genome.fa.s11657.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011657.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126649, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  145170

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
476--512	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
3391--3437	24	2.0	24	83	8	60	55	2	0	42	1.12
3431--3472	23	1.9	22	90	9	68	64	4	2	28	1.26
3891--3922	5	6.4	5	92	0	55	56	0	3	40	1.15
12061--12165	38	2.8	38	84	8	133	41	28	14	15	1.86
13783--13816	4	8.5	4	100	0	68	23	23	0	52	1.47
17361--17390	14	2.1	14	100	0	60	33	13	26	26	1.93
18021--18054	14	2.5	13	90	9	50	23	0	0	76	0.79
21891--21960	21	3.2	22	82	8	72	2	4	30	62	1.28
21925--21960	10	3.5	10	92	7	63	2	0	27	69	1.02
36892--36930	19	2.1	19	100	0	78	25	15	30	28	1.96
39011--39077	32	2.1	32	86	8	93	44	7	13	34	1.72
41534--41587	17	3.2	17	75	15	58	55	1	0	42	1.10
41536--41606	33	2.1	34	84	2	90	57	1	1	39	1.16
42409--42459	24	2.1	23	82	13	59	60	1	1	35	1.19
43512--43610	29	3.4	28	81	6	108	34	23	5	37	1.77
43473--43630	59	2.7	60	78	4	160	36	22	4	36	1.75
43473--43712	30	8.1	31	76	10	155	35	23	3	37	1.73
43530--43711	30	6.1	29	76	9	161	36	24	2	36	1.68
43526--43706	59	3.0	60	80	10	176	35	23	2	38	1.69
53403--53432	12	2.5	12	94	0	51	73	0	26	0	0.84
54219--54257	18	2.2	18	90	0	60	25	28	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54638--54720	43	1.9	44	87	7	125	46	14	25	13	1.80
55685--55844	85	1.9	85	85	2	223	36	12	24	26	1.91
55677--56217	209	2.6	209	88	0	796	37	16	21	24	1.94
56152--56222	37	1.9	37	88	0	106	38	19	21	21	1.94
57998--58217	30	7.4	29	71	9	113	31	24	5	39	1.77
58095--58244	29	5.1	28	74	13	99	32	28	2	37	1.69
62325--62396	18	3.9	18	70	13	56	56	1	2	38	1.22
63436--63467	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
63475--63505	12	2.5	13	94	5	55	83	6	3	6	0.88
63822--63953	66	2.0	66	98	0	255	30	20	18	31	1.96
64177--64357	29	6.2	29	84	6	222	38	29	2	29	1.71
64177--64357	59	3.1	58	88	0	272	38	29	2	29	1.71
64286--64400	29	4.0	28	78	7	106	33	26	4	34	1.77
64206--64486	30	9.5	29	74	9	122	37	24	2	35	1.69
64324--64486	30	5.5	30	77	3	125	37	20	2	39	1.66
67539--67719	60	3.1	59	82	10	210	39	22	1	36	1.62
67539--67729	29	6.5	29	79	8	176	40	21	1	36	1.61
70792--70939	30	4.9	30	80	8	149	38	25	0	35	1.56
70793--70940	60	2.5	60	78	9	167	37	26	0	35	1.57
72325--72491	85	2.0	85	84	0	217	37	14	22	25	1.93
71941--72695	209	3.7	207	82	5	895	38	16	21	23	1.93
73788--73839	10	5.1	11	74	21	51	44	1	0	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73788--73835	19	2.4	19	86	10	60	45	2	0	52	1.12
74888--75114	30	7.6	30	77	4	192	32	24	4	38	1.75
74895--75060	90	1.8	90	84	2	226	29	26	6	37	1.80
74943--75137	30	6.7	29	76	10	112	33	24	3	38	1.73
84088--84870	209	3.8	208	87	2	1041	38	16	20	23	1.93
84552--84719	85	2.0	85	84	2	221	36	17	22	23	1.95
