genome.fa.s9602.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009602.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1420948

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731781--731833	16	3.3	15	77	15	52	69	0	3	26	1.05
732083--732125	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
732483--732587	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
733130--733760	105	6.0	105	89	2	851	22	17	26	34	1.96
733960--734035	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
733937--734254	106	3.1	105	90	3	493	37	11	20	30	1.89
734157--734231	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91
734385--734499	36	3.2	36	75	4	117	45	10	16	27	1.80
734338--734499	72	2.2	75	84	8	208	41	11	17	28	1.85
735640--736174	181	2.9	182	94	1	939	31	21	20	27	1.98
739677--739713	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
740875--740915	2	21.0	2	90	5	66	53	0	0	46	1.00
740903--740977	37	2.1	36	85	12	100	54	8	5	32	1.52
741108--741159	3	17.3	3	79	15	54	71	0	3	25	1.03
741106--741170	9	7.2	8	80	14	58	70	0	3	26	1.01
741411--741449	16	2.3	18	83	16	57	66	2	5	25	1.25
741806--741910	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
743206--743243	20	1.9	20	88	0	58	13	10	21	55	1.67
743718--743755	20	2.0	20	84	5	51	50	13	10	26	1.73
743778--743833	20	2.8	20	88	0	67	25	12	21	41	1.88
743789--743868	20	4.0	20	81	3	88	26	16	21	36	1.94
743837--743877	21	2.0	21	95	0	73	29	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744756--744786	11	2.8	11	90	0	53	16	0	3	80	0.83
749436--749504	29	2.4	29	100	0	138	26	21	5	46	1.74
749639--749723	34	2.5	34	81	9	111	25	15	3	55	1.56
749639--750048	201	2.1	199	89	2	617	29	20	10	39	1.86
749840--749924	34	2.5	33	80	12	100	28	14	1	56	1.45
750059--750094	18	2.1	17	94	5	63	25	0	2	72	0.98
750661--750713	15	3.5	15	85	10	63	18	5	0	75	0.99
758616--758684	26	2.7	26	77	8	77	30	4	2	62	1.29
758733--758799	29	2.3	29	78	16	75	32	5	1	59	1.31
758868--758892	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
758843--758921	43	1.9	40	87	7	113	55	2	2	39	1.27
758881--758989	28	3.7	30	88	4	170	60	1	5	32	1.30
761700--761737	20	1.9	20	94	0	67	21	10	10	57	1.61
762072--762164	29	3.2	30	76	19	83	60	1	0	38	1.04
764854--764883	11	2.7	11	94	0	51	16	13	10	60	1.59
769072--769110	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
769058--769220	65	2.5	65	84	3	213	30	27	15	26	1.96
776618--776669	19	2.8	19	82	8	63	26	34	13	25	1.93
776617--776777	65	2.5	63	79	7	164	32	26	14	27	1.94
787907--787982	31	2.6	30	81	6	84	22	10	15	51	1.74
787915--788003	31	2.9	30	78	15	78	20	10	19	50	1.75
789554--789617	21	3.0	21	86	4	92	29	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791862--792075	104	2.0	105	84	5	281	35	11	12	40	1.79
792810--792849	22	1.9	20	85	10	53	60	2	2	35	1.24
793115--793199	12	7.3	12	69	11	61	67	0	2	30	1.04
793115--793199	23	3.7	24	77	22	101	67	0	2	30	1.04
793110--793205	47	2.1	47	98	2	185	63	0	4	32	1.13
793516--793596	3	27.0	3	100	0	162	66	0	0	33	0.92
798333--798424	41	2.2	41	82	3	105	34	13	18	33	1.89
798369--798482	41	2.7	41	78	6	122	30	14	22	31	1.94
801200--801455	41	6.3	41	79	4	248	38	16	16	28	1.90
801200--801455	82	3.1	82	79	6	286	38	16	16	28	1.90
801200--801455	123	2.1	123	88	2	381	38	16	16	28	1.90
801993--802020	6	4.7	6	100	0	56	17	17	17	46	1.85
802129--802170	18	2.3	18	95	0	75	35	16	28	19	1.93
803923--804169	71	3.4	69	78	17	243	45	3	4	46	1.40
