genome.fa.s9607.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009607.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116991_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  270985

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197--389	95	2.1	93	84	5	246	23	21	15	38	1.92
380--423	17	2.6	17	96	0	79	31	22	15	29	1.95
1155--1216	9	6.9	9	100	0	124	43	11	0	45	1.40
5179--5307	46	2.8	45	77	4	143	22	18	13	45	1.84
5305--5997	81	8.6	81	89	0	965	31	19	12	36	1.89
5957--6038	27	3.2	27	64	22	68	26	23	12	37	1.90
5944--6046	49	2.1	49	96	0	188	29	21	12	36	1.90
5863--6127	130	2.0	130	94	0	467	31	21	12	35	1.90
5993--6226	81	2.9	81	92	0	405	32	21	12	34	1.90
5782--6208	211	2.0	211	91	1	687	32	20	11	35	1.89
6967--7012	23	2.0	23	100	0	92	21	21	13	43	1.86
8680--8779	48	2.1	48	88	0	146	48	17	9	26	1.76
9422--9480	19	3.0	19	87	5	82	23	18	15	42	1.88
13946--13972	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
15384--15760	75	5.1	74	83	8	419	44	2	5	46	1.42
15355--15761	37	10.9	37	85	8	443	43	3	6	46	1.45
15557--15581	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
15383--15761	112	3.4	110	84	6	460	44	2	5	46	1.42
15384--15761	114	3.4	111	83	8	446	44	2	5	46	1.42
15755--15808	22	2.5	20	75	18	56	22	5	0	72	1.05
17042--17090	18	2.6	20	72	21	52	32	2	0	65	1.04
20978--21240	95	2.7	95	90	4	395	31	16	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22131--23288	83	13.9	83	82	2	1305	31	24	18	24	1.98
22131--23281	167	6.9	167	89	1	1610	31	24	18	25	1.98
23918--24168	64	3.5	71	77	14	248	45	4	5	45	1.47
23993--24053	27	2.3	26	88	5	88	42	3	6	47	1.45
23887--24166	139	2.0	140	84	7	365	43	4	6	45	1.50
24031--24167	38	3.6	38	89	1	186	45	2	4	47	1.37
24204--24241	3	13.3	3	89	10	62	28	0	0	71	0.87
28788--28927	72	1.9	72	98	0	271	27	13	35	24	1.93
34621--34668	18	2.7	18	80	9	62	41	0	4	54	1.20
35792--35913	61	2.0	61	93	0	208	30	22	25	22	1.99
38869--39016	31	4.6	31	69	12	84	29	7	21	41	1.80
40840--40899	21	2.8	22	80	5	61	28	18	23	30	1.98
44394--44428	15	2.2	16	95	5	63	48	0	5	45	1.26
45212--45298	39	2.2	39	81	6	95	29	22	13	33	1.93
51460--51532	21	3.5	21	70	10	60	38	16	17	27	1.91
51563--51609	20	2.3	20	88	0	76	23	17	31	27	1.96
59584--60084	117	4.3	117	83	4	586	26	21	14	37	1.92
59995--60354	91	4.0	91	87	1	481	26	20	15	38	1.92
61505--61612	42	2.6	40	71	10	90	34	22	20	23	1.97
61589--61996	193	2.1	192	86	4	574	35	21	14	28	1.92
64238--64316	17	4.8	16	86	7	104	2	12	0	84	0.71
64254--64316	1	63.0	1	74	0	54	0	12	0	87	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64240--64315	25	3.0	26	90	5	111	2	13	0	84	0.73
68070--68094	9	2.8	9	100	0	50	72	0	16	12	1.13
75642--75704	23	2.7	23	97	0	117	30	9	1	58	1.39
80666--80792	50	2.6	49	73	10	123	17	33	26	22	1.96
83087--83121	18	1.9	18	100	0	70	22	11	28	37	1.89
84632--84853	111	2.0	111	96	0	408	44	10	8	36	1.70
84977--85017	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
88968--89024	21	2.7	21	83	0	69	33	17	12	36	1.87
93365--93625	136	1.9	136	88	4	395	48	2	4	44	1.34
102941--102965	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
104746--104782	18	2.0	20	89	10	60	18	10	0	70	1.16
104746--104791	20	2.4	18	83	16	58	19	13	0	67	1.23
104797--104826	15	2.1	15	93	6	53	33	0	6	60	1.23
104796--104838	15	2.6	16	82	17	52	30	6	4	58	1.45
104961--104993	13	2.6	13	90	4	50	12	6	0	81	0.85
107359--107412	21	2.6	21	79	5	56	48	9	31	11	1.70
