genome.fa.s989.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000989.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001980_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  949177

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 308 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10286--10322	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
10487--10586	24	4.2	24	74	5	94	47	17	13	23	1.82
10480--10588	48	2.3	48	77	0	119	48	16	12	22	1.80
13073--13112	7	5.4	7	88	11	62	25	27	35	12	1.92
13074--13112	15	2.6	15	100	0	78	25	25	35	12	1.92
13096--13187	18	5.2	18	80	14	111	15	20	47	16	1.82
13074--13128	8	7.5	8	82	17	75	21	25	38	14	1.92
13102--13176	32	2.4	32	93	2	125	16	21	48	14	1.81
13102--13133	13	2.5	13	100	0	64	12	25	46	15	1.81
15138--15164	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15330--15429	24	4.2	24	73	5	85	47	17	12	24	1.81
15323--15431	48	2.3	48	75	0	110	48	16	11	22	1.79
17902--17933	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
17903--17968	8	8.6	8	73	20	61	19	24	40	15	1.90
17903--17949	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
17931--18007	18	4.6	18	78	15	101	12	20	49	16	1.79
17925--18003	31	2.5	31	91	0	140	15	21	46	16	1.83
17910--17954	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
34598--34645	13	3.8	13	88	2	71	18	45	18	16	1.85
34624--34675	17	2.9	17	83	16	61	21	42	21	15	1.89
34645--34690	15	3.3	15	82	11	62	17	36	23	21	1.94
37189--37279	47	1.9	48	86	2	130	26	16	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37189--37279	24	3.8	24	82	2	112	26	16	19	37	1.93
39444--39492	13	3.8	13	88	0	71	20	44	18	16	1.86
39487--39531	13	3.3	13	84	6	54	17	40	22	20	1.92
39492--39538	7	6.5	8	75	22	50	17	36	23	23	1.95
39492--39538	15	3.3	15	88	5	71	17	36	23	23	1.95
42049--42139	47	1.9	48	86	2	130	26	16	19	37	1.93
42049--42139	24	3.8	24	82	2	112	26	16	19	37	1.93
52514--52577	24	2.7	24	77	0	65	50	15	9	25	1.74
53276--53401	29	4.3	29	70	7	85	39	22	7	30	1.82
53409--53451	12	3.3	12	84	12	50	18	25	39	16	1.91
53401--53431	7	4.4	7	100	0	62	25	29	32	12	1.93
53429--53479	18	2.9	17	91	5	84	15	19	47	17	1.83
53494--53545	9	5.3	10	84	11	72	36	30	19	13	1.90
60559--60684	29	4.3	29	73	6	94	40	22	7	29	1.82
60685--60741	14	4.3	12	89	8	51	21	26	36	15	1.93
60684--60721	7	5.4	7	100	0	76	26	28	31	13	1.93
60719--60769	18	2.9	17	91	5	84	15	19	47	17	1.83
60784--60835	9	5.3	10	84	11	72	36	30	19	13	1.90
86398--86433	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
87711--87742	7	4.4	7	92	7	55	28	28	31	12	1.93
87713--87741	15	1.9	15	100	0	58	31	27	27	13	1.94
87740--87816	18	4.6	18	76	15	92	11	18	51	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87734--87812	31	2.5	31	91	0	131	13	18	49	17	1.80
87712--87758	8	6.5	8	75	20	50	23	25	36	14	1.93
87734--87794	13	4.3	13	75	18	59	14	18	49	18	1.80
89801--89923	24	5.2	24	83	9	103	42	19	16	21	1.89
91001--91036	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
92253--92284	7	4.4	7	92	7	55	28	28	31	12	1.93
92255--92283	15	1.9	15	100	0	58	31	27	27	13	1.94
92282--92358	18	4.6	18	76	15	92	11	18	51	18	1.75
92276--92354	31	2.5	31	91	0	131	13	18	49	17	1.80
92254--92300	8	6.5	8	75	20	50	23	25	36	14	1.93
92276--92336	13	4.3	13	75	18	59	14	18	49	18	1.80
104146--104214	10	7.1	10	76	12	72	18	23	30	27	1.98
104146--104216	19	3.7	19	92	1	106	18	25	29	26	1.98
104210--104267	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
