genome.fa.s991.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001985_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  218077

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107--137	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
2272--2425	46	3.3	46	70	13	150	19	25	13	41	1.88
3127--3197	22	3.2	22	91	0	115	43	14	9	32	1.78
10633--10672	21	1.9	21	94	0	71	10	25	30	35	1.88
11858--11900	21	2.0	21	81	4	50	18	0	13	67	1.23
12115--12175	3	21.3	3	73	9	56	63	0	1	34	1.04
12928--12985	29	2.0	29	93	0	98	25	17	17	39	1.91
12961--13457	123	4.0	123	82	2	496	28	20	17	32	1.96
13012--13457	246	1.8	247	83	1	590	28	21	17	32	1.96
14364--14431	25	2.7	25	88	4	102	47	0	14	38	1.45
18941--19111	86	2.0	86	94	2	301	45	14	19	21	1.85
19971--20007	17	2.2	17	90	0	56	2	2	18	75	1.04
40534--40685	82	1.8	83	85	4	218	38	19	17	25	1.93
40566--40685	41	2.9	41	73	19	122	38	21	15	25	1.92
40547--40720	82	2.1	80	78	8	179	36	18	17	27	1.93
40701--40859	41	3.9	41	84	3	205	35	11	18	33	1.87
40682--40860	41	4.4	41	82	6	186	34	11	17	35	1.87
40723--40892	82	2.1	81	81	8	193	35	11	17	34	1.87
42108--42205	43	2.3	43	80	7	110	25	18	23	32	1.97
42283--42490	41	5.0	41	80	5	168	28	18	17	35	1.94
42355--42466	42	2.7	42	84	2	127	29	20	16	33	1.94
42666--42786	41	3.0	41	71	9	120	29	15	20	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42642--42827	82	2.3	81	83	7	232	31	15	19	33	1.93
42666--42833	83	2.0	82	87	3	239	30	15	20	33	1.94
47775--47844	2	35.5	2	94	2	124	47	0	1	51	1.09
48018--48155	2	68.5	2	65	19	56	47	2	10	40	1.49
48003--48091	14	6.2	14	70	17	67	50	1	10	38	1.43
48018--48155	14	9.5	15	67	20	71	47	2	10	40	1.49
48019--48154	22	6.3	20	74	16	94	47	2	10	39	1.50
48040--48110	36	2.0	36	86	5	99	47	2	11	38	1.54
48743--48786	23	1.9	23	86	9	63	47	0	2	50	1.13
49952--49992	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
57677--57721	19	2.4	19	96	0	81	13	31	28	26	1.94
57686--57752	23	3.1	22	85	10	86	19	25	34	20	1.96
58833--58889	23	2.5	23	85	0	78	28	26	26	19	1.99
60571--60614	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
63962--64018	23	2.5	23	88	0	87	28	28	26	17	1.98
65223--65261	20	2.0	19	85	5	51	35	10	5	48	1.59
65701--65744	21	2.1	21	86	0	61	15	22	27	34	1.95
73911--73960	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
76529--76855	35	9.4	34	82	7	320	37	20	18	23	1.95
76529--76855	71	4.7	71	81	9	377	37	20	18	23	1.95
76529--76855	137	2.4	137	90	3	494	37	20	18	23	1.95
76546--76852	102	3.0	101	83	7	366	37	20	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76841--78142	216	6.1	215	90	1	1999	34	15	17	32	1.92
76841--78142	430	3.0	429	92	1	2112	34	15	17	32	1.92
77641--77753	42	2.7	41	78	8	120	25	23	19	30	1.98
78275--78393	57	2.1	57	87	3	168	32	22	15	28	1.95
83628--83671	15	2.6	17	79	17	56	29	36	20	13	1.91
83640--83673	15	2.3	15	100	0	68	35	32	17	14	1.91
83785--83853	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
83818--83853	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
89046--89127	36	2.3	36	78	14	96	47	13	10	28	1.76
91586--91621	12	2.9	12	95	4	63	75	5	19	0	1.00
92032--92082	10	5.1	10	88	9	77	31	29	0	39	1.57
94525--94600	21	3.6	21	79	13	93	18	21	26	34	1.96
94531--94670	42	3.3	42	88	5	212	22	20	20	37	1.95
94550--94663	21	5.4	21	86	8	160	21	19	20	39	1.93
95290--95341	6	9.2	6	91	6	74	0	17	51	30	1.45
95459--95635	21	8.6	21	77	10	161	33	23	19	23	1.97
