genome.fa.s11306.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011306.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126286, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  547520

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3002--3044	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
8568--8759	96	2.0	96	81	8	221	37	13	17	31	1.89
8995--9159	58	2.8	58	79	4	145	35	5	24	34	1.79
9107--9218	30	3.8	29	75	9	100	33	5	23	38	1.77
9068--9204	30	4.6	30	74	7	109	30	6	26	36	1.82
9023--9162	58	2.4	58	80	4	167	33	5	27	33	1.80
9140--9231	30	3.1	29	78	7	87	33	3	26	36	1.73
9814--9962	77	1.9	77	87	0	217	17	42	20	20	1.90
10996--11048	17	3.2	16	76	7	52	41	1	1	54	1.22
11007--11077	17	4.1	17	78	8	72	50	1	2	45	1.25
11021--11068	6	8.3	6	77	9	55	54	0	2	43	1.12
12910--12952	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
18476--18667	96	2.0	96	81	8	221	37	13	17	31	1.89
18903--19067	58	2.8	58	79	4	145	35	5	24	34	1.79
19015--19126	30	3.8	29	75	9	100	33	5	23	38	1.77
18976--19112	30	4.6	30	74	7	109	30	6	26	36	1.82
18931--19070	58	2.4	58	80	4	167	33	5	27	33	1.80
19048--19139	30	3.1	29	78	7	87	33	3	26	36	1.73
19722--19870	77	1.9	77	87	0	217	17	42	20	20	1.90
20904--20956	17	3.2	16	76	7	52	41	1	1	54	1.22
20915--20985	17	4.1	17	78	8	72	50	1	2	45	1.25
20929--20976	6	8.3	6	77	9	55	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21410--21882	206	2.3	206	84	1	599	21	21	20	36	1.95
21698--21995	152	1.9	154	83	4	384	21	20	21	36	1.95
21858--22128	116	2.4	114	83	6	357	22	22	20	34	1.97
23186--23278	46	2.0	46	95	0	168	22	30	16	31	1.95
28032--28058	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
34140--34230	30	3.1	29	78	10	94	29	6	26	37	1.82
34807--34960	77	2.0	77	90	0	245	16	45	20	18	1.86
35184--35241	21	2.8	18	76	23	53	37	5	1	55	1.33
35989--36074	17	5.4	17	72	17	58	52	2	2	43	1.26
35984--36055	28	2.6	28	86	4	92	50	2	2	44	1.31
36003--36074	6	12.5	6	73	8	69	55	1	1	41	1.17
36017--36074	17	3.4	17	92	2	89	56	1	1	39	1.19
36836--36895	30	2.0	30	100	0	120	50	23	3	23	1.64
37218--37301	42	2.0	42	86	4	116	47	14	0	38	1.44
37478--37578	25	4.0	25	87	2	141	13	18	26	40	1.89
37478--37578	50	2.0	50	94	0	175	13	18	26	40	1.89
43342--43398	21	2.7	23	71	18	59	36	0	3	59	1.14
43366--43452	19	5.0	18	77	10	76	34	1	2	62	1.16
43366--43452	8	11.0	8	73	21	69	34	1	2	62	1.16
49146--49183	20	1.9	20	89	10	60	36	5	26	31	1.79
49920--49954	15	2.3	15	90	0	52	62	5	0	31	1.18
50820--50875	25	2.3	24	84	3	67	62	5	3	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52512--52893	182	2.1	182	94	0	674	15	23	22	38	1.92
75676--75709	5	6.8	5	93	0	59	23	0	76	0	0.79
76372--76429	29	2.0	30	89	3	91	43	10	13	32	1.78
76603--76650	24	2.0	24	100	0	96	29	8	4	58	1.46
77301--77380	41	2.0	41	89	0	124	21	2	10	66	1.33
83350--83409	30	2.0	31	83	3	77	48	3	8	40	1.50
83903--83927	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
84154--84184	8	3.9	8	100	0	62	87	0	12	0	0.55
87581--87656	30	2.5	30	83	8	93	25	17	13	44	1.84
87520--87706	89	2.1	87	81	6	216	25	17	13	44	1.84
87877--88049	60	2.9	60	80	0	204	49	10	16	24	1.76
98144--98210	23	2.9	23	95	0	116	35	20	29	13	1.91
98278--98325	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
101202--101331	31	4.3	31	78	6	117	36	22	5	35	1.77
112980--113113	50	2.7	50	85	0	178	38	20	23	18	1.94
