genome.fa.s11163.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011163.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126137, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  614243

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 217 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2811--2842	6	5.3	6	96	0	55	50	18	12	18	1.78
2958--3023	34	1.9	34	100	0	132	24	30	4	40	1.75
3718--3769	19	2.7	19	77	11	61	55	0	1	42	1.10
3721--3783	19	3.3	19	75	16	51	55	0	1	42	1.09
5995--6023	15	2.0	15	93	6	51	82	0	10	6	0.83
5980--6057	40	2.0	39	82	12	97	74	0	16	8	1.06
7778--7833	26	2.1	26	81	18	62	57	1	1	39	1.20
9545--9588	22	2.0	22	82	8	54	40	2	22	34	1.67
13861--13902	22	2.0	22	90	4	68	14	4	2	78	1.01
27371--27403	15	2.1	16	88	5	50	84	0	15	0	0.61
28283--28345	5	13.0	5	77	12	53	77	3	17	1	0.97
28283--28351	19	3.8	18	80	14	72	78	2	17	1	0.95
28294--28351	19	3.1	19	82	9	73	79	3	15	1	0.95
28284--28345	24	2.6	24	78	14	74	79	3	16	1	0.95
28289--28353	31	2.0	35	88	11	102	76	3	16	3	1.03
29050--29082	14	2.5	13	90	9	57	6	42	15	36	1.71
31156--31209	20	2.5	20	85	8	63	14	7	1	75	1.09
32069--32165	50	1.9	51	85	2	133	35	15	12	37	1.85
32081--32227	50	3.0	49	75	13	142	34	14	12	38	1.84
38574--38629	21	2.5	21	80	13	60	37	10	19	32	1.86
63088--63146	17	3.5	17	73	0	55	20	16	13	49	1.80
63080--63146	34	2.0	34	82	11	84	20	17	13	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63693--63738	15	3.0	15	84	12	58	76	0	21	2	0.90
66395--66425	16	1.9	16	100	0	62	54	6	19	19	1.65
78350--78517	75	2.3	74	84	3	212	24	17	20	36	1.94
78382--78484	35	2.7	37	72	18	88	24	19	22	33	1.97
79711--79762	22	2.4	22	83	0	68	26	15	38	19	1.91
86504--86722	116	1.9	115	81	9	266	17	15	17	49	1.80
86473--87216	124	6.3	115	79	7	421	16	16	17	49	1.80
86901--87216	124	2.6	124	93	0	526	17	16	15	50	1.79
91287--91317	15	2.1	14	94	5	53	61	0	6	32	1.21
99717--99756	19	2.1	19	86	9	55	37	2	2	57	1.26
102570--102661	41	2.2	42	82	1	105	29	22	10	36	1.88
102704--102883	43	4.2	43	93	2	272	27	23	13	35	1.93
102622--102883	86	3.1	86	81	6	293	27	24	13	34	1.93
105995--106038	8	5.5	8	86	10	63	22	0	0	77	0.77
106002--106038	11	3.5	11	88	7	58	21	0	0	78	0.75
107127--107175	21	2.3	21	86	6	64	30	28	8	32	1.86
110183--110295	41	2.8	41	83	5	104	27	23	12	37	1.90
110262--110635	43	8.8	43	85	3	479	27	24	13	35	1.92
110305--110637	169	2.0	169	88	1	497	27	25	13	34	1.93
110222--110635	212	2.0	212	97	0	783	26	24	13	35	1.92
110262--110642	85	4.5	86	86	3	493	27	24	12	35	1.92
110207--110642	43	10.3	43	84	4	467	27	24	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111892--112278	150	2.6	150	87	3	535	43	2	10	44	1.51
113331--113802	239	2.0	238	91	2	768	36	6	15	41	1.74
124470--124531	19	3.2	19	74	17	65	41	20	25	11	1.86
124459--124558	39	2.6	39	88	3	139	41	21	28	10	1.85
124481--124543	20	3.2	20	78	13	85	42	23	23	9	1.83
124617--124885	40	6.7	40	77	5	193	32	14	26	26	1.95
124598--124895	80	3.7	80	76	4	260	33	15	25	25	1.95
129615--129673	26	2.3	27	80	16	72	40	0	3	55	1.16
129626--129679	25	2.3	24	84	15	69	38	0	1	59	1.08
133772--133813	18	2.3	18	91	0	66	30	26	19	23	1.98
139856--139901	15	3.1	15	87	6	58	63	0	36	0	0.95
139855--139912	12	4.7	13	78	18	52	63	0	36	0	0.94
139862--139904	15	2.8	15	89	3	59	67	0	32	0	0.91
173001--173026	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
177083--177123	19	2.2	19	86	8	57	65	12	7	14	1.45
