genome.fa.s10939.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010939.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125907, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302541

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013--1320	162	1.9	162	90	1	492	33	17	20	29	1.95
2367--3682	162	8.1	161	90	2	1937	32	16	22	28	1.96
20478--20513	18	2.0	18	88	0	54	33	50	2	13	1.57
21129--21249	63	1.9	62	88	1	179	18	33	20	28	1.96
22780--22916	41	3.3	41	86	2	177	19	24	29	26	1.98
22747--22936	41	4.7	41	78	6	174	20	22	27	28	1.99
23264--23304	17	2.5	17	88	11	59	78	4	0	17	0.93
23264--23304	21	2.0	20	90	4	64	78	4	0	17	0.93
23831--23901	32	2.2	32	83	11	85	25	11	1	61	1.37
41118--41158	20	2.0	20	95	0	73	39	43	17	0	1.49
41794--41825	16	1.9	17	93	6	57	21	0	18	59	1.38
42555--42682	50	2.6	50	86	5	161	18	27	20	33	1.96
43500--43548	25	2.0	23	88	7	71	22	22	8	46	1.77
43558--43639	43	1.9	42	87	2	119	12	29	12	46	1.77
55358--55399	2	22.0	2	90	9	70	52	0	0	47	1.00
55653--55691	16	2.4	17	91	4	62	15	0	25	58	1.37
55824--55853	15	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
62787--62849	12	5.0	13	82	7	85	50	0	0	49	1.00
62787--62850	25	2.6	25	97	0	119	50	0	0	50	1.00
67963--67993	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
71824--71861	18	2.1	18	85	9	51	52	0	5	42	1.24
73424--73464	17	2.4	17	84	11	57	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75826--75867	21	2.0	22	85	4	59	76	4	2	16	1.07
77613--77715	34	3.0	34	95	0	179	28	51	8	11	1.68
88304--88353	17	2.9	17	85	8	57	72	2	0	26	0.96
90790--90821	15	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
90796--90837	20	2.0	23	86	13	63	45	0	2	52	1.13
95068--95107	18	2.2	18	86	0	53	15	10	0	75	1.05
97819--97852	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
102800--102846	3	15.3	3	91	4	76	34	2	0	63	1.06
102847--102874	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
103513--103704	96	2.0	96	81	8	221	35	14	20	29	1.92
103974--104477	59	8.7	59	83	7	606	32	3	29	33	1.76
103974--104094	29	4.1	29	75	15	106	37	5	24	32	1.79
104076--104111	17	2.2	17	90	5	56	44	5	27	22	1.75
104094--104477	30	13.0	29	82	8	427	30	3	31	34	1.73
104101--104477	178	2.1	178	91	1	623	30	3	31	34	1.74
106352--106423	17	4.4	16	85	5	99	54	2	0	43	1.15
106352--106418	6	11.8	6	71	17	54	53	2	0	43	1.16
106352--106429	33	2.4	33	86	0	111	52	3	0	43	1.19
106367--106435	16	4.2	17	85	7	72	55	7	0	37	1.28
113036--113069	18	1.9	18	88	5	52	35	5	0	58	1.22
124233--124479	90	2.8	90	88	4	367	19	19	33	27	1.96
124706--124757	21	2.5	22	84	9	72	34	0	1	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125012--125077	22	3.1	21	79	14	57	69	1	0	28	0.97
125038--125067	13	2.4	13	94	5	53	73	0	0	26	0.84
125039--125077	19	2.1	19	85	9	53	74	0	0	25	0.82
125636--125692	16	3.6	15	83	9	69	38	1	1	57	1.19
127147--127189	9	4.9	9	78	16	54	32	0	2	65	1.06
129948--130297	30	11.8	30	80	8	326	36	2	25	35	1.70
129948--130301	59	5.9	60	79	10	318	36	2	25	35	1.70
131207--131254	20	2.4	20	100	0	96	35	22	16	25	1.95
132105--132299	96	2.0	97	86	3	268	29	19	15	34	1.93
132458--133061	49	12.3	48	71	10	265	19	25	16	38	1.92
132455--133061	294	2.1	295	86	0	840	19	25	16	38	1.93
139078--139390	30	10.4	30	82	7	314	38	1	23	35	1.66
140980--141022	11	3.8	11	84	6	59	18	2	34	44	1.63
141298--141341	22	2.0	23	90	4	72	31	4	2	61	1.28
