genome.fa.s11155.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011155.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126129, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337589

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149003--149102	41	2.4	41	86	0	155	18	31	20	31	1.96
149071--149148	40	1.9	40	84	2	102	17	20	25	35	1.95
149090--149177	40	2.2	40	83	4	106	19	18	22	39	1.92
151092--151159	24	2.8	24	90	0	109	33	19	19	27	1.96
153501--153816	94	3.4	94	85	3	424	29	18	22	29	1.98
154566--154614	21	2.3	21	92	0	80	30	10	22	36	1.87
160578--160639	28	2.2	28	82	5	72	30	9	27	32	1.89
160682--161006	60	5.5	59	76	11	220	37	1	24	36	1.65
160677--160963	118	2.4	121	78	6	277	37	1	25	35	1.66
160624--161006	30	12.9	30	70	20	147	37	1	25	35	1.67
161587--161661	17	4.4	17	80	6	80	53	5	1	40	1.32
161565--161682	6	20.0	6	69	13	75	50	3	3	43	1.35
161596--161661	17	3.7	18	84	8	82	54	6	1	37	1.34
161596--161682	17	4.6	17	72	19	66	52	4	2	40	1.34
162051--162924	206	4.2	206	90	1	1295	22	22	19	35	1.96
163093--163287	101	1.9	101	84	5	259	31	17	16	34	1.93
163406--163812	50	8.1	50	70	14	273	14	25	20	40	1.90
163555--163846	101	2.9	101	93	0	494	14	26	20	39	1.91
163356--163702	150	2.3	149	84	2	451	15	25	19	39	1.91
163428--163863	151	2.9	151	78	8	381	14	26	19	40	1.90
164909--164950	3	13.7	3	85	14	59	2	28	0	69	1.01
170616--170782	59	2.8	58	77	11	171	37	1	23	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170622--170831	58	3.6	57	77	9	192	39	1	22	35	1.66
170632--170844	117	1.8	117	82	8	272	37	1	23	37	1.66
170682--170831	59	2.6	59	79	3	169	41	2	22	34	1.65
170565--170882	30	10.8	30	68	17	116	37	1	24	36	1.66
171531--171581	23	2.2	23	89	6	77	9	50	21	17	1.74
172005--172075	38	1.9	36	88	5	106	40	5	2	50	1.40
172807--172883	17	4.4	17	79	9	75	54	5	2	37	1.37
173390--173442	22	2.5	21	78	6	61	18	11	26	43	1.84
174913--175053	50	2.8	51	72	9	135	14	28	20	36	1.92
174913--175062	51	3.0	51	74	7	162	14	28	20	37	1.91
176116--176157	3	13.7	3	85	14	59	2	28	0	69	1.01
181823--181989	59	2.8	58	77	11	171	37	1	23	37	1.63
181829--182038	58	3.6	57	77	9	192	39	1	22	35	1.66
181839--182051	117	1.8	117	82	8	272	37	1	23	37	1.66
181889--182038	59	2.6	59	79	3	169	41	2	22	34	1.65
181772--182089	30	10.8	30	68	17	116	37	1	24	36	1.66
182738--182788	23	2.2	23	89	6	77	9	50	21	17	1.74
183212--183282	38	1.9	36	88	5	106	40	5	2	50	1.40
184014--184090	17	4.4	17	79	9	75	54	5	2	37	1.37
184597--184649	22	2.5	21	78	6	61	18	11	26	43	1.84
185973--186246	137	2.0	137	100	0	548	31	23	16	29	1.96
190693--190839	71	2.1	71	84	1	188	19	17	27	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193643--193683	16	2.6	16	78	21	50	36	2	0	60	1.10
193673--193735	30	2.1	31	87	3	92	46	1	1	50	1.20
201341--201371	5	6.0	5	96	3	53	58	0	22	19	1.40
203406--203450	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
