genome.fa.s9625.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009625.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117017_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6938204

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2663326--2663417	24	3.8	24	82	15	107	83	0	13	3	0.76
2663326--2663406	25	3.3	25	85	10	105	83	0	14	1	0.70
2664848--2664872	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2666724--2666767	17	2.6	17	100	0	88	36	27	4	31	1.77
2669208--2669306	31	3.2	31	80	7	110	18	26	27	28	1.98
2676695--2676788	32	3.0	32	80	1	91	20	27	24	27	1.99
2679704--2679796	36	2.6	36	84	0	123	31	20	23	24	1.98
2680027--2680071	17	2.6	17	82	0	63	60	2	15	22	1.46
2681608--2681710	18	5.9	17	75	17	86	33	7	12	45	1.71
2681602--2681710	53	2.0	55	81	13	129	34	7	12	44	1.71
2681608--2681693	35	2.5	35	94	0	145	32	6	13	46	1.71
2683310--2683346	15	2.5	15	100	0	74	54	5	18	21	1.64
2687740--2687798	31	1.9	31	86	3	84	30	10	23	35	1.88
2688889--2689159	45	6.0	45	95	0	472	38	6	22	31	1.80
2691962--2692015	17	3.4	16	90	7	83	81	3	12	1	0.91
2691962--2692015	16	3.4	17	87	10	78	81	3	12	1	0.91
2691969--2692079	17	5.9	17	69	23	64	79	1	14	4	0.97
2691971--2692076	15	6.9	15	75	13	74	79	1	15	3	0.96
2691980--2692025	24	1.9	24	86	0	65	80	2	15	2	0.91
2691985--2692078	27	3.3	27	75	12	89	79	1	14	4	0.93
2691955--2692015	15	4.1	14	78	15	61	81	3	11	3	0.92
2691988--2692065	24	3.2	24	75	13	70	76	1	16	5	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691956--2692074	41	2.9	39	82	15	134	78	2	14	4	1.00
2695859--2695973	61	1.9	61	88	0	176	25	18	25	31	1.97
2696083--2696488	45	9.0	45	91	1	636	39	6	21	32	1.80
2696149--2696222	24	3.2	24	63	18	66	47	4	17	31	1.66
2696278--2696344	21	3.0	21	66	26	57	37	4	22	35	1.75
2696299--2696373	24	3.2	24	63	30	63	36	8	22	33	1.84
2700840--2700886	18	2.7	18	83	3	60	42	4	6	46	1.48
2702817--2702855	14	2.8	14	77	14	53	76	10	2	10	1.10
2708988--2709101	31	3.7	31	81	5	106	21	25	27	25	2.00
2715184--2715457	44	6.2	45	90	2	394	31	23	6	38	1.80
2715184--2715457	89	3.1	89	89	2	401	31	23	6	38	1.80
2715211--2715462	45	5.7	44	87	4	167	31	23	5	38	1.79
2715591--2715702	59	1.9	59	85	3	154	33	19	11	34	1.88
2715646--2716361	59	12.3	59	72	7	525	31	22	10	36	1.87
2715646--2716360	117	6.1	117	91	1	1071	31	21	10	36	1.87
2719139--2719185	12	3.8	13	83	8	62	46	2	0	51	1.13
2720095--2720147	25	2.1	25	82	6	63	37	1	1	58	1.20
2720382--2720543	5	32.4	5	71	18	97	53	3	1	41	1.27
2720367--2720574	26	8.0	26	69	21	84	50	3	2	42	1.33
2720383--2720578	33	5.7	33	72	20	138	51	3	3	42	1.33
2720384--2720542	42	3.8	42	87	8	220	52	3	1	42	1.28
2721720--2721935	76	2.8	76	80	8	224	41	12	17	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2721755--2721938	38	4.9	37	68	21	96	39	13	17	30	1.87
2726019--2726057	20	2.1	19	85	9	53	41	12	10	35	1.77
2727872--2727907	18	2.0	18	94	0	63	11	5	19	63	1.46
2728383--2728418	10	3.5	10	88	3	54	19	5	0	75	1.00
2728384--2728429	21	2.2	20	81	7	56	21	10	0	67	1.21
2728637--2728676	21	1.9	21	90	10	64	20	12	0	67	1.22
2734355--2734653	48	6.2	49	77	8	301	31	15	22	31	1.95
2734385--2734650	144	1.8	144	84	1	354	31	14	21	31	1.93
2734351--2734653	96	3.1	94	78	10	344	31	15	21	31	1.95
2735865--2735914	27	1.9	25	84	15	66	38	10	24	28	1.87
2736182--2736216	17	2.1	17	88	0	52	20	5	2	71	1.19
2736237--2736270	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2736401--2736445	15	3.0	15	90	0	63	33	2	0	64	1.06
2736435--2736475	21	2.0	21	95	0	73	21	7	0	70	1.11
2736427--2736476	10	4.8	10	82	7	55	24	6	0	70	1.10
2736676--2736731	22	2.5	23	82	8	71	17	7	1	73	1.15
