genome.fa.s11696.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011696.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126690, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  540923

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5011--5067	12	4.9	11	76	18	53	38	1	3	56	1.27
5011--5074	18	3.6	17	80	6	74	40	1	3	54	1.25
5818--5854	14	2.7	14	84	15	51	45	0	2	51	1.15
6948--7354	29	13.8	28	78	10	359	41	27	0	30	1.63
6945--7366	59	7.2	59	84	4	521	40	27	0	31	1.63
6948--7354	30	13.8	30	82	4	472	41	27	0	30	1.63
10536--10568	13	2.3	15	80	20	52	39	24	6	30	1.79
10541--10568	13	2.2	13	100	0	56	39	25	7	28	1.82
10996--11028	16	2.1	16	100	0	66	42	6	9	42	1.61
10999--11035	16	2.3	16	90	0	56	43	10	5	40	1.63
17459--17487	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
18174--18229	28	2.0	28	86	6	78	23	12	23	41	1.88
18194--18251	28	2.1	27	87	3	80	24	12	24	39	1.89
18207--18260	28	1.9	28	81	7	65	24	14	18	42	1.88
20157--20181	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
23905--23935	9	3.4	9	95	0	53	38	0	41	19	1.51
30157--30207	25	2.0	24	85	14	68	60	0	15	23	1.35
32110--32193	29	2.7	31	81	10	100	47	15	3	33	1.63
39256--39498	104	2.3	105	82	3	294	27	15	23	32	1.95
39256--39615	52	6.7	53	75	9	264	27	15	24	32	1.95
39446--39670	61	3.8	63	73	14	226	28	15	25	31	1.95
39509--39615	53	2.1	53	83	3	137	26	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39404--39666	114	2.3	114	91	0	436	28	15	25	30	1.96
41735--41775	16	2.6	16	84	0	55	36	19	9	34	1.85
42711--42765	24	2.5	20	81	18	65	29	3	20	47	1.67
47353--47644	148	2.0	147	91	2	469	37	18	13	30	1.90
49784--49813	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
54218--54347	23	5.7	23	85	7	174	21	14	20	43	1.88
54224--54329	11	9.3	11	69	19	74	19	14	20	45	1.85
54218--54296	12	6.8	12	70	15	67	22	15	21	40	1.90
54218--54347	47	2.8	46	85	5	174	21	14	20	43	1.88
54316--54373	24	2.5	24	88	2	82	20	15	20	43	1.88
58278--58324	12	4.0	12	91	5	78	40	14	17	27	1.89
58279--58358	23	3.5	23	82	0	97	42	16	15	26	1.87
61520--61570	21	2.5	20	81	9	66	15	7	31	45	1.75
65399--65452	21	2.6	21	84	0	72	37	14	20	27	1.92
67668--67702	18	1.9	18	88	0	52	11	2	42	42	1.55
69824--69887	29	2.2	29	85	0	83	50	7	9	32	1.64
70400--70437	18	2.2	18	85	4	51	36	2	2	57	1.26
70999--71037	19	2.0	20	85	10	53	33	5	0	61	1.18
78264--78313	18	2.7	19	85	11	61	56	0	2	42	1.11
78259--78318	19	3.0	20	77	20	63	51	0	1	46	1.10
79374--79460	38	2.3	38	88	2	122	29	19	24	26	1.98
79671--79878	68	3.1	68	87	0	281	38	17	19	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80765--81585	411	2.0	411	92	1	1378	37	23	12	26	1.90
88456--88809	119	3.0	119	97	0	672	35	20	12	31	1.89
89440--89473	16	2.1	16	88	0	50	70	0	2	26	1.01
98533--98572	22	1.9	21	90	10	64	27	0	5	67	1.11
107730--107781	18	3.0	18	83	10	65	48	0	0	51	1.00
108897--108955	29	2.0	30	83	3	75	35	5	10	49	1.59
109225--109303	31	2.5	31	87	0	113	26	15	10	48	1.76
109726--109768	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
110290--110333	22	2.1	21	88	12	65	56	11	0	31	1.35
110290--110334	20	2.1	22	88	8	67	57	11	0	31	1.33
110591--110634	19	2.2	20	88	4	63	29	2	6	61	1.34
110916--110974	29	2.0	30	86	3	84	28	3	15	52	1.58
111241--111376	31	4.4	31	75	14	138	23	16	11	48	1.78
115451--115493	22	1.9	23	85	4	61	41	0	23	34	1.55
