genome.fa.s10916.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010916.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125884, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  503119

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3678--3724	15	3.0	16	75	6	51	19	6	29	44	1.75
13138--13230	46	2.0	46	95	0	168	45	7	10	36	1.68
15470--15514	20	2.2	20	84	0	54	37	22	17	22	1.94
15522--15559	11	3.5	11	82	13	51	34	28	18	18	1.95
15518--15559	22	1.9	22	95	0	75	33	28	19	19	1.96
15578--15625	21	2.3	21	85	7	62	22	2	31	43	1.65
17687--17756	35	2.0	35	97	0	131	31	14	24	30	1.94
19441--19568	40	3.2	40	76	5	98	39	17	21	21	1.92
19454--19569	40	2.9	40	82	0	133	42	18	18	20	1.90
19558--19993	41	10.7	41	74	5	296	30	17	28	23	1.97
19558--19975	123	3.4	122	76	10	379	29	17	28	23	1.97
19786--19977	78	2.4	80	75	11	187	29	18	28	23	1.98
19687--19977	160	1.8	161	82	6	385	30	17	28	24	1.97
20024--20062	18	2.1	19	85	4	53	38	7	5	48	1.54
21739--21780	22	2.0	21	86	13	59	52	2	0	45	1.13
21821--21934	41	2.8	41	81	5	115	40	14	20	24	1.90
25048--25144	32	3.0	32	73	21	112	44	5	5	45	1.48
25045--25164	64	1.9	64	91	0	195	43	4	5	47	1.44
25130--25270	55	2.5	56	88	2	212	45	7	2	44	1.45
25236--25266	14	2.2	14	94	0	53	51	9	3	35	1.51
25330--25381	4	12.5	4	76	8	50	42	1	0	55	1.10
25327--25381	12	4.8	12	80	8	60	41	1	0	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25421--25477	26	2.4	24	82	11	73	42	1	0	56	1.10
25324--25456	30	4.4	30	70	15	96	44	3	1	51	1.26
25429--25477	12	3.8	13	84	15	66	42	2	0	55	1.11
25412--25522	22	5.0	22	65	8	73	45	7	0	46	1.30
25540--25570	14	2.2	14	94	0	53	51	9	3	35	1.51
25547--25629	29	3.0	29	75	19	86	46	7	0	45	1.30
25566--25611	21	2.2	21	84	7	58	47	2	0	50	1.13
25571--25688	42	2.7	45	82	11	147	44	5	0	48	1.33
25660--25695	8	4.2	8	86	13	54	38	0	0	61	0.96
25659--25695	18	2.1	18	100	0	74	40	0	0	59	0.97
25660--25713	26	2.1	26	89	0	81	37	3	1	57	1.27
25686--25856	77	2.2	76	88	3	245	43	5	2	48	1.40
25256--25910	333	2.0	326	85	7	890	44	6	1	46	1.40
25677--25869	77	2.4	79	82	11	234	43	4	3	48	1.39
25822--25952	56	2.3	56	86	1	181	46	9	3	41	1.51
27917--28038	43	2.8	44	85	8	135	23	10	31	34	1.89
27931--28064	43	3.1	43	85	6	148	20	14	31	33	1.92
27959--28066	44	2.5	44	86	1	146	22	13	30	33	1.93
37759--37995	79	3.0	78	90	3	350	22	19	26	31	1.98
40137--40186	23	2.2	22	92	3	82	46	2	0	52	1.12
61926--61964	12	3.2	12	81	0	51	28	38	15	17	1.91
61926--61974	24	2.0	24	88	0	71	30	36	14	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67396--67450	26	2.1	26	96	0	101	41	10	5	41	1.63
77805--77971	87	1.9	86	86	1	235	35	20	14	29	1.93
91406--91630	118	1.9	119	81	3	274	24	26	17	31	1.97
92828--92995	88	1.9	88	96	0	309	42	17	5	34	1.73
95457--95497	21	1.9	22	85	5	57	19	24	26	29	1.98
96285--96316	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
119003--119036	17	2.0	17	88	0	50	64	5	5	23	1.38
119875--119929	23	2.4	23	90	0	83	25	23	23	27	2.00
120667--120778	53	2.1	51	79	9	118	8	19	4	67	1.33
125648--125681	17	2.0	17	88	0	50	64	2	5	26	1.30
126506--126552	23	2.0	23	91	0	76	23	23	23	29	1.99
126509--126562	23	2.3	23	83	0	72	27	20	24	27	1.99
135101--135140	21	2.0	20	85	5	53	55	7	10	27	1.60
136112--136188	31	2.4	32	80	6	84	38	18	15	27	1.91
145169--145341	60	2.9	60	84	3	206	26	11	12	49	1.74
