genome.fa.s11505.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011505.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126490, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365990

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199--231	15	2.1	16	88	5	50	81	6	6	6	0.97
6957--7000	23	1.9	23	85	0	61	27	20	20	31	1.97
6959--7013	23	2.4	23	78	0	56	27	20	21	30	1.98
7231--7271	19	2.1	20	90	4	66	39	21	21	17	1.93
7234--7289	27	2.1	26	90	3	85	35	21	23	19	1.96
11682--11724	21	2.0	21	100	0	86	30	37	4	27	1.77
14012--14061	19	2.5	21	81	12	61	30	0	4	66	1.10
22258--22319	23	2.6	24	80	10	74	48	12	14	24	1.79
35917--36146	73	3.2	70	71	7	192	30	19	26	23	1.98
36242--36356	39	3.0	38	82	3	124	42	20	13	23	1.87
36258--36352	38	2.5	39	82	5	113	43	21	11	24	1.85
38877--38918	20	2.0	20	82	13	50	28	2	9	59	1.41
38886--38925	19	2.0	21	85	14	57	27	0	12	60	1.33
39553--39606	21	2.7	19	78	10	63	38	29	7	24	1.82
42783--43003	111	2.0	111	95	1	399	41	19	14	24	1.89
48269--48319	21	2.4	22	83	6	70	35	0	0	64	0.94
48379--48413	18	1.9	18	94	0	61	62	5	0	31	1.18
50934--51106	86	2.0	89	82	7	212	39	17	9	32	1.83
51185--51255	10	7.8	10	73	23	52	60	0	0	39	0.97
51185--51254	18	3.9	18	74	22	67	60	0	0	40	0.97
51284--51328	10	4.5	10	91	0	72	73	2	0	24	0.95
51269--51328	20	3.1	20	83	4	79	73	3	1	21	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51579--51632	17	3.1	18	77	17	51	27	3	1	66	1.19
51586--51632	18	2.8	17	84	15	62	23	4	2	70	1.16
57344--57609	89	3.0	90	90	1	453	39	9	20	29	1.85
57344--57617	90	3.1	89	89	2	442	40	9	20	29	1.84
62839--63015	24	7.4	24	89	0	264	24	27	16	32	1.96
62839--63023	48	3.9	48	95	0	307	24	27	16	31	1.96
64214--64253	21	1.9	21	89	0	62	12	20	2	65	1.38
72966--73018	26	2.0	26	85	0	70	24	13	33	28	1.93
77332--77357	5	5.2	5	100	0	52	19	80	0	0	0.71
78063--78087	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
97686--97727	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
97863--97926	25	2.7	23	83	11	67	43	1	43	10	1.49
97954--97986	16	1.9	18	88	11	52	15	9	18	57	1.63
101031--101063	15	2.2	15	89	10	50	12	6	0	81	0.85
106379--106417	19	1.9	19	85	10	51	20	15	10	53	1.70
108937--109042	51	2.1	51	80	3	115	41	4	19	33	1.73
112652--112693	18	2.2	20	87	8	61	50	14	0	35	1.43
113943--113993	24	2.1	24	88	0	75	21	13	11	52	1.72
113951--114005	24	2.3	24	87	0	74	25	14	12	47	1.80
116470--116519	26	1.9	26	84	8	66	50	0	0	50	1.00
116495--116529	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
116491--116534	21	2.2	20	87	4	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117986--118036	23	2.2	23	100	0	102	37	13	19	29	1.90
119484--119526	21	2.0	22	82	13	54	32	16	2	48	1.58
120118--120156	15	2.5	15	87	4	51	23	2	12	61	1.43
121496--121535	22	1.9	19	85	14	53	30	22	32	15	1.94
122300--122380	33	2.5	32	81	16	87	3	20	4	70	1.22
124269--124308	18	2.2	18	90	0	62	25	20	27	27	1.99
131692--131731	18	2.2	18	90	0	62	25	20	27	27	1.99
139775--139812	19	2.0	19	100	0	76	42	15	21	21	1.89
139960--139999	19	2.1	19	85	4	53	7	15	12	65	1.47
141003--141069	34	2.0	34	96	0	125	35	25	19	19	1.95
155526--155567	6	7.0	6	97	0	75	16	64	0	19	1.30
157295--157329	18	1.9	18	88	0	52	34	0	2	62	1.10
162694--163033	29	11.5	30	76	8	270	37	3	25	33	1.72
162698--163053	59	6.0	57	77	10	274	37	3	25	33	1.73
162675--163053	29	12.9	29	74	11	200	37	3	25	33	1.73
