genome.fa.s10992.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01010992.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_125962, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114116

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117--211	48	2.0	48	87	0	136	14	7	42	35	1.74
130--290	84	1.9	83	88	3	243	13	9	43	34	1.75
2719--2855	41	3.4	41	86	3	179	13	27	21	37	1.91
4277--4312	18	1.9	19	88	5	56	41	5	13	38	1.68
7089--7174	17	4.9	17	77	12	75	40	2	6	50	1.42
7121--7174	6	9.3	6	78	13	60	46	0	5	48	1.25
7129--7177	11	4.5	11	77	7	55	51	0	4	44	1.20
7857--7942	3	28.7	3	82	9	104	61	1	4	32	1.24
9061--9344	30	9.6	29	74	13	138	36	26	2	34	1.70
9057--9416	29	12.1	29	75	12	220	34	26	3	35	1.74
9080--9504	59	7.2	59	77	9	348	32	27	3	36	1.75
9484--9545	28	2.2	28	91	5	99	33	32	9	24	1.88
9807--10051	96	2.6	96	92	0	391	30	21	11	36	1.89
23679--23813	59	2.2	61	82	8	161	47	7	14	30	1.72
23714--23853	55	2.4	57	78	5	149	52	8	11	27	1.66
24198--24306	55	2.0	55	90	0	173	55	8	4	31	1.49
25666--25709	13	3.4	13	84	6	54	84	0	11	4	0.77
25670--25695	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
31880--31915	18	1.9	19	94	5	65	55	0	0	44	0.99
33342--33396	19	2.7	20	77	8	58	52	1	0	45	1.11
35045--35086	22	2.0	21	85	4	57	23	7	2	66	1.28
42547--42572	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44501--44813	30	10.6	29	81	7	258	37	3	23	35	1.72
45720--45758	12	3.3	12	82	7	53	33	0	2	64	1.08
46888--47298	99	4.2	99	84	1	486	17	30	17	34	1.93
46934--47298	50	7.4	50	79	3	353	17	30	17	34	1.93
46884--47298	198	2.1	198	84	2	537	17	30	17	34	1.93
52212--52247	15	2.4	15	95	0	63	16	30	22	30	1.96
54471--54816	29	11.8	29	76	11	267	35	2	23	37	1.70
54480--54816	117	2.9	116	77	10	328	36	2	23	37	1.69
55730--55768	12	3.3	12	82	7	53	33	0	2	64	1.08
55832--55887	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
57112--57170	30	2.0	30	82	0	73	37	13	27	22	1.91
57342--57385	22	2.0	23	86	4	63	56	0	0	43	0.99
57141--61112	410	9.7	409	86	3	5091	42	7	15	34	1.75
59286--59334	23	2.2	22	85	10	64	67	0	6	26	1.14
57141--61112	821	4.8	820	86	4	5266	42	7	15	34	1.75
61176--61239	30	2.2	30	86	5	87	26	6	9	57	1.54
61397--61429	11	2.8	12	81	9	50	51	12	18	18	1.76
61421--61456	12	3.0	12	87	0	54	38	16	13	30	1.88
61772--61817	15	2.8	17	77	12	51	21	4	2	71	1.14
62504--62690	96	1.9	96	81	6	227	36	13	19	29	1.90
63022--63369	89	3.9	88	80	11	351	30	4	31	33	1.77
62986--63366	30	12.9	29	76	13	341	30	4	32	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62991--63366	59	6.3	59	85	8	353	31	4	31	32	1.77
65197--65272	17	4.4	17	78	5	80	55	5	1	38	1.31
65199--65256	11	5.1	11	78	14	55	56	5	1	36	1.32
65583--66106	201	2.6	201	82	6	617	20	22	19	37	1.95
66384--66447	30	2.2	30	86	5	87	26	6	9	57	1.54
66605--66637	11	2.8	12	81	9	50	51	12	18	18	1.76
66629--66664	12	3.0	12	87	0	54	38	16	13	30	1.88
66980--67025	15	2.8	17	77	12	51	21	4	2	71	1.14
67712--67898	96	1.9	96	81	6	227	36	13	19	29	1.90
68230--68577	89	3.9	88	80	11	351	30	4	31	33	1.77
68194--68574	30	12.9	29	76	13	341	30	4	32	32	1.77
68199--68574	59	6.3	59	85	8	353	31	4	31	32	1.77
70405--70480	17	4.4	17	78	5	80	55	5	1	38	1.31
70407--70464	11	5.1	11	78	14	55	56	5	1	36	1.32
70786--71739	198	4.8	198	83	7	1022	21	22	19	37	1.95
72832--73363	198	2.6	198	85	4	656	21	20	21	36	1.95
84728--84919	96	2.0	96	81	6	228	35	12	20	31	1.90
85215--85536	30	10.9	29	75	16	261	32	4	31	31	1.78
85211--85536	59	5.5	59	81	11	282	31	4	30	32	1.79
85211--85536	89	3.6	87	80	11	290	31	4	30	32	1.79
86635--86668	12	2.7	13	95	4	61	44	2	0	52	1.16
87381--87436	17	3.3	16	80	9	67	58	5	0	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87385--87452	11	5.9	11	73	19	50	55	5	0	38	1.24
87385--87434	6	8.7	6	80	8	50	56	6	0	38	1.24
87846--87927	9	9.9	8	73	15	51	73	7	1	18	1.13
87847--87881	15	2.3	15	95	0	61	85	2	0	11	0.69
87845--87942	26	3.9	24	76	16	74	72	7	1	19	1.14
91627--91685	31	2.0	29	83	6	73	37	5	3	54	1.39
91731--91790	19	3.3	19	81	6	70	61	1	0	36	1.06
94568--94618	16	3.3	16	76	20	54	15	11	1	70	1.25
94585--94644	21	2.8	22	85	12	63	16	8	1	73	1.16
94553--94620	15	4.5	15	74	20	61	16	10	2	70	1.27
97613--97655	22	1.9	23	90	4	70	25	4	11	58	1.52
98365--98410	15	3.0	15	75	25	51	67	0	0	32	0.91
98827--98881	28	2.0	28	89	3	85	63	7	0	29	1.21
98835--98894	28	2.3	26	83	11	70	63	3	0	33	1.11
99010--99054	19	2.4	18	85	10	56	68	24	2	4	1.19
100742--100795	20	2.7	19	77	8	63	37	24	12	25	1.91
102404--102465	27	2.3	28	88	5	83	64	0	0	35	0.94
103374--103437	20	3.1	20	91	8	110	53	9	10	26	1.66
104011--104094	25	3.2	26	77	14	66	33	1	4	60	1.25
104527--104698	83	2.0	85	93	5	294	59	1	2	36	1.17
104570--104698	44	2.9	43	69	24	124	58	1	2	37	1.20
105007--105206	66	3.0	65	81	7	224	28	15	9	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104997--105254	69	3.8	67	77	12	242	28	15	8	47	1.75
105009--105254	135	1.8	135	81	7	313	28	15	8	47	1.74
105217--105369	55	2.8	55	88	6	229	24	17	9	47	1.78
111840--112886	349	3.0	349	95	0	1896	30	13	18	36	1.90

Tables:   1

The End!