genome.fa.s10987.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010987.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125957, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  330895

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
415--494	39	2.0	40	87	2	117	30	18	20	31	1.96
8087--8115	12	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
9185--9232	21	2.3	21	89	7	71	4	33	0	62	1.14
17022--17051	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
25001--25107	48	2.2	48	83	4	137	38	17	30	13	1.88
25026--25107	23	3.4	25	84	15	104	39	19	29	12	1.88
30547--30618	38	1.9	38	86	5	103	63	6	0	29	1.20
30746--30842	44	2.2	45	85	5	126	67	18	6	8	1.38
30793--30827	12	2.9	12	82	0	52	65	22	5	5	1.36
30749--30839	24	4.0	23	72	13	80	65	18	6	8	1.42
30827--30943	31	3.8	30	76	14	103	68	18	5	6	1.34
30857--30943	19	4.3	19	74	18	77	71	17	4	6	1.26
30865--30941	21	3.8	20	79	16	70	72	16	3	6	1.21
38379--38408	11	2.7	11	94	0	51	30	13	40	16	1.87
43426--43528	47	2.2	47	96	1	190	18	7	12	61	1.55
52647--52675	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
55465--55524	19	3.0	19	79	13	59	41	5	3	50	1.41
55591--55636	24	1.9	24	86	0	65	36	6	8	47	1.60
55918--55978	28	2.1	30	87	6	90	29	9	18	42	1.82
56577--56616	21	1.9	21	84	0	53	35	12	17	35	1.88
62059--62105	24	2.1	24	88	11	73	19	2	21	57	1.51
63919--63952	17	2.0	17	88	11	52	35	20	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64508--64561	21	2.7	19	82	5	63	27	14	22	35	1.93
71155--71194	21	1.9	21	84	0	53	27	17	37	17	1.92
71839--72191	181	2.0	181	93	0	607	46	9	9	33	1.70
73229--73337	58	1.9	58	86	1	157	39	13	14	32	1.86
74000--74041	15	2.9	14	80	19	50	50	2	0	47	1.14
74934--74975	12	3.6	12	80	6	50	23	14	21	40	1.90
74911--74980	23	3.0	23	85	2	95	27	11	18	42	1.84
75305--75348	9	4.8	9	77	5	52	20	45	2	31	1.64
78016--78070	17	3.2	17	70	10	58	25	30	30	12	1.93
78007--78074	34	2.0	34	100	0	136	29	32	26	11	1.92
87845--87872	14	2.0	14	100	0	56	28	28	28	14	1.95
90121--90162	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
90124--90157	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
90731--90766	17	2.1	17	89	0	54	41	13	11	33	1.80
93340--93393	21	2.6	21	85	5	65	29	11	24	35	1.90
93855--93897	21	2.0	21	100	0	86	25	13	13	46	1.81
97167--97197	16	1.9	16	93	0	53	22	0	29	48	1.51
97865--97900	19	1.9	19	88	5	56	52	19	11	16	1.73
101590--101678	40	2.2	40	84	10	108	32	0	17	49	1.47
106447--106478	16	2.1	15	94	5	55	53	0	21	25	1.46
108247--108289	19	2.3	19	84	11	54	39	0	0	60	0.97
108247--108294	13	3.8	13	76	20	57	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111027--111110	40	2.1	40	88	4	125	45	25	13	16	1.83
112101--112142	21	2.0	21	81	9	50	47	19	2	30	1.62
112754--112796	15	2.8	16	79	13	54	58	11	0	30	1.34
113100--113150	26	2.0	26	88	0	75	25	13	31	29	1.94
113101--113159	26	2.3	26	79	5	66	28	15	28	27	1.96
115040--115065	9	2.9	9	100	0	52	23	19	0	57	1.40
123200--123432	127	1.8	127	93	0	403	31	26	8	33	1.87
125285--125326	18	2.3	19	95	4	77	71	9	9	9	1.32
128700--128754	28	2.0	28	82	7	67	63	0	27	9	1.24
129038--129194	83	1.9	80	80	3	179	37	12	8	40	1.75
129289--129413	10	13.7	9	69	17	71	67	1	1	29	1.10
129303--129385	19	4.5	19	71	17	66	65	1	1	32	1.08
129317--129349	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
129290--129385	26	3.6	27	80	13	92	66	1	1	31	1.05
129334--129412	19	4.1	19	69	19	65	65	1	2	30	1.13