204097--204138	21	2.0	22	95	4	77	11	7	4	76	1.15
209512--209572	20	3.0	22	73	24	62	34	0	1	63	1.04
214628--214665	18	2.1	18	85	9	51	65	0	18	15	1.27
214807--214859	26	2.0	26	92	0	88	35	9	13	41	1.76
221289--221319	14	2.3	13	94	5	53	83	0	0	16	0.64
222496--222547	23	2.2	25	82	6	63	71	11	1	15	1.23
223282--223336	22	2.4	22	79	11	58	20	3	5	70	1.22
224944--224989	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
225055--225088	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
226056--226092	13	2.7	13	91	8	56	13	2	0	83	0.74
226029--226094	14	4.6	14	74	16	55	12	9	1	77	1.06
227026--227079	6	9.3	6	83	4	67	77	1	1	18	0.95
227026--227079	5	9.6	5	83	16	54	77	1	1	18	0.95
227138--227179	14	2.9	14	82	10	50	76	0	4	19	0.96
232596--232651	14	4.2	13	76	13	51	75	1	3	19	1.05
232597--232660	26	2.4	26	82	7	67	75	1	3	20	1.03
232596--232660	13	4.9	13	78	10	60	75	1	3	20	1.02
233724--233769	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248490--248551	30	2.1	30	82	11	74	37	1	29	32	1.67
248612--248836	30	7.6	28	75	8	144	35	4	26	34	1.77
248583--248836	59	4.3	56	77	8	195	35	4	26	33	1.77
248565--248836	29	9.3	29	75	10	198	34	4	27	34	1.77
249891--249961	10	6.7	10	70	17	54	30	5	1	61	1.27
250547--250596	26	1.9	26	84	8	66	14	6	22	58	1.58
250594--250737	23	6.0	23	73	18	105	54	5	0	38	1.29
250654--250738	17	5.0	17	89	0	125	58	4	0	36	1.19
250635--250737	6	18.0	6	74	13	83	57	3	0	38	1.17
251188--251632	78	5.7	79	75	8	265	23	19	30	26	1.98
251317--251809	39	12.7	39	69	16	213	24	18	31	25	1.98
263638--263849	30	7.2	30	79	6	175	34	4	23	36	1.76
263684--263831	59	2.5	60	84	5	201	36	3	22	37	1.71
263686--263852	89	1.9	89	81	5	203	35	4	22	37	1.74
264912--264979	10	6.7	10	71	15	59	29	4	2	63	1.29
265646--265741	17	5.2	17	75	15	75	55	4	0	40	1.19
265609--265719	47	2.4	47	77	4	109	51	5	0	42	1.31
265641--265741	23	4.1	24	73	20	75	53	4	0	41	1.22
265651--265735	40	2.1	39	80	8	91	54	4	0	41	1.21
265671--265753	17	4.9	17	84	0	103	57	6	0	36	1.23
267808--267866	27	2.2	27	78	6	66	42	10	23	23	1.85
282785--282814	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284058--284387	168	2.0	168	97	0	624	26	27	11	34	1.90
293155--293207	15	3.7	14	75	9	54	75	1	16	5	1.08
300942--300973	12	2.4	14	90	10	50	18	21	0	59	1.38
302592--302658	35	1.9	35	82	11	84	20	17	13	47	1.81
306050--306096	18	2.8	17	81	12	62	76	0	19	4	0.95
318374--318424	17	3.0	16	71	23	50	52	7	3	35	1.49
318955--319000	18	2.6	17	80	19	58	32	21	13	32	1.92
319055--319117	21	3.0	21	95	0	108	39	17	7	34	1.79
319632--319994	181	2.0	181	92	0	609	30	17	18	33	1.94
320105--320149	21	2.1	22	88	8	67	44	0	35	20	1.51
322149--322396	123	2.0	123	92	1	408	31	18	14	36	1.90
336708--336743	14	2.6	14	90	0	54	41	5	22	30	1.76
336891--336930	22	1.9	20	90	10	62	32	2	0	65	1.06

Tables:   1   2

The End!