genome.fa.s10316.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010316.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125178, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  389999

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 156 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2924--3366	59	7.6	59	80	7	499	30	2	30	36	1.72
2940--3371	30	14.7	30	80	10	423	29	2	31	36	1.72
4452--4515	3	21.3	3	74	6	58	37	1	4	56	1.30
4484--4536	24	2.2	24	83	6	63	49	1	1	47	1.23
5214--5256	18	2.4	18	88	3	61	48	2	2	46	1.27
5247--5306	6	10.2	6	78	10	70	55	1	0	43	1.10
5233--5338	29	3.8	29	74	17	100	53	2	0	42	1.22
5265--5303	11	3.9	11	75	25	50	61	0	0	38	0.96
5247--5338	18	5.2	17	83	10	114	55	3	0	41	1.16
5247--5338	35	2.6	34	85	10	114	55	3	0	41	1.16
8044--8190	52	2.8	51	78	7	145	29	19	14	36	1.91
8102--8240	55	2.6	55	82	12	155	30	21	12	35	1.90
9232--9322	30	3.0	30	95	0	164	59	4	5	30	1.40
10319--10388	22	3.2	20	71	15	50	54	2	8	34	1.46
14559--14766	115	1.8	113	85	4	292	35	12	13	37	1.83
14559--14810	115	2.2	115	81	6	289	34	13	15	36	1.87
19803--19827	11	2.3	11	100	0	50	64	0	8	28	1.22
22236--22306	26	2.7	26	88	0	88	40	4	19	35	1.71
22245--22306	13	4.8	13	83	0	79	40	4	19	35	1.73
22259--22323	26	2.5	26	82	2	76	41	3	20	35	1.68
26117--26142	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
30401--30427	12	2.2	12	100	0	54	0	33	14	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41614--41654	20	2.0	21	85	4	57	36	9	7	46	1.65
41738--41787	23	2.2	23	82	10	59	38	8	4	50	1.51
43421--43474	27	2.0	28	88	3	83	22	20	5	51	1.67
48060--48086	14	1.9	14	100	0	54	0	7	0	92	0.38
49033--49058	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
51892--51927	16	2.2	16	90	0	54	47	0	5	47	1.25
56067--56091	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
56537--56655	63	1.9	63	81	6	145	34	10	6	47	1.65
60081--60132	23	2.3	24	81	18	67	28	0	3	67	1.08
69964--69994	16	1.9	16	93	0	53	45	22	12	19	1.84
72866--72909	22	2.1	21	87	8	63	27	20	20	31	1.97
73638--73664	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
78241--78317	21	3.7	21	76	13	86	31	11	25	31	1.92
82042--82079	18	2.0	20	85	10	53	5	28	0	65	1.14
94118--94149	12	2.7	12	90	0	55	15	59	0	25	1.36
96137--96182	23	1.9	23	91	8	74	71	2	0	26	0.97
96380--96475	39	2.5	37	79	14	97	34	4	3	58	1.33
96375--96472	42	2.4	45	73	23	106	35	4	3	57	1.33
100466--100546	36	2.2	36	91	0	126	23	22	28	25	1.99
110798--111267	30	16.0	29	72	15	290	29	3	32	34	1.74
110808--111270	59	7.9	59	83	8	413	29	3	32	34	1.73
110808--111267	118	3.9	114	83	6	480	29	3	32	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113069--113145	17	4.6	16	79	9	82	51	5	1	41	1.32
113069--113145	34	2.3	34	83	0	100	51	5	1	41	1.32
113509--113977	197	2.3	199	89	4	692	21	22	17	37	1.94
113922--113993	37	1.9	37	100	0	144	30	23	16	29	1.96
113926--114006	37	2.2	37	91	4	128	32	23	13	30	1.93
113710--114217	245	2.1	246	91	3	844	21	23	18	37	1.95
126189--126662	30	16.2	29	78	11	406	29	2	33	33	1.73
126189--126705	59	8.8	58	84	4	496	29	2	33	34	1.73
126189--126689	29	17.1	28	77	13	386	29	2	33	34	1.73
128510--128586	17	4.6	16	79	9	82	51	5	1	41	1.32
128510--128586	34	2.3	34	83	0	100	51	5	1	41	1.32
129692--129784	9	10.1	9	70	13	55	31	2	2	64	1.17
149242--149329	24	3.6	24	71	7	70	36	0	3	60	1.14
149737--149813	28	2.8	28	78	2	84	23	15	7	53	1.68
