genome.fa.s11155.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011155.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126129, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337589

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4818--4856	15	2.5	16	88	12	55	7	5	7	79	1.05
5615--5660	24	2.0	23	86	4	65	45	0	41	13	1.43
7196--7237	21	2.0	20	86	4	57	28	14	2	54	1.52
8244--8294	20	2.5	21	90	3	77	39	3	13	43	1.63
8835--8859	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
13154--13243	45	2.0	45	100	0	180	33	11	24	31	1.90
21968--22016	20	2.7	18	77	22	57	42	2	4	51	1.32
24430--24473	13	3.5	13	78	12	56	29	2	2	65	1.16
27633--27706	26	2.9	25	84	9	87	17	29	27	25	1.97
35445--35727	141	2.0	141	94	0	494	31	9	22	36	1.86
36052--36218	87	1.9	86	82	10	207	26	16	22	34	1.95
39721--39760	12	3.4	12	86	3	55	22	7	0	70	1.12
40310--40454	17	8.3	18	84	6	140	40	1	4	53	1.31
40310--40454	35	4.2	34	76	5	139	40	1	4	53	1.31
40342--40454	6	19.5	6	69	17	69	42	1	4	51	1.32
40342--40454	11	9.8	12	69	17	69	42	1	4	51	1.32
41116--41199	3	28.0	3	71	4	62	57	4	1	36	1.28
41116--41199	21	3.9	21	81	13	82	57	4	1	36	1.28
41116--41199	24	3.9	22	78	18	88	57	4	1	36	1.28
42261--42454	30	6.6	29	76	11	173	38	23	1	37	1.64
42221--42576	59	6.1	58	80	7	278	35	25	3	36	1.72
42420--42572	30	5.2	30	74	11	120	33	24	3	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42292--42637	59	5.9	59	81	7	266	34	25	4	36	1.75
42226--42601	118	3.2	114	79	8	339	35	23	3	36	1.73
42263--42576	29	10.7	30	72	15	203	35	25	2	36	1.71
47007--47039	16	2.0	17	94	5	59	30	15	24	30	1.95
47817--47841	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
48593--48634	4	10.2	4	94	5	75	76	0	23	0	0.79
49081--49127	24	2.0	24	95	0	85	42	21	17	19	1.89
49775--49941	87	1.9	86	82	10	207	26	16	22	34	1.95
53444--53483	12	3.4	12	86	3	55	22	7	0	70	1.12
54033--54177	17	8.3	18	84	6	140	40	1	4	53	1.31
54033--54177	35	4.2	34	76	5	139	40	1	4	53	1.31
54065--54177	6	19.5	6	69	17	69	42	1	4	51	1.32
54065--54177	11	9.8	12	69	17	69	42	1	4	51	1.32
54839--54922	3	28.0	3	71	4	62	57	4	1	36	1.28
54839--54922	21	3.9	21	81	13	82	57	4	1	36	1.28
54839--54922	24	3.9	22	78	18	88	57	4	1	36	1.28
55984--56177	30	6.6	29	76	11	173	38	23	1	37	1.64
55944--56299	59	6.1	58	80	7	278	35	25	3	36	1.72
56143--56295	30	5.2	30	74	11	120	33	24	3	37	1.74
56015--56360	59	5.9	59	81	7	266	34	25	4	36	1.75
55949--56324	118	3.2	114	79	8	339	35	23	3	36	1.73
55986--56299	29	10.7	30	72	15	203	35	25	2	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60730--60762	16	2.0	17	94	5	59	30	15	24	30	1.95
61540--61564	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
62316--62357	4	10.2	4	94	5	75	76	0	23	0	0.79
62804--62850	24	2.0	24	95	0	85	42	21	17	19	1.89
65218--65270	21	2.5	21	87	0	70	26	0	24	49	1.51
65218--65270	14	3.8	14	82	0	52	26	0	24	49	1.51
65625--65680	6	9.3	6	96	0	103	0	48	0	51	1.00
67090--67140	16	3.2	16	68	15	52	31	1	7	58	1.37
67978--68026	22	2.2	23	85	3	64	67	12	4	16	1.37
67954--68081	53	2.3	57	80	6	129	65	17	4	12	1.42
68075--68114	21	1.9	19	85	14	53	70	20	7	2	1.24
68337--68376	21	1.9	21	94	0	71	57	12	0	30	1.36
68684--68734	22	2.3	22	86	10	68	3	33	0	62	1.13
68722--68756	17	2.1	17	88	0	52	0	17	0	82	0.66
69751--69802	21	2.3	21	83	9	59	46	0	1	51	1.12
70622--70729	56	1.9	56	94	3	191	46	13	6	33	1.69
