genome.fa.s10601.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010601.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125532, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333547

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850--886	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
4019--4068	21	2.4	21	96	0	91	20	20	12	48	1.80
9916--9955	3	14.0	3	89	10	66	67	0	0	32	0.91
10974--11009	13	2.7	13	95	4	63	47	22	16	13	1.82
10977--11024	14	3.5	14	86	11	64	39	22	20	16	1.92
11071--11104	15	2.3	15	89	0	50	8	8	32	50	1.64
17118--17151	3	12.0	3	87	12	54	67	0	0	32	0.91
18178--18224	13	3.6	13	88	0	76	46	25	14	12	1.80
18258--18291	15	2.3	15	89	0	50	8	8	32	50	1.64
20793--20835	22	1.9	23	86	13	63	32	4	0	62	1.15
21490--21551	20	3.2	19	77	17	56	53	3	1	41	1.27
29664--29726	26	2.4	26	86	7	83	25	6	1	66	1.24
34611--34750	51	2.8	50	76	9	140	35	5	3	55	1.39
39751--39803	23	2.3	23	76	0	61	47	28	1	22	1.62
41207--41262	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
41207--41318	15	7.4	15	79	11	95	33	7	0	58	1.31
44115--44209	43	2.2	44	90	7	149	52	16	18	11	1.74
50395--50449	17	3.2	17	77	7	58	21	16	12	49	1.79
51013--51060	16	3.1	16	75	6	53	72	0	18	8	1.08
53457--53497	7	5.6	7	83	11	55	82	2	12	2	0.86
53452--53500	12	4.2	12	76	7	57	83	2	12	2	0.82
53457--53495	16	2.6	16	84	8	55	82	2	12	2	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54445--54673	50	4.6	49	71	9	142	34	18	18	27	1.95
54387--54667	150	1.9	151	81	3	343	35	19	17	27	1.94
54496--54865	100	3.7	99	74	5	289	35	18	16	29	1.93
75810--75853	18	2.4	18	76	0	52	38	6	11	43	1.67
80534--80664	37	3.6	36	78	12	131	33	28	18	19	1.96
90927--91027	45	2.2	46	83	1	123	37	2	13	45	1.59
96229--96255	10	2.7	10	100	0	54	22	33	0	44	1.53
97748--98036	23	12.6	23	72	11	182	35	3	14	46	1.63
97848--97920	10	7.6	10	80	9	89	35	1	20	42	1.61
97848--97918	17	3.8	17	73	15	61	35	1	21	42	1.62
97719--98056	184	1.8	185	91	0	561	35	3	15	45	1.63
97969--98151	23	7.9	23	73	16	92	37	4	16	40	1.71
98081--98133	19	2.9	19	82	17	69	41	3	16	37	1.67
98036--98181	68	2.1	68	92	0	238	38	4	18	39	1.70
98154--98200	10	4.6	10	86	2	67	36	2	21	40	1.65
98146--98200	20	2.8	20	88	5	76	34	3	21	40	1.71
98078--98235	78	2.0	77	81	6	185	36	5	18	39	1.73
99391--99542	77	2.0	77	89	0	232	34	23	17	24	1.96
100739--100798	17	3.5	17	81	4	75	36	0	5	58	1.20
107451--108208	39	19.5	37	68	14	163	25	29	18	27	1.98
107490--108573	78	13.9	77	78	4	915	25	29	18	26	1.98
107451--108558	234	4.7	235	81	3	1049	25	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108951--109061	17	6.5	17	86	2	150	36	0	4	57	1.25
108980--109061	6	14.3	6	76	14	84	40	1	2	56	1.20
109003--109057	11	4.9	11	82	8	58	40	1	1	56	1.21
108951--109061	34	3.2	34	93	1	177	36	0	4	57	1.25
110801--110905	30	3.5	30	79	8	79	39	26	0	33	1.63
110856--111138	57	4.9	59	77	9	214	37	23	3	36	1.71
110798--111172	29	12.9	28	74	8	216	36	24	2	35	1.70
110836--111172	86	3.9	84	77	9	270	37	24	2	35	1.71
111448--111641	97	2.0	97	86	2	273	26	18	17	38	1.92
118569--118598	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
118590--118774	92	2.0	92	100	0	370	37	9	6	46	1.63
119150--119203	16	3.4	16	89	0	81	40	1	27	29	1.67
119373--119537	61	2.8	58	82	6	179	55	3	0	41	1.17
119471--119555	39	2.1	41	80	6	102	55	3	0	41	1.17
119515--119564	24	2.1	23	82	10	57	60	2	0	38	1.09
