genome.fa.s9616.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009616.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117002_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  692457

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13683--13722	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
13815--13960	2	74.5	2	66	25	55	52	3	4	39	1.39
13868--13960	15	6.3	15	76	15	61	54	2	4	38	1.32
13927--13990	22	3.0	21	73	15	58	50	4	7	37	1.52
14010--14054	22	2.1	21	88	8	65	20	6	26	46	1.75
14186--14354	12	13.8	12	68	22	86	49	2	9	38	1.48
14134--14354	14	16.1	14	69	16	101	47	3	9	40	1.51
14256--14323	27	2.6	26	78	19	79	54	1	8	35	1.41
14918--14947	12	2.4	13	88	11	53	46	0	6	46	1.29
15153--15187	16	2.2	16	89	0	52	25	17	28	28	1.97
19900--19994	29	3.3	29	93	0	154	15	32	34	16	1.91
20061--20098	20	1.9	20	94	0	67	15	13	50	21	1.78
20062--20105	20	2.2	20	87	0	61	15	13	50	20	1.78
20048--20154	51	2.1	51	100	0	214	15	12	50	21	1.77
20112--20149	20	1.9	20	94	0	67	15	13	50	21	1.78
20627--20670	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
20647--20737	28	3.2	28	95	3	155	31	0	10	57	1.34
20646--20720	8	10.4	8	71	25	53	29	0	12	58	1.34
20647--20757	56	2.0	55	81	8	127	36	0	9	54	1.34
21243--21287	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
21548--21606	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
25082--25112	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25173--25254	34	2.6	32	81	12	89	48	12	0	39	1.41
25295--25399	47	2.2	48	86	10	144	47	11	0	40	1.39
25316--25455	41	3.3	40	75	15	104	47	10	0	40	1.43
25838--25964	29	4.4	29	95	2	213	23	31	29	14	1.95
26059--26105	21	2.2	21	96	0	85	14	27	25	31	1.95
26106--26165	29	2.1	29	96	0	111	18	28	28	25	1.98
26380--26439	29	2.1	29	96	0	111	25	28	28	18	1.98
26440--26507	21	3.3	21	83	8	86	33	25	26	14	1.94
26581--26678	29	3.4	29	92	2	155	15	29	31	23	1.95
27089--27220	45	3.0	45	80	14	134	40	0	12	47	1.41
30899--30957	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
31696--31805	47	2.4	45	82	11	136	49	8	0	41	1.39
31782--31856	8	10.4	8	67	30	53	58	12	0	29	1.34
31769--31855	28	3.1	28	98	0	165	57	11	0	31	1.34
31832--31880	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
32353--32390	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
32348--32505	51	3.1	51	97	0	298	20	50	12	15	1.77
32404--32441	20	1.9	20	94	0	67	21	50	15	13	1.78
32559--32671	29	3.9	29	96	0	199	17	34	31	15	1.92
40038--40136	21	4.8	20	74	6	72	38	23	17	21	1.93
40142--40332	20	9.6	20	82	4	215	36	25	17	20	1.94
40104--40332	40	5.7	40	84	2	203	37	26	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41025--41071	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
41246--41270	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
43564--43801	72	3.4	71	80	10	276	46	16	22	14	1.83
43550--43819	53	5.1	52	88	8	397	46	17	22	14	1.83
43550--43819	105	2.6	109	90	7	416	46	17	22	14	1.83
43531--43824	72	4.2	69	77	13	262	45	17	22	14	1.85
43802--43911	53	2.1	52	86	1	148	19	22	18	40	1.92
43834--43921	19	4.8	19	81	14	114	14	22	14	47	1.81
44012--44048	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
45963--46102	19	7.6	19	79	8	137	45	25	19	10	1.81
46114--46172	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
46098--46221	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
46098--46189	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
46147--46203	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