95434--95609	42	4.3	42	79	13	172	35	21	19	23	1.96
95457--95612	41	3.8	42	80	11	162	34	22	19	23	1.96
95644--95864	21	10.6	21	85	4	277	23	19	25	31	1.98
95644--95864	42	5.3	42	85	5	313	23	19	25	31	1.98
98722--98751	13	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
99052--99133	30	2.7	31	68	19	73	18	15	10	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101462--101494	14	2.4	14	94	0	57	57	0	9	33	1.30
103992--104024	14	2.4	14	90	10	50	3	54	33	9	1.47
104171--104231	24	2.6	23	73	21	56	32	0	3	63	1.10
104328--104368	18	2.2	19	83	12	50	39	2	7	51	1.43
104977--105051	30	2.5	30	89	4	107	32	37	0	30	1.58
105668--105706	16	2.4	16	82	0	51	15	15	7	61	1.55
109924--109955	9	3.4	9	95	4	55	81	0	18	0	0.70
109925--110016	26	3.3	26	80	13	89	77	0	22	0	0.77
109934--110014	24	3.3	24	75	16	78	76	0	23	0	0.79
109934--110014	25	3.3	23	73	13	65	76	0	23	0	0.79
109926--110016	10	8.8	10	80	14	73	76	0	23	0	0.78
109943--110016	7	10.4	7	75	16	55	77	0	22	0	0.78
112044--112328	91	3.2	89	89	4	398	27	17	20	33	1.96
112387--112629	102	2.4	102	82	4	300	30	19	11	38	1.88
112540--112630	37	2.5	36	85	3	128	28	23	13	35	1.92
112958--114145	134	9.0	134	85	3	1432	29	20	20	29	1.97
113064--114143	44	24.5	44	68	8	466	30	20	20	29	1.98
112958--114147	259	4.5	263	85	4	1463	29	20	20	29	1.97
114475--114545	30	2.4	30	88	4	99	33	39	0	26	1.57
114839--114874	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
119266--119307	11	3.9	11	81	12	52	78	0	21	0	0.75
119266--119324	10	5.7	11	84	13	72	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119266--119324	31	1.9	31	86	6	84	79	0	20	0	0.73
120574--120858	90	3.2	89	87	3	387	27	17	19	35	1.95
120921--121160	102	2.4	102	85	2	308	29	18	14	37	1.90
121070--121155	37	2.4	37	88	2	129	25	20	15	38	1.92
121489--122806	265	5.0	263	86	3	1628	30	20	19	29	1.97
121583--122715	44	25.9	44	66	10	347	30	20	20	29	1.97
121489--122806	129	10.0	130	83	5	1464	30	20	19	29	1.97
126321--126350	13	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
126652--126733	30	2.7	31	68	19	73	18	15	10	54	1.69
131898--131957	24	2.6	23	75	17	61	31	0	3	65	1.09
134313--134397	35	2.5	33	78	14	91	27	8	8	56	1.57
138014--138117	51	2.1	50	87	1	145	19	32	28	19	1.96
139278--139306	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
139480--139596	2	58.0	2	71	14	71	52	0	6	40	1.34
140413--140556	78	1.8	78	90	0	234	42	7	4	45	1.54
153313--153385	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
153414--153617	83	2.4	84	87	3	277	28	18	19	33	1.95
153417--153653	85	2.8	83	84	3	271	29	18	18	33	1.95
153625--153689	13	5.0	13	92	0	112	30	12	23	33	1.91
153625--153689	26	2.5	26	100	0	130	30	12	23	33	1.91
154020--154044	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
156884--157190	2	155.5	2	69	14	111	46	5	4	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156900--156948	25	1.9	26	91	4	82	42	2	0	55	1.11
157474--157568	42	2.3	41	87	7	129	42	25	0	32	1.55
158007--158163	79	2.0	79	86	2	217	44	7	5	43	1.53
160111--160156	20	2.2	21	77	11	51	36	8	8	45	1.66
164863--164994	32	4.1	32	81	3	149	27	24	28	19	1.99
173003--173162	67	2.3	69	79	7	173	22	22	18	36	1.95
176929--176963	16	2.3	15	95	5	61	60	0	5	34	1.21
179718--179762	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
181776--181897	39	3.2	39	74	12	108	50	2	13	33	1.54
182788--182818	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2