145553--145628	31	2.5	30	79	8	82	42	10	17	30	1.82
148441--148499	29	2.0	29	100	0	118	45	13	23	16	1.83
152150--152187	5	7.4	5	94	5	51	55	0	0	44	0.99
154978--155032	23	2.4	23	93	0	92	20	21	29	29	1.98
156589--156617	11	2.5	12	94	5	51	79	0	3	17	0.87
158765--158844	17	4.6	17	75	10	74	35	2	8	53	1.45
158765--158850	35	2.5	35	86	1	111	37	2	8	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158802--158850	11	4.4	11	74	5	53	44	0	6	48	1.27
158795--158848	6	9.3	6	80	8	58	40	0	7	51	1.30
158895--158966	37	1.9	37	86	5	101	41	34	6	16	1.75
159548--159601	3	18.0	3	84	7	74	61	0	0	38	0.96
160665--160725	29	2.1	29	84	9	79	31	26	4	37	1.77
160680--160932	29	8.6	28	68	15	111	32	28	3	35	1.73
160700--160932	59	4.0	57	81	9	231	32	29	3	34	1.74
160912--160972	28	2.2	28	85	5	79	29	27	13	29	1.94
160912--160983	28	2.6	28	80	8	67	29	26	12	31	1.93
161207--161380	97	1.8	95	84	2	240	31	17	11	39	1.85
167264--167307	18	2.4	18	80	3	52	54	2	38	4	1.33
172007--172373	49	7.4	50	69	14	235	39	19	25	15	1.91
172007--172493	98	4.9	98	85	2	573	38	20	25	15	1.92
172007--172493	199	2.5	194	83	5	584	38	20	25	15	1.92
172062--172493	49	8.8	49	72	7	264	38	20	25	15	1.92
172062--172493	147	2.9	146	72	10	383	38	20	25	15	1.92
173195--173257	17	3.6	17	75	14	58	31	3	9	55	1.48
173308--173379	37	1.9	37	83	5	92	41	31	6	19	1.78
173894--174003	3	36.0	3	78	7	114	61	2	0	35	1.10
173876--173942	31	2.2	30	89	10	100	58	4	1	35	1.28
173894--173993	37	2.7	37	86	9	125	62	3	0	35	1.11
173889--174003	46	2.6	45	85	12	148	60	2	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174942--175105	29	5.5	29	73	9	132	33	21	0	44	1.57
174977--175133	29	5.2	30	71	12	115	32	22	1	43	1.61
174951--175315	59	6.1	59	81	10	320	32	25	2	39	1.69
174942--175284	119	2.9	116	83	8	381	33	24	2	40	1.67
178246--178325	28	2.9	28	90	0	124	23	26	15	35	1.94
178254--178342	28	3.2	28	83	0	70	25	28	11	34	1.90
179687--179767	32	2.5	32	80	9	85	70	14	4	9	1.31
179749--179856	21	5.2	20	76	17	98	71	19	3	5	1.22
179749--179857	40	2.6	39	84	12	130	71	19	3	5	1.21
179761--179869	21	5.3	20	75	14	89	71	19	4	4	1.21
182524--182583	28	2.1	28	84	0	75	20	31	15	33	1.93
182538--182593	28	2.0	28	85	0	76	21	28	14	35	1.92
183665--183706	20	2.1	20	86	0	66	54	7	0	38	1.28
188654--188687	16	2.1	16	100	0	68	35	0	26	38	1.57
196244--196272	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
196437--196475	18	2.1	19	85	4	53	66	0	0	33	0.92
196519--196596	31	2.5	31	100	0	156	50	3	5	41	1.43
198033--198094	23	2.7	23	82	0	88	22	11	16	50	1.76
198799--198849	22	2.3	21	77	9	57	39	15	19	25	1.91
204342--204379	18	2.1	18	90	9	60	71	0	2	26	1.00
210306--210409	30	3.5	30	70	9	77	37	6	23	32	1.81
210279--210713	59	7.2	59	74	17	265	38	5	25	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210525--210624	28	3.5	28	73	15	96	39	4	26	31	1.74
210506--210719	29	7.4	28	69	20	120	40	3	25	30	1.73
210519--210735	30	7.3	30	70	21	147	40	4	26	29	1.76
211876--211910	14	2.6	13	90	4	52	25	11	0	62	1.28
211903--211949	15	3.1	15	84	0	58	42	4	0	53	1.20
212698--212772	17	4.4	17	83	5	98	56	5	0	38	1.22
213183--213566	49	7.9	49	73	12	283	16	24	19	39	1.91
213125--213663	98	5.6	98	84	5	608	16	23	20	39	1.92
213125--213664	194	2.8	193	83	6	647	16	23	20	39	1.92
213490--213655	89	1.9	89	89	2	262	15	25	19	38	1.92

Tables:   1   2