803921--804169	38	6.9	36	76	14	217	46	3	4	45	1.40
804038--804103	30	2.1	31	83	10	82	46	1	4	46	1.32
804170--804213	20	2.3	19	84	4	52	25	2	2	70	1.10
805181--805250	27	2.6	27	71	13	72	18	8	4	68	1.32
805258--805302	16	2.7	17	86	3	65	22	2	0	75	0.91
805283--805325	22	2.0	22	86	4	61	11	11	2	74	1.17
808077--808336	95	2.7	95	85	3	324	33	16	17	33	1.92
809462--810448	84	11.8	84	86	2	1230	32	25	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809462--810448	168	5.9	168	88	2	1363	32	25	19	23	1.98
810184--810509	84	3.9	85	84	3	230	30	24	19	25	1.98
810897--810949	23	2.3	23	96	0	97	26	22	18	32	1.97
811118--811181	6	10.8	6	79	3	67	35	6	15	42	1.72
811090--811182	41	2.3	41	90	0	150	38	9	13	37	1.78
811180--812121	6	159.3	6	97	2	1786	50	16	0	33	1.46
812282--812349	27	2.6	26	77	13	77	19	7	2	70	1.24
812354--812400	17	2.9	17	79	17	55	25	2	0	72	0.96
812354--812398	22	2.0	22	86	4	63	26	2	0	71	0.98
812652--812681	13	2.3	13	100	0	60	40	0	0	60	0.97
812947--812976	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
814419--814457	21	1.9	20	84	5	51	25	15	20	38	1.92
820288--820505	103	2.1	103	94	0	391	25	13	23	36	1.92
820512--820589	23	3.3	23	76	1	75	26	20	20	32	1.97
822771--822993	119	1.9	119	86	5	326	50	2	6	40	1.42
840304--840777	90	5.3	90	91	0	732	34	20	17	27	1.95
840748--840814	20	3.3	20	68	12	55	32	16	26	23	1.96
840816--840883	22	3.2	21	66	16	50	30	25	19	25	1.98
840760--840911	42	3.6	42	87	2	182	30	21	23	25	1.99
840801--840861	20	3.0	19	66	15	50	31	22	22	22	1.99
840810--840878	23	3.2	23	63	23	58	33	21	21	23	1.97
840943--841181	43	5.6	43	92	0	379	29	29	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840943--841187	86	2.8	86	94	0	427	30	29	14	25	1.95
843282--843386	54	2.0	55	80	12	125	24	22	12	40	1.89
843836--843981	52	2.8	52	89	1	222	21	23	17	37	1.94
845137--845215	10	7.7	10	71	20	56	1	18	2	77	0.96
845149--845208	20	3.1	18	82	15	68	0	20	1	78	0.84
845150--845229	11	7.2	11	79	14	85	0	20	2	77	0.88
845150--845229	32	2.4	33	86	12	110	0	20	2	77	0.88
857291--857349	31	1.9	31	100	0	118	49	13	11	25	1.76
861513--861578	22	2.9	23	76	17	66	24	1	15	59	1.45
861844--861898	27	2.0	27	96	0	101	34	7	20	38	1.80
862153--862228	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
862375--862424	20	2.5	20	100	0	100	20	18	12	50	1.78
862880--862968	2	44.5	2	100	0	178	0	49	0	50	1.00
863119--863232	50	2.3	50	87	0	165	14	33	30	21	1.93
863367--863405	10	3.9	10	83	12	53	33	25	0	41	1.56
863365--863406	20	2.2	19	91	4	66	33	26	0	40	1.56
863462--863497	17	2.0	19	89	10	58	41	5	0	52	1.24
863532--863864	111	3.0	111	96	0	603	36	8	11	44	1.70
865721--865773	21	2.5	21	84	6	63	32	15	35	16	1.90
865718--865764	12	3.9	12	82	0	58	31	14	36	17	1.90
873893--873957	32	2.0	32	84	0	85	44	20	3	32	1.67
876283--876330	16	2.8	18	75	12	55	14	18	4	62	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878245--878375	41	3.2	41	70	12	135	34	19	17	29	1.94
878255--878573	80	3.9	79	81	5	345	33	15	18	31	1.93
878256--878570	162	1.9	161	84	5	420	33	15	18	32	1.93
883194--883235	21	2.0	21	90	0	66	23	4	23	47	1.70
884407--884471	26	2.6	25	85	4	87	49	4	13	32	1.63
885591--885660	34	2.1	34	97	0	131	41	22	15	20	1.90
893345--893574	65	3.6	64	77	11	204	31	24	18	25	1.98
900133--900253	63	1.9	63	86	0	170	33	21	20	24	1.97
900817--900891	38	2.0	38	83	0	96	22	20	28	29	1.98
900856--900890	18	1.9	18	88	0	52	22	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6