2776589--2776662	21	3.3	22	83	5	87	18	20	25	35	1.96
2779299--2779839	81	6.7	81	86	0	681	30	20	11	37	1.88
2779337--2779802	242	1.9	243	85	3	654	30	21	11	37	1.88
2790353--2790388	9	4.0	9	86	13	56	75	0	11	13	1.06
2792315--2792354	18	2.2	18	100	0	80	22	17	12	47	1.81
2795135--2795196	23	2.7	23	87	7	81	30	9	35	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797272--2797344	32	2.3	32	80	0	92	15	31	30	23	1.95
2800921--2801024	31	3.3	32	85	5	140	35	14	20	29	1.92
2803123--2803172	20	2.5	20	90	3	84	42	12	24	22	1.87
2803328--2803358	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2808377--2808437	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
2819769--2819803	6	5.7	6	93	6	61	48	0	0	51	1.00
2819800--2819861	27	2.3	27	97	0	115	45	3	0	51	1.17
2819910--2819951	21	2.0	21	100	0	84	52	19	4	23	1.65
2824018--2824073	24	2.5	21	78	18	60	67	7	0	25	1.15
2827747--2827817	27	2.7	27	89	6	112	21	2	8	67	1.30
2829625--2829688	17	3.5	17	69	19	56	15	23	10	50	1.76
2829642--2829710	22	3.4	22	69	19	76	11	21	15	50	1.76
2829623--2829724	39	2.6	39	98	1	197	16	21	13	48	1.81
2829662--2829876	117	1.8	117	88	4	326	23	20	15	40	1.90
2830970--2831007	17	2.2	17	100	0	76	10	10	0	78	0.95
2830970--2831006	8	4.5	8	93	6	65	10	10	0	78	0.97
2838944--2838968	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2839591--2839633	17	2.5	18	81	11	54	69	2	4	23	1.18
2840916--2841431	106	5.0	106	86	6	700	21	17	25	35	1.95
2841095--2841250	43	3.4	43	71	13	150	20	17	24	37	1.94
2840964--2841433	200	2.3	204	88	4	678	21	17	24	36	1.94
2842269--2842345	36	2.1	38	87	4	113	37	15	22	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2842651--2842972	156	2.0	160	94	5	571	30	17	19	32	1.95
2842968--2843003	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
2844029--2844077	16	3.0	16	90	3	71	8	18	2	71	1.21
2844042--2844083	16	2.7	15	89	7	66	7	16	2	73	1.15
2848516--2848567	9	5.7	9	80	11	52	73	0	3	23	1.00
2848611--2848711	39	2.6	38	73	14	98	58	6	4	29	1.45
2849101--2849137	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2849193--2849235	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
2855397--2855427	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2857931--2857984	2	28.0	2	88	7	85	48	0	1	50	1.11
2862175--2862207	16	1.9	18	88	11	52	42	0	6	51	1.26
2863586--2864072	242	2.0	244	99	0	960	26	7	17	47	1.75
2867517--2867559	22	2.0	22	90	0	68	58	16	13	11	1.64
2869049--2869088	18	2.1	18	86	9	53	27	10	7	55	1.60
2879765--2879808	20	2.2	20	91	0	70	29	18	9	43	1.80
2881484--2881549	26	2.5	26	78	4	71	60	0	4	34	1.17
2881519--2881558	20	1.9	22	90	10	66	55	0	5	40	1.22
2885733--2885776	20	2.2	20	92	4	72	65	9	9	15	1.45
2892773--2892813	10	4.1	10	83	0	55	29	29	0	41	1.56
2892855--2892895	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
2894438--2894472	18	1.9	18	94	0	61	31	22	17	28	1.96
2894969--2895040	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2898850--2898912	29	2.1	29	85	2	81	30	14	28	26	1.95
2900639--2900752	50	2.3	50	90	3	176	54	7	0	38	1.28
2901842--2901885	19	2.3	19	80	0	52	31	15	25	27	1.96
2902254--2902509	55	4.7	55	86	2	345	36	11	17	34	1.86
2908967--2909279	55	5.7	55	88	2	459	35	13	17	33	1.89
2910413--2910463	16	3.1	17	72	18	54	49	11	1	37	1.51
2910646--2910671	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2912591--2912650	22	2.7	22	86	0	84	25	31	33	10	1.89
2914034--2914068	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2919158--2919192	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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