110395--110471	34	2.2	35	93	4	129	31	22	12	33	1.92
110608--110677	37	1.9	36	82	8	88	24	20	14	41	1.89
110552--111043	102	4.9	102	94	2	850	32	19	11	36	1.88
110724--110796	37	2.0	37	88	0	110	27	20	13	38	1.90
110812--110901	37	2.5	37	85	1	110	30	20	13	36	1.90
111567--111634	20	3.5	20	74	20	63	38	1	2	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111565--111623	12	5.2	12	73	19	56	40	1	1	55	1.20
112673--112700	13	2.2	13	100	0	56	14	0	0	85	0.59
112778--112829	16	3.4	15	79	10	61	30	5	1	61	1.30
112998--113034	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
113085--113125	21	2.0	21	85	0	55	24	19	19	36	1.95
113141--113206	20	3.2	20	74	4	69	30	25	18	25	1.98
113139--113236	41	2.4	41	85	0	133	33	22	18	25	1.96
113380--113439	22	2.7	22	89	0	84	18	41	13	26	1.87
113801--113902	20	5.4	20	72	13	65	20	18	21	39	1.93
113890--113941	20	2.5	20	87	3	68	13	9	23	53	1.68
115995--116031	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
116221--116274	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
116221--116288	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
117092--117182	20	4.5	20	81	8	112	24	19	27	28	1.99
117095--117242	61	2.4	61	81	2	163	27	19	22	30	1.98
117257--117302	19	2.4	19	85	3	56	21	19	30	28	1.98
117424--117452	12	2.4	12	100	0	58	13	13	0	72	1.13
120738--120785	23	2.1	23	100	0	96	16	8	31	43	1.78
122861--122906	17	2.5	19	75	17	51	21	6	4	67	1.32
131092--131139	19	2.5	19	86	0	69	37	0	6	56	1.25
132079--132131	16	3.2	16	89	7	72	47	1	3	47	1.31
132093--132139	15	3.2	16	80	17	57	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132093--132139	2	25.5	2	79	16	57	46	0	2	51	1.13
132529--132566	12	3.2	12	81	7	51	57	10	13	18	1.63
133580--133632	15	3.5	15	77	7	54	7	7	7	77	1.13
137027--137053	14	1.9	14	100	0	54	14	11	0	74	1.08
140555--140665	3	37.0	3	81	12	95	37	0	0	60	1.09
140555--140665	17	6.4	17	76	16	86	37	0	0	60	1.09
142097--142131	18	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
142218--142470	134	1.9	134	81	6	307	39	7	6	46	1.58
145026--145068	20	2.2	20	83	8	52	30	9	20	39	1.84
145300--145352	27	2.0	27	100	0	106	32	26	18	22	1.97
153251--153441	103	1.8	104	92	1	321	22	17	30	29	1.96
153810--153851	20	2.1	20	86	0	57	30	9	21	38	1.85
165241--165294	22	2.5	22	90	0	81	33	12	12	40	1.82
165654--165873	112	2.0	112	86	3	309	38	12	19	30	1.89
165807--165866	20	3.0	20	67	11	52	46	8	21	23	1.78
165840--166027	84	2.3	82	88	4	270	37	15	17	29	1.91
166378--166479	3	34.0	3	78	13	95	36	0	1	61	1.07
167800--167850	14	3.6	14	80	12	52	31	0	1	66	1.03
167885--167910	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
172400--172520	6	19.7	6	91	5	172	80	0	16	3	0.85
174036--174124	16	5.6	16	87	10	96	46	1	2	50	1.21
174051--174121	2	36.5	2	91	5	119	47	0	1	50	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175605--175646	17	2.4	18	80	4	50	9	2	4	83	0.88
177726--177778	17	3.1	17	83	0	61	41	5	15	37	1.70
180255--180286	16	2.0	16	93	0	55	3	9	0	87	0.64
180662--180700	17	2.3	17	90	0	60	25	5	41	28	1.77
181866--181915	17	2.9	17	84	0	64	42	6	16	36	1.72
184723--185186	81	5.7	81	88	0	658	31	20	12	35	1.90
184724--185186	163	2.9	162	89	0	692	31	20	12	35	1.89
184740--185186	244	1.8	244	88	0	687	31	20	12	35	1.90
185273--185364	24	3.8	25	88	7	102	42	2	1	54	1.19
185305--185364	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2