genome.fa.s11447.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011447.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126431, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  482958

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--42	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2492--2526	17	2.1	18	89	10	56	51	0	8	40	1.33
5954--6008	5	10.8	5	78	18	60	20	1	1	76	0.97
9037--9077	18	2.3	18	86	0	55	19	63	0	17	1.31
12533--12669	36	3.8	36	92	0	229	35	23	12	29	1.91
12703--12996	23	12.8	23	84	0	372	45	14	5	34	1.68
12703--13001	92	3.2	92	89	0	436	45	15	5	34	1.68
13767--13799	9	3.8	9	92	4	50	33	0	36	30	1.58
15255--15567	43	7.2	43	70	6	175	38	17	17	25	1.92
15255--15672	86	4.8	86	79	3	385	41	18	16	23	1.90
15478--15672	43	4.6	43	77	0	176	44	19	16	20	1.87
17531--17634	43	2.4	43	80	3	111	39	23	14	23	1.91
23893--24021	57	2.3	57	79	5	145	30	18	17	34	1.94
25161--25457	147	2.0	147	100	0	594	40	15	22	20	1.91
27367--27413	18	2.6	18	76	6	51	29	23	19	27	1.98
28433--28510	39	2.0	39	100	0	156	25	30	10	33	1.89
32422--32594	24	7.2	24	93	0	292	24	23	23	27	2.00
50640--50737	50	2.0	50	93	0	169	21	33	19	25	1.97
51750--51893	37	3.9	37	85	0	171	37	28	20	13	1.91
58946--59078	37	3.6	37	90	0	212	36	31	17	14	1.89
58934--59095	74	2.2	74	87	0	243	38	30	17	13	1.89
59921--60009	45	2.0	45	97	0	169	15	26	2	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60844--60881	19	2.0	19	85	10	51	55	0	7	36	1.29
68566--68639	25	2.9	25	81	2	94	31	22	20	25	1.98
68715--68888	80	2.2	80	81	8	203	32	22	17	27	1.96
72983--73131	80	1.9	80	86	0	217	32	26	17	23	1.97
76707--76744	20	1.9	20	100	0	76	42	28	7	21	1.81
78389--78439	21	2.4	21	83	6	68	33	25	9	31	1.88
92648--92681	17	1.9	18	88	5	52	44	0	20	35	1.52
92980--93014	18	1.9	18	94	0	61	48	2	20	28	1.63
97878--97919	12	3.5	13	84	9	54	76	2	21	0	0.90
101395--101429	18	1.9	18	88	0	52	57	8	34	0	1.29
106190--106410	37	6.0	37	82	2	248	15	20	30	33	1.93
107427--107530	49	2.1	50	94	3	192	29	1	28	39	1.68
109084--109108	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
109162--109208	22	2.1	22	84	0	58	53	6	6	34	1.52
109324--109357	12	2.8	12	90	0	59	38	0	11	50	1.39
109405--109549	6	24.7	6	72	6	100	58	1	6	33	1.33
109763--109819	22	2.6	23	78	8	66	71	1	0	26	0.95
109754--109804	10	4.9	10	79	13	50	76	1	0	21	0.88
109754--109816	19	3.2	20	79	16	60	74	1	0	23	0.90
111829--112062	116	2.0	117	85	5	321	30	16	15	37	1.90
112266--112298	16	2.0	17	88	5	50	42	0	9	48	1.35
116828--116894	30	2.2	30	82	7	82	26	11	34	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118023--118074	20	2.6	21	73	11	56	40	0	0	59	0.97
118039--118090	15	3.7	13	78	12	50	40	0	1	57	1.10
120476--120542	26	2.7	26	86	13	97	31	0	34	34	1.58
122694--122810	62	1.9	59	84	5	153	51	4	2	41	1.35
122836--122896	12	5.2	11	73	21	52	57	3	1	37	1.25
122823--122879	17	3.5	17	74	11	57	59	1	1	36	1.18
122821--122896	37	2.1	36	85	11	102	56	2	1	39	1.21
125463--126030	282	2.0	282	97	0	1082	27	21	20	30	1.98
140519--140570	23	2.3	23	76	6	61	50	0	3	46	1.20
140664--140719	23	2.4	23	79	5	60	42	1	7	48	1.41
140515--140965	154	3.0	147	83	8	561	43	3	9	44	1.52
141451--141492	21	2.0	21	85	0	57	23	9	0	66	1.21
145989--146019	16	1.9	16	93	0	53	54	3	16	25	1.56
146301--146610	160	1.9	160	93	0	530	45	14	13	26	1.82
150833--150939	55	1.9	55	84	0	142	29	28	15	26	1.96
152650--152732	36	2.3	36	89	0	121	24	16	28	30	1.97
