genome.fa.s10965.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010965.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125933, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110835

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--303	156	1.9	156	85	0	417	28	21	12	37	1.90
151--929	216	3.6	220	85	4	965	26	18	14	40	1.89
6394--6435	21	2.0	21	95	0	75	7	9	23	59	1.53
8919--8965	25	2.0	25	83	8	62	19	6	19	55	1.64
15048--15223	48	3.7	48	87	4	241	24	8	14	52	1.69
15203--15232	15	2.0	15	93	0	51	30	13	10	46	1.75
15750--23463	216	35.8	216	83	2	8691	28	16	14	40	1.88
19383--19423	21	2.0	21	86	13	59	29	12	12	46	1.77
21108--21147	20	2.0	20	85	5	53	27	7	15	50	1.70
26431--26493	32	2.0	32	90	0	99	39	19	9	31	1.83
26539--26636	38	2.6	38	88	1	151	54	14	5	26	1.61
26562--26623	19	3.3	19	64	8	54	54	9	4	30	1.54
28700--29741	216	4.8	215	80	5	976	27	17	12	42	1.85
28700--30610	431	4.5	430	75	11	1343	27	18	12	41	1.86
29778--30644	216	4.0	216	83	4	1041	26	18	13	40	1.88
30707--32686	216	9.2	215	80	4	1992	28	18	13	40	1.87
32752--34709	216	9.2	216	81	5	1994	27	17	12	41	1.86
33236--34709	646	2.3	647	89	1	2247	27	17	12	41	1.86
32773--34709	862	2.3	844	82	5	2234	27	17	12	41	1.86
34785--35916	216	5.3	214	78	5	978	27	17	13	41	1.87
34864--35915	430	2.4	432	80	4	1158	27	17	13	41	1.87
40619--40656	12	3.2	12	78	14	51	73	5	18	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42397--43122	215	3.4	214	82	3	913	29	16	12	41	1.85
43182--43809	215	2.9	215	81	3	737	28	17	12	41	1.86
44931--45061	50	2.6	50	81	6	138	36	11	14	37	1.82
45198--45260	31	2.0	32	84	9	85	50	12	11	25	1.73
45420--46451	216	4.8	215	80	3	1151	28	17	12	41	1.86
45420--46454	431	2.4	434	86	1	1454	28	17	12	41	1.86
46637--46676	10	4.0	10	90	9	64	20	0	12	67	1.22
46644--46676	9	3.6	9	95	4	57	18	0	9	72	1.10
49500--49552	21	2.3	25	84	12	69	66	3	9	20	1.37
53035--53071	19	1.9	19	89	10	58	75	0	13	10	1.04
54685--54726	12	3.5	12	81	12	59	76	2	16	4	1.07
54679--54734	24	2.3	24	96	0	103	71	5	19	3	1.21
55131--55686	216	2.6	217	82	3	622	25	16	14	43	1.86
55572--55827	141	1.8	142	83	5	349	28	16	12	41	1.86
55139--56246	574	1.9	574	80	5	1283	27	17	14	41	1.87
56078--56575	252	2.0	251	84	2	651	26	19	15	38	1.92
56377--56976	328	1.8	328	82	4	762	28	17	13	41	1.86
56705--57251	216	2.5	216	81	3	629	28	16	12	42	1.85
57282--57310	9	3.2	9	100	0	58	31	10	58	0	1.31
65485--66451	216	4.5	212	75	8	820	27	17	12	42	1.86
67217--67367	80	1.9	80	90	0	239	35	21	13	29	1.92
73272--73451	48	3.8	48	92	0	270	23	10	13	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78194--78478	141	2.0	141	97	0	543	39	12	23	24	1.89
79166--79230	32	2.0	32	90	0	103	36	16	12	33	1.87
79276--79374	39	2.5	39	91	0	162	54	13	6	26	1.61
79728--80971	215	5.8	216	79	4	1308	27	16	13	41	1.86
79733--80952	431	2.8	430	85	3	1587	27	16	13	41	1.86
80632--81307	355	1.9	356	81	6	816	28	17	12	42	1.85
81369--82096	214	3.4	213	79	5	802	28	17	12	40	1.87
82153--83521	216	6.4	216	80	3	1361	28	17	13	41	1.87
82165--83521	430	3.2	425	84	4	1627	28	17	13	41	1.87
82153--83521	646	2.1	645	82	3	1648	28	17	13	41	1.87
85017--85227	107	2.0	107	99	0	413	31	15	24	28	1.96
87061--87131	21	3.3	21	75	14	65	73	1	19	5	1.11
87078--87143	29	2.3	27	78	14	71	72	1	22	3	1.06
87120--87158	13	2.9	14	80	7	53	66	0	28	5	1.12
89907--90054	79	1.9	79	91	0	242	29	13	24	32	1.93
90499--90677	48	3.7	46	86	5	198	54	13	8	22	1.67
95000--95035	11	3.0	12	88	12	56	16	0	11	72	1.12
95772--95817	21	2.2	21	100	0	92	32	28	8	30	1.87
96088--96255	48	3.5	48	86	4	221	52	13	8	26	1.68
97363--97469	39	2.7	39	89	0	169	28	7	14	49	1.70
97506--97603	32	3.1	32	83	0	133	31	10	18	39	1.84
99625--99762	50	2.7	50	82	7	161	37	10	15	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99956--99988	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
100448--101162	216	3.3	213	80	6	767	28	16	12	41	1.86
100122--101162	419	2.5	418	82	4	1194	28	16	12	41	1.85
101219--101704	216	2.2	216	81	5	570	29	16	13	40	1.87
101448--101964	258	2.0	258	99	0	1025	29	16	13	40	1.87
101709--102606	216	4.2	216	79	4	900	29	17	12	40	1.86
101709--102601	432	2.1	430	83	4	1093	29	17	12	40	1.87
102669--103850	216	5.5	215	79	6	1179	28	17	13	41	1.87
103874--105517	216	7.6	216	79	5	1548	28	18	12	40	1.87
103886--105514	430	3.8	428	86	4	1992	28	17	12	41	1.87
103877--105523	646	2.5	645	79	4	1809	28	18	12	40	1.87
105523--106777	216	5.8	213	78	5	1197	28	16	13	41	1.86
105593--106742	432	2.7	430	86	2	1531	29	16	13	40	1.87
107238--107911	216	3.1	212	81	6	771	28	18	13	40	1.87
107381--108478	572	1.9	574	83	4	1419	28	17	14	40	1.88
107944--109802	215	8.6	215	79	5	1729	27	17	14	40	1.89
107954--109802	432	4.3	430	81	5	2017	27	17	14	40	1.89
109251--110375	573	2.0	571	84	5	1466	28	17	14	40	1.87
109808--110835	217	4.7	215	80	6	1026	28	16	14	41	1.87

Tables:   1

The End!