genome.fa.s9615.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009615.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117001_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  259590

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500--2894	11	36.5	11	65	21	99	47	6	5	41	1.50
2519--2564	14	3.4	14	85	8	60	50	6	4	39	1.48
2647--3041	2	190.0	2	64	21	86	45	7	4	42	1.51
2689--2968	42	6.6	41	72	15	178	45	8	3	42	1.52
2865--2894	13	2.3	13	94	0	51	50	6	3	40	1.45
3152--3356	30	6.9	31	79	16	142	46	4	4	44	1.43
3176--3299	30	4.2	29	88	7	162	45	4	5	44	1.48
3151--3224	2	37.0	2	79	15	82	47	1	2	48	1.24
3218--3270	15	3.4	17	71	23	53	45	5	5	43	1.51
3233--3285	15	3.5	15	75	10	63	41	7	5	45	1.56
3280--3316	14	2.5	15	91	8	58	51	5	5	37	1.48
3294--3335	18	2.3	18	87	0	57	50	2	2	45	1.27
3191--3332	58	2.5	57	76	15	139	46	4	4	43	1.46
3341--3394	23	2.5	20	80	14	63	50	3	0	46	1.19
3406--3442	2	19.5	2	83	10	51	48	0	0	51	1.00
3308--3582	107	2.6	104	80	14	273	45	5	3	45	1.44
3408--3440	11	3.0	11	90	0	57	48	0	0	51	1.00
3406--3443	13	3.1	13	85	14	62	47	0	0	52	1.00
3308--3541	107	2.2	106	83	12	277	46	5	2	44	1.43
3903--4137	102	2.3	101	84	7	289	34	29	3	32	1.74
4040--4246	106	2.0	106	81	7	251	35	34	2	27	1.72
4290--4466	53	3.3	54	83	6	189	25	25	3	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7786--7843	30	1.9	31	92	3	100	32	0	3	63	1.11
8836--8891	16	3.5	16	85	4	69	46	8	12	32	1.73
9425--9506	26	3.1	26	96	1	146	25	8	37	28	1.85
19046--19104	23	2.8	20	85	10	66	22	35	23	18	1.96
30073--30185	41	2.8	40	87	2	163	27	23	17	31	1.97
36019--36077	31	1.9	31	89	6	93	33	13	16	35	1.88
37810--37982	92	1.9	92	91	2	285	24	20	18	35	1.95
38142--38206	34	1.9	34	84	6	87	47	4	4	43	1.44
40215--40290	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
44765--44794	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
45216--45291	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
50102--50146	19	2.4	19	96	0	81	40	4	22	33	1.74
51272--51296	6	4.2	6	100	0	50	32	20	32	16	1.94
52134--52159	10	2.6	10	100	0	52	50	11	0	38	1.39
53900--53935	17	2.1	17	90	10	56	36	0	2	61	1.11
59177--59273	30	3.2	30	67	8	88	40	6	22	30	1.79
59189--59288	31	3.3	31	66	13	89	41	7	23	29	1.80
59170--59316	61	2.4	60	91	5	242	42	4	21	31	1.73
62079--62125	16	2.7	18	78	15	55	2	29	6	61	1.32
66598--66640	17	2.5	17	96	0	77	27	0	65	6	1.18
67734--67810	37	2.1	37	82	4	93	45	2	5	46	1.39
68917--69001	45	1.9	44	90	7	136	48	8	14	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72632--72769	73	1.9	72	87	1	204	42	7	11	38	1.69
78090--78136	24	2.0	24	83	8	60	63	2	4	29	1.25
78629--78712	29	2.8	29	94	3	141	67	2	0	29	1.03
78642--78712	24	3.3	21	76	15	65	67	2	0	29	1.05
79180--79226	24	2.0	24	83	8	60	57	8	2	31	1.41
85049--85081	15	2.2	15	100	0	66	6	15	66	12	1.42
87646--87707	11	5.4	11	74	24	56	32	20	17	29	1.96
87645--87707	24	2.7	23	90	2	90	31	20	19	28	1.97
89302--89356	14	3.9	14	82	2	65	25	0	27	47	1.52
89774--89805	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
90506--90976	234	2.0	233	86	5	660	40	17	13	28	1.88
92190--92234	20	2.2	20	92	0	72	44	13	0	42	1.43
96805--96847	16	2.8	16	78	3	52	32	4	23	39	1.75
96923--97360	83	5.3	82	78	5	447	34	15	17	31	1.92
99818--99865	14	3.5	13	83	8	60	68	4	2	25	1.18
116487--116519	17	1.9	17	88	11	50	12	12	18	57	1.64