119986--120327	43	8.0	43	83	1	380	31	25	16	26	1.96
120601--120663	30	2.1	30	88	2	92	17	23	15	42	1.88
126220--126245	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
126343--126701	112	3.1	111	87	6	520	43	2	7	46	1.45
126464--126712	64	3.9	64	72	20	173	43	2	7	46	1.45
126343--126740	120	3.4	120	89	3	598	42	2	7	47	1.44
126554--126589	8	4.5	8	85	0	54	61	2	2	33	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126534--126648	50	2.2	55	86	9	159	43	2	6	46	1.44
126674--126761	8	10.8	8	76	4	59	48	2	3	45	1.31
126554--126712	70	2.3	68	85	9	209	47	3	5	44	1.40
126627--126759	50	2.7	50	85	2	180	46	1	5	46	1.34
126627--126781	50	3.1	50	81	3	118	45	1	7	46	1.38
134944--134986	21	2.0	21	95	0	59	32	11	46	9	1.72
134934--134994	21	3.4	17	73	18	52	37	9	44	8	1.68
136745--136973	41	5.6	41	81	4	223	18	28	16	37	1.92
148930--148977	24	2.0	24	100	0	96	25	29	4	41	1.74
153958--154025	29	2.2	31	82	12	79	51	0	1	47	1.09
153963--154070	10	10.9	10	69	20	59	47	0	1	50	1.11
153945--154096	57	2.6	58	79	9	166	47	1	1	50	1.18
153931--154096	58	2.9	58	76	9	169	45	1	1	51	1.22
154252--154292	16	2.6	16	96	0	73	26	31	7	34	1.84
154871--155269	60	6.6	60	86	1	503	34	22	12	30	1.91
158291--158330	21	1.9	21	84	0	53	45	25	2	27	1.66
158301--158345	21	2.2	20	84	4	54	46	20	2	31	1.62
167282--167351	36	1.9	36	94	0	122	15	22	5	55	1.61
167798--167832	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
167795--167845	21	2.6	19	77	14	59	49	0	0	50	1.00
167842--167866	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
167806--167859	23	2.3	23	75	6	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169028--169153	62	2.0	62	100	0	252	20	23	28	26	1.99
169696--169749	24	2.4	22	80	14	65	33	3	27	35	1.75
169708--169755	24	2.0	24	100	0	96	29	0	33	37	1.58
170944--170979	18	2.0	18	88	0	54	16	22	38	22	1.93
178911--179063	26	6.0	26	70	6	116	39	16	25	18	1.91
178923--179063	50	2.8	50	82	0	183	38	17	26	18	1.92
178945--179036	24	3.8	24	68	5	67	36	16	27	19	1.93
182051--182237	51	3.7	51	89	2	261	34	14	20	29	1.93
189302--189490	51	3.8	50	86	6	258	32	16	24	26	1.96
189302--189490	98	1.9	99	90	1	299	32	16	24	26	1.96
190272--190331	21	2.8	22	80	7	70	36	8	21	33	1.84
192055--192085	9	3.3	9	95	4	53	61	0	29	9	1.28
193546--193586	17	2.5	16	80	7	55	75	0	0	24	0.80
194719--194749	7	4.3	7	95	4	53	80	0	0	19	0.71
203455--203518	31	2.1	31	100	0	128	40	9	21	28	1.84
209749--209779	16	1.9	16	93	0	53	54	0	25	19	1.44
211751--211824	23	3.2	23	88	3	105	12	27	22	37	1.90
212093--212241	74	2.0	74	96	0	271	31	21	20	26	1.98
215485--215526	17	2.5	17	88	0	57	52	19	9	19	1.72
218473--218505	17	1.9	17	100	0	66	42	12	24	21	1.86
220646--220833	42	4.5	42	82	5	213	27	24	10	38	1.87
223895--223979	3	28.3	3	72	9	57	36	2	4	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223895--223984	15	5.6	15	70	14	63	36	3	4	55	1.37
223892--223994	21	4.8	20	72	20	68	35	2	4	56	1.36
223906--223962	20	2.9	20	85	14	75	35	1	5	57	1.31
224640--224718	6	13.7	6	75	12	67	51	2	0	45	1.14
224640--224718	17	4.6	17	80	1	95	51	2	0	45	1.14
224648--224705	23	2.5	23	80	0	71	50	3	0	46	1.18
225099--225776	206	3.2	206	89	2	960	22	22	20	34	1.97
231988--232048	29	2.1	29	93	3	106	24	6	31	37	1.81
232092--232167	29	2.6	30	78	14	86	42	3	19	34	1.70
232031--232398	58	6.3	58	74	12	188	35	4	24	35	1.76

Tables:   1   2