84817--84938	65	1.9	65	89	0	190	36	14	26	22	1.93
84603--85116	274	1.9	274	90	0	821	35	16	23	23	1.95
84877--85407	209	2.5	208	88	0	767	36	15	22	25	1.93
84401--85355	483	2.0	482	88	0	1435	37	16	22	24	1.93
85243--85402	48	3.7	43	76	19	145	35	11	25	27	1.90
85243--85404	84	1.9	84	89	0	252	35	11	25	27	1.91
86400--86465	29	2.3	29	84	5	80	37	3	1	57	1.23
86837--86894	25	2.4	23	81	13	71	68	5	3	22	1.24
87528--87788	30	8.8	30	70	13	159	32	24	3	39	1.73
87530--87687	58	2.7	58	81	7	185	32	24	2	39	1.69
87530--87788	59	4.4	58	75	8	202	33	24	3	38	1.72
89062--89091	14	2.2	13	94	5	51	36	3	0	60	1.14
89273--89338	30	2.2	31	86	13	93	37	0	9	53	1.33
89281--89346	31	2.2	30	81	13	73	40	0	7	51	1.30
91251--91292	18	2.4	17	88	8	57	33	0	2	64	1.07
92579--92627	16	3.1	16	81	16	57	44	2	0	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92970--92998	14	2.1	14	100	0	58	27	37	13	20	1.91
95514--95783	126	2.2	126	83	4	323	33	18	22	24	1.97
97390--97489	30	3.3	29	73	8	85	39	5	26	30	1.77
97404--97489	30	2.9	29	76	11	93	38	4	25	31	1.76
97373--97489	60	2.0	60	86	3	164	38	4	26	30	1.76
97382--97519	60	2.3	60	80	7	147	39	5	24	29	1.79
99524--100322	208	3.9	206	84	3	955	23	21	16	38	1.93
99749--99906	85	1.9	85	80	0	190	25	20	15	37	1.92
100156--100320	85	2.0	83	84	7	217	25	21	14	38	1.92
100248--100369	48	2.5	48	86	0	181	24	22	14	38	1.92
100042--100575	254	2.1	254	89	2	815	23	21	15	38	1.93
100296--101115	209	3.9	208	83	2	961	23	20	16	38	1.93
101271--101589	42	7.7	42	81	3	362	25	15	27	31	1.96
101289--101589	124	2.4	124	89	1	451	24	16	26	31	1.97
101271--101592	82	3.9	84	81	4	325	25	16	27	30	1.97
101998--102227	50	4.7	49	73	11	191	19	31	15	33	1.93
101975--102229	49	5.2	49	75	1	213	18	30	17	33	1.94
101972--102227	99	2.6	99	85	3	320	18	30	17	33	1.94
103063--103123	20	3.2	18	76	15	61	9	9	0	80	0.91
103088--103141	8	6.4	8	81	10	54	12	3	0	83	0.78
103077--103131	26	2.1	26	83	6	67	12	5	0	81	0.84
103087--103143	30	2.0	27	86	10	78	12	7	0	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108003--108132	29	4.4	30	79	5	106	32	3	30	33	1.73
108019--108166	30	5.1	29	80	8	133	32	2	28	37	1.69
108036--108166	59	2.2	60	82	8	153	34	1	27	36	1.66
108092--108190	30	3.3	29	83	9	96	34	3	28	34	1.73
108083--108190	29	3.6	30	80	13	109	35	2	27	34	1.72
109565--109592	9	3.1	9	100	0	56	0	0	42	57	0.99
113007--113059	13	4.1	13	82	4	54	28	3	3	64	1.28
113972--114029	29	2.0	30	82	3	73	36	22	5	36	1.77
114012--114217	30	6.9	30	85	2	234	37	24	4	33	1.75
114012--114246	60	3.9	60	80	2	231	37	23	3	34	1.73
114012--114246	90	2.6	90	83	3	278	37	23	3	34	1.73
114011--114389	30	12.8	29	76	10	207	36	24	3	35	1.73
132619--132674	24	2.4	24	90	3	87	17	17	21	42	1.89
144536--144603	33	2.0	33	83	13	86	39	0	2	57	1.14
144620--144662	15	2.8	16	82	3	52	39	0	2	58	1.11

Tables:   1

The End!