genome.fa.s11252.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011252.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126230, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  407021

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083--2113	15	2.1	15	93	0	53	38	3	6	51	1.44
5317--5617	50	6.0	50	83	1	359	19	26	17	36	1.94
5416--5502	24	3.5	24	75	9	84	19	32	17	31	1.95
5324--5612	101	2.9	100	84	1	353	19	28	17	35	1.94
11817--11946	49	2.6	50	91	4	203	60	10	19	10	1.58
11817--11959	50	2.9	49	90	4	209	57	10	20	11	1.63
12751--12802	16	3.4	16	75	22	58	78	0	21	0	0.74
12750--12810	19	3.4	18	73	22	58	80	0	19	0	0.72
12752--12807	29	2.0	28	92	3	94	80	0	19	0	0.71
12808--12891	43	1.9	43	85	4	114	40	16	26	16	1.90
13126--13334	112	1.9	112	88	2	321	32	21	10	36	1.87
13765--13990	98	2.3	99	84	6	298	35	15	31	17	1.91
13765--14019	98	2.6	97	79	11	268	36	16	30	17	1.92
13765--14152	49	7.9	48	68	10	167	35	16	30	17	1.92
13835--14139	148	2.1	148	85	6	406	35	15	30	18	1.92
13941--14285	99	3.5	99	79	5	310	34	15	30	19	1.93
13783--14209	49	8.7	50	67	14	165	33	16	30	18	1.94
14521--14787	42	6.6	42	84	6	354	30	25	17	27	1.97
14529--14787	81	3.2	81	94	0	446	29	25	17	27	1.97
15230--15353	61	2.0	61	98	0	239	31	10	25	33	1.89
19308--19354	2	24.0	2	84	4	60	42	0	2	55	1.12
19311--19373	27	2.3	27	94	0	108	38	1	4	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19315--19381	23	3.0	22	79	10	57	34	2	5	56	1.39
19334--19387	20	2.5	21	85	8	65	33	3	5	57	1.40
23307--23353	24	2.0	24	86	0	67	25	21	23	29	1.99
31102--31195	26	3.7	26	70	5	84	18	25	15	40	1.90
31017--31329	101	3.1	102	83	5	359	20	24	15	39	1.91
31028--31329	51	6.0	50	83	6	324	19	25	15	39	1.91
31077--31211	24	5.5	24	66	6	90	17	28	17	37	1.92
37040--37072	17	1.9	17	88	11	50	24	3	0	72	0.98
41174--41363	92	2.1	92	98	1	373	36	7	18	37	1.79
41638--41825	94	2.0	94	92	0	313	26	21	14	37	1.92
64232--64281	23	2.1	24	92	3	84	26	8	8	58	1.54
67615--67698	25	3.2	25	68	15	71	33	4	25	36	1.77
67606--67711	53	2.0	53	98	0	203	32	4	24	38	1.76
67629--67710	25	3.2	25	64	32	64	32	4	25	36	1.77
68555--68611	21	2.7	21	80	0	60	31	21	17	29	1.96
69259--69326	19	3.4	19	84	9	91	7	8	19	64	1.45
69258--69348	41	2.2	42	86	4	130	7	7	18	65	1.42
69342--69379	15	2.5	15	83	12	51	7	5	15	71	1.28
69328--69423	44	2.2	43	83	7	113	9	7	17	65	1.44
69343--69451	44	2.5	43	81	10	114	11	5	17	65	1.44
69414--69458	20	2.2	20	84	8	54	11	0	22	66	1.22
70116--70278	52	2.9	55	75	11	136	32	23	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70253--70322	35	2.0	35	100	0	140	34	25	11	28	1.91
70201--70374	87	2.0	87	93	2	296	35	25	13	25	1.93
70288--70440	52	2.9	52	94	0	261	35	22	15	26	1.94
75316--75424	54	2.0	54	100	0	218	26	20	25	27	1.99
77449--77499	25	2.0	25	100	0	102	37	15	15	31	1.89
77602--77940	52	6.5	52	87	2	466	34	23	15	26	1.95
82472--82517	18	2.6	18	89	0	65	19	10	19	50	1.77
86569--86654	43	2.0	43	86	4	120	39	16	11	32	1.84
86612--86863	52	4.8	52	90	0	371	36	23	13	26	1.92
88836--88877	17	2.4	18	78	21	54	50	19	14	16	1.79
102615--102927	86	3.8	86	80	6	351	22	18	28	31	1.97
117680--117732	3	17.7	3	81	14	65	0	30	0	69	0.88
127677--127872	98	2.0	98	96	0	365	25	21	12	40	1.89
145399--145447	22	2.1	23	92	7	82	71	12	6	10	1.30
155035--155077	17	2.5	17	88	0	59	55	16	11	16	1.68
164419--164575	77	2.0	77	100	0	314	20	19	20	40	1.92
