genome.fa.s9632.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009632.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117028_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343994

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1265--1305	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
1371--1844	125	3.8	126	95	2	868	21	26	19	32	1.97
2231--2330	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
2846--2939	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
2943--2990	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
4742--4808	33	2.1	32	85	2	89	62	5	0	31	1.19
6143--6167	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8355--8422	31	2.2	31	91	0	109	25	32	13	29	1.93
10064--10141	31	2.5	31	83	8	113	33	15	28	23	1.95
10884--10970	39	2.3	37	77	16	88	48	2	2	47	1.27
20141--20165	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
20592--20651	31	1.9	31	86	0	84	45	1	3	50	1.28
22056--22129	31	2.4	31	86	2	114	40	2	6	50	1.43
24946--24970	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
33041--33078	20	1.9	20	89	10	60	52	0	0	47	1.00
33100--33162	22	2.8	21	79	18	65	60	0	1	38	1.07
33138--33196	28	2.1	28	81	6	66	62	1	10	25	1.36
35716--35789	37	2.0	37	82	15	91	48	2	4	44	1.35
46753--46840	31	3.0	30	79	14	78	46	1	3	48	1.26
46817--46859	18	2.5	18	81	7	54	39	2	4	53	1.34
48109--48191	23	3.6	23	72	18	73	30	27	25	16	1.97
54852--54890	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60245--60284	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
62211--62373	65	2.5	64	83	3	211	26	15	26	30	1.96
62321--62359	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
66116--66164	21	2.2	21	78	7	53	48	0	2	48	1.12
66131--66169	21	1.9	20	89	5	60	43	0	0	56	0.99
66129--66179	21	2.4	21	77	6	59	49	0	0	50	1.00
73540--73576	17	2.2	17	86	13	51	48	18	0	32	1.49
77115--77141	14	1.9	14	100	0	54	0	14	11	74	1.08
80123--80220	21	4.8	20	75	10	81	38	21	18	21	1.93
80187--80380	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
80187--80380	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
80762--80832	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
80912--81015	21	5.4	20	71	15	87	45	19	25	10	1.82
80910--80988	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
80911--80988	41	1.9	41	94	0	138	44	16	26	11	1.82
80964--81033	33	2.1	33	94	0	122	47	21	24	7	1.76
80970--81044	33	2.3	33	90	0	114	46	25	21	6	1.75
80986--81044	19	3.4	18	71	22	54	45	27	18	8	1.78
81045--81145	19	5.8	19	71	21	96	9	23	19	46	1.80
81059--81145	33	2.6	33	92	0	156	9	25	20	44	1.81
81081--81137	14	3.7	14	79	20	69	8	26	24	40	1.84
82843--83221	92	4.1	93	97	1	726	22	12	18	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82843--83223	185	2.1	185	97	1	728	22	12	18	45	1.83
83265--83393	19	7.3	19	73	17	116	45	27	17	9	1.78
83301--83393	33	2.8	32	90	4	141	46	26	18	8	1.78
83265--83393	52	2.5	52	74	12	138	45	27	17	9	1.78
83389--83523	19	7.6	19	77	18	130	11	19	22	45	1.83
83411--83467	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
83394--83486	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
85450--85485	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
85592--85636	19	2.4	19	100	0	90	46	17	20	15	1.84
87927--87951	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
88126--88172	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
88854--89103	20	12.5	20	86	1	268	20	17	24	37	1.93
89090--89172	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
