genome.fa.s9618.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009618.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1135495

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7466--7493	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
11002--11035	13	2.5	13	90	4	50	88	0	2	8	0.62
11009--11043	11	3.3	10	88	11	52	85	0	2	11	0.69
12053--12642	55	10.7	55	86	3	744	31	15	25	27	1.96
12053--12555	164	3.0	164	91	1	774	31	14	26	28	1.95
12053--12563	166	3.1	164	90	2	765	31	14	26	28	1.95
12549--12706	55	2.9	54	86	6	205	31	20	23	24	1.98
15629--15675	24	1.9	25	95	4	87	31	0	38	29	1.58
19049--19091	17	2.5	17	100	0	86	11	23	48	16	1.78
19769--20184	55	7.6	55	83	4	461	27	27	15	28	1.96
19769--20110	163	2.1	165	87	2	483	28	28	14	28	1.96
20086--20496	51	7.9	50	77	10	335	22	24	18	33	1.97
20086--20549	157	2.9	156	81	6	519	23	24	18	33	1.97
20104--20496	105	3.8	101	78	10	310	23	24	19	33	1.97
20480--20659	55	3.3	55	80	5	231	27	27	15	29	1.96
21592--21629	8	4.8	8	90	9	51	10	7	0	81	0.87
21600--21629	15	2.0	15	93	0	51	13	3	0	83	0.77
25152--25179	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
34656--34698	17	2.5	17	100	0	86	11	23	48	16	1.78
36596--36627	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
47289--47332	4	10.8	4	81	13	54	25	2	0	72	0.96
54637--54676	16	2.5	16	95	0	71	5	15	32	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55617--56662	55	19.3	54	89	4	1329	28	28	14	29	1.95
55617--56662	110	9.6	110	89	4	1486	28	28	14	29	1.95
55617--56650	163	6.4	162	91	3	1530	27	28	14	29	1.95
58162--58392	123	1.9	121	80	7	268	25	25	17	31	1.97
62308--62462	21	7.4	21	82	9	149	18	21	20	40	1.92
65997--66036	16	2.5	16	95	0	71	5	15	32	47	1.66
69038--69228	44	4.3	44	89	2	278	39	5	22	32	1.76
69740--69782	7	6.3	7	84	15	63	16	25	16	41	1.88
69740--69782	13	3.1	14	84	15	63	16	25	16	41	1.88
79288--79550	112	2.3	111	86	1	364	30	25	15	28	1.96
79534--79893	113	3.2	113	89	0	540	28	25	16	29	1.97
79830--79936	48	2.2	48	84	12	132	32	23	11	32	1.90
80809--80886	2	42.5	2	73	16	71	48	0	0	51	1.00
80783--80883	48	2.1	47	91	7	161	48	0	0	51	1.00
80793--80906	48	2.4	47	85	9	153	49	0	0	50	1.00
84343--84473	41	3.2	40	79	7	118	30	4	5	59	1.40
84437--84504	31	2.2	30	80	15	77	29	4	2	63	1.29
84843--84906	30	2.2	30	88	2	94	43	25	4	26	1.74
85595--85983	123	3.0	123	73	15	370	34	11	11	42	1.77
85717--85983	138	1.9	138	86	2	372	34	11	11	42	1.78
85925--85983	29	2.0	29	96	0	109	32	10	11	45	1.74
86490--86871	182	2.1	179	92	3	642	30	11	16	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88930--88972	18	2.4	18	92	0	68	18	25	34	20	1.96
88932--88978	18	2.6	18	86	0	58	19	25	34	21	1.96
88955--89023	30	2.3	30	82	7	77	20	18	37	23	1.94
89032--89086	15	3.7	15	76	9	58	16	12	38	32	1.86
90424--90490	6	10.7	6	85	7	89	77	7	14	0	0.97
90424--90490	19	3.5	19	88	8	93	77	7	14	0	0.97
90424--90490	25	2.7	25	100	0	134	77	7	14	0	0.97
90575--90610	6	5.8	6	90	3	54	0	16	0	83	0.65
90576--90610	18	1.9	18	94	0	61	0	17	0	82	0.66
90991--91192	111	1.8	112	91	1	334	28	17	23	30	1.97
91734--91761	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
93454--93535	12	6.6	12	75	10	67	32	0	67	0	0.91
97822--97860	19	2.1	19	100	0	78	30	25	7	35	1.84
99019--99071	15	3.5	15	97	0	97	41	18	20	18	1.91
107509--107835	30	11.0	30	79	5	290	35	4	33	26	1.76