163745--163793	2	24.5	2	78	0	53	40	0	8	51	1.32
163747--163797	12	4.2	12	84	0	66	39	0	9	50	1.35
164648--165015	171	2.1	172	85	1	488	25	21	15	38	1.92
164933--165094	85	1.9	85	83	5	211	23	24	14	37	1.92
165140--165307	85	2.0	85	85	2	230	23	23	16	36	1.94
164817--165560	208	3.6	208	87	1	1026	23	21	15	39	1.92
165581--165770	39	4.8	39	78	5	177	25	17	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165812--166237	49	8.7	49	75	2	343	19	30	16	34	1.93
165812--166237	99	4.3	99	78	3	421	19	30	16	34	1.93
165812--166239	148	2.9	145	76	5	419	19	30	16	34	1.93
167150--167191	14	2.8	15	82	7	50	2	16	0	80	0.81
167155--167221	29	2.3	29	86	2	89	7	13	0	79	0.94
171718--171907	30	6.5	29	73	12	138	41	4	20	33	1.72
171715--171907	60	3.3	60	80	7	193	40	4	21	33	1.72
172261--172290	8	3.6	8	91	8	51	0	40	0	60	0.97
172696--172751	6	9.0	6	80	7	67	33	0	16	50	1.45
174563--174595	16	2.1	16	94	0	57	30	24	6	39	1.79
182169--182234	19	3.5	19	77	2	62	65	0	0	34	0.93
182174--182234	10	6.6	9	72	12	52	65	0	0	34	0.93
182533--182584	4	13.0	4	100	0	104	50	25	0	25	1.50
182666--182712	19	2.5	19	79	3	60	44	8	4	42	1.54
183181--183231	24	2.1	24	88	0	75	56	9	9	23	1.61
186412--186455	22	2.0	21	91	4	70	25	0	0	75	0.81
188733--188817	23	3.7	23	77	0	98	36	12	17	32	1.88
188736--188832	46	2.1	46	88	3	142	37	13	17	31	1.89
188733--188832	23	4.3	23	76	0	92	37	13	18	32	1.88
188874--188916	15	2.9	15	83	10	52	32	18	20	27	1.96
193743--193834	45	2.1	43	88	8	132	33	5	16	44	1.70
195138--195201	27	2.4	26	89	2	92	40	3	4	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195152--195208	27	2.1	27	83	6	71	49	1	3	45	1.29
195313--195393	35	2.4	34	79	10	85	46	7	18	27	1.75
202312--202583	45	6.0	45	90	1	393	36	5	14	43	1.69
202377--202451	26	3.2	26	62	31	67	36	8	14	41	1.76
208948--208995	9	5.3	9	82	9	62	66	2	31	0	1.03
208956--209002	15	3.3	15	74	17	55	65	2	31	0	1.04
244767--244823	29	2.0	29	96	0	105	40	10	17	31	1.84
246378--246416	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
261958--262011	21	2.8	19	81	10	65	75	9	12	1	1.11
261958--262013	18	2.9	19	77	12	60	75	8	14	1	1.13
278571--278760	98	1.9	98	84	6	251	36	14	17	31	1.90
279080--279378	59	5.1	60	81	7	332	40	2	26	31	1.69
279081--279361	58	4.8	59	81	8	303	41	2	25	30	1.68
279080--279362	29	9.7	30	72	12	180	40	2	25	31	1.69
279093--279397	58	5.2	59	81	8	252	40	2	24	32	1.70
280613--280653	21	2.0	20	86	13	57	41	7	12	39	1.70
281276--281380	17	6.0	17	73	8	86	55	8	2	33	1.45
281274--281326	6	9.0	6	77	10	56	50	5	0	43	1.25
281827--282362	49	10.9	50	70	8	314	15	26	19	38	1.92
281822--282118	99	3.0	100	81	7	356	15	26	20	38	1.92
281966--282257	147	2.0	147	86	2	408	14	26	20	38	1.92
282095--282363	98	2.7	98	85	0	376	15	26	19	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281966--282297	147	2.3	147	83	5	377	15	26	20	37	1.92
281966--282343	147	2.6	147	81	4	372	15	26	20	37	1.93
292890--293170	29	9.7	28	68	17	121	39	1	25	33	1.65
292881--293185	57	5.2	57	82	8	246	38	2	26	33	1.69
292890--293203	30	10.8	29	72	14	179	38	2	25	33	1.68
293092--293233	30	4.7	30	76	12	107	38	4	23	34	1.74
292900--293200	59	5.2	60	84	9	256	38	2	25	33	1.69
294286--294379	3	31.0	3	71	2	71	37	2	4	56	1.31
295089--295135	17	2.8	16	87	9	67	48	4	0	46	1.21
295088--295159	11	6.0	12	75	8	58	51	4	2	41	1.35

Tables:   1   2