genome.fa.s10105.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010105.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124891, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  523673

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974--1159	51	3.6	51	79	5	198	32	15	23	29	1.95
974--1159	102	1.8	103	82	8	245	32	15	23	29	1.95
5871--5960	17	5.2	17	71	15	60	71	18	2	7	1.21
5895--5945	3	17.7	3	82	8	52	72	21	0	5	1.05
5872--5953	20	4.1	20	80	13	71	70	19	1	8	1.19
5892--5989	35	2.8	35	84	10	103	71	17	3	8	1.23
5906--5951	23	2.0	24	95	4	85	73	17	0	8	1.07
5903--5989	12	7.3	12	79	7	97	71	17	3	8	1.25
5976--6062	44	2.0	43	82	8	104	70	17	4	8	1.29
5992--6079	22	4.0	22	74	14	74	69	18	4	7	1.31
6013--6073	21	2.8	22	76	14	63	70	18	4	6	1.27
5879--6051	12	15.1	11	70	11	73	70	17	4	7	1.27
9611--9676	29	2.3	29	79	10	73	27	6	15	51	1.66
9693--9723	16	1.9	16	93	0	53	22	9	0	67	1.19
12014--12048	15	2.3	15	100	0	70	60	0	0	40	0.97
12487--12524	17	2.2	18	85	4	51	36	2	0	60	1.11
13981--14046	31	2.2	30	83	8	80	40	4	4	50	1.43
13978--14048	30	2.4	29	75	15	72	40	4	4	50	1.41
14032--14084	22	2.4	23	75	6	56	54	3	0	41	1.18
15797--15865	20	3.5	20	69	11	70	47	0	0	52	1.00
16514--16559	21	2.1	23	84	8	60	45	4	6	43	1.49
16588--16621	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23045--23187	71	2.1	71	85	6	195	30	9	14	46	1.76
32557--32597	8	5.0	9	82	17	54	70	0	0	29	0.87
39530--39673	43	3.4	42	87	2	193	25	27	12	35	1.92
48560--48611	25	2.1	25	100	0	104	21	28	15	34	1.94
54299--54477	24	7.5	24	86	2	243	29	24	21	24	1.99
57195--58370	587	2.0	587	96	0	2156	26	13	25	33	1.93
60380--60421	20	2.0	21	86	4	59	76	2	2	19	1.01
61412--62025	100	6.2	100	75	6	395	26	17	18	37	1.93
61503--62025	200	2.6	199	80	4	547	26	17	18	37	1.93
61659--61919	50	5.2	49	69	10	134	26	16	18	38	1.91
62681--62732	21	2.5	21	80	0	59	53	9	17	19	1.70
71084--71162	4	18.2	4	78	11	50	68	6	0	25	1.13
71077--71135	27	2.2	27	85	11	77	69	6	0	23	1.12
71098--71162	9	7.3	9	72	16	55	70	3	0	26	1.01
71098--71147	13	3.7	13	86	5	64	70	4	0	26	1.05
71096--71162	22	3.0	22	84	6	91	70	4	0	25	1.06
71343--71404	19	3.3	19	73	8	63	74	0	3	22	0.96
77205--77262	21	2.7	22	82	15	68	22	12	24	41	1.87
77430--77487	2	29.0	2	96	0	107	0	1	50	48	1.11
77718--77769	25	2.1	25	100	0	104	19	7	3	69	1.29
78003--78143	52	2.8	49	79	9	144	39	2	7	51	1.44
78285--78525	84	2.8	85	79	6	231	26	12	12	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84849--84877	14	2.1	14	93	6	51	68	0	6	24	1.13
88665--88710	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
89777--89833	6	9.0	6	74	11	51	22	1	1	73	1.02
89777--89827	20	2.5	20	83	0	57	23	1	1	72	1.05
89790--89833	13	3.3	13	84	12	54	25	2	0	72	0.96
93674--93713	16	2.4	17	83	4	55	77	0	10	12	0.99
94766--94811	25	1.9	23	86	8	65	36	4	2	56	1.31
104064--104169	36	2.9	36	97	0	203	18	20	20	39	1.92
106802--107011	79	2.6	80	84	4	255	23	20	24	30	1.99
106824--107011	80	2.4	79	85	2	243	23	21	25	30	1.99
107049--107212	80	2.0	80	84	0	211	23	17	23	34	1.96
110769--110811	18	2.4	18	81	14	61	32	27	23	16	1.96
113231--113395	42	4.0	41	88	5	224	29	25	9	36	1.87
120274--120436	81	2.0	81	98	0	317	15	21	17	44	1.86
125183--125402	107	2.1	107	97	0	413	43	6	11	38	1.67
125810--125857	19	2.6	18	83	6	60	66	8	2	22	1.29