130165--130334	82	2.0	81	80	8	182	48	12	2	36	1.55
130439--130485	19	2.4	20	82	7	60	63	2	0	34	1.06
130425--130576	29	5.5	28	70	14	86	67	2	1	28	1.12
130526--130604	19	4.3	18	76	12	72	68	2	5	24	1.22
130526--130613	38	2.4	36	81	17	103	69	2	4	23	1.19
130773--130811	19	2.1	19	85	9	53	28	2	7	61	1.37
131135--131170	18	2.0	18	94	0	63	11	25	8	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137655--137958	152	2.0	152	96	0	563	36	15	22	26	1.93
140176--140220	21	2.1	21	100	0	90	57	4	0	37	1.19
144128--144209	40	2.0	40	97	0	155	26	21	9	41	1.84
144943--144968	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
146388--146461	25	3.0	25	80	7	98	32	16	25	25	1.96
146386--146460	23	3.2	23	81	7	96	30	17	26	25	1.97
146750--146800	22	2.3	22	83	10	68	45	0	5	49	1.26
174935--175048	40	2.8	40	90	0	174	27	21	23	27	1.99
178209--178259	24	2.2	22	82	6	57	27	33	17	21	1.96
182857--183796	468	2.0	467	97	0	1776	33	13	16	36	1.88
184415--184448	16	2.1	16	88	0	50	29	20	14	35	1.93
186178--186396	40	5.5	40	81	5	255	28	15	20	35	1.93
186176--186396	120	1.8	120	87	3	329	28	16	20	35	1.94
186720--186828	56	1.9	56	83	7	141	25	32	21	21	1.98
192399--192457	26	2.4	23	76	15	64	44	16	11	27	1.83
192402--192451	26	1.9	26	91	0	82	44	14	14	28	1.83
193029--193248	40	5.5	41	76	8	202	27	13	20	38	1.90
193027--193212	80	2.3	79	85	0	228	25	13	21	38	1.91
193029--193249	79	2.8	80	82	3	257	27	13	20	38	1.90
193681--193902	40	5.6	40	77	5	218	27	14	20	38	1.91
193682--193900	79	2.8	79	83	2	244	26	14	20	38	1.91
193681--193902	119	1.9	119	84	1	302	27	14	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192625--194448	653	2.8	650	89	3	2599	35	17	15	30	1.92
194346--194531	40	4.7	40	76	1	167	28	13	22	35	1.92
194346--194493	79	1.9	80	89	1	235	28	13	22	35	1.92
194353--194521	79	2.1	80	83	3	207	28	13	23	33	1.93
194886--194994	56	1.9	56	81	3	130	23	32	22	22	1.98
202430--202463	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
203777--203952	67	2.6	66	81	6	210	33	5	6	54	1.49
203995--204052	21	2.8	20	73	16	57	58	10	0	31	1.31
209640--209697	29	2.0	29	100	0	116	17	20	13	48	1.81
213022--213077	23	2.4	24	82	11	73	42	14	26	16	1.86
213098--213238	22	6.2	22	75	8	104	43	24	17	15	1.87
213089--213184	46	2.1	46	96	0	174	48	23	15	11	1.77
213152--213249	22	4.3	22	80	3	106	39	24	19	16	1.91
217431--217585	30	5.3	30	72	11	115	32	22	6	38	1.80
217415--217529	60	1.9	60	85	3	160	34	23	5	36	1.77
217489--217565	29	2.6	30	84	10	88	32	18	6	42	1.75
222862--222914	18	2.9	17	81	10	61	81	1	13	3	0.92
223871--224252	50	7.7	50	75	3	297	32	17	32	17	1.93
223860--224236	99	3.8	99	81	1	380	33	16	31	17	1.93
224370--224527	42	3.8	42	83	7	173	26	29	17	27	1.97
224370--225198	38	21.3	38	76	8	598	31	24	16	27	1.97
224370--225198	78	10.6	75	76	9	574	31	24	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224370--225198	116	7.1	115	78	7	590	31	24	16	27	1.97
225540--225565	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
226436--226609	30	5.8	30	77	6	165	37	22	4	35	1.75
226447--226619	90	1.9	90	83	6	226	35	21	4	37	1.75
226447--226622	60	3.0	60	80	5	196	35	21	4	38	1.74
227090--227374	109	2.7	104	78	4	259	31	14	17	36	1.89
236458--236492	14	2.5	14	90	0	52	57	0	5	37	1.23
237714--237783	22	3.1	22	78	10	63	35	18	0	45	1.50
237919--237984	21	2.8	23	84	11	73	33	0	0	66	0.92
237917--237976	26	2.3	26	82	8	77	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2