genome.fa.s11373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011373.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126354, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611466

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1939--1974	19	1.9	18	88	5	54	75	2	13	8	1.15
22035--22095	30	2.1	29	81	6	70	24	24	31	19	1.98
24880--24971	35	2.7	35	86	1	123	29	17	11	41	1.85
27047--27083	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
48729--48766	18	2.1	18	95	0	67	68	13	0	18	1.21
59897--59961	33	1.9	34	87	3	96	44	9	13	32	1.76
60057--60089	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
64521--64554	8	4.1	8	88	3	50	2	38	0	58	1.13
73217--73243	11	2.5	11	100	0	54	59	0	7	33	1.25
82120--82410	30	9.9	29	80	10	261	37	2	25	34	1.71
82120--82381	59	4.4	58	80	8	271	35	2	26	34	1.71
82092--82410	59	5.4	59	78	7	256	38	2	24	34	1.70
83023--83233	117	1.8	115	95	2	386	54	4	9	32	1.51
83213--83306	2	47.0	2	73	0	53	46	11	4	37	1.60
83217--83281	24	2.7	24	87	0	94	49	13	3	33	1.58
83296--83336	6	6.8	6	85	0	55	34	2	14	48	1.57
83213--83303	12	7.8	12	76	4	69	47	12	4	36	1.61
83733--83768	11	3.3	11	88	0	54	47	0	0	52	1.00
84096--84138	20	2.1	21	95	4	79	32	9	27	30	1.88
85933--86526	299	2.0	296	91	2	960	23	11	19	44	1.83
89255--89300	17	2.5	18	80	20	51	13	4	6	76	1.14
93201--93314	27	4.1	26	71	16	77	26	5	7	60	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93229--93353	29	4.2	27	69	16	70	27	4	5	62	1.38
93200--93324	29	4.4	29	70	13	98	26	4	7	61	1.42
96110--96158	18	2.7	18	81	18	57	65	10	0	24	1.23
102367--102411	3	15.3	3	95	4	83	0	31	0	68	0.89
103113--103338	41	5.4	41	81	3	220	39	10	24	25	1.87
110350--110549	41	4.8	41	80	7	208	40	9	25	25	1.85
114502--114545	9	5.1	9	81	10	56	84	0	15	0	0.63
114494--114545	17	3.1	16	78	13	59	84	0	15	0	0.62
114494--114549	20	3.0	20	82	10	73	80	0	19	0	0.71
114494--114546	18	2.9	18	83	5	70	83	0	16	0	0.66
115366--115828	49	9.4	49	82	1	476	36	13	25	25	1.92
115400--115828	148	2.9	148	85	0	581	36	13	24	25	1.92
115359--115904	99	5.5	99	80	3	406	37	13	24	25	1.91
115401--115949	49	11.1	49	77	8	183	37	13	23	24	1.91
119129--119159	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
122669--122707	10	4.0	10	83	6	53	25	0	15	58	1.37
122670--122708	19	2.0	20	90	5	62	28	0	12	58	1.34
122681--122727	24	1.9	25	86	4	69	31	2	10	55	1.46
137682--137725	21	2.1	21	91	0	70	18	13	34	34	1.90
148229--148258	15	2.0	15	93	0	51	26	30	6	36	1.82
150190--150222	11	3.1	11	91	4	50	33	0	30	36	1.58
150570--150607	19	2.0	20	85	15	53	34	18	2	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154341--154505	61	2.7	61	89	2	231	32	10	22	33	1.89
157078--157138	17	3.5	17	80	10	70	55	13	13	18	1.68
169570--169607	19	2.0	19	90	10	60	73	5	13	7	1.22
173964--174015	17	3.1	17	82	0	59	51	7	17	23	1.70
178896--178994	39	2.5	39	91	0	162	26	5	16	52	1.64
179040--179102	32	2.0	32	90	0	99	33	14	17	34	1.90
185490--185588	39	2.5	39	91	0	162	26	5	16	52	1.64
185634--185696	32	2.0	32	90	0	99	33	14	17	34	1.90
188937--188996	13	5.1	11	77	16	50	68	1	26	3	1.15
188916--188972	31	1.9	28	86	10	78	66	1	28	3	1.18
188952--188989	13	2.8	14	84	8	60	68	0	26	5	1.11
188965--189005	19	2.0	21	86	9	59	70	0	24	4	1.06
191216--191275	13	5.1	11	77	16	50	68	1	26	3	1.15
191195--191251	31	1.9	28	86	10	78	66	1	28	3	1.18
