genome.fa.s9635.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009635.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117038_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1009897

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6242--6618	54	7.0	54	86	1	459	35	18	18	27	1.94
10920--10969	17	2.9	17	87	0	73	38	16	4	42	1.66
11626--11676	17	3.0	17	85	0	66	39	5	17	37	1.74
13140--13463	55	5.9	55	85	3	431	35	12	17	34	1.87
13629--13729	49	2.0	50	82	1	123	32	15	20	30	1.94
13711--13808	45	2.2	45	81	0	115	42	14	20	22	1.88
15516--15540	13	1.9	13	100	0	50	48	4	24	24	1.68
17498--17546	18	2.7	18	96	0	89	22	20	12	44	1.84
23615--23763	77	1.9	79	82	5	187	42	4	10	42	1.59
25680--26220	55	10.0	55	88	3	756	36	10	17	35	1.85
26426--26470	19	2.4	19	88	0	72	28	11	31	28	1.91
32071--32106	11	3.6	10	89	10	56	13	0	11	75	1.06
45666--45749	22	3.8	22	88	4	125	29	5	26	38	1.80
47201--47415	49	4.4	49	84	4	281	25	13	23	38	1.91
47201--47446	49	5.0	49	83	1	251	25	13	23	36	1.92
48028--48144	49	2.4	49	85	4	148	20	16	25	37	1.93
47350--48730	704	2.0	702	87	2	2000	32	11	19	35	1.88
51938--51977	21	1.9	21	89	0	62	77	7	10	5	1.11
54773--54822	25	2.0	25	92	3	84	36	6	4	54	1.44
60241--60287	21	2.2	22	84	3	60	2	12	2	82	0.84
73947--73994	23	2.0	24	84	4	62	62	0	29	8	1.24
74868--74929	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77363--77421	24	2.4	24	82	5	64	38	5	5	50	1.46
85507--85549	22	2.0	22	86	13	63	13	9	6	69	1.35
87755--87801	12	4.0	12	83	5	60	25	10	8	55	1.62
100126--100156	15	2.1	15	93	0	53	9	67	16	6	1.39
105502--105560	23	2.6	23	86	2	75	22	23	30	23	1.99
107138--107218	19	4.3	19	100	0	162	30	27	20	20	1.98
114082--114370	55	5.2	55	86	3	384	26	17	19	36	1.94
114082--114371	111	2.6	110	89	2	429	26	17	19	36	1.94
117758--117886	35	3.6	35	87	2	168	33	3	34	27	1.75
117758--117904	35	4.1	36	81	8	115	34	4	31	28	1.78
118226--118269	19	2.2	20	80	4	54	45	6	9	38	1.63
121504--121538	15	2.3	15	90	9	54	0	14	0	85	0.59
121796--121834	6	6.7	6	91	2	62	56	0	30	12	1.37
121990--122118	35	3.7	35	79	8	129	31	2	36	29	1.70
122005--122141	35	3.8	36	85	5	170	33	2	36	27	1.72
122057--122141	36	2.3	36	85	2	116	34	2	35	28	1.70
122482--122524	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
126899--127189	55	5.3	55	84	2	377	28	16	17	37	1.92
130571--130612	13	3.3	12	90	6	57	76	2	2	19	1.01
134185--134240	14	4.3	14	82	17	75	8	14	25	51	1.70
134186--134260	24	3.1	23	90	3	96	12	12	21	54	1.69
134987--135061	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134993--135057	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
135126--135158	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
135743--135771	14	2.0	15	93	6	51	72	6	0	20	1.07
141921--141945	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
142124--142176	22	2.5	22	93	3	90	16	43	22	16	1.88
144237--144291	21	2.6	21	88	0	74	16	20	34	29	1.94
144672--144763	43	2.2	41	79	12	100	28	22	8	40	1.84
145864--145903	21	1.9	21	90	10	64	55	0	7	37	1.29
149712--149762	23	2.3	23	93	3	86	21	37	21	19	1.95
151646--151708	16	3.9	16	71	19	58	23	3	20	52	1.61
152310--152351	22	1.9	22	90	0	66	19	38	26	16	1.92
155693--155749	22	2.5	23	82	2	71	36	7	24	31	1.82
155690--155749	23	2.6	22	76	5	66	38	6	25	30	1.81
160628--160692	33	2.0	33	84	0	85	18	9	16	55	1.67
160966--161004	20	2.0	20	84	0	51	25	10	7	56	1.59
164919--165231	157	2.0	155	98	1	608	25	12	21	40	1.89
