genome.fa.s11244.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011244.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126222, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  289877

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731--801	30	2.5	28	80	13	74	50	9	7	32	1.62
744--804	30	2.0	30	87	6	88	47	8	8	36	1.63
746--813	30	2.3	30	84	5	84	45	7	8	38	1.63
6803--6914	23	4.8	23	82	4	134	43	18	24	13	1.86
6788--6914	48	2.7	46	83	7	141	44	18	24	12	1.85
13051--13089	21	2.0	20	85	10	53	41	7	30	20	1.80
13076--13136	23	2.7	23	89	0	86	39	21	26	13	1.90
19252--19321	30	2.3	29	81	11	79	30	5	27	37	1.80
19278--19432	30	5.2	28	76	14	125	32	7	21	38	1.80
19252--19432	60	3.0	58	77	10	179	32	7	23	37	1.82
19776--19841	33	2.0	33	97	2	125	25	36	0	37	1.57
21208--21637	40	10.9	40	73	13	279	24	16	25	33	1.96
21166--21637	78	5.9	78	82	6	554	24	17	25	32	1.96
21166--21637	239	2.0	238	84	7	618	24	17	25	32	1.96
21780--21875	21	4.6	20	71	18	70	18	23	15	41	1.89
21780--21894	42	2.7	42	83	2	133	16	23	17	42	1.88
21961--22093	69	1.9	69	90	0	212	21	27	16	34	1.95
22137--22280	49	2.9	49	73	8	139	18	24	15	41	1.89
22029--22363	98	3.4	98	79	2	364	20	28	14	37	1.92
22766--22968	111	1.8	110	86	3	291	38	10	21	30	1.86
27358--27430	30	2.4	30	77	11	78	30	8	23	38	1.84
27417--27570	30	5.2	30	78	4	141	34	7	20	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29488--29570	11	7.8	11	71	20	61	43	2	1	53	1.21
29675--29725	25	2.0	24	85	7	66	39	5	13	41	1.69
39679--39777	51	1.9	51	91	0	162	29	18	27	25	1.98
43023--43086	3	21.7	3	91	3	103	68	3	0	28	1.04
44252--44290	20	2.0	20	90	10	62	15	0	35	48	1.45
44806--44878	11	6.6	11	75	12	69	65	0	28	5	1.14
44806--44878	33	2.2	33	79	13	87	65	0	28	5	1.14
44806--44878	22	3.3	22	82	3	94	65	0	28	5	1.14
50220--50276	24	2.5	24	75	13	57	59	14	1	24	1.44
50297--50328	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
52070--52142	11	6.6	11	75	12	69	65	0	28	5	1.14
52070--52142	33	2.2	33	79	13	87	65	0	28	5	1.14
52070--52142	22	3.3	22	82	3	94	65	0	28	5	1.14
54654--54732	37	2.1	37	81	4	88	30	13	20	35	1.92
54671--54819	37	4.0	37	88	1	201	22	12	22	41	1.88
59263--59310	20	2.4	20	75	6	53	45	6	0	47	1.27
61085--61164	38	2.1	38	100	0	160	28	25	10	36	1.88
61842--61879	15	2.5	15	83	12	51	28	47	0	23	1.52
66069--66218	63	2.4	63	90	1	237	50	0	3	46	1.23
80341--80389	23	2.1	23	84	0	62	28	0	4	67	1.09
80402--80472	31	2.4	29	77	13	81	30	8	7	53	1.58
80421--80548	61	2.1	59	81	2	148	28	7	8	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80508--80551	22	2.0	22	82	8	54	29	0	2	68	1.02
80644--80785	28	5.0	28	69	14	83	59	7	5	26	1.47
80752--80822	25	2.9	25	87	2	99	64	4	0	30	1.12
83139--83165	14	1.9	14	100	0	54	18	22	14	44	1.86
85541--85588	6	8.0	6	85	0	69	16	16	16	50	1.79
86204--86236	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
86912--87020	38	2.8	39	79	5	116	30	9	22	38	1.85
89184--89330	52	2.8	52	92	2	233	37	23	13	25	1.92
95571--95624	21	2.6	21	90	0	81	27	24	11	37	1.89
96373--96559	52	3.6	51	82	8	234	35	25	14	24	1.94
99254--99474	42	5.3	42	82	6	234	38	9	25	26	1.86
106422--106609	42	4.5	42	82	5	211	36	10	26	26	1.89
107266--107320	20	2.6	22	77	13	62	38	12	23	25	1.90
110629--110687	27	2.2	28	78	9	68	25	27	8	38	1.84
111871--111927	21	2.7	21	83	0	69	29	24	15	29	1.96
