genome.fa.s9642.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009642.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117054_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216009

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2602--2735	32	4.2	32	75	5	119	38	14	17	29	1.89
2621--2745	64	2.0	64	83	0	160	41	14	16	27	1.87
2943--2980	18	2.1	19	90	5	60	57	0	26	15	1.38
3085--3151	31	2.1	33	81	10	77	49	11	4	34	1.60
4559--4593	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
11078--11122	21	2.1	21	84	8	56	51	0	8	40	1.33
11109--11147	16	2.5	15	76	8	51	56	0	0	43	0.99
11121--11169	20	2.4	22	77	19	61	61	2	0	36	1.08
13873--13910	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
25439--25485	20	2.3	20	100	0	94	21	14	25	38	1.92
27180--27221	18	2.3	18	87	4	57	69	2	11	16	1.29
27737--27993	140	1.8	140	83	1	345	25	16	24	33	1.96
31459--31535	13	5.6	13	75	14	66	5	15	1	77	1.00
31472--31550	23	3.8	20	79	17	63	6	13	1	78	1.00
31492--31550	11	5.3	11	86	11	84	6	11	1	79	0.99
31459--31557	26	3.7	26	72	20	80	6	14	1	78	0.98
34968--35034	32	2.1	33	91	8	111	44	8	17	28	1.79
34996--35215	45	4.9	45	92	2	354	41	6	21	30	1.79
39658--39754	23	4.2	23	73	5	79	50	3	12	34	1.55
42530--42561	10	3.2	10	90	0	55	40	9	50	0	1.35
43037--43103	31	2.2	31	89	5	100	41	13	23	20	1.88
44596--44621	12	2.2	12	100	0	52	7	19	57	15	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46062--46169	31	3.5	31	88	6	150	41	12	22	24	1.87
55391--55445	22	2.4	23	93	3	94	29	14	10	45	1.79
58458--58870	76	5.5	72	81	11	241	42	3	8	45	1.51
58498--58870	37	10.0	37	85	6	400	43	2	9	44	1.51
58544--58865	113	2.8	113	88	5	468	44	3	9	43	1.53
58645--58698	28	1.9	28	85	7	74	46	3	7	42	1.49
60285--60322	19	2.1	19	85	5	51	15	5	2	76	1.08
64456--64646	100	1.9	99	88	1	283	35	16	17	30	1.92
65109--65147	20	2.0	20	100	0	78	30	15	10	43	1.80
69173--69597	212	2.0	212	95	0	760	34	16	16	32	1.92
70130--70192	8	8.0	8	76	16	69	0	6	11	82	0.83
70133--70173	14	2.8	14	92	7	64	0	9	9	80	0.91
70119--70155	20	1.9	20	88	5	58	0	10	10	78	0.97
70940--71308	202	1.8	201	82	3	481	32	19	21	26	1.97
71684--71748	27	2.5	27	90	5	98	43	3	7	46	1.48
71685--71871	25	7.4	25	77	13	127	45	2	8	44	1.45
71684--71910	64	3.6	63	77	14	243	44	2	7	44	1.47
71747--71910	91	1.8	91	87	8	239	45	2	7	43	1.46
71835--72011	38	4.5	38	77	16	159	44	5	7	42	1.56
71835--72005	78	2.2	78	81	9	195	45	5	7	41	1.57
73409--73449	18	2.3	18	86	0	55	9	4	4	80	1.00
74975--75081	3	33.0	3	79	12	97	33	1	3	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74968--75081	43	2.7	42	82	14	135	33	1	3	61	1.23
74960--75080	54	2.3	53	82	12	137	32	1	3	62	1.21
74975--75081	20	5.5	18	76	15	97	33	1	3	60	1.25
75812--75918	3	34.0	3	80	10	108	34	1	2	60	1.22
75805--75918	41	2.7	42	84	11	146	34	1	2	61	1.20
75801--75916	47	2.4	51	84	11	147	33	1	2	62	1.19
75822--75909	34	2.7	33	81	11	101	35	1	3	60	1.21
74570--76237	837	2.0	835	98	1	3236	40	11	11	35	1.78
77060--77111	22	2.4	22	100	0	104	55	9	3	30	1.50
77945--78294	171	2.0	172	91	2	562	43	11	18	26	1.84
84465--84507	19	2.3	19	84	8	52	27	25	18	27	1.98
101498--101542	20	2.2	20	92	0	72	31	26	26	15	1.96
102993--103045	18	2.9	17	78	10	61	22	18	28	30	1.98
105960--105999	10	3.7	10	84	15	53	85	10	5	0	0.75
105960--106009	23	2.2	23	89	3	75	82	12	6	0	0.85
113087--113139	17	3.1	17	88	0	79	37	15	5	41	1.70