46269--46541	93	3.1	87	90	6	333	44	19	13	22	1.85
46319--46541	93	2.4	93	99	0	437	44	18	13	22	1.85
48221--48317	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
48219--48283	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
48268--48324	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
48219--48340	33	3.5	33	88	10	156	46	18	23	10	1.80
48368--48441	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
48521--48591	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48971--49043	20	3.7	20	80	7	85	13	19	27	39	1.89
52007--52087	30	2.7	30	90	1	126	33	1	27	38	1.65
52702--52768	31	2.2	31	86	2	100	37	2	25	34	1.71
52757--52817	29	2.1	29	81	6	70	31	1	24	42	1.64
55073--55103	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
55169--55211	10	4.1	10	85	11	59	60	18	9	11	1.57
55177--55211	12	3.1	12	84	16	56	60	22	8	8	1.54
55169--55211	22	2.0	22	95	0	77	60	18	9	11	1.57
55266--55297	16	2.0	16	93	0	55	71	12	3	12	1.25
57031--57444	207	2.0	206	94	3	735	34	19	16	29	1.93
68464--68512	24	2.0	24	100	0	98	26	16	12	44	1.82
74395--74687	147	2.0	146	97	0	550	24	17	25	32	1.97
83492--83621	64	2.0	65	89	4	201	35	17	3	43	1.68
86261--86387	65	1.9	66	87	3	184	43	1	18	37	1.59
87241--87272	16	2.0	16	93	0	55	12	9	25	53	1.68
101643--101710	35	1.9	35	96	0	127	30	5	35	27	1.81
109018--109072	20	2.6	22	77	11	62	21	25	23	29	1.99
109113--109156	20	2.5	16	75	25	52	29	13	20	36	1.91
109118--109165	20	2.4	20	100	0	96	22	16	18	41	1.90
111966--112054	18	4.8	18	74	19	67	41	1	0	57	1.06
119674--119712	19	2.1	19	85	9	53	33	0	12	53	1.39
121883--121941	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131359--131518	41	3.9	41	98	0	302	18	20	25	35	1.95
131404--131600	103	1.9	103	98	0	385	18	21	24	35	1.95
131507--131600	41	2.3	41	98	0	179	17	22	24	36	1.95
131366--131537	82	2.1	82	90	1	245	20	19	25	34	1.96
131612--131683	22	3.4	22	73	11	87	18	19	25	37	1.94
131384--131623	103	2.3	101	90	1	381	17	21	24	37	1.94
131633--131698	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
131359--131661	62	4.9	60	76	7	236	18	21	23	36	1.94
131592--131705	41	2.8	41	93	4	185	17	19	22	40	1.91
131384--131664	103	2.7	100	85	5	368	17	21	23	37	1.94
132170--132247	41	1.9	41	94	0	138	21	17	25	34	1.96
132174--132307	62	2.2	62	93	0	232	20	17	26	35	1.95
132257--132370	20	5.6	20	68	4	75	15	21	22	40	1.91
132236--132373	41	3.4	41	92	0	231	18	19	23	38	1.93
132364--132433	22	3.3	22	70	11	74	18	17	24	40	1.91
132301--132439	41	3.4	41	84	6	158	17	20	22	40	1.91
132383--132448	19	3.3	19	68	12	60	18	18	21	42	1.89
132241--132414	82	2.1	81	85	6	226	18	18	22	39	1.93
132342--132455	41	2.8	41	90	4	167	18	17	21	42	1.90
132385--132449	22	3.1	22	68	14	57	18	16	21	43	1.88
132535--132568	17	2.0	17	88	0	50	23	61	14	0	1.33
133171--133237	19	3.4	19	70	11	62	43	19	17	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133187--133258	22	3.4	22	72	18	80	40	23	16	19	1.91
133171--133257	41	2.1	41	93	0	147	41	21	17	19	1.90
136622--136667	20	2.2	21	88	3	67	58	10	13	17	1.62
138584--138618	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
140325--140368	2	22.0	2	90	9	72	47	0	2	50	1.13
142103--142179	13	5.9	13	76	8	59	59	1	3	35	1.24
142112--142184	26	2.8	27	81	8	89	60	1	4	34	1.24
142109--142171	16	3.3	19	68	20	51	61	0	3	34	1.12
145487--145557	32	2.3	31	81	18	94	52	0	0	47	1.00
145487--145557	15	4.6	15	70	16	56	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4