genome.fa.s9622.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009622.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117011_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  790348

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 439 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5700--5917	109	2.0	109	92	3	368	47	16	9	26	1.76
11168--11209	21	1.9	21	85	9	57	42	2	4	50	1.36
11252--11294	18	2.3	18	84	8	50	65	2	0	32	1.06
11284--11355	20	3.6	19	72	9	63	56	0	0	43	0.99
11306--11369	17	3.4	17	72	25	56	56	0	1	42	1.09
11297--11380	22	4.0	22	75	12	86	55	0	1	42	1.07
11306--11378	21	3.5	20	80	12	85	56	0	1	42	1.08
11567--11617	22	2.3	22	86	0	66	50	5	9	33	1.59
13273--13353	3	27.0	3	75	7	58	60	2	1	35	1.18
13299--13353	21	2.6	21	85	0	74	61	1	1	34	1.17
13819--14260	121	3.7	120	85	7	534	27	18	15	38	1.90
15961--16134	75	2.3	74	78	5	172	31	20	16	32	1.94
20902--20930	12	2.3	13	94	5	51	55	6	13	24	1.63
22513--22570	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
23168--23210	18	2.3	18	84	8	50	65	2	0	32	1.06
23218--23281	17	3.4	17	72	25	56	56	0	1	42	1.09
23223--23284	19	3.1	19	81	9	79	56	0	1	41	1.09
23211--23293	22	3.9	21	76	12	89	56	0	1	42	1.07
25235--25333	3	33.0	3	73	4	65	61	3	1	34	1.18
25235--25298	27	2.4	27	81	5	76	57	1	1	39	1.17
25271--25318	21	2.3	21	96	0	87	58	6	0	35	1.23
36153--36235	39	2.1	39	95	0	148	19	22	16	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42376--42455	33	2.4	33	80	12	92	23	22	37	16	1.93
51910--51956	7	6.7	7	95	0	76	12	10	42	34	1.78
51901--51956	21	2.7	21	88	0	85	16	8	41	33	1.79
53376--53416	20	2.0	20	85	0	55	26	29	26	17	1.97
54214--54338	31	4.0	31	92	2	198	20	20	23	36	1.95
60496--60541	19	2.4	19	92	0	74	30	19	28	21	1.98
60923--60959	2	19.0	2	88	5	58	54	0	0	45	1.00
61961--61995	18	1.9	18	94	0	61	17	20	34	28	1.95
62795--62828	11	3.1	11	86	0	50	14	23	41	20	1.89
67318--67344	14	1.9	14	100	0	54	59	14	11	14	1.62
70766--70825	26	2.4	25	86	11	77	28	5	6	60	1.43
71473--71523	17	3.1	16	76	15	50	56	0	0	43	0.99
98203--98264	2	32.5	2	90	9	103	53	0	0	46	1.00
98758--98825	28	2.4	28	100	0	136	26	17	38	17	1.92
99409--99483	37	2.1	35	83	14	91	50	0	4	45	1.20
101673--101699	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
107265--107300	16	2.2	16	100	0	72	13	22	5	58	1.56
109224--109314	28	3.2	28	84	7	114	32	19	15	31	1.93
109234--109322	28	3.2	28	95	0	160	32	23	14	29	1.94
109318--109424	45	2.4	45	84	4	126	29	21	18	29	1.97
123928--123966	18	2.2	18	86	9	53	56	15	12	15	1.68
124585--124659	39	1.9	39	88	0	114	52	14	17	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128498--128545	21	2.3	21	86	10	71	31	0	2	66	1.03
130363--130407	12	3.8	12	88	8	65	48	2	0	48	1.13
130361--130408	17	3.1	17	72	27	52	45	4	0	50	1.21
130373--130419	19	2.5	20	83	16	64	44	4	0	51	1.21
142902--143781	105	8.4	105	96	0	1609	34	24	18	22	1.96
144269--144313	12	3.8	12	88	8	65	48	2	0	48	1.13
144267--144314	17	3.1	17	72	27	52	45	4	0	50	1.21
144279--144325	19	2.5	20	83	16	64	44	4	0	51	1.21
156704--156850	37	3.9	37	91	4	224	43	12	9	34	1.76
157264--157307	18	2.5	17	82	10	52	27	0	0	72	0.85
157337--157388	22	2.3	23	81	15	63	19	15	0	65	1.27
162160--162210	25	2.0	25	100	0	102	41	15	7	35	1.76
164351--164426	2	38.0	2	100	0	152	0	50	0	50	1.00
165706--165905	100	2.0	100	100	0	400	35	6	7	52	1.53
168630--168678	24	2.0	24	96	0	89	38	24	10	26	1.87
168745--168785	16	2.6	16	88	11	59	39	9	21	29	1.86
