genome.fa.s990.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000990.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001982_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  274437

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116--171	15	3.9	14	72	11	51	33	1	0	64	1.04
1653--1960	143	2.1	148	91	5	504	46	12	24	15	1.81
20053--20078	10	2.6	10	100	0	52	76	0	0	23	0.78
22220--22258	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
23433--23526	12	7.8	12	84	4	100	29	1	2	67	1.10
23447--23532	3	29.0	3	82	6	104	30	0	2	67	1.03
36078--36156	1	79.0	1	76	0	59	86	0	13	0	0.58
36077--36156	10	7.7	10	82	13	83	85	0	15	0	0.61
36078--36156	27	3.0	25	82	13	106	86	0	13	0	0.58
36077--36156	39	2.2	35	86	10	108	85	0	15	0	0.61
37396--37694	115	2.6	115	94	0	519	32	13	20	33	1.91
38675--38738	20	3.2	20	66	16	51	46	10	17	25	1.80
38673--39406	113	6.5	113	92	1	1084	38	14	18	28	1.90
38788--38851	20	3.2	20	66	16	51	46	10	17	25	1.80
38423--39406	226	4.3	226	87	5	1220	38	14	19	28	1.91
38404--39406	339	2.9	337	85	5	1263	37	14	19	28	1.91
39362--39423	19	3.3	18	70	17	54	41	12	24	20	1.87
39349--39428	38	2.1	39	92	2	135	42	12	23	21	1.87
39234--39611	154	2.5	148	89	6	568	40	11	19	28	1.87
39505--39594	37	2.5	37	92	1	146	48	10	21	20	1.78
39541--39823	124	2.3	122	85	6	360	42	15	18	23	1.88
39967--40019	6	8.8	6	91	0	70	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39973--40064	3	31.0	3	79	6	98	28	0	2	69	1.00
39961--40064	18	6.0	17	76	11	95	28	0	1	68	1.07
39959--40064	12	8.7	12	76	7	88	28	0	1	68	1.06
43235--43269	4	8.5	4	93	6	61	77	0	0	22	0.78
43232--43279	16	3.0	16	85	14	64	75	0	0	25	0.81
45565--45622	24	2.5	22	81	13	71	48	1	12	37	1.51
46737--46778	13	3.3	13	73	6	50	45	9	0	45	1.36
46727--46778	25	2.1	25	92	0	86	44	9	0	46	1.36
46786--46866	26	3.2	25	71	13	67	48	0	4	46	1.23
46796--46882	26	3.4	26	74	15	99	55	0	3	41	1.17
48066--48228	77	2.1	76	89	1	245	33	11	16	38	1.84
50568--50597	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
52688--52733	25	2.0	22	86	8	56	34	8	28	28	1.87
53556--53693	21	6.8	20	70	8	73	37	25	17	19	1.93
53681--53869	20	9.4	20	87	1	200	37	25	17	20	1.94
54561--54607	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
57084--57296	33	6.2	33	78	14	195	46	18	22	13	1.84
57084--57314	86	2.7	90	90	7	356	45	18	22	13	1.84
57310--57428	54	2.2	52	95	4	220	13	24	17	44	1.85
57329--57446	19	6.4	19	87	10	174	14	22	16	45	1.84
57553--57589	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
59506--59609	19	5.4	19	82	1	109	47	25	17	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59506--59609	38	2.7	38	82	7	120	47	25	17	10	1.79
59622--59726	33	3.2	33	82	5	88	12	19	27	40	1.87
59635--59713	14	4.7	18	71	24	66	7	18	27	45	1.77
59671--59727	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
59635--59745	33	3.3	33	91	1	159	9	18	27	45	1.80
59842--60156	93	3.4	93	96	0	587	45	19	13	22	1.84
61835--61898	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
61833--61897	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
61923--62030	19	5.7	19	74	16	73	12	19	19	49	1.79
61969--62042	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
62122--62192	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
62571--62763	20	9.6	20	85	5	246	18	19	27	34	1.95
69356--69384	14	2.1	14	100	0	58	24	27	20	27	1.99
69585--69657	30	2.4	30	86	4	94	45	8	2	43	1.48
71669--72055	183	2.1	184	92	2	638	45	7	3	43	1.48
72254--72288	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