113161--113335	40	4.4	40	86	2	212	30	27	16	25	1.97
113330--113382	26	2.0	26	89	7	81	37	20	22	18	1.94
114922--115062	31	4.6	31	81	7	137	39	25	2	32	1.71
114917--115076	31	5.3	31	79	5	134	37	24	3	34	1.73
115748--115783	18	2.0	18	100	0	72	38	16	0	44	1.48
128177--128221	15	3.3	15	70	23	53	33	33	8	24	1.86
128176--128227	26	2.0	26	96	0	95	36	32	7	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134438--134479	13	3.2	13	77	12	50	2	14	0	83	0.75
136367--136411	23	2.0	23	90	0	72	35	15	22	26	1.94
137258--137296	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
144625--144666	13	3.2	13	77	12	50	2	14	0	83	0.75
146554--146598	23	2.0	23	90	0	72	35	15	22	26	1.94
147445--147483	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
155549--155626	27	2.9	27	88	0	102	23	24	14	38	1.91
155735--155795	27	2.3	27	88	0	86	22	27	6	42	1.78
155494--155819	169	1.9	169	87	0	481	28	23	10	36	1.88
161672--161708	18	2.0	19	89	5	58	35	10	10	43	1.75
164317--164376	19	3.5	16	75	20	59	65	0	3	31	1.09
167858--167918	29	2.1	29	90	3	95	26	22	8	42	1.81
194984--195014	10	3.1	10	90	0	53	32	0	25	41	1.56
202282--202312	10	3.1	10	90	0	53	32	0	25	41	1.56
204401--204440	20	2.0	20	85	4	55	42	12	0	45	1.42
212747--212834	44	2.0	44	100	0	176	43	6	22	27	1.78
212939--213057	64	1.9	63	91	1	193	34	19	11	34	1.88
214788--214819	17	1.9	16	93	6	55	9	9	6	75	1.20
217402--217468	30	2.1	34	81	15	90	43	4	5	46	1.48
220697--220731	16	2.1	17	89	5	54	57	5	2	34	1.37
221302--221347	23	2.0	23	83	4	58	43	8	4	43	1.55
221628--221703	26	3.1	25	75	14	77	39	1	2	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223495--223587	24	4.0	24	80	6	111	50	16	24	8	1.73
223495--223585	23	3.9	24	77	11	91	51	16	24	7	1.70
225757--225809	25	2.1	25	96	0	97	26	28	11	33	1.91
229094--229259	51	3.2	50	84	10	219	37	3	8	50	1.50
229094--229323	50	4.5	50	82	5	234	36	3	9	50	1.52
229110--229312	53	4.0	51	86	5	207	36	3	9	50	1.53
236362--236471	37	3.0	37	93	0	175	14	20	29	36	1.92
236362--236507	37	3.9	37	85	0	166	15	19	28	35	1.93
241866--242104	119	2.0	119	99	0	469	21	22	15	41	1.90
250596--250634	18	2.1	19	85	9	53	41	0	15	43	1.46
252416--252501	22	3.9	22	83	6	102	31	16	17	34	1.92
255253--255303	27	1.9	26	84	4	66	11	13	23	50	1.74
264048--264085	14	2.9	13	84	7	51	73	5	10	10	1.23
271117--271236	60	2.0	60	91	0	195	20	20	16	42	1.89
286701--286745	21	2.1	21	84	8	56	33	15	24	26	1.95
292407--292436	15	2.1	14	93	6	51	40	6	33	20	1.78
300393--300430	17	2.2	18	85	4	51	18	15	15	50	1.79
300402--300443	17	2.5	16	82	17	50	16	14	19	50	1.79
301008--301050	12	3.2	14	78	21	56	76	0	23	0	0.78
305690--305756	18	3.7	18	76	7	64	22	19	19	38	1.93
308239--308306	22	3.3	21	70	16	61	4	4	22	69	1.25
308338--308448	12	9.1	12	71	14	68	7	9	13	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308338--308448	24	4.5	24	68	20	77	7	9	13	70	1.33
308291--308448	86	1.8	85	81	4	192	6	9	16	67	1.40
308332--308440	36	2.9	37	87	5	150	7	9	13	69	1.35
308369--308458	36	2.5	36	85	7	94	6	7	16	68	1.35
308645--308669	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
308647--308685	20	1.9	20	89	5	60	23	0	10	66	1.22
308620--308677	28	2.1	27	84	9	73	20	0	13	65	1.26
318625--318901	56	5.0	56	90	1	450	20	27	2	49	1.62
318625--318901	111	2.5	112	92	1	477	20	27	2	49	1.62
327354--327388	12	2.9	12	91	0	52	77	0	5	17	0.96

Tables:   1   2