89070--89168	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
90934--90984	14	3.9	14	80	19	74	7	13	27	50	1.69
90938--90993	24	2.3	24	96	0	103	8	14	23	53	1.68
92023--92097	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
92029--92093	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
92163--92193	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
97814--97845	16	2.0	16	93	0	55	53	3	0	43	1.16
108476--108519	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
110576--110640	3	22.3	3	81	12	64	64	1	4	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110797--111074	42	6.6	42	75	13	191	26	19	31	22	1.98
110791--111080	40	6.9	41	73	14	170	25	19	32	22	1.97
110798--111132	40	7.8	44	73	14	152	25	19	30	23	1.98
110814--111132	128	2.5	128	95	1	563	25	18	31	23	1.98
111238--111371	35	3.7	35	85	6	137	37	11	19	32	1.87
111611--111654	15	2.9	15	86	0	61	45	4	18	31	1.69
112114--112447	66	5.1	67	94	2	554	44	11	11	32	1.76
112129--112447	131	2.4	130	94	2	548	43	11	11	33	1.76
112593--112673	29	2.8	29	86	1	119	44	13	11	30	1.79
112847--113263	105	4.0	105	83	3	479	40	9	16	32	1.82
114826--114906	23	3.4	23	75	12	74	0	18	11	70	1.16
114851--114954	12	8.8	12	70	17	58	1	16	9	72	1.20
114846--114904	26	2.3	26	77	11	66	0	18	8	72	1.09
114909--114949	11	3.6	11	90	6	64	4	12	9	73	1.24
114901--114978	18	4.2	19	71	15	54	2	16	8	71	1.22
114861--114967	43	2.5	43	81	7	119	1	16	9	71	1.20
115578--115659	26	3.4	26	69	19	86	40	9	25	24	1.86
115566--115659	46	2.1	45	87	2	134	38	9	25	26	1.87
119444--119487	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
121583--121621	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
123963--123996	17	2.0	17	94	0	59	61	5	0	32	1.20
123958--124016	21	2.9	19	75	18	57	64	3	0	32	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129818--129859	23	1.9	23	85	9	61	23	40	0	35	1.55
130198--130265	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
130270--130314	3	15.0	3	85	0	63	37	0	35	26	1.57
130274--130329	12	4.7	12	86	0	58	46	0	35	17	1.49
130811--130858	24	2.0	25	83	4	62	58	4	2	35	1.29
157315--157387	23	3.1	23	76	9	69	17	24	27	30	1.97
161373--161432	14	4.3	14	82	4	68	40	3	11	45	1.57
161353--161398	22	2.1	22	91	0	74	39	4	8	47	1.54
161373--161432	28	2.1	28	84	6	77	40	3	11	45	1.57
161536--161624	41	2.1	43	81	8	112	52	5	4	37	1.45
164008--164050	8	5.4	8	81	10	52	62	2	2	32	1.20
165528--165570	21	2.0	21	82	8	52	23	20	20	34	1.96
166545--166592	13	3.5	14	83	11	55	43	4	27	25	1.72
166552--166592	13	3.2	13	89	6	57	46	4	26	21	1.72
168310--168544	113	2.1	111	88	1	344	32	31	17	18	1.94
171834--171872	21	1.9	20	84	5	51	35	0	0	64	0.94
172413--172471	30	2.0	30	96	0	109	44	30	6	18	1.76
178522--178580	2	30.5	2	80	13	70	50	1	3	44	1.28
182612--182666	23	2.3	25	81	9	71	52	0	0	47	1.00
187105--187134	11	2.7	11	100	0	60	50	0	0	50	1.00
188253--188332	29	2.8	29	98	0	151	33	16	15	35	1.90
198171--198231	32	1.9	32	86	6	88	22	0	19	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199127--199165	18	2.3	18	86	8	55	35	0	10	53	1.35
199149--199215	32	2.1	32	86	5	91	23	0	17	58	1.39
199189--199269	22	3.7	22	93	1	128	20	2	19	56	1.53
199185--199279	22	4.2	24	83	11	98	21	2	22	54	1.55
200376--200473	27	3.5	27	76	13	99	30	5	17	46	1.69
200346--200503	57	2.8	57	93	0	262	29	4	19	46	1.70
200334--200501	30	5.8	29	77	13	177	31	4	19	45	1.69
201821--201879	31	1.9	31	92	0	100	44	8	5	42	1.57
202663--202705	22	2.0	21	90	4	68	46	0	0	53	1.00
207574--207618	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99

Tables:   1   2