165482--165608	62	2.0	62	100	0	254	31	1	35	31	1.67
168916--168958	13	3.2	13	78	12	50	0	25	0	74	0.82
168916--168958	7	6.3	7	79	15	54	0	25	0	74	0.82
182165--182253	42	2.1	42	81	4	99	26	22	10	40	1.86
182198--182337	43	3.3	41	79	5	136	25	25	10	38	1.88
188947--188990	19	2.3	19	84	0	52	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190850--191407	50	11.3	49	75	5	322	34	16	29	18	1.94
190832--191407	99	5.8	98	77	7	440	34	16	29	19	1.94
190999--191407	197	2.1	198	82	4	495	35	17	28	19	1.94
191589--191829	46	5.3	45	81	10	274	30	26	17	26	1.97
191562--191829	91	3.0	89	80	7	292	30	25	18	25	1.98
191562--191829	46	5.9	46	78	9	237	30	25	18	25	1.98
192187--192353	85	2.0	85	79	4	185	39	14	19	26	1.90
191864--192884	208	4.9	207	84	2	1165	38	15	21	24	1.92
192395--192561	85	2.0	85	89	2	255	37	13	23	25	1.91
192604--192770	85	2.0	85	86	0	235	37	16	21	23	1.93
191857--192884	417	2.5	415	84	2	1330	38	15	21	24	1.92
192814--192932	48	2.5	48	94	0	202	37	10	24	26	1.89
194886--195188	30	10.1	30	80	8	312	34	28	3	33	1.74
198023--198121	51	1.9	51	87	4	146	52	6	2	39	1.38
206495--206534	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
209499--209568	35	2.0	35	100	0	140	31	22	14	31	1.94
209534--211984	432	5.8	432	82	9	3184	39	10	19	30	1.86
209534--211984	832	2.9	841	91	3	3873	39	10	19	30	1.86
211773--211839	14	4.7	14	71	1	53	59	7	14	17	1.58
212467--212495	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
219663--219711	26	1.9	26	87	4	73	16	0	10	73	1.09
220090--220130	12	3.1	14	86	10	52	46	0	14	39	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222977--223153	92	1.9	92	89	1	273	38	9	14	38	1.77
227318--227543	41	5.5	41	87	1	310	36	10	25	27	1.88
227318--227550	123	1.9	123	89	0	349	36	10	25	27	1.88
227319--227581	123	2.1	123	85	4	343	37	9	25	27	1.87
227319--227592	82	3.3	81	82	8	209	37	10	24	27	1.89
231265--231289	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
232726--232760	13	2.7	13	86	0	52	45	0	8	45	1.34
233458--233662	79	2.6	79	90	0	320	20	15	29	35	1.93
237417--237475	28	2.1	28	90	6	93	55	8	10	25	1.61
238672--238871	37	5.4	36	78	3	184	33	28	20	18	1.96
238672--238871	74	2.7	74	85	2	242	33	28	20	18	1.96
239152--239177	11	2.4	11	100	0	52	61	7	0	30	1.24
243674--243707	18	1.9	17	88	5	50	32	14	0	52	1.42
247992--248028	16	2.3	16	100	0	74	43	8	32	16	1.77
252489--252688	37	5.4	36	78	3	184	33	28	20	18	1.96
252489--252688	74	2.7	74	85	2	242	33	28	20	18	1.96
252969--252994	11	2.4	11	100	0	52	61	7	0	30	1.24
257491--257524	18	1.9	17	88	5	50	32	14	0	52	1.42
261809--261845	16	2.3	16	100	0	74	43	8	32	16	1.77
265682--265797	36	3.1	36	79	9	126	31	30	21	16	1.95
281662--281700	15	2.6	15	87	0	51	0	23	0	76	0.78
290475--290510	18	1.9	19	88	5	56	50	13	11	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296186--296211	7	3.7	7	100	0	52	0	38	0	61	0.96
296780--296859	17	4.9	17	69	13	60	50	13	13	22	1.77
305147--305190	15	2.8	16	82	6	54	0	15	2	81	0.78
305163--305193	9	3.4	9	100	0	62	0	9	0	90	0.46
307773--307799	14	1.9	14	100	0	54	44	7	18	29	1.77
319888--319934	24	2.0	23	84	12	60	51	8	12	27	1.69
326861--326932	6	12.2	6	72	12	60	40	1	5	52	1.33
326867--326932	17	3.8	16	86	11	78	39	1	6	53	1.35
328842--329226	30	12.9	30	65	15	140	34	24	3	37	1.72
328976--329202	29	7.7	29	68	19	98	36	24	3	35	1.71

Tables:   1   2