148590--148769	51	3.5	51	81	1	207	30	14	24	30	1.95
148718--148896	61	3.0	60	88	4	245	34	13	23	29	1.93
154858--154905	24	2.0	24	83	0	60	22	18	6	52	1.68
156862--156918	30	2.0	29	83	12	75	24	7	8	59	1.52
157792--157843	17	3.1	17	88	0	77	38	0	3	57	1.17
157794--157844	6	8.8	6	78	8	52	39	0	3	56	1.18
158455--158494	13	3.1	13	82	10	55	65	0	0	35	0.93
158446--158488	22	2.0	21	86	13	61	60	0	2	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162004--162126	49	2.5	49	87	0	174	37	17	30	14	1.90
162025--162139	49	2.3	49	87	0	149	35	19	29	15	1.93
162025--162155	49	2.7	49	84	0	136	35	19	28	16	1.93
162475--162808	116	2.9	117	85	3	415	23	28	20	27	1.99
162516--162802	39	7.4	39	74	1	227	22	28	20	28	1.99
162475--162914	78	5.7	78	75	8	297	24	29	18	27	1.98
162593--162914	39	8.3	39	65	11	122	24	30	18	26	1.98
162936--163297	78	4.6	79	79	9	361	27	30	18	24	1.98
162735--163124	210	1.9	199	83	4	428	25	31	16	24	1.95
163112--163346	39	6.0	39	73	6	154	26	31	17	24	1.97
162671--163202	288	1.9	277	83	3	622	25	30	17	25	1.96
162939--163297	156	2.3	156	84	4	431	27	30	17	23	1.97
163169--163414	117	2.1	117	85	4	327	26	30	19	23	1.98
163275--163338	21	3.2	21	62	20	55	25	31	20	23	1.98
163270--163414	78	1.9	78	84	8	197	24	29	20	26	1.99
163912--163953	17	2.5	17	88	0	57	42	7	0	50	1.30
165458--165629	30	5.6	30	78	6	184	30	24	4	40	1.74
165473--165632	61	2.6	60	83	5	223	31	25	4	39	1.75
165555--165771	80	2.6	81	80	14	210	34	22	4	39	1.73
165635--165826	30	6.5	30	83	6	207	35	23	3	36	1.73
165635--165826	59	3.2	60	83	6	223	35	23	3	36	1.73
165667--165877	30	7.1	29	75	15	105	37	23	3	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165801--165887	30	2.9	30	77	12	92	39	21	2	36	1.66
171027--171061	17	2.0	18	88	5	54	11	51	20	17	1.75
173092--173190	29	3.5	28	82	9	112	37	23	2	37	1.66
173078--173225	30	5.1	29	74	16	105	36	26	2	34	1.71
173090--173226	58	2.4	58	82	10	156	37	25	2	35	1.68
173112--173226	30	4.0	28	79	14	117	36	26	1	34	1.67
179016--179059	18	2.4	18	85	11	54	59	2	2	36	1.23
184539--184577	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
185914--185950	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
194406--194439	16	2.1	16	88	5	50	14	11	11	61	1.56
200012--200050	20	1.9	21	84	5	53	51	2	0	46	1.14
200831--200857	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
204457--204501	23	2.0	23	86	0	63	48	4	8	37	1.55
206406--206542	62	2.2	62	88	5	206	43	2	2	51	1.29
207219--207272	18	2.8	20	81	13	78	50	3	0	46	1.19
209947--209986	15	2.6	16	84	11	57	32	0	0	67	0.91
210647--210681	13	2.6	14	86	9	54	37	0	0	62	0.95
210632--210674	18	2.3	19	80	15	54	39	0	0	60	0.97
213297--213334	19	2.1	18	90	5	58	18	2	26	52	1.58
215967--216010	21	2.1	21	83	8	54	25	6	11	56	1.58
216773--216816	22	2.0	23	82	13	56	27	9	9	54	1.62
218985--219025	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227886--227929	20	2.2	20	84	11	56	59	6	0	34	1.24
227881--227956	30	2.6	29	82	10	93	60	5	0	34	1.19
228194--228264	19	3.7	18	71	12	61	63	1	1	33	1.12
228193--228264	9	7.6	9	76	14	56	62	1	1	34	1.13
228497--228556	30	2.0	29	81	9	68	55	0	0	45	0.99
228492--228558	22	2.9	23	72	16	59	55	0	0	44	0.99
229219--229253	18	1.9	18	88	0	52	40	5	5	48	1.51
236677--236812	68	2.0	68	100	0	272	39	13	7	39	1.72
238393--238427	15	2.2	16	90	5	54	34	0	0	65	0.93
238374--238424	18	2.8	18	77	11	59	33	1	1	62	1.17

Tables:   1   2