153878--153927	23	2.1	24	85	10	68	20	8	2	70	1.23
153968--154043	36	2.1	36	92	4	127	47	0	13	39	1.42
158047--158103	30	2.0	28	86	6	78	31	7	7	54	1.54
158431--158464	12	2.7	13	90	4	52	73	0	5	20	1.04
159084--159126	18	2.4	18	100	0	86	41	6	4	46	1.51
165998--166032	18	1.9	18	88	11	54	60	0	5	34	1.21
166593--166674	29	2.8	29	88	1	110	41	2	36	19	1.65
170652--170721	23	3.0	23	89	2	104	24	11	22	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170705--170750	23	2.0	23	87	8	67	41	10	15	32	1.82
172408--172491	20	3.9	21	78	12	89	5	3	17	72	1.19
172416--172514	43	2.3	43	79	5	103	6	6	16	71	1.26
172696--172793	50	2.0	49	82	6	117	28	0	6	65	1.16
172694--172781	39	2.2	40	80	11	103	29	0	5	64	1.16
173100--173135	16	2.1	16	90	10	54	22	0	2	75	0.94
173204--173261	27	2.1	27	84	9	73	32	0	3	63	1.11
173692--173740	18	2.6	19	80	6	55	28	0	0	71	0.86
174748--174776	7	4.1	7	100	0	58	13	0	41	44	1.44
181522--181580	27	2.2	27	87	6	84	27	30	25	16	1.97
187834--187886	24	2.3	22	78	15	63	47	1	0	50	1.12
191370--191410	6	6.8	6	81	18	50	46	0	2	51	1.14
191377--191416	10	3.7	10	81	18	53	47	0	0	52	1.00
191359--191404	17	2.7	17	90	6	67	43	0	4	52	1.21
191370--191416	23	2.0	24	92	8	80	46	0	2	51	1.13
192060--192138	3	26.3	3	79	5	88	58	3	1	36	1.24
193129--193331	29	6.9	30	79	8	213	34	27	3	33	1.74
193115--193335	59	3.8	59	83	3	286	34	27	4	33	1.76
193162--193337	88	2.0	86	82	5	210	36	26	2	34	1.71
196465--196503	17	2.3	17	86	0	51	20	5	2	71	1.17
196651--196688	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
205826--205865	21	2.0	20	85	5	53	20	12	0	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205800--205866	21	3.3	21	69	17	52	19	10	0	70	1.16
206692--206721	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
211652--211688	2	18.5	2	91	0	56	0	43	2	54	1.14
220631--220666	12	3.0	12	100	0	72	33	33	0	33	1.58
222073--222113	15	2.9	14	80	20	50	60	0	39	0	0.96
222552--222602	18	2.8	18	86	13	70	13	11	9	64	1.49
223182--223224	18	2.4	18	85	11	54	81	0	16	2	0.79
223193--223222	14	2.1	15	93	6	53	83	0	16	0	0.65
248751--248792	17	2.4	18	88	4	59	47	2	2	47	1.28
249718--249748	6	5.2	6	92	0	53	12	32	0	54	1.38
252687--252718	2	16.0	2	93	0	55	50	46	3	0	1.17
258373--258404	14	2.3	15	89	10	50	56	18	0	25	1.42
266955--267021	17	3.9	16	71	17	55	61	4	1	32	1.25
268292--268373	43	1.9	43	82	5	103	53	13	2	30	1.52
268469--268751	149	1.9	147	86	1	395	40	8	9	41	1.67
270261--270305	16	3.0	15	79	20	58	73	2	0	24	0.95
270445--270478	17	2.0	17	88	0	50	50	2	8	38	1.49
272639--272734	17	5.6	17	81	9	115	45	20	10	22	1.81
272641--272771	51	2.6	51	83	7	151	45	20	11	22	1.83
272614--272753	34	4.2	33	81	9	133	42	20	12	25	1.87
272639--272775	17	8.1	17	72	13	104	43	21	12	23	1.86
277443--277492	18	2.8	17	75	19	57	30	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278359--278400	22	1.9	22	85	9	59	59	4	2	33	1.31
281741--281871	67	2.0	67	89	0	199	37	8	9	44	1.68
283208--283444	126	1.9	120	86	6	334	44	9	9	36	1.69
285276--285620	30	11.6	30	83	8	370	34	2	27	35	1.71
286720--286827	3	35.3	3	68	7	56	31	5	6	56	1.48
287469--287509	17	2.4	17	91	0	64	51	4	0	43	1.23
287889--288485	206	3.0	201	83	3	689	23	22	18	35	1.96
288385--288659	121	2.3	121	93	1	462	22	23	17	36	1.94
300467--300704	30	7.9	30	85	3	291	36	1	24	36	1.66
300422--300706	60	4.8	59	82	4	315	35	2	25	36	1.70

Tables:   1   2