70700--70729	11	2.6	12	94	5	53	50	13	0	36	1.42
74960--74995	18	2.0	18	94	0	63	50	19	5	25	1.69
75499--75525	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
79064--79093	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
83964--84021	23	2.5	23	81	13	66	48	24	3	24	1.66
85386--85449	10	6.9	9	71	16	51	32	0	3	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85386--85449	20	3.4	19	78	14	71	32	0	3	64	1.10
85388--85448	19	3.1	21	80	20	78	34	0	3	62	1.12
86890--86947	21	2.8	21	81	5	55	34	20	10	34	1.87
87166--87207	21	2.0	21	90	0	66	33	2	0	64	1.07
87864--87943	41	2.0	41	89	0	124	21	2	11	65	1.37
87920--87945	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
88881--89001	52	2.3	52	81	1	145	36	20	13	29	1.91
88982--89020	19	2.1	19	90	0	60	33	10	17	38	1.84
88936--89067	71	1.9	71	93	0	228	37	20	12	29	1.90
89001--89194	52	3.7	52	93	0	325	35	22	14	27	1.93
93668--93773	5	21.2	5	73	7	72	35	7	19	36	1.81
94979--95015	13	3.0	13	84	7	51	51	16	0	32	1.45
96364--96388	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
101715--101900	98	1.9	95	85	3	255	31	22	16	29	1.95
105834--105875	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
110755--110900	73	2.0	73	93	2	249	36	19	5	37	1.75
110886--110931	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
114122--114164	19	2.4	17	88	11	59	74	0	0	25	0.82
114512--114562	24	2.1	25	85	3	68	43	1	3	50	1.31
115457--115766	97	3.1	104	76	16	292	30	19	15	34	1.93
115673--115918	118	2.0	122	85	6	333	27	19	16	36	1.93
115673--115918	61	4.1	60	76	14	220	27	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115684--115970	62	4.8	59	76	15	200	28	17	17	36	1.93
119667--119719	22	2.4	21	75	9	52	45	1	3	49	1.31
119773--119967	85	2.3	84	83	7	241	42	6	5	46	1.52
120086--120395	97	3.1	104	76	16	292	30	19	15	34	1.93
120302--120547	118	2.0	122	85	6	333	27	19	16	36	1.93
120302--120547	61	4.1	60	76	14	220	27	19	16	36	1.93
120313--120599	62	4.8	59	76	15	200	28	17	17	36	1.93
124296--124348	22	2.4	21	75	9	52	45	1	3	49	1.31
124389--124962	86	6.6	86	90	4	843	42	4	4	48	1.44
127344--127406	30	2.1	30	88	5	92	25	6	4	63	1.38
127355--127446	30	3.1	29	84	6	96	26	5	4	64	1.34
128047--128134	31	2.8	31	94	0	149	34	21	17	27	1.95
128298--128753	61	7.5	61	79	9	461	32	19	20	27	1.97
128298--128773	121	4.0	122	84	7	527	32	19	19	28	1.96
128298--128773	119	4.0	121	84	6	546	32	19	19	28	1.96
128675--128870	97	2.0	98	89	3	297	36	19	15	29	1.92
137568--137601	12	2.8	12	86	0	50	35	44	17	2	1.64
138039--138130	30	3.1	30	88	0	121	25	7	4	63	1.40
138082--138136	12	3.5	17	69	25	57	21	12	3	61	1.46
138067--138143	30	2.6	30	87	4	102	24	9	2	63	1.36
138950--139153	61	3.4	57	79	9	160	36	17	18	27	1.93
139009--139153	61	2.4	62	87	4	204	35	18	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139336--139567	112	2.1	111	83	7	290	32	16	18	31	1.94
139390--139577	56	3.3	55	77	10	193	34	18	18	29	1.95
139346--139622	57	4.9	57	75	12	216	34	17	18	29	1.93
139353--139609	112	2.3	111	82	7	286	33	18	19	28	1.95
140438--140486	25	2.0	23	85	14	64	55	4	2	38	1.31
142486--142665	43	4.2	43	76	1	146	32	24	13	28	1.94
146568--146692	41	3.0	41	84	2	142	22	26	16	35	1.94
146578--146713	42	3.3	42	87	1	184	22	27	16	33	1.95
147069--147114	21	2.2	21	84	7	58	19	6	8	65	1.43
148925--149018	41	2.3	42	77	1	100	20	25	20	34	1.96

Tables:   1   2