genome.fa.s11578.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011578.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126567, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337635

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272--734	29	15.8	29	69	20	128	32	4	30	33	1.77
266--761	59	8.5	58	85	5	574	32	4	30	33	1.76
298--758	117	3.9	117	84	7	594	32	3	29	33	1.76
298--753	176	2.6	175	86	6	613	32	3	29	33	1.76
2465--2507	15	2.9	15	89	0	68	23	13	20	41	1.88
2524--2589	17	3.9	16	88	5	78	51	6	0	42	1.26
2558--2600	22	1.9	22	85	4	59	51	11	0	37	1.39
5177--5334	54	2.9	53	77	3	145	33	12	14	39	1.83
5395--5646	126	2.0	126	88	0	378	30	15	15	37	1.90
6664--6718	27	2.1	26	83	10	67	38	0	1	60	1.08
7771--7844	28	2.6	27	76	16	69	54	8	16	21	1.68
7875--7919	22	2.0	22	86	4	63	17	6	0	75	1.01
12521--12573	20	2.7	19	80	13	54	52	5	0	41	1.25
14680--14731	20	2.6	20	96	0	95	9	25	44	21	1.82
22884--22945	31	2.0	31	96	0	115	35	11	9	43	1.73
24338--24372	18	1.9	18	88	11	54	28	0	2	68	1.04
24536--24592	28	2.0	28	96	0	105	50	17	17	14	1.77
24733--24774	12	3.6	12	75	18	52	23	14	23	38	1.92
24712--24797	23	3.7	23	89	4	111	27	12	20	38	1.90
24763--24808	23	2.0	23	83	8	58	39	10	17	32	1.84
30097--30156	21	2.8	22	85	7	79	33	21	8	36	1.84
30829--31109	51	5.5	51	88	3	377	28	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38885--38945	29	2.1	29	100	0	122	29	3	32	34	1.74
38885--38932	16	3.2	16	67	27	50	27	2	35	35	1.69
40448--40610	67	2.4	69	84	2	195	33	15	11	39	1.83
41492--41568	36	2.1	36	100	0	154	20	27	5	46	1.72
41674--41715	21	2.0	21	100	0	84	28	19	4	47	1.69
41512--41785	135	2.0	135	98	0	530	28	19	13	38	1.89
44654--44740	43	2.0	45	84	8	117	35	2	0	62	1.08
44659--44709	15	3.2	15	78	13	57	31	1	0	66	1.03
58209--58256	17	2.7	17	80	20	62	45	0	0	54	0.99
58782--58915	70	2.0	67	88	4	196	35	11	9	43	1.73
59133--59183	18	2.7	19	82	11	61	60	1	0	37	1.08
60258--60298	18	2.4	17	84	15	50	48	4	0	46	1.23
62284--62323	3	13.3	3	94	0	71	35	0	0	65	0.93
62467--62497	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
65827--65875	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	63	1.06
68859--68892	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
72172--72300	57	2.3	57	93	0	213	16	35	23	24	1.95
73658--73695	14	2.8	14	84	4	51	65	2	0	31	1.06
77830--77881	19	2.8	20	83	16	67	57	0	0	42	0.98
77982--78014	16	2.1	16	94	0	57	57	0	3	39	1.14
78006--78038	12	2.8	12	86	13	50	30	0	3	66	1.06
78860--78953	37	2.7	35	71	19	81	8	24	1	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78861--78969	52	2.3	48	81	12	127	9	25	0	64	1.29
88521--88545	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
91206--91280	38	2.0	38	83	0	96	33	16	18	32	1.93
91254--91314	31	2.0	31	90	0	95	34	9	26	29	1.88
98954--98994	20	2.1	19	90	4	64	68	0	4	26	1.10
99160--99188	11	2.5	12	88	11	51	75	0	0	24	0.80
99163--99188	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
99209--99279	19	3.6	21	79	9	71	26	5	2	64	1.29
99266--99379	20	5.8	19	68	16	72	36	3	0	59	1.14