74688--74715	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80469--80517	24	2.1	24	92	3	82	40	16	12	30	1.85
119118--120615	374	4.0	374	97	1	2848	31	16	21	30	1.95
119118--120615	754	2.0	741	97	1	2834	31	16	21	30	1.95
127231--127281	21	2.4	21	83	0	66	25	0	9	64	1.24
137325--137372	19	2.5	19	96	0	87	50	12	4	33	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139815--139852	12	2.8	13	88	11	51	36	2	2	57	1.26
145158--145197	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
149271--149322	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
149378--149571	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
149374--149571	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
149378--149570	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
149930--150000	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
150120--150174	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
150120--150190	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
150208--150264	14	3.7	14	79	20	69	8	26	24	40	1.84
150191--150268	33	2.4	32	91	6	129	10	24	21	43	1.83
150186--150268	19	4.9	18	74	22	74	10	25	21	42	1.85
151964--152429	91	5.1	93	95	3	858	22	12	18	46	1.83
152473--152601	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
152509--152601	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
152473--152601	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
152597--152731	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
152619--152675	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
152602--152694	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
154631--154666	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
154773--154873	19	5.6	19	79	15	133	44	17	22	14	1.86
154880--155174	33	8.5	35	84	12	237	14	20	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154902--155174	19	15.4	19	81	15	345	14	20	18	46	1.83
154880--155146	52	5.0	52	91	5	428	14	21	17	46	1.84
157645--157691	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
158374--158742	20	18.5	20	85	5	442	20	18	25	34	1.96
165359--165465	51	2.1	51	96	0	196	35	13	28	22	1.92
172511--172617	51	2.1	51	96	0	196	35	13	28	22	1.92
173928--173964	19	1.9	19	88	0	56	51	18	27	2	1.60
175331--175426	34	2.9	34	87	1	122	46	10	7	35	1.66
180543--180572	14	2.1	14	100	0	60	43	16	13	26	1.85
180589--180628	21	1.9	21	84	0	53	45	2	12	40	1.56
181049--181094	24	1.9	24	86	0	65	10	13	15	60	1.58
182433--182485	16	3.2	16	78	5	52	30	1	1	66	1.13
183710--183748	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
188873--188987	60	1.9	59	85	5	160	35	13	19	31	1.91
189392--189493	27	3.8	27	92	3	163	33	9	5	50	1.59
189834--189986	20	7.6	20	83	6	150	39	27	14	18	1.90
190079--190129	22	2.5	22	90	9	81	19	39	15	25	1.91
191576--191667	19	4.7	19	89	4	121	29	11	22	35	1.90
191568--191707	20	7.1	20	81	5	133	26	12	22	37	1.91
191557--191667	58	1.9	59	83	5	145	29	10	22	36	1.88
191655--191721	20	3.3	20	85	0	98	16	14	26	41	1.87
191596--191746	40	3.8	41	82	10	156	21	13	23	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191791--191840	20	2.5	19	71	9	55	22	14	34	30	1.93
203851--203887	17	2.1	19	85	10	51	24	2	5	67	1.25
205320--205474	29	5.3	29	97	0	283	34	20	21	24	1.97
205335--205469	14	9.4	14	65	18	62	33	21	21	23	1.97
206694--206825	71	1.9	71	86	0	192	42	16	12	28	1.85
210994--211052	31	1.9	31	89	0	91	42	3	8	45	1.51
211073--211127	22	2.5	22	96	0	101	50	9	0	40	1.34
219755--219876	30	4.4	30	79	17	154	7	30	11	50	1.65
219788--219837	21	2.4	21	96	0	91	6	32	12	50	1.64
219758--219867	51	2.2	51	94	0	193	6	30	11	50	1.64

Tables:   1   2