genome.fa.s11647.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011647.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126639, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  417821

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5635--5677	22	2.0	22	85	0	59	46	25	18	9	1.79
6971--7059	23	3.9	23	78	7	85	41	23	24	10	1.85
7127--7174	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
12851--12913	22	2.8	22	78	9	65	39	25	23	11	1.88
12847--12919	23	3.2	21	79	16	76	36	26	27	9	1.87
12847--12929	23	3.7	23	72	19	59	37	25	26	10	1.89
13003--13050	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
18806--18892	23	3.8	23	77	4	79	41	22	24	11	1.87
33788--33863	40	1.9	39	86	7	109	55	7	1	35	1.37
36462--36539	20	4.5	18	72	18	58	61	0	1	37	1.04
36458--36563	51	2.1	52	83	11	132	59	0	0	39	1.04
40394--40437	21	2.1	21	82	0	52	40	18	22	18	1.91
47578--47625	23	2.1	23	84	7	62	37	2	4	56	1.30
49708--49769	30	2.1	30	100	0	124	12	37	22	27	1.91
50860--51019	85	1.9	85	86	0	230	26	23	14	35	1.93
50634--51581	209	4.5	209	88	1	1371	23	21	16	38	1.93
52262--52321	22	2.7	23	73	21	56	18	31	15	35	1.91
55283--55392	22	4.9	23	80	9	93	39	23	23	13	1.91
64436--64462	13	2.1	13	100	0	54	44	40	7	7	1.60
64508--64562	22	2.5	22	90	0	83	34	20	9	36	1.84
65424--65555	60	2.2	62	84	5	171	31	22	15	31	1.95
65504--65845	52	6.6	52	90	0	531	35	24	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67406--67475	28	2.5	28	88	4	97	34	7	24	34	1.83
67462--67819	29	12.1	29	67	15	130	38	1	25	34	1.67
67426--67622	29	6.8	29	71	17	124	36	4	25	33	1.75
67434--67710	59	4.7	58	82	9	271	37	2	25	34	1.70
67458--67772	118	2.7	116	80	11	322	37	2	26	34	1.69
67458--67769	59	5.3	58	82	7	217	37	2	25	34	1.69
67546--67903	59	6.0	59	80	8	279	37	2	25	34	1.69
67549--67900	30	11.9	30	74	11	226	37	2	24	35	1.68
69015--69057	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
71566--71666	52	1.9	52	92	4	168	24	16	32	25	1.96
83562--83665	28	3.6	28	79	8	111	41	7	24	26	1.82
83566--83683	58	2.0	58	82	6	141	41	7	23	27	1.81
83566--83785	29	7.5	30	70	16	99	40	6	23	30	1.80
83705--83973	29	9.1	30	74	12	168	39	3	24	33	1.72
83721--84091	30	12.5	29	75	10	241	38	3	23	34	1.73
83705--84071	59	6.2	59	80	9	259	40	4	23	32	1.73
83706--84081	118	3.2	115	79	9	287	39	3	23	33	1.73
85851--85880	11	2.7	11	94	0	51	50	13	0	36	1.42
85849--85936	17	5.0	17	75	11	61	48	9	3	38	1.52
88947--89832	439	2.0	442	92	0	1481	23	10	26	39	1.87
92373--92468	50	2.0	49	89	6	151	32	9	0	58	1.30
103074--103201	56	2.3	56	86	2	168	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103545--103657	40	2.8	40	76	9	122	29	20	20	30	1.97
106190--106235	17	2.8	17	83	9	60	34	0	2	63	1.07
108177--108220	12	3.9	11	83	13	54	22	0	2	75	0.92
112364--112431	34	2.0	34	94	5	120	32	23	13	30	1.93
119744--119779	18	2.0	18	88	0	54	22	0	0	77	0.76
122836--122879	20	2.3	19	85	11	63	50	11	2	36	1.51
122840--122878	20	2.0	20	94	0	69	48	10	2	38	1.51
126693--126741	24	2.0	24	84	0	62	40	12	10	36	1.77
127327--127444	58	2.0	58	100	0	236	41	6	8	43	1.61
129818--129850	17	1.9	18	88	11	52	24	6	0	69	1.10
132834--132931	49	2.0	49	91	0	160	42	9	19	28	1.82
138936--138960	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
141840--141893	18	3.1	18	70	15	51	64	14	0	20	1.28
141919--141964	24	2.0	22	91	8	74	69	19	8	2	1.25
142762--142810	25	2.0	24	88	4	71	59	2	0	38	1.09