169216--169273	29	2.0	29	100	0	116	24	6	6	62	1.45
169287--169964	3	233.0	3	85	13	931	67	0	31	0	0.93
173536--173612	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
173784--173836	21	2.5	21	81	6	72	20	24	18	35	1.95
173826--173877	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
173866--173980	20	5.7	20	78	6	106	33	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173863--174000	41	3.4	41	78	6	154	36	23	16	23	1.94
174454--174517	20	3.2	20	84	0	74	14	18	23	43	1.86
174654--174708	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
175836--175883	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
176424--176478	20	2.8	19	83	5	74	36	23	23	16	1.94
176486--176539	19	3.1	19	67	25	55	14	16	18	50	1.79
176505--176597	39	2.4	40	82	8	111	15	20	23	40	1.90
176524--176597	20	3.8	19	83	5	94	16	22	24	36	1.94
176568--176623	20	2.8	20	88	0	76	23	16	28	32	1.96
176972--177040	21	3.3	20	75	13	68	24	39	15	20	1.92
176962--177052	41	2.2	42	86	2	130	21	40	15	21	1.90
178612--178664	14	3.5	14	74	18	52	45	20	22	11	1.83
178676--178705	14	2.1	14	93	0	51	13	20	16	50	1.78
178706--178744	20	2.0	20	89	0	60	20	23	20	35	1.96
179653--179767	20	5.7	20	81	6	106	22	19	26	32	1.97
179694--179788	41	2.3	41	81	3	111	21	20	24	34	1.96
179756--179807	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
179797--179849	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
186710--186899	68	2.8	66	81	5	209	23	1	42	32	1.64
191958--191999	16	2.6	16	92	0	66	35	4	21	38	1.75
206913--206986	37	2.0	37	97	0	139	45	9	2	41	1.50
208769--208802	16	2.1	16	89	10	52	26	5	0	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208769--208801	15	2.1	16	88	5	50	27	6	0	66	1.15
210722--210763	17	2.5	16	88	7	57	66	0	30	2	1.04
211124--211234	49	2.3	49	100	0	222	21	25	15	37	1.92
212301--212390	6	15.0	6	81	13	60	24	42	1	32	1.62
212301--212390	18	5.0	18	84	2	76	24	42	1	32	1.62
216303--216414	54	2.1	54	86	0	152	33	16	19	29	1.94
219300--219418	39	3.1	39	75	16	122	37	15	0	46	1.47
229085--229127	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
229493--229569	35	2.2	35	88	0	109	27	36	5	31	1.79
233209--233253	20	2.2	20	92	0	72	35	8	6	48	1.61
240449--240541	24	3.9	24	98	0	177	20	9	12	56	1.64
240467--240535	14	5.5	14	68	25	64	20	8	13	57	1.61
240832--240889	24	2.4	24	100	0	116	8	15	20	55	1.67
243917--244002	41	2.1	42	97	2	165	29	6	44	19	1.77
245161--245236	37	2.1	37	89	0	116	32	26	7	32	1.85
250724--250788	21	3.1	21	66	24	55	43	9	10	36	1.72
250699--250788	42	2.1	42	91	0	144	43	13	10	33	1.77
251253--251290	20	1.9	20	88	0	58	65	2	2	28	1.19
251287--251386	20	4.9	20	68	22	59	75	5	3	17	1.11
251437--251462	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
251491--251526	10	3.7	10	92	7	65	83	0	0	16	0.65
252999--254459	84	17.4	84	83	3	1570	23	18	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252999--254459	414	3.5	417	83	4	1759	23	18	25	33	1.97
259262--259363	20	4.7	21	73	22	70	74	1	0	23	0.92
259303--259408	9	11.2	9	79	9	88	79	3	1	15	0.96
259303--259409	21	5.1	19	78	15	97	79	3	1	14	0.96
259306--259407	27	3.7	26	77	13	98	79	3	1	14	0.97
259465--259507	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
259540--259598	4	14.8	4	86	13	86	76	0	1	22	0.88
261941--261968	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
268273--268368	3	32.0	3	93	0	165	35	1	0	63	1.01
281193--281246	7	7.4	7	78	14	56	81	0	18	0	0.69

Tables:   1   2   3   4