112589--112837	53	4.7	53	83	3	272	36	20	14	28	1.92
112589--112837	106	2.4	104	84	3	311	36	20	14	28	1.92
112925--112949	10	2.5	10	100	0	50	44	0	20	36	1.52
113224--113263	20	2.0	20	100	0	80	35	25	15	25	1.94
115407--115583	55	3.2	55	84	3	223	20	17	28	33	1.95
122509--122642	55	2.4	55	81	2	162	24	16	26	32	1.96
129699--129737	11	3.5	11	79	6	51	79	0	7	12	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131431--131460	14	2.1	14	93	0	51	26	36	6	30	1.82
131482--131539	19	3.1	19	82	5	64	22	37	17	22	1.93
132537--132583	5	8.6	5	82	17	58	17	4	0	78	0.90
132537--132585	12	4.4	11	80	14	64	18	4	0	77	0.92
132537--132583	17	2.8	17	100	0	94	17	4	0	78	0.90
137695--137720	10	2.6	10	100	0	52	19	30	0	50	1.48
140825--140887	32	2.0	32	90	0	99	25	14	31	28	1.95
142122--142165	20	2.1	21	87	4	63	38	36	2	22	1.67
144431--144479	19	2.5	19	76	3	53	57	10	2	30	1.43
153043--153067	11	2.3	11	100	0	50	44	8	16	32	1.76
155337--155524	61	3.2	57	78	12	191	37	7	21	32	1.83
155336--155547	30	7.1	29	77	7	151	36	7	22	33	1.83
166431--166479	25	2.0	25	91	0	80	63	10	8	18	1.50
169878--170001	52	2.4	52	86	2	160	38	25	12	23	1.90
173155--173321	52	3.3	50	85	6	192	35	24	14	25	1.94
173174--173330	52	3.1	52	87	3	212	35	24	14	26	1.94
173578--173608	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
174238--174362	62	2.0	62	98	0	241	38	11	20	30	1.87
176551--176728	52	3.4	52	86	3	216	37	24	12	25	1.91
179856--180026	52	3.3	52	81	6	161	38	22	11	27	1.88
179899--180043	52	2.8	52	85	2	184	37	22	11	27	1.89
180291--180326	18	2.1	18	90	10	58	30	13	0	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191160--192624	749	2.0	748	97	0	2777	29	12	22	35	1.91
201104--201169	3	21.7	3	77	11	55	62	6	3	28	1.34
201312--201350	16	2.4	16	82	0	51	71	2	2	23	1.10
201381--201440	4	14.5	4	81	6	66	76	5	1	16	1.04
201380--201440	17	3.6	17	84	2	79	77	4	1	16	1.03
207673--207756	42	2.0	42	100	0	168	38	19	7	35	1.79
210461--210507	21	2.2	21	84	0	58	36	23	19	21	1.95
211120--211212	36	2.6	36	85	1	123	20	27	17	34	1.95
214418--214456	5	7.6	5	88	11	53	0	17	0	82	0.68
214418--214456	16	2.5	17	84	16	57	0	17	0	82	0.68
214418--214456	21	1.9	20	89	5	60	0	17	0	82	0.68
217020--217050	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
218209--218253	19	2.4	19	100	0	90	17	26	15	40	1.90
223846--223945	38	2.7	36	72	14	94	33	13	21	33	1.91
229191--229291	36	2.8	36	77	7	116	23	23	12	39	1.90
232073--232317	9	26.0	9	65	19	63	31	5	1	61	1.29
232218--232301	21	4.2	19	71	17	64	30	2	1	65	1.13
237151--237262	55	2.0	55	96	0	206	38	21	10	29	1.87
239029--239067	18	2.2	18	85	0	51	33	0	38	28	1.57
241309--241408	50	2.0	50	100	0	200	26	20	24	30	1.98
245184--245219	10	3.7	10	88	3	56	41	16	0	41	1.48
246778--247051	50	5.5	50	73	8	168	35	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246813--246984	51	3.4	51	72	12	149	36	19	16	27	1.93
246778--247051	99	2.7	99	78	7	261	35	19	17	28	1.94
248820--248885	15	4.5	15	74	20	59	22	1	4	71	1.13
248824--248896	26	2.8	24	76	15	74	21	2	5	69	1.21
249025--249075	23	2.2	22	83	10	66	25	3	1	68	1.17
252278--252343	33	2.0	33	82	11	82	34	6	21	37	1.78
255408--255450	12	3.9	11	82	17	54	0	32	2	65	1.06
255397--255451	21	2.6	20	88	8	74	0	29	1	69	0.99
264584--264625	21	2.0	21	90	0	66	38	19	11	30	1.88
272995--273117	57	2.1	57	82	4	149	30	16	5	47	1.70

Tables:   1   2