104257--104286	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
104257--104282	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
105156--105279	63	2.0	63	82	9	155	17	26	29	26	1.98
105156--105279	31	4.0	32	72	16	82	17	26	29	26	1.98
109870--109938	10	7.1	10	73	12	63	18	21	30	28	1.97
109870--109940	19	3.7	19	88	1	97	18	23	29	28	1.98
109934--109991	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
109981--110023	7	6.4	7	84	10	63	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109981--110019	13	3.0	13	92	0	69	17	28	30	23	1.97
120942--120979	17	2.2	17	90	0	58	13	18	44	23	1.85
125632--125669	17	2.2	17	90	0	58	13	18	44	23	1.85
127689--127757	34	2.0	34	100	0	138	60	7	17	14	1.55
127692--127765	34	2.2	32	92	4	105	64	5	14	14	1.45
130243--130267	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
132033--132057	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
134797--134873	31	2.4	32	76	8	86	27	28	27	16	1.97
142013--142043	15	2.0	16	93	6	55	70	6	0	22	1.09
142396--142426	14	2.1	15	94	5	55	64	0	3	32	1.09
143050--143080	15	2.0	16	93	6	55	70	6	0	22	1.09
143432--143462	14	2.1	15	94	5	55	64	0	3	32	1.09
144087--144117	15	2.0	16	93	6	55	70	6	0	22	1.09
148332--148376	9	4.6	10	84	10	58	35	31	20	13	1.91
148346--148377	11	3.1	11	86	13	50	34	28	18	18	1.95
148332--148377	20	2.3	21	85	10	62	34	30	19	15	1.93
152987--153048	19	3.2	19	75	6	54	32	0	14	53	1.41
159320--159355	11	3.4	11	92	3	56	11	0	5	83	0.80
163755--163790	18	2.0	18	88	0	54	13	19	47	19	1.83
165219--165366	76	2.0	75	86	6	210	29	4	9	56	1.51
166027--166067	21	1.9	22	90	5	66	19	4	0	75	0.98
171235--171621	44	8.8	44	87	2	483	33	22	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174978--175059	29	2.8	29	90	0	128	45	21	9	23	1.81
179060--179167	24	4.5	24	75	5	94	19	13	16	50	1.79
179060--179168	48	2.3	48	87	3	148	19	13	16	50	1.78
179102--179166	12	5.4	12	76	7	69	13	13	18	53	1.72
183074--183108	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
184261--184343	19	4.6	19	82	14	113	18	36	28	16	1.93
184285--184351	14	4.4	14	81	17	80	19	37	28	14	1.91
184267--184351	33	2.6	33	96	0	152	20	36	28	15	1.92
188094--188128	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
189280--189362	19	4.6	19	82	14	113	18	36	28	16	1.93
189304--189370	14	4.4	14	81	17	80	19	37	28	14	1.91
189286--189370	33	2.6	33	96	0	152	20	36	28	15	1.92
190713--190784	31	2.3	31	90	0	108	18	50	18	13	1.79
190731--190771	18	2.3	18	86	0	55	19	51	17	12	1.76
190717--190790	13	5.3	13	74	15	67	17	47	20	14	1.83
193308--193367	12	5.0	12	78	8	68	15	16	16	51	1.76
193275--193379	48	2.2	49	82	3	124	18	13	16	52	1.75
193285--193372	24	3.7	24	84	0	104	18	13	17	51	1.77
216337--216664	164	2.0	164	100	0	656	27	17	29	26	1.97
217428--217452	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
217435--217469	17	2.0	17	88	5	52	17	40	22	20	1.92
217479--217633	29	5.3	30	73	13	110	30	7	20	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217506--217660	29	5.4	28	71	9	96	32	5	20	41	1.76
219696--219977	135	2.1	134	82	4	327	31	14	24	30	1.95
220113--220268	29	5.4	29	72	7	93	42	21	7	29	1.79
246365--246556	29	6.6	30	80	5	223	34	21	5	38	1.77
246367--246556	59	3.3	59	88	3	269	33	21	5	38	1.77
246367--246556	58	3.3	57	88	3	265	33	21	5	38	1.77
248757--248995	129	1.8	130	84	6	324	34	14	19	31	1.92
249572--249607	17	2.1	17	89	0	54	50	16	13	19	1.79
257362--257392	16	1.9	16	93	0	53	64	6	3	25	1.33
263724--263773	11	4.5	11	74	0	55	36	2	6	56	1.36

Tables:   1   2   3