166134--166344	110	1.9	110	100	0	422	29	14	24	31	1.94
179380--179407	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
181901--182015	16	7.2	16	68	3	61	44	30	12	13	1.80
182073--182128	18	3.1	19	75	12	55	55	0	5	39	1.23
182691--182743	16	3.3	16	72	0	52	26	33	15	24	1.95
182678--182742	32	2.0	32	90	0	103	30	33	13	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182683--182767	32	2.7	32	83	3	100	32	29	12	24	1.93
185503--185565	32	1.9	31	84	9	81	71	11	11	6	1.30
186711--186736	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
190253--192731	4	623.0	4	97	1	4587	25	0	25	48	1.57
192791--193014	111	2.0	111	99	0	439	29	16	20	33	1.95
194740--194779	16	2.5	16	95	0	71	50	27	0	22	1.50
195161--195308	37	3.9	35	79	12	143	33	16	12	37	1.86
195345--195546	68	3.0	65	83	7	262	30	17	11	40	1.86
196045--196074	16	1.9	15	93	6	51	36	6	0	56	1.26
198166--198204	18	2.2	18	86	13	55	43	0	0	56	0.99
198372--198475	48	2.2	46	80	10	113	17	7	5	69	1.33
198466--198512	16	2.9	16	84	12	53	19	6	0	74	1.03
206867--206896	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
216156--216202	11	4.1	12	89	8	62	89	0	10	0	0.49
219558--219601	12	3.8	12	84	3	54	47	0	15	36	1.46
219650--219698	15	3.4	15	68	21	50	53	10	14	22	1.71
219646--219716	28	2.5	28	100	0	142	47	11	14	26	1.77
221062--221265	42	4.9	42	89	1	275	35	24	22	18	1.96
222220--222322	29	3.6	29	91	0	161	44	26	1	27	1.65
222331--222377	17	2.8	17	73	23	53	17	23	40	19	1.91
223812--223945	20	6.7	20	85	5	126	29	25	18	26	1.98
223809--223925	61	1.9	61	85	0	162	33	23	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223874--223946	20	3.7	20	96	0	128	23	28	20	27	1.99
224503--224544	19	2.2	19	86	0	57	50	28	16	4	1.66
224540--224645	33	3.1	33	80	12	131	11	23	21	43	1.85
224540--224670	19	7.1	19	82	10	164	12	22	19	45	1.84
226119--226249	63	2.1	63	97	0	244	20	17	36	25	1.94
226416--226602	91	2.0	89	88	6	259	22	11	18	47	1.80
226827--227024	42	4.7	42	79	2	193	22	36	18	22	1.95
226958--227024	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
226819--226994	84	2.1	84	97	0	334	21	37	17	23	1.94
226819--227024	84	2.5	84	91	1	297	22	36	17	23	1.95
228379--228414	14	2.6	14	86	0	54	33	0	22	44	1.53
228521--228575	19	3.2	18	70	24	55	45	20	21	12	1.84
228539--228595	14	3.7	14	70	20	51	45	22	22	8	1.80
228521--228610	33	2.7	33	91	0	144	44	21	21	13	1.85
228629--228754	33	3.8	32	86	8	182	15	21	19	43	1.87
228606--228754	19	8.7	19	69	21	96	14	21	20	44	1.86
228629--228753	66	1.9	66	96	0	232	15	21	20	43	1.88
231225--231278	24	2.2	24	86	0	72	40	22	16	20	1.91
232266--232355	20	4.6	20	85	1	128	33	26	23	16	1.96
232313--232354	19	2.5	16	79	20	50	35	26	21	16	1.94
232381--232445	19	3.7	19	82	13	86	13	20	18	47	1.82
234452--234517	20	3.3	20	84	0	69	40	25	18	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234471--234538	20	3.5	20	81	2	75	39	23	22	14	1.91
234527--234584	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
234511--234589	32	2.4	33	95	2	142	46	22	18	11	1.81
234596--234677	18	4.6	19	79	14	104	13	20	20	45	1.85
234596--234697	33	2.8	34	76	23	102	13	22	21	42	1.88
234662--234705	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
235198--235242	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
236882--236925	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
237093--237267	20	8.6	20	83	5	147	26	17	24	31	1.97
237093--237270	81	2.2	81	84	0	239	26	16	24	32	1.96

Tables:   1   2   3   4