122208--122254	21	2.2	21	96	0	85	46	10	21	21	1.81
126098--126148	7	7.6	7	80	10	54	43	1	0	54	1.11
126594--126709	38	3.1	38	84	0	124	50	21	21	6	1.72
127385--127439	29	1.9	28	85	10	76	34	3	10	50	1.55
130058--130219	70	2.3	71	86	2	218	26	18	16	38	1.92
130195--130811	136	4.6	135	87	1	866	25	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134403--134453	16	3.2	16	97	0	93	7	17	25	49	1.74
138253--138297	21	2.1	22	84	12	58	13	15	26	44	1.83
142571--142645	15	5.1	15	77	9	82	42	6	17	33	1.75
142569--142645	30	2.6	29	87	4	118	41	6	16	35	1.75
142995--143045	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
143034--143224	30	6.4	30	68	20	89	49	1	1	47	1.17
143057--143215	28	5.8	26	71	22	73	50	1	1	46	1.20
143195--143283	22	3.5	25	69	23	60	48	0	2	49	1.13
143152--143225	30	2.4	32	84	10	93	48	0	1	50	1.09
148649--148801	20	7.6	20	71	15	68	32	28	11	26	1.92
148693--148830	40	3.4	40	75	11	129	29	26	13	30	1.94
148674--148790	61	1.9	59	81	10	139	31	28	11	29	1.91
148667--148831	81	2.0	81	83	6	210	30	27	12	29	1.92
148845--148921	40	1.9	40	86	0	109	29	20	10	38	1.86
148734--148922	20	9.4	19	69	17	75	31	23	11	33	1.91
152533--152592	29	2.1	29	87	0	84	30	13	21	35	1.92
152607--152647	20	2.0	20	90	0	64	48	26	9	14	1.75
152705--152743	20	2.0	20	89	0	60	23	10	20	46	1.81
154211--154331	21	5.8	21	84	0	163	23	19	38	19	1.94
154211--154332	42	2.9	42	90	1	183	23	18	37	19	1.94
154744--154789	21	2.2	21	92	0	74	34	30	15	19	1.93
156455--156506	20	2.6	20	81	0	68	48	23	17	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157073--157118	20	2.3	21	85	11	69	17	10	21	50	1.77
157693--157739	21	2.1	21	84	11	58	55	0	4	40	1.19
157732--157765	14	2.4	15	90	9	54	52	0	0	47	1.00
160008--160274	91	2.9	91	89	3	387	24	20	14	39	1.91
160303--160647	136	2.6	132	83	7	410	25	21	17	35	1.95
161524--161570	9	5.4	9	82	12	55	8	12	0	78	0.95
161523--161570	17	2.8	17	87	6	62	10	12	0	77	1.00
172082--172138	22	2.7	21	78	8	62	66	8	7	17	1.41
172825--172858	14	2.4	15	90	9	54	52	0	0	47	1.00
172798--172852	22	2.3	23	81	12	67	58	0	1	40	1.09
173523--173566	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
174835--174896	24	2.5	24	84	7	81	58	8	0	33	1.28
174862--174903	18	2.3	18	84	12	59	61	2	0	35	1.09
175728--175847	60	2.0	60	88	3	179	45	5	11	37	1.65
178106--178201	43	2.3	43	92	1	158	46	18	11	22	1.81
181618--181658	16	2.5	17	80	15	50	51	14	12	21	1.75
183960--184057	33	2.8	35	90	7	164	44	19	6	29	1.74
189288--189351	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
189242--189357	35	3.3	35	87	4	162	45	18	5	31	1.71
191951--191994	13	3.3	13	83	3	52	36	2	0	61	1.09
192896--192937	22	1.9	22	90	0	66	21	7	28	42	1.79
195803--195909	24	4.5	24	86	0	133	32	13	30	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198247--198282	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
199077--199171	21	4.7	20	70	13	59	32	27	18	21	1.97
199200--199410	20	10.4	20	79	2	233	38	24	18	18	1.93
199200--199410	41	5.2	41	91	1	336	38	24	18	18	1.93
199628--199685	27	2.1	27	80	0	62	39	27	10	22	1.86
199971--200049	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
200031--200095	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
200026--200106	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
200102--200233	19	7.1	19	77	11	112	12	19	20	46	1.82
200158--200211	20	2.8	19	88	2	72	14	18	24	42	1.88

Tables:   1   2