98	0	2131	32	17	18	30	1.94
93110--93304	98	2.0	98	96	0	363	45	12	11	30	1.77
96708--96885	36	4.9	36	74	6	178	32	16	10	40	1.83
96720--97543	39	21.5	39	77	8	698	31	17	14	36	1.90
96708--97281	155	3.8	145	80	8	458	31	17	13	37	1.89
96723--97543	116	7.1	116	80	8	711	31	17	14	36	1.91
96720--97543	77	10.7	77	82	8	708	31	17	14	36	1.90
97257--97332	25	3.0	25	100	0	152	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97064--97521	243	1.9	240	90	1	736	31	18	17	32	1.94
97103--97474	204	1.8	204	91	1	611	31	18	17	32	1.94
97141--97448	166	1.9	166	94	1	546	31	18	17	31	1.95
97308--97543	113	2.1	116	88	3	336	31	17	15	35	1.91
97567--97710	59	2.4	59	83	4	175	24	26	17	31	1.97
124435--124461	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
125946--125982	14	2.6	15	83	12	51	54	0	0	45	1.00
127462--127508	21	2.3	20	85	10	60	61	2	4	31	1.27
132351--132396	24	1.9	24	81	0	56	54	13	8	23	1.66
134047--134083	18	2.1	18	85	14	51	32	13	10	43	1.79
135745--135853	24	4.5	24	79	6	123	48	16	15	19	1.81
135747--135816	12	5.8	12	73	6	61	50	18	14	17	1.79
135745--135853	48	2.3	47	85	6	139	48	16	15	19	1.81
141022--141208	31	5.9	32	76	11	172	31	18	19	31	1.96
141022--141209	62	3.0	63	77	9	195	30	18	19	31	1.96
145581--145631	20	2.6	20	82	11	61	29	19	27	23	1.98
147887--147924	20	1.9	20	94	0	67	23	10	10	55	1.65
148634--148665	13	2.4	14	89	10	57	53	0	0	46	1.00
149517--149545	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
158005--158127	59	2.1	60	84	7	162	29	20	15	34	1.93
158005--158127	20	6.2	20	82	1	149	29	20	15	34	1.93
158230--158416	88	2.1	88	85	2	250	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158401--158497	36	2.8	35	83	6	110	36	17	20	25	1.94
160562--160598	17	2.3	16	90	9	58	54	27	0	18	1.44
166869--167067	99	2.0	99	96	0	362	22	19	20	38	1.94
170698--170732	18	1.9	18	100	0	70	28	20	5	45	1.73
177337--177388	19	2.7	19	100	0	104	34	15	7	42	1.75
179341--179373	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
179392--179428	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
179442--179491	23	2.1	24	85	3	66	60	0	4	36	1.16
180468--180550	41	2.0	41	95	0	148	28	16	14	39	1.88
181520--181565	25	2.0	24	83	12	60	56	0	0	43	0.99
183051--183112	3	20.7	3	93	0	106	62	1	1	33	1.14
183432--184094	113	5.9	113	95	1	1149	29	20	12	37	1.89
184804--185327	84	6.2	84	98	0	987	36	21	14	27	1.92
197186--197210	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
197807--197852	25	2.0	24	83	12	60	56	0	0	43	0.99
199338--199417	3	26.7	3	94	0	142	63	1	1	33	1.10
205724--205769	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
207151--207232	3	28.0	3	81	9	98	64	0	1	34	1.01
207575--208453	113	7.8	113	85	2	1144	29	18	13	38	1.89
207574--208434	338	2.5	336	94	1	1490	29	18	13	38	1.89
207575--208453	225	3.9	225	87	2	1178	29	18	13	38	1.89
208451--208682	76	3.1	76	95	0	410	35	21	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209359--209435	22	3.5	22	96	0	145	40	14	11	33	1.82
213519--213580	32	1.9	32	96	0	115	19	17	19	43	1.88
214185--214263	8	9.4	8	76	15	70	1	16	1	81	0.83
214185--214258	9	7.6	9	73	19	60	1	14	1	82	0.81
214208--214263	18	3.2	17	82	7	67	1	17	0	80	0.80
214185--214240	24	2.3	25	87	3	78	1	12	1	83	0.79
214186--214267	19	4.2	19	71	27	64	1	17	1	80	0.84
214247--214300	26	2.0	26	92	3	90	3	14	11	70	1.29
214589--214623	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
216802--216843	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6