genome.fa.s9618.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009618.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1135495

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
590320--590577	66	3.9	66	81	8	290	39	12	18	29	1.88
591656--591681	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
593115--593235	59	2.1	59	91	0	197	24	17	22	35	1.95
596252--596366	59	1.9	59	89	0	176	26	18	20	35	1.95
597636--597692	8	6.8	8	78	13	53	1	15	1	80	0.87
597637--597692	17	3.2	16	82	12	67	1	16	1	80	0.88
602283--602341	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
604040--604105	3	21.7	3	87	9	80	62	0	0	37	0.96
604446--605461	113	9.0	113	93	0	1676	26	19	15	38	1.92
606606--606654	16	2.8	17	81	12	64	51	6	6	36	1.52
606992--607053	17	3.6	17	87	8	90	3	9	0	87	0.66
606990--607053	25	2.5	25	89	2	101	3	10	0	85	0.69
607000--607049	9	5.8	9	92	4	77	0	12	0	88	0.53
606992--607049	1	58.0	1	75	0	53	1	10	0	87	0.60
606990--607048	8	7.1	8	84	7	82	1	11	0	86	0.65
610534--610562	14	2.0	15	93	6	51	68	0	6	24	1.13
614353--614383	15	2.1	15	93	0	53	45	9	19	25	1.81
617010--617062	18	3.2	16	78	17	56	49	1	3	45	1.31
620280--620365	3	28.0	3	90	4	109	26	5	0	67	1.13
627618--627660	17	2.4	19	92	7	72	74	0	20	4	1.00
627640--627685	11	4.2	11	80	0	56	76	0	17	6	1.00
628967--629095	40	3.2	39	82	4	141	40	13	17	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630756--630837	42	2.0	42	90	0	128	25	21	20	31	1.98
630983--631064	42	2.0	42	82	0	101	28	19	19	32	1.96
630755--631320	228	2.5	226	90	3	911	28	20	17	33	1.96
631210--631292	42	2.0	42	87	0	121	24	21	20	33	1.97
631986--632032	3	16.0	3	91	4	78	31	2	0	65	1.04
638504--638549	3	15.0	3	86	13	67	67	0	2	30	1.03
641353--641531	92	1.9	92	91	0	295	30	17	13	37	1.89
641750--641798	18	2.5	20	77	6	57	30	20	16	32	1.94
653968--653997	14	2.1	14	93	0	51	16	33	13	36	1.88
656018--656622	302	2.0	302	94	0	1059	36	12	13	37	1.83
664097--664162	22	3.1	21	66	16	55	27	18	19	34	1.95
664083--664162	42	1.9	42	92	0	133	28	20	21	30	1.98
664204--664228	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
664246--664312	20	3.2	20	74	15	73	25	22	23	28	1.99
664224--664298	22	3.5	21	75	14	64	26	18	21	33	1.96
664216--664342	42	3.0	42	88	2	184	25	19	22	32	1.98
664844--665068	53	4.2	53	89	1	353	29	23	27	20	1.98
667124--667184	21	2.8	22	74	13	56	32	3	11	52	1.54
690486--690579	48	2.0	48	89	4	145	44	8	9	37	1.68
691865--691891	13	2.1	13	100	0	54	14	14	29	40	1.86
699874--699929	15	3.7	15	87	2	76	60	12	19	7	1.55
701914--702093	84	2.1	85	88	4	274	34	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702098--702153	13	4.3	13	88	0	76	39	10	21	28	1.87
702104--702162	26	2.3	26	85	8	84	35	13	18	32	1.90
702104--702162	13	4.5	13	75	12	50	35	13	18	32	1.90
704602--704652	16	3.2	16	72	10	52	76	1	17	3	1.03
710372--710430	21	2.8	21	81	2	64	18	1	27	52	1.55
716008--716060	20	2.6	20	87	3	79	35	18	18	26	1.95
716571--716613	21	2.0	23	86	9	63	27	0	18	53	1.45
717060--717109	23	2.1	24	88	3	75	20	22	24	34	1.97
717807--717939	66	2.0	66	94	0	230	24	21	25	29	1.99
719415--719463	22	2.2	22	100	0	98	24	12	10	53	1.69
723026--723059	16	2.1	16	100	0	68	55	5	11	26	1.58
723886--723917	15	2.1	15	94	0	55	59	0	37	3	1.13
726916--726999	34	2.5	33	80	7	96	27	21	8	42	1.81
729373--729430	23	2.5	24	80	2	73	60	8	3	27	1.42
734989--735069	3	27.0	3	97	0	153	33	1	0	65	1.01