142835--142860	6	4.3	6	100	0	52	0	69	0	30	0.89
145073--145347	138	2.0	137	95	2	498	29	6	23	40	1.80
148375--148440	28	2.3	29	82	12	75	31	3	31	33	1.73
148366--148717	29	11.9	30	74	13	187	37	1	23	37	1.65
148344--148508	87	1.9	87	81	9	203	34	3	26	35	1.72
148443--148588	61	2.4	61	91	5	228	39	0	23	36	1.60
151827--151864	13	2.9	13	81	11	51	28	13	2	55	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152886--153266	30	12.9	30	78	9	311	35	25	1	36	1.67
152959--153249	59	4.9	59	80	6	295	37	27	1	34	1.66
152886--153274	89	4.4	88	78	8	344	35	26	2	36	1.68
163976--164143	85	2.0	85	83	4	214	36	16	22	24	1.94
164392--164549	85	1.9	85	83	2	210	36	13	23	25	1.92
163962--164718	208	3.6	208	87	3	1058	37	17	22	22	1.94
165781--165817	13	2.8	13	87	0	56	32	8	2	56	1.43
166828--167088	30	8.9	30	83	2	271	36	27	1	34	1.68
166828--167088	60	4.4	59	84	4	305	36	27	1	34	1.68
170010--170035	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
171136--171216	40	2.0	40	83	4	101	30	23	17	28	1.97
171540--171592	18	3.1	18	70	10	56	35	0	13	50	1.41
171527--171592	34	1.9	34	93	0	114	36	0	16	46	1.47
171531--171584	16	3.2	16	72	10	54	35	0	16	48	1.47
174297--174492	105	1.9	104	88	3	295	30	25	11	33	1.91
175171--175200	11	2.7	11	100	0	60	83	0	0	16	0.65
179455--179479	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
181036--181091	21	2.7	19	79	15	58	28	28	12	30	1.93
185934--186001	24	2.8	24	88	2	91	20	23	22	33	1.97
190862--190906	21	2.1	21	83	0	54	24	15	24	35	1.94
193047--193163	30	3.9	30	80	10	141	39	24	16	19	1.92
193167--193218	27	2.0	26	81	11	61	38	23	17	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193522--193640	56	2.1	56	89	3	177	23	21	16	37	1.93
196139--196216	3	26.3	3	89	2	122	64	0	3	32	1.12
196318--196397	39	2.1	39	85	4	108	67	3	3	25	1.24
197790--197908	43	2.8	44	83	6	145	25	11	27	35	1.91
197790--198071	42	6.8	43	71	14	139	24	14	27	33	1.94
197853--198109	81	3.2	80	82	4	320	23	15	28	32	1.95
197785--198109	39	7.9	42	73	11	210	23	15	27	33	1.95
208697--208764	34	2.0	34	100	0	136	38	29	2	29	1.72
208823--208850	11	2.5	11	100	0	56	50	32	10	7	1.64
208991--209039	15	3.5	14	83	8	64	67	12	4	16	1.37
210071--210108	19	2.0	19	89	0	58	71	2	2	23	1.12
211297--211330	17	2.1	16	94	5	59	35	8	23	32	1.86
215041--215089	16	3.1	16	75	21	50	46	2	0	51	1.12
215903--216091	89	2.1	90	84	2	247	24	16	14	44	1.85
215961--216036	31	2.5	28	82	16	89	27	15	11	44	1.82
216270--216342	30	2.4	30	83	2	92	42	13	16	27	1.86
220476--220537	30	2.1	30	96	0	115	38	1	19	40	1.61
223896--223942	10	4.7	10	80	15	53	65	0	0	34	0.93
223897--223942	13	3.7	13	77	19	53	65	0	0	34	0.93
234110--234163	27	2.0	27	100	0	108	25	22	18	33	1.97
237197--237251	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
252609--252934	158	2.1	158	89	2	494	22	23	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259129--259365	30	8.0	30	81	7	234	35	4	21	37	1.75
259331--259408	30	2.6	31	79	6	97	37	6	23	33	1.80
261002--261305	40	7.7	40	80	3	276	27	17	23	32	1.96
261006--261304	79	3.8	79	76	4	282	27	17	23	32	1.96
261341--261450	50	2.2	50	83	0	148	22	24	17	35	1.95
261587--261616	14	2.1	14	100	0	60	33	20	6	40	1.78
279612--279797	30	6.2	29	77	6	149	37	4	19	39	1.71
279615--279797	59	3.1	58	78	5	195	37	3	19	39	1.70
279749--279816	30	2.3	31	82	5	77	33	4	22	39	1.74
281281--281324	19	2.3	19	84	0	52	45	2	6	45	1.42

Tables:   1   2