genome.fa.s9620.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009620.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1051670

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636--1669	17	2.1	17	88	5	52	26	17	0	55	1.42
1712--1769	28	2.0	29	90	9	93	37	34	13	13	1.85
5917--5990	37	2.0	36	89	2	112	48	9	16	25	1.76
6249--6362	20	5.7	20	74	7	88	35	23	16	24	1.95
6529--6572	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
6836--6873	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
8188--8232	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
8664--8718	20	2.8	20	80	2	58	40	23	23	12	1.89
8718--8807	14	5.9	14	73	19	81	48	23	16	11	1.78
8704--8824	32	3.7	32	94	2	206	47	22	18	11	1.80
8841--8898	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
8836--8914	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
8855--8972	20	6.4	19	77	11	86	13	19	24	42	1.87
10811--10846	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
10962--11008	19	2.5	19	100	0	94	48	17	19	14	1.81
11045--11102	20	2.9	20	92	0	89	18	22	20	37	1.94
12162--12215	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
12387--12411	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
14704--14834	19	7.7	18	64	23	70	42	19	22	14	1.88
14704--14830	33	3.8	33	85	4	184	42	19	22	14	1.88
14705--14837	66	2.0	66	94	0	230	41	19	22	16	1.90
14830--14872	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14858--14891	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
15013--15049	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
16400--16466	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
16400--16522	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
18543--18641	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
18518--18721	19	11.1	19	77	13	194	44	22	21	12	1.85
18711--18761	19	2.7	19	84	0	66	13	17	23	45	1.84
19315--19409	41	2.3	41	80	3	102	21	20	23	35	1.96
19715--19816	50	2.0	50	96	0	186	40	9	17	32	1.83
28343--28420	33	2.4	32	80	2	84	30	26	10	32	1.90
31200--32017	261	3.2	258	86	3	1115	33	14	16	35	1.90
32032--32096	27	2.5	26	82	9	78	69	0	24	6	1.11
32029--32114	27	3.3	26	75	12	70	69	0	25	4	1.07
40209--40242	13	2.6	13	95	0	59	29	5	0	64	1.17
42979--43016	17	2.2	17	90	4	58	21	5	10	63	1.46
44798--44840	22	2.0	22	85	0	59	32	4	11	51	1.59
45022--45147	61	2.1	61	84	0	162	26	17	28	27	1.98
47258--47291	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
50525--50564	18	2.2	18	100	0	80	25	7	12	55	1.63
50663--50712	14	3.5	14	86	2	55	28	32	20	20	1.97
56752--57182	114	3.8	114	90	2	661	28	25	16	29	1.97
69496--69534	14	3.1	13	82	17	55	23	5	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70426--70463	19	2.1	18	85	9	51	18	7	10	63	1.50
77961--77998	20	1.9	20	89	10	60	28	5	15	50	1.66
78280--78308	15	1.9	15	100	0	58	62	10	0	27	1.28
79971--80010	20	2.0	21	90	5	64	35	12	7	45	1.70
80056--80161	45	2.4	45	80	6	117	44	4	10	40	1.60
82471--82551	41	2.0	41	85	0	108	34	17	19	28	1.95
85820--86034	59	3.6	57	73	12	175	34	12	23	30	1.91
86197--86230	17	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
92830--93106	59	4.7	58	74	8	204	37	10	21	31	1.86
92830--93092	118	2.2	117	86	3	359	37	10	20	30	1.87
93024--93135	59	1.9	59	85	3	154	34	9	20	34	1.86
93298--93331	17	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
94688--94908	43	5.1	43	77	3	176	28	22	14	34	1.94
96847--96880	15	2.3	15	94	0	59	70	5	14	8	1.31