107601--107707	15	7.1	15	70	10	67	36	1	35	26	1.67
107520--107835	89	3.5	89	81	4	307	35	4	33	26	1.77
107530--107835	119	2.6	119	88	1	425	35	4	33	26	1.77
107509--107781	149	1.8	149	86	3	397	34	4	34	26	1.76
107734--107782	15	3.3	15	74	5	55	36	6	36	20	1.78
109664--109699	10	3.6	10	92	0	63	33	0	25	41	1.55
109664--109701	20	1.9	20	100	0	76	34	0	26	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110848--110888	22	1.9	21	85	5	55	60	9	12	17	1.57
110967--110996	14	2.1	14	100	0	60	46	26	0	26	1.53
111797--111959	21	7.6	21	68	15	75	38	21	14	25	1.91
112577--112613	19	1.9	19	94	0	65	18	21	24	35	1.96
119667--119722	21	2.7	20	76	20	53	17	3	5	73	1.17
120268--120327	12	5.2	12	74	11	54	71	0	6	21	1.08
120377--120419	18	2.4	18	88	0	59	72	0	4	23	1.04
127221--127399	60	3.0	61	90	5	276	26	17	26	29	1.98
127221--127405	61	3.1	61	87	8	279	27	18	25	28	1.98
127692--127735	18	2.3	19	88	7	63	40	6	6	45	1.57
127743--127988	18	14.3	18	70	16	173	46	6	6	41	1.53
127732--127814	32	2.7	30	80	12	89	49	4	6	39	1.49
127743--128014	50	5.3	51	80	11	324	45	6	6	41	1.55
127841--127988	71	2.1	68	93	3	251	45	6	6	41	1.55
127948--128005	17	3.5	17	69	21	59	41	5	6	46	1.53
127760--128017	33	7.6	33	75	12	204	45	6	5	41	1.55
127743--128014	104	2.7	101	85	7	329	45	6	6	41	1.55
128074--128209	60	2.2	60	83	7	177	49	6	8	35	1.60
128848--128920	36	2.0	36	86	5	103	47	32	2	16	1.61
132654--132737	42	2.0	42	90	0	132	25	40	11	22	1.88
134739--134781	18	2.4	18	84	7	52	65	2	9	23	1.34
145494--145533	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161175--161249	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
163191--163251	21	3.2	21	63	29	55	44	21	3	31	1.68
163143--163252	35	3.1	35	89	3	150	43	20	3	32	1.69
173095--173196	19	5.4	19	70	21	54	28	0	12	58	1.34
173096--173164	33	2.1	34	84	10	90	24	0	10	65	1.24
173343--173367	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
173732--173774	20	2.2	20	95	0	77	37	16	18	27	1.92
173876--173914	17	2.4	17	82	4	53	23	0	2	74	0.94
179628--179672	2	22.5	2	95	0	81	53	0	0	46	1.00
181613--181643	9	3.4	9	95	0	53	67	0	32	0	0.91
186375--186534	60	2.7	60	79	3	162	33	21	6	38	1.79
186601--186669	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
186727--186849	60	2.0	61	86	7	171	33	4	27	34	1.78
187683--187812	60	2.2	60	80	4	138	38	14	17	29	1.90
188142--188190	19	2.8	17	76	11	53	48	8	0	42	1.32
190642--190701	24	2.6	23	78	17	63	45	0	1	53	1.10
190768--190824	21	2.8	21	69	12	55	56	0	0	43	0.99
190772--190825	23	2.5	21	73	8	56	55	0	0	44	0.99
190837--190883	22	2.1	23	88	11	71	55	2	0	42	1.12
190846--190888	22	2.0	22	86	9	61	58	2	0	39	1.11
190838--190917	23	3.4	23	81	13	76	52	1	0	46	1.08
191202--191236	17	2.1	17	94	0	61	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196588--196637	17	2.8	18	84	6	66	58	0	6	36	1.23
201741--201783	17	2.4	18	88	3	61	11	20	48	18	1.79
201758--201804	13	3.8	13	78	16	64	8	23	48	19	1.75
201757--201805	23	2.1	23	96	0	89	8	22	48	20	1.75
201765--201816	23	2.3	23	86	6	70	13	23	44	19	1.86
201808--201851	10	4.6	10	86	8	65	34	29	22	13	1.93
201808--201852	19	2.4	19	96	0	81	33	28	22	15	1.95
208936--208978	17	2.4	18	92	3	70	9	20	51	18	1.74
208953--208999	13	3.8	13	78	16	64	8	23	48	19	1.75
208950--209000	23	2.2	23	96	0	93	7	21	50	19	1.72

Tables:   1   2   3   4   5