99205--99291	38	2.3	38	78	9	99	31	4	2	62	1.28
99245--99379	29	4.6	29	74	9	103	34	3	0	60	1.20
99226--99393	48	3.5	47	75	15	123	32	4	0	61	1.21
99276--99378	30	3.5	30	80	7	95	35	3	0	60	1.15
100073--100140	34	1.9	34	82	5	82	29	13	7	50	1.68
108746--108915	85	2.0	85	100	0	340	41	14	17	27	1.88
114665--114694	15	2.0	15	93	0	51	36	20	16	26	1.93
114864--114954	47	1.9	47	95	0	164	23	17	19	39	1.92
123404--123436	3	11.0	3	93	0	57	3	33	0	63	1.10
147538--147581	14	3.3	14	78	12	56	59	9	0	31	1.29
147819--147870	18	2.9	18	74	5	52	42	3	0	53	1.19
155860--155907	21	2.2	21	82	10	53	35	6	2	56	1.36
157462--157501	21	1.9	21	84	0	53	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166807--166845	17	2.2	18	86	9	53	0	20	12	66	1.24
168036--168068	12	2.8	12	90	4	50	36	6	0	57	1.23
172754--173135	194	2.0	192	95	1	692	26	9	25	37	1.86
175727--175782	28	2.0	28	100	0	112	21	25	25	28	1.99
181556--181589	10	3.4	10	91	0	50	0	8	61	29	1.26
181756--181814	27	2.1	27	81	9	66	35	0	1	62	1.05
182223--182253	15	2.1	15	93	0	53	35	6	9	48	1.62
187123--187202	30	2.7	30	75	7	90	28	16	8	46	1.77
187453--187496	20	2.2	20	84	12	54	50	2	6	40	1.42
198988--199305	59	5.5	59	72	9	183	37	20	3	38	1.70
198988--199305	58	5.5	58	72	10	186	37	20	3	38	1.70
199002--199309	29	10.6	29	73	7	142	37	20	3	37	1.71
199021--199305	118	2.4	117	80	6	294	37	19	3	38	1.70
205735--205774	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
206524--206548	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
206605--206634	14	2.1	14	93	0	51	16	6	3	73	1.18
208338--208387	14	3.5	15	71	13	52	72	8	2	18	1.19
210948--210990	18	2.4	18	84	3	52	62	0	0	37	0.95
216883--216925	22	2.0	22	86	9	61	65	9	2	23	1.34
218366--218451	31	2.7	31	80	3	91	30	15	16	38	1.89
225054--225086	13	2.5	14	90	9	52	69	0	0	30	0.88
227840--227906	32	2.1	32	94	5	118	28	8	19	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231272--231306	10	3.4	10	84	7	52	57	2	2	37	1.29
237021--237065	23	2.0	23	82	8	56	57	0	2	40	1.11
240434--240474	16	2.6	16	92	0	64	24	0	2	73	0.96
241676--241729	22	2.4	23	82	11	60	66	1	1	29	1.12
243103--243132	11	2.9	10	90	9	51	80	0	0	20	0.72
243103--243132	5	5.8	5	92	7	51	80	0	0	20	0.72
244623--244656	17	2.1	17	88	5	52	50	2	11	35	1.54
247615--247676	18	3.5	17	76	14	54	53	1	4	40	1.32
262189--263632	405	3.6	396	82	4	1644	26	25	16	32	1.96
268576--268768	96	2.0	97	97	1	370	50	3	4	42	1.37
269049--269136	30	2.9	30	89	1	140	30	9	10	50	1.67
269301--269334	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
274493--274538	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
275708--275748	4	10.0	4	85	15	57	24	0	0	75	0.80
275651--275845	75	2.7	74	85	8	253	41	0	4	54	1.19
280697--280910	107	2.0	107	99	0	419	27	17	19	35	1.94
288155--288200	20	2.2	20	96	3	83	60	4	8	26	1.44
297011--297044	17	1.9	18	88	5	52	47	0	20	32	1.51
312981--313010	5	6.0	5	100	0	60	20	0	40	40	1.52
314482--314551	29	2.4	31	81	15	87	50	0	5	44	1.26
337074--337102	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1

The End!