191231--191268	13	2.8	14	84	8	60	68	0	26	5	1.11
191244--191284	19	2.0	21	86	9	59	70	0	24	4	1.06
197802--197900	39	2.5	39	91	0	162	25	4	16	54	1.59
200052--200238	51	3.6	51	88	5	270	31	24	12	31	1.92
205645--205706	28	2.2	28	100	0	124	32	14	17	35	1.90
206898--206951	20	2.7	21	81	16	62	1	29	1	66	1.12
206915--206956	20	2.2	20	87	8	61	2	30	0	66	1.04
217453--217492	21	1.9	21	89	0	62	62	0	35	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225440--225469	15	2.0	15	93	0	51	30	30	13	26	1.94
231875--232028	61	2.5	62	89	1	229	31	11	24	32	1.91
237434--237488	20	2.8	20	85	0	74	45	9	7	38	1.64
240462--240500	17	2.1	19	86	13	55	30	7	5	56	1.49
241149--241237	45	2.0	45	97	0	169	42	10	14	32	1.79
241157--241231	25	3.2	25	61	24	63	42	9	14	33	1.78
242470--242503	16	2.1	16	88	5	50	41	2	0	55	1.15
246361--246468	31	3.6	31	77	15	127	25	17	8	49	1.74
246401--246488	31	2.8	31	85	0	95	26	17	9	47	1.76
246361--246543	90	2.0	90	82	6	219	25	16	10	46	1.79
246437--246550	59	1.9	59	80	7	133	24	16	11	47	1.80
246724--246824	31	3.3	30	69	15	91	49	11	12	25	1.75
246709--246881	60	2.9	59	86	4	215	54	10	10	24	1.66
250729--250780	18	2.9	18	76	0	59	23	34	15	26	1.94
250785--250863	38	2.1	38	83	4	97	21	20	22	35	1.96
272391--272430	16	2.4	18	80	16	50	50	25	12	12	1.75
278529--278618	41	2.2	41	97	0	171	51	2	33	13	1.53
279671--279715	20	2.4	19	85	7	56	75	2	20	2	1.01
293314--293411	38	2.6	38	76	10	103	29	14	24	31	1.94
294527--294573	17	2.8	17	90	0	67	51	12	21	14	1.76
297564--297644	37	2.2	38	84	6	103	30	13	22	33	1.93
297688--297760	37	2.0	37	86	0	101	26	13	26	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303790--303981	96	2.0	96	81	6	228	40	12	17	29	1.86
304249--304404	58	2.7	57	74	14	140	35	3	28	32	1.75
304359--304684	29	11.1	29	85	5	388	33	1	28	37	1.65
308579--308807	59	3.9	58	81	9	204	34	6	26	33	1.82
308673--308809	29	4.7	29	83	9	179	32	5	27	35	1.79
310648--310727	17	4.7	17	79	11	83	50	2	2	45	1.28
310645--310727	6	14.5	6	67	9	57	49	2	2	45	1.28
310648--310727	34	2.4	33	83	10	99	50	2	2	45	1.28
311115--311662	205	2.7	205	87	1	776	23	22	18	35	1.96
315399--315438	20	2.1	20	86	9	57	42	7	2	47	1.45
316446--316508	17	3.7	17	81	8	74	50	3	3	42	1.34
316432--316495	17	3.1	22	70	25	66	50	3	4	42	1.39
320751--320849	52	1.9	51	83	6	128	40	8	17	34	1.79
323012--323160	58	2.6	58	77	11	153	26	10	10	52	1.68
327735--327787	23	2.3	24	78	12	58	71	5	0	22	1.06
329047--329086	19	2.1	19	90	9	64	22	2	30	45	1.66
329659--329948	101	2.9	101	78	5	325	27	18	17	35	1.94
329810--329946	51	2.7	50	79	8	143	25	17	20	36	1.94
329636--329967	101	3.3	100	74	9	314	27	21	16	34	1.95
336747--336880	24	5.4	24	63	16	67	19	26	17	36	1.94
336741--337002	50	5.3	50	85	2	341	20	24	17	36	1.94
336769--337002	26	9.4	26	61	14	80	21	25	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338790--339053	130	2.0	131	97	0	503	48	9	18	24	1.77
340752--340972	100	2.2	99	83	4	273	36	15	28	18	1.92
340753--341331	49	11.8	49	73	10	376	37	15	27	19	1.92
340947--341316	147	2.5	149	83	4	421	38	14	27	20	1.91
341181--341408	98	2.3	98	81	4	237	40	14	23	21	1.90
340946--341408	147	3.1	147	80	4	353	38	14	25	20	1.91
342578--342624	15	3.1	15	81	6	58	0	4	10	85	0.74
342580--342622	18	2.4	17	84	7	59	0	2	9	88	0.60
342581--342622	12	3.3	12	83	9	57	0	2	9	88	0.61
342580--342631	13	3.9	13	82	12	61	1	1	9	86	0.72

Tables:   1   2