178892--179037	73	2.0	74	86	1	204	36	32	17	13	1.89
178889--179041	37	4.2	37	82	1	182	35	32	18	13	1.90
194592--194645	18	3.1	18	78	5	56	18	11	12	57	1.64
194592--194645	17	3.1	17	81	2	54	18	11	12	57	1.64
196273--196299	12	2.2	12	100	0	54	22	22	7	48	1.75
205091--205316	37	6.1	37	89	0	317	37	32	17	11	1.87
207037--207076	17	2.3	18	87	8	57	30	25	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212883--213053	50	3.4	50	90	3	254	33	15	14	37	1.87
217668--217862	72	2.7	70	82	4	230	32	6	22	38	1.80
217668--217862	108	1.8	108	84	4	268	32	6	22	38	1.80
217674--217864	36	5.3	36	85	2	197	32	6	21	39	1.80
218264--218395	23	5.7	23	90	0	192	31	7	17	43	1.77
218264--218398	69	2.0	69	92	2	227	31	7	17	43	1.77
218381--218678	49	5.8	49	78	16	291	36	3	20	38	1.71
218440--218477	10	3.7	10	89	3	58	36	2	21	39	1.67
218398--218523	59	2.1	59	89	4	191	39	3	17	39	1.66
218450--218553	26	4.3	23	73	21	79	37	3	20	38	1.71
218501--218688	58	3.4	57	81	14	252	34	3	22	39	1.70
218565--218678	47	2.4	47	94	1	192	35	3	22	38	1.72
218557--218675	23	5.0	24	75	15	113	34	3	23	38	1.72
218653--218697	10	4.5	10	91	5	65	31	2	22	44	1.65
219377--219410	17	2.0	17	100	0	68	29	29	11	29	1.92
221165--221233	30	2.3	30	85	5	86	33	5	10	50	1.60
221754--221815	31	2.0	31	100	0	124	19	19	32	29	1.96
222895--222933	19	2.1	19	85	9	53	58	0	2	38	1.12
225903--225947	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
226754--226783	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
226749--226809	22	2.8	22	87	7	72	14	11	1	72	1.20
226763--226809	21	2.2	22	92	3	78	14	8	2	74	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236907--236969	24	2.8	23	79	15	78	53	19	0	26	1.45
241410--241444	16	2.2	17	90	10	56	51	14	5	28	1.65
247555--247588	16	2.2	16	89	5	52	47	14	14	23	1.82
249362--249405	20	2.2	20	84	8	54	63	2	4	29	1.26
249480--249631	72	2.2	70	82	8	177	40	13	4	40	1.65
255455--255490	17	2.1	17	89	0	54	44	0	2	52	1.15
258166--258277	58	1.9	60	83	7	149	54	9	8	26	1.63
258582--258612	15	2.1	15	94	5	55	67	0	0	32	0.91
262576--262609	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
263923--263956	18	1.9	18	88	5	52	29	2	14	52	1.56
266756--266815	29	2.1	29	100	0	120	45	10	20	25	1.81
271085--271114	6	4.8	6	95	4	51	16	16	0	66	1.25
272160--272191	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
272237--272286	13	3.2	16	75	18	61	50	0	0	50	1.00
272229--272286	29	2.0	30	86	3	82	46	1	1	50	1.22
272296--272337	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
272300--272336	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
284828--284953	30	4.2	30	80	2	119	41	1	23	34	1.64
284832--284955	59	2.1	59	80	5	135	41	1	23	33	1.64
284942--284973	16	2.0	16	93	0	55	31	6	21	40	1.78
289788--289836	18	2.7	18	93	3	80	32	10	24	32	1.89
290383--290465	30	2.8	29	85	7	105	38	2	26	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301007--301058	24	2.2	24	93	3	88	23	21	5	50	1.70
301227--301285	2	29.5	2	92	0	100	52	45	0	1	1.10
303674--303699	7	3.7	7	100	0	52	38	30	0	30	1.58
309604--309641	18	2.2	17	86	13	51	57	0	2	39	1.12
327710--327766	23	2.5	23	94	0	96	28	26	22	22	1.99
331494--331593	50	2.0	50	100	0	200	42	22	18	18	1.90
332240--332344	6	17.3	6	73	9	88	25	1	0	72	0.95
332240--332344	47	2.2	50	81	14	123	25	1	0	72	0.95
332252--332344	19	5.4	18	72	20	74	26	2	0	70	0.98
333996--334053	23	2.5	23	91	0	98	29	25	22	22	1.99

Tables:   1   2