153829--153887	17	3.4	17	80	2	64	49	15	18	16	1.80
157028--157119	36	2.5	36	89	1	130	22	14	32	30	1.93
164776--164811	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
170562--170586	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
171438--171483	18	2.6	18	89	3	67	45	0	26	28	1.54
171523--171556	17	1.9	18	88	5	52	44	0	20	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171850--171886	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
171850--171905	12	4.8	12	71	10	53	48	0	25	26	1.52
172930--173024	43	2.2	43	81	5	113	47	8	10	33	1.68
180925--180959	18	1.9	18	94	0	61	60	14	0	25	1.35
181104--181152	6	7.7	6	78	13	53	0	51	0	48	1.00
181106--181137	15	2.1	15	100	0	64	0	59	0	40	0.97
182435--182466	15	2.1	15	100	0	64	18	25	34	21	1.96
189901--190159	81	3.2	81	85	3	326	31	31	15	21	1.95
192641--192812	35	4.9	35	89	1	245	21	12	28	37	1.89
192641--192812	71	2.4	70	89	0	245	21	12	28	37	1.89
194710--194747	20	2.0	20	89	5	60	50	15	0	34	1.45
207372--207419	23	2.1	23	100	0	96	20	8	18	52	1.71
214981--215037	24	2.4	23	91	5	87	8	21	29	40	1.83
215870--215902	5	6.6	5	92	0	57	18	60	18	3	1.49
215935--216030	49	2.0	48	85	6	131	63	8	0	28	1.23
216140--216181	20	2.0	21	90	4	68	66	26	0	7	1.17
216187--216285	47	2.1	46	81	10	112	67	15	5	12	1.38
216210--216285	24	3.2	22	81	14	82	68	15	5	10	1.36
216184--216261	23	3.5	21	78	13	75	70	14	3	11	1.29
216264--216329	20	3.2	20	78	14	55	66	18	4	10	1.38
216284--216331	21	2.2	21	92	3	78	68	18	4	8	1.31
216274--216330	20	2.8	21	82	10	73	66	19	3	10	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216273--216342	20	3.5	19	75	13	61	65	20	4	10	1.39
216893--216953	26	2.5	23	75	15	61	50	3	0	45	1.17
236748--236786	15	2.5	16	87	4	53	74	0	12	12	1.08
238815--238848	17	2.0	17	94	0	59	32	20	11	35	1.89
241479--241583	55	1.9	55	86	0	147	27	19	23	29	1.98
244351--244396	21	2.2	21	88	7	67	21	47	2	28	1.62
244357--244403	21	2.2	21	85	7	60	31	44	2	21	1.64
244657--244917	130	2.0	129	93	0	450	25	22	16	36	1.94
245500--245524	6	4.2	6	100	0	50	84	16	0	0	0.63
261616--261675	24	2.5	24	97	0	111	23	13	26	36	1.92
266898--266931	16	2.0	17	88	11	52	58	11	17	11	1.62
275256--275689	217	2.0	218	95	1	791	39	15	24	20	1.92
276409--276440	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
287566--287604	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
295709--295742	17	1.9	18	88	5	52	38	26	5	29	1.80
299692--300409	359	2.0	359	97	0	1355	33	18	20	28	1.96
304608--304633	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
304889--304998	38	2.9	39	85	6	145	48	1	38	11	1.51
305375--305433	24	2.5	24	88	0	91	27	13	8	50	1.70
307322--307369	24	2.0	24	91	0	78	27	10	6	56	1.57
308129--308240	56	2.0	56	96	0	206	29	27	15	27	1.96
325156--325326	85	2.0	85	82	0	207	36	15	22	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325965--325998	17	2.0	17	88	0	50	44	38	8	8	1.67
326304--326333	16	1.9	15	93	6	51	40	13	0	46	1.43
327545--327581	18	2.0	19	85	15	51	27	10	5	56	1.55
330442--330536	47	2.0	47	100	0	190	46	14	10	28	1.78
330592--330633	17	2.5	16	88	11	66	30	2	0	66	1.04
330746--330776	16	1.9	16	93	0	53	67	6	3	22	1.28
331968--332040	32	2.3	31	85	2	92	50	4	4	41	1.40
333493--333527	9	3.8	9	85	7	52	25	40	2	31	1.70
335427--335476	20	2.5	20	80	9	57	46	0	16	38	1.47
336954--337097	29	4.9	30	86	6	179	40	22	2	35	1.66

Tables:   1   2