125811--125867	19	3.1	19	82	5	55	64	8	1	24	1.31
129066--129151	43	2.0	43	97	0	163	24	23	17	34	1.96
129909--129984	29	2.6	28	83	6	80	47	22	9	21	1.78
129941--130007	30	2.2	30	89	5	100	43	23	8	23	1.82
130689--130735	24	2.0	24	87	4	69	53	8	10	27	1.64
132871--132930	17	3.5	17	93	0	93	55	15	11	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132844--132932	34	2.6	33	81	8	90	52	15	12	19	1.74
139575--139614	18	2.2	18	86	0	53	22	20	20	37	1.94
160336--160412	22	3.5	22	90	0	118	15	20	20	42	1.88
160336--160446	22	5.0	22	84	5	116	14	21	21	42	1.88
167589--167653	22	3.0	22	88	0	76	12	20	23	44	1.84
168086--168154	34	2.0	34	100	0	138	31	0	23	44	1.53
175493--175518	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
176049--176096	7	6.7	7	76	4	51	39	2	2	56	1.23
176052--176150	6	17.0	6	71	13	64	41	2	4	52	1.32
176057--176120	23	2.8	23	83	7	76	37	3	4	54	1.37
176088--176136	17	2.9	16	76	8	53	38	2	4	55	1.31
177791--178110	59	5.5	57	78	6	243	35	24	2	37	1.69
177681--178075	59	6.7	59	75	8	288	35	23	3	37	1.73
177794--178111	88	3.6	87	76	9	254	35	24	2	37	1.70
177771--178086	117	2.7	117	79	7	324	36	23	2	37	1.70
177635--178110	29	16.2	29	71	12	233	35	24	3	37	1.71
189320--189372	16	3.4	16	78	5	63	35	0	7	56	1.28
189320--189358	15	2.5	15	87	4	51	30	0	10	58	1.31
190714--190888	30	5.8	30	75	7	149	34	22	1	41	1.64
190704--191071	29	12.5	29	73	12	243	34	24	2	38	1.69
194118--194148	16	2.0	16	93	6	55	0	16	0	83	0.64
203712--203759	25	1.9	25	82	0	60	43	25	12	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206329--206402	21	3.5	20	78	5	67	28	13	24	33	1.93
208378--208533	81	1.9	80	84	3	206	30	25	14	29	1.95
215214--215364	81	1.9	80	81	1	185	29	23	15	31	1.95
221550--221593	22	2.0	22	100	0	88	22	9	18	50	1.75
229176--229326	81	1.9	81	87	2	223	28	27	14	29	1.95
235108--235156	21	2.3	21	82	0	62	12	10	4	73	1.22
238011--238039	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
238039--238117	2	42.0	2	76	12	60	51	2	2	43	1.28
257418--257480	21	3.0	21	97	0	117	38	19	7	34	1.81
258728--258780	25	2.2	23	83	6	61	62	3	11	22	1.45
270064--270121	27	2.1	29	90	9	95	55	13	3	27	1.55
271275--271314	4	9.8	4	83	5	53	20	0	2	77	0.88
271264--271314	21	2.4	22	86	3	68	19	1	3	74	1.07
284304--284375	37	1.9	37	82	0	90	34	20	5	38	1.76
286281--286319	18	2.1	19	85	4	53	71	7	17	2	1.21
288024--288180	30	5.6	29	72	17	116	26	16	29	26	1.97
287999--288184	27	6.7	27	72	16	139	27	17	27	26	1.98
287981--288184	57	3.6	57	85	5	256	27	17	27	26	1.98
287999--288206	27	7.5	27	70	12	134	27	17	27	26	1.98
288209--288264	22	2.6	22	85	2	69	41	19	25	14	1.89
292326--292356	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
293313--293381	27	2.6	26	84	11	95	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293267--293376	57	1.9	57	81	0	130	30	17	25	26	1.97
296602--296677	38	2.0	38	100	0	152	44	28	10	15	1.80
304733--304781	24	2.0	24	100	0	98	34	8	20	36	1.82
308559--308596	18	2.1	18	90	9	60	50	13	10	26	1.73
314587--314625	5	7.8	5	91	0	60	23	74	0	2	0.94
316058--316090	17	2.0	16	94	5	57	0	39	0	60	0.97
315731--316198	246	1.9	244	90	2	751	24	18	7	49	1.73
318108--318159	26	2.0	26	92	0	86	50	9	11	28	1.70
321222--321266	16	2.8	17	77	12	51	44	0	4	51	1.21
332010--332051	21	2.0	21	85	4	57	64	11	9	14	1.50

Tables:   1   2