104681--104721	20	2.1	18	86	13	55	41	12	4	41	1.64
105031--105090	27	2.2	27	87	0	84	20	8	20	51	1.72
108750--108834	42	2.0	42	95	0	152	42	14	17	25	1.87
110411--110451	10	4.1	10	100	0	82	51	0	19	29	1.47
130319--130350	16	2.0	16	93	0	55	78	0	0	21	0.76
130320--130356	10	3.3	12	85	14	53	72	0	0	27	0.84
135828--135934	45	2.4	45	87	7	146	29	17	22	29	1.97
141978--142198	116	1.9	117	86	6	315	29	11	9	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143485--143628	65	2.2	66	81	7	161	25	18	23	31	1.97
146886--146930	20	2.2	20	84	0	54	31	15	15	37	1.89
156562--156600	16	2.6	16	84	8	55	64	0	0	35	0.94
163092--163171	24	3.3	24	98	0	151	30	17	15	37	1.90
163092--163186	24	3.9	24	94	1	145	29	17	13	38	1.89
164930--164978	14	3.5	13	81	10	53	73	4	2	20	1.10
167054--167093	21	1.9	21	100	0	80	30	15	10	45	1.78
169746--169804	31	1.9	31	83	13	77	59	3	11	25	1.48
178394--178434	18	2.2	20	83	16	52	34	14	12	39	1.84
182811--182843	16	1.9	18	88	11	52	54	3	15	27	1.55
206457--206488	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
206457--206487	9	3.6	9	91	8	55	45	0	0	54	0.99
207706--207739	13	2.5	14	90	4	52	32	2	0	64	1.08
224470--224557	24	3.7	24	98	0	167	39	15	28	15	1.89
231908--232077	89	1.9	91	90	4	274	44	6	12	37	1.68
232539--232578	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
239869--239993	47	2.8	45	86	7	173	39	8	21	30	1.84
242670--242720	17	2.8	18	85	8	68	74	1	19	3	1.07
242670--242721	14	4.2	13	72	18	56	75	1	19	3	1.06
242686--242746	23	2.7	23	87	10	81	73	1	19	4	1.10
242692--242749	17	3.5	17	75	13	50	74	1	18	5	1.10
246594--246718	47	2.8	45	85	7	164	40	8	20	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250550--250637	29	3.0	29	83	3	106	23	38	22	14	1.92
250646--250684	18	2.1	19	95	4	71	0	56	17	25	1.41
250804--250870	33	2.0	33	97	0	125	31	10	29	28	1.90
250916--250973	26	2.3	26	87	3	82	50	8	34	6	1.60
251170--251278	43	2.6	42	73	12	98	40	0	11	47	1.45
251460--251506	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
251481--251511	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
253725--253766	14	3.2	14	77	19	54	45	16	0	38	1.48
253738--253852	48	2.4	48	92	2	185	47	11	0	40	1.39
253787--254387	120	5.1	120	92	5	1023	46	13	0	40	1.43
253929--254005	22	3.3	22	69	22	66	46	10	0	42	1.38
253735--254319	60	10.4	53	78	17	425	46	12	0	40	1.42
254005--254031	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
253956--254387	60	7.2	60	95	0	780	46	12	0	41	1.42
254461--254508	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
254480--254640	49	3.3	49	92	1	270	47	11	0	40	1.39
253787--254640	348	2.5	345	82	11	983	45	12	1	40	1.51
258127--258188	28	2.1	30	91	5	101	58	11	0	30	1.33
258622--258711	45	2.0	45	95	0	162	26	18	32	22	1.97
258769--258849	26	2.9	27	89	10	119	16	23	38	22	1.93
258859--258892	16	2.1	16	100	0	68	5	11	55	26	1.58
260788--260815	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262342--262372	13	2.4	13	94	0	53	35	0	3	61	1.12
268572--268683	42	2.6	41	79	6	118	33	20	19	25	1.96
268702--268845	59	2.4	59	83	1	162	34	10	29	26	1.89
268871--268971	42	2.4	41	75	6	114	32	19	22	24	1.97
269030--269335	57	5.4	56	73	10	187	43	17	10	29	1.82
269056--269352	56	5.3	57	74	8	187	42	15	10	31	1.81
269202--269475	53	5.1	52	78	9	262	40	19	10	29	1.85
269032--269454	111	3.8	109	79	5	399	41	17	10	30	1.83
269089--269500	165	2.5	164	80	9	421	41	17	10	30	1.83
278410--278445	15	2.4	15	100	0	72	25	30	33	11	1.90

Tables:   1   2   3   4