115473--115725	29	8.6	29	82	9	291	32	3	29	34	1.73
115474--115700	117	1.9	117	91	1	375	32	2	29	35	1.72
115473--115725	59	4.3	59	90	2	384	32	3	29	34	1.73
117494--117538	24	1.9	23	90	4	72	51	0	0	48	1.00
117509--117591	17	4.9	17	79	5	87	49	3	3	43	1.37
117510--117591	34	2.4	34	83	0	101	50	3	3	42	1.37
119294--119372	31	2.6	30	84	6	88	44	10	8	36	1.70
123433--123520	34	2.4	37	87	7	119	50	3	0	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123463--123534	8	9.2	8	76	15	53	45	1	0	52	1.09
123437--123596	38	4.5	37	71	14	120	50	3	0	46	1.19
123463--123548	16	5.2	16	67	20	52	44	2	0	53	1.13
123459--123576	51	2.4	47	82	9	132	47	4	0	48	1.21
123517--123716	43	4.4	43	79	16	192	47	7	0	45	1.34
123607--123684	8	9.5	8	70	10	50	41	5	1	52	1.32
123523--123862	42	7.7	41	69	22	174	45	7	1	45	1.41
123607--123870	50	5.5	50	69	18	204	44	7	1	46	1.42
123604--123734	16	7.9	16	65	9	57	45	5	1	48	1.34
123704--123869	86	1.9	87	90	2	262	44	7	2	45	1.44
125632--125861	51	4.5	51	89	0	316	32	13	24	30	1.93
133217--133447	51	4.5	51	87	2	329	32	15	22	29	1.95
139815--139950	43	3.2	43	80	2	148	28	17	25	27	1.98
142871--142910	20	2.0	20	95	4	73	50	0	5	45	1.23
142838--143433	141	4.1	146	82	8	671	46	3	8	41	1.49
143959--143996	16	2.3	17	86	9	60	23	7	2	65	1.32
144615--144655	3	13.7	3	89	0	64	63	0	2	34	1.08
150947--151007	28	2.2	28	88	5	88	36	0	11	52	1.38
155196--155234	17	2.3	17	86	0	51	15	15	25	43	1.86
155224--155319	41	2.3	41	94	0	165	29	6	27	37	1.81
155983--156047	30	2.2	30	94	0	112	26	16	21	35	1.95
162491--162555	33	2.0	33	96	0	121	47	4	18	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162981--163033	24	2.2	24	86	6	72	73	16	1	7	1.15
162981--163033	12	4.4	12	80	4	63	73	16	1	7	1.15
162981--163035	21	2.5	22	82	8	58	74	16	1	7	1.12
165122--165158	16	2.2	17	90	9	58	56	0	0	43	0.99
165122--165165	14	2.9	16	80	13	56	54	0	0	45	0.99
168332--168366	18	2.0	18	88	5	54	22	2	22	51	1.61
172733--172769	16	2.2	17	90	9	58	43	0	0	56	0.99
175937--175979	4	10.8	4	80	9	52	4	25	0	69	1.07
179826--179868	21	2.0	21	86	4	59	27	11	20	39	1.88
197780--197835	18	3.1	17	80	14	60	76	3	17	1	1.01
197769--197821	18	2.9	18	81	13	65	81	0	18	0	0.70
197781--197821	9	4.4	9	81	6	55	82	0	17	0	0.66
198687--199459	99	7.9	98	77	5	458	35	16	27	20	1.93
198687--199308	196	3.2	197	76	7	460	36	14	28	21	1.93
199178--199465	49	5.9	49	72	7	233	37	18	26	17	1.92
199031--199453	197	2.1	197	82	3	492	36	17	27	19	1.93
199533--199840	96	3.2	95	89	1	463	34	15	26	23	1.95
199787--200161	114	3.4	112	78	10	315	35	17	23	23	1.95
199894--200163	114	2.4	114	86	2	346	35	17	23	22	1.95
202122--202154	17	1.9	17	93	0	57	36	3	6	54	1.41
203462--203491	12	2.5	12	100	0	60	36	40	6	16	1.75
204366--204413	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212655--212690	19	1.9	19	88	5	56	13	5	47	33	1.67
215276--215341	18	3.7	18	84	8	98	34	19	18	27	1.95
222175--222226	18	3.1	17	77	5	52	34	0	1	63	1.06
223244--223315	20	3.7	20	80	10	69	55	5	2	36	1.38
223327--223384	18	3.2	18	78	7	64	72	1	0	25	0.94
223328--223379	10	5.6	10	80	13	58	71	1	0	26	0.97
226079--226154	27	2.8	27	92	4	118	27	22	19	30	1.98
228553--228632	26	3.1	26	81	0	106	27	21	16	35	1.94
228702--228740	19	2.1	19	95	0	69	23	30	17	28	1.97
235023--235099	26	3.0	26	78	0	82	31	23	12	32	1.92

Tables:   1   2