735065--735096	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
736566--736730	90	1.9	88	80	2	195	40	12	10	37	1.77
737215--737264	18	2.8	18	79	8	59	24	2	2	72	1.06
737255--737291	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
747917--747982	1	66.0	1	93	0	114	96	0	3	0	0.20
747905--747982	19	4.0	20	89	3	115	93	0	5	1	0.39
749127--749605	83	5.7	84	92	4	790	26	13	24	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749127--749605	167	2.9	167	95	2	847	26	13	24	35	1.93
750354--750997	114	5.6	113	88	3	878	38	12	20	29	1.89
751316--751408	3	30.7	3	95	2	168	33	1	0	65	1.00
751404--751435	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
756385--756431	3	16.3	3	78	8	53	65	0	2	31	1.04
758192--758231	6	6.7	6	100	0	80	32	0	50	17	1.47
758263--758314	27	1.9	27	84	0	68	42	21	7	28	1.80
758378--758438	19	3.2	19	76	15	63	57	1	0	40	1.08
762819--762971	59	2.6	59	75	9	143	32	13	24	29	1.94
762995--763100	42	2.6	41	77	4	106	31	20	19	28	1.97
762644--763201	286	2.0	286	85	2	773	32	16	23	28	1.96
763399--763760	57	6.6	56	75	8	284	41	19	10	28	1.85
763446--763695	110	2.3	110	83	2	306	42	19	12	26	1.86
765033--765066	15	2.2	16	89	5	52	0	5	11	82	0.83
766174--766217	21	2.1	21	91	8	72	50	2	13	34	1.55
770476--770568	42	2.4	36	73	20	87	8	3	39	48	1.50
771955--772006	18	2.9	18	100	0	104	50	0	0	50	1.00
772791--772820	15	1.9	15	93	6	51	76	0	0	23	0.78
772790--772858	17	4.1	16	70	15	50	69	4	2	23	1.20
774152--774196	3	14.0	3	86	13	63	62	2	2	33	1.20
774542--774939	133	3.0	133	84	6	486	28	15	23	32	1.95
787009--787039	16	1.9	16	93	0	53	74	3	0	22	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787003--787079	25	3.0	25	79	9	75	70	3	2	23	1.17
789578--789746	86	2.0	85	80	3	187	33	14	20	31	1.92
792428--792481	17	2.9	18	76	10	56	27	1	1	68	1.10
793849--793880	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
808700--808739	21	1.9	21	100	0	80	37	0	5	57	1.21
812012--812051	21	1.9	21	84	0	53	22	5	2	70	1.19
812167--812195	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
811955--812437	253	2.0	239	91	5	786	32	8	8	49	1.64
812637--812897	139	1.9	140	87	3	384	45	8	7	38	1.62
815425--815476	14	3.6	15	82	7	63	28	25	19	26	1.98
816567--816598	16	1.9	17	93	6	57	43	25	6	25	1.77
852240--852415	95	1.9	95	85	4	248	31	17	22	28	1.97
852261--852481	95	2.3	93	80	6	230	32	16	23	27	1.96
852427--852481	22	2.7	20	81	10	65	30	18	27	23	1.97
852780--852826	19	2.5	19	86	3	60	27	0	14	57	1.38
852932--853194	45	5.9	45	88	1	359	39	9	22	28	1.85
852892--853176	90	3.2	90	84	1	333	37	10	23	28	1.87
858349--858418	22	3.4	21	80	16	76	35	14	21	28	1.92
860474--860504	10	3.1	10	95	0	53	25	0	22	51	1.48
860924--860964	19	2.2	19	90	0	64	34	17	19	29	1.94
860941--860982	22	1.9	22	85	0	57	33	14	19	33	1.91
861319--861702	54	7.1	54	90	0	597	26	19	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861828--861859	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
864481--864522	11	3.9	11	79	14	52	59	2	0	38	1.10
864814--864859	21	2.2	21	100	0	92	32	17	4	45	1.68
868506--868542	15	2.5	15	95	0	65	24	24	21	29	1.99
875212--875240	14	2.1	14	93	6	51	24	0	6	68	1.13
883729--883770	21	1.9	23	85	9	61	47	11	4	35	1.61
883932--883962	8	3.9	8	95	0	53	38	22	0	38	1.54
883909--884029	42	3.1	42	82	17	179	32	28	0	38	1.57
883940--884035	34	2.9	34	92	1	158	31	31	1	36	1.65
886288--886366	23	3.6	22	77	5	97	25	25	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5