116912--117013	7	14.6	7	76	4	71	50	27	0	21	1.48
116926--117025	14	7.1	14	76	7	87	52	27	0	21	1.47
117521--117545	12	2.1	12	100	0	50	28	0	0	72	0.86
117616--117662	19	2.4	20	89	3	69	40	0	2	57	1.11
118178--118211	18	1.9	18	88	5	52	38	14	11	35	1.83
118503--118535	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118600--118642	10	4.7	10	78	21	58	58	18	11	11	1.63
118606--118637	16	2.0	16	100	0	64	56	18	12	12	1.67
122401--122432	15	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
123257--123464	65	3.2	64	83	9	246	31	24	18	25	1.97
123436--123484	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
128095--128149	19	2.8	19	78	10	58	67	3	3	25	1.23
128791--128834	16	2.8	16	82	0	61	36	15	25	22	1.94
131041--131106	3	22.0	3	100	0	132	0	33	0	66	0.92
132961--133054	31	3.0	31	92	3	145	37	23	19	20	1.94
144684--144723	21	1.9	21	84	0	53	75	2	5	17	1.10
144747--144817	25	2.8	25	73	12	65	45	2	0	52	1.15
144800--144863	27	2.3	27	83	2	74	42	4	0	53	1.22
158568--158594	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
161995--162068	31	2.5	31	86	4	98	25	9	14	50	1.73
168144--168270	66	1.9	66	83	3	166	40	8	11	39	1.71
171518--171812	63	4.6	64	87	2	346	33	44	8	13	1.74
171798--171835	12	3.2	12	78	14	51	39	42	10	7	1.69
176131--176338	105	2.0	105	86	1	292	37	11	12	37	1.80
176150--176365	105	2.0	106	82	0	263	39	10	14	35	1.81
178174--178260	43	2.0	43	100	0	174	37	22	20	18	1.94
190925--191184	20	12.9	20	76	12	149	39	23	20	17	1.92
190986--191162	62	2.9	62	74	14	161	37	24	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191004--191232	40	5.8	39	83	8	223	37	24	20	17	1.94
191006--191232	20	11.4	20	78	12	200	37	24	20	18	1.94
191342--191387	6	7.7	6	100	0	92	32	50	17	0	1.47
192142--192186	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
192297--192426	20	6.4	20	78	8	138	16	21	24	36	1.94
192297--192404	40	2.7	40	92	0	180	16	22	23	37	1.93
192310--192430	60	2.0	62	90	6	194	17	22	23	37	1.94
192417--192488	20	3.6	20	84	3	83	16	19	16	47	1.83
193695--193732	20	1.9	20	88	0	58	34	18	21	26	1.96
195161--195221	23	2.7	23	94	0	113	16	27	27	27	1.97
196276--196386	53	2.1	53	81	9	129	50	1	0	47	1.11
196291--196351	22	2.8	23	82	7	65	47	0	0	52	1.00
196302--196421	30	4.0	32	73	21	100	47	1	0	50	1.17
196302--196400	31	3.2	32	77	14	93	47	2	1	49	1.19
196539--196583	23	2.0	23	81	0	54	51	4	2	42	1.34
196720--196775	14	3.9	14	74	4	58	35	16	5	42	1.70
200230--200402	18	9.5	18	86	5	249	32	6	16	43	1.73
202074--202118	20	2.3	20	84	3	56	28	0	0	71	0.87
202410--202445	16	2.2	17	90	5	56	63	0	0	36	0.94
202476--202511	14	2.4	14	90	9	54	41	0	0	58	0.98
202492--202568	25	3.1	25	85	5	104	38	3	2	54	1.33
202566--202623	25	2.3	25	81	0	71	37	3	1	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210531--210992	112	4.1	112	91	2	705	45	13	15	25	1.82
210940--211278	161	2.1	163	88	4	508	42	10	16	29	1.82
211710--211757	23	2.1	23	88	0	69	43	10	2	43	1.50
212061--212105	23	2.0	23	82	4	56	64	4	2	28	1.25
212187--212231	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
212518--212574	24	2.4	24	81	0	69	17	8	12	61	1.55
213484--213520	16	2.3	16	95	0	65	10	10	18	59	1.59
218731--218796	33	2.0	33	100	0	132	24	27	15	33	1.95
219507--219593	38	2.3	38	94	5	151	37	39	11	11	1.78
219997--220022	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40

Tables:   1   2