genome.fa.s11701.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011701.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126695, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  550108

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11090--11137	21	2.3	21	96	0	87	33	10	27	29	1.90
19630--19702	37	2.0	37	88	0	110	32	28	13	24	1.94
19682--19799	38	3.1	38	84	4	123	33	21	12	33	1.91
22255--22300	10	4.3	11	81	13	51	4	17	0	78	0.91
35250--35283	15	2.3	15	89	0	50	76	11	5	5	1.14
47370--47394	12	2.1	12	100	0	50	8	28	16	48	1.74
55873--55907	18	1.9	18	88	0	52	25	25	0	48	1.51
62380--62430	23	2.2	23	89	0	75	23	1	21	52	1.57
63196--63258	31	2.0	31	90	0	99	31	14	15	38	1.88
67282--67411	62	2.1	63	80	7	149	33	21	13	31	1.93
67360--67651	52	5.6	52	87	1	397	38	24	13	24	1.91
71349--71454	54	1.9	55	80	16	123	53	10	7	28	1.62
76166--76306	28	5.1	28	81	4	133	35	17	22	24	1.95
82870--82907	15	2.4	16	86	4	51	68	5	23	2	1.23
97549--97617	3	22.7	3	71	14	52	0	28	4	66	1.10
97565--97617	22	2.5	21	93	3	88	0	30	5	64	1.17
97576--97624	22	2.2	22	92	0	80	4	28	6	61	1.38
108212--108266	27	2.0	27	92	0	92	34	18	21	25	1.96
114587--114619	16	2.0	17	88	5	50	0	18	0	81	0.68
121913--121948	18	2.0	18	88	0	54	25	2	33	38	1.70
124029--124130	34	3.0	34	100	0	204	55	8	11	23	1.63
130349--130393	5	9.0	5	90	0	63	15	2	4	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133992--134414	201	2.1	198	83	1	522	34	15	10	39	1.81
140979--141031	21	2.5	21	87	6	72	32	18	15	33	1.92
141827--142109	52	5.4	52	89	0	424	34	24	14	25	1.94
160637--160670	6	5.3	6	86	13	50	0	20	0	79	0.73
166145--166210	33	2.0	33	90	0	105	30	16	25	27	1.97
171122--171161	21	1.9	21	85	10	55	37	12	30	20	1.89
172378--172442	24	2.7	25	76	11	73	6	23	1	69	1.20
172919--172954	17	2.1	17	89	0	54	16	13	16	52	1.74
173900--173939	20	2.0	21	90	5	64	20	12	12	55	1.69
176260--176469	52	4.1	51	81	3	208	30	13	21	34	1.92
176304--176469	50	3.2	50	81	6	199	28	15	22	33	1.95
176260--176469	102	2.0	103	84	3	271	30	13	21	34	1.92
184355--184398	18	2.5	17	85	3	52	15	9	13	61	1.56
184367--184400	17	1.9	18	94	5	61	17	8	11	61	1.54
184372--184408	17	2.2	17	90	0	56	18	8	10	62	1.52
189158--189204	17	2.9	16	81	12	51	65	10	4	19	1.39
209560--209604	23	2.0	23	90	0	72	31	8	15	44	1.77
220504--220555	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
222348--222437	29	3.0	30	80	6	94	67	0	10	22	1.19
223897--223921	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
224239--224479	100	2.4	100	86	3	315	28	18	17	36	1.93
224311--224482	50	3.4	51	70	14	151	30	16	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224490--225160	99	6.9	99	70	13	428	26	18	18	35	1.94
224619--225160	198	2.7	198	85	3	720	26	18	18	36	1.94
230724--230790	29	2.3	29	82	5	82	61	0	11	26	1.31
231807--231840	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
250926--250959	12	3.1	11	88	12	52	82	2	14	0	0.79
251777--252195	50	8.4	49	71	10	199	40	15	22	21	1.91
251991--252236	100	2.5	100	83	0	294	38	17	23	20	1.93
251913--252210	150	2.0	151	82	5	363	38	16	23	21	1.93
251917--252238	50	6.4	50	76	4	236	39	17	22	21	1.92
251991--252271	150	1.9	150	80	3	332	39	17	23	19	1.92
259931--259976	19	2.4	19	81	3	56	13	2	15	69	1.28
259931--259989	20	3.0	20	80	9	59	15	3	13	67	1.35
275507--275553	16	2.9	16	84	9	51	8	19	0	72	1.10
276101--276167	17	3.9	17	79	11	57	52	16	14	16	1.75
276136--276172	18	2.1	18	89	0	56	56	13	13	16	1.67
276251--276277	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
284902--284984	26	3.1	27	80	13	84	71	2	9	16	1.24
284926--284984	28	2.2	27	85	8	77	72	3	8	15	1.21
289125--289282	62	2.5	64	87	4	225	55	6	6	31	1.52
289252--289296	11	4.3	11	76	21	51	60	2	2	35	1.22
289830--289952	6	21.3	6	72	12	71	54	3	3	39	1.33
289870--289948	39	2.0	41	90	5	126	56	5	1	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289875--289940	23	3.0	23	77	4	73	59	3	1	36	1.22
289830--289963	17	7.5	17	77	14	108	55	3	2	38	1.33
290637--291015	39	9.8	39	75	6	241	25	20	30	23	1.98
290759--290982	117	1.9	117	85	1	306	26	20	29	22	1.99
291002--291096	41	2.3	41	88	0	145	30	17	20	31	1.96
291372--291613	50	4.9	49	71	7	175	15	28	19	35	1.93
291365--291632	99	2.7	99	81	3	306	16	28	18	36	1.93
291365--291662	99	3.0	99	80	2	231	16	29	18	35	1.93
306391--306498	49	2.2	49	81	3	128	15	27	29	26	1.96
309110--309147	17	2.2	17	90	0	58	47	18	7	26	1.76
310413--310455	19	2.3	19	83	0	50	58	9	11	20	1.61
310421--310458	19	2.0	19	89	0	58	50	7	15	26	1.72
310658--310720	28	2.4	25	78	7	63	26	3	7	61	1.39
311037--311099	31	2.0	31	84	0	81	60	4	4	30	1.38
319063--319124	25	2.5	24	82	10	72	12	35	1	50	1.51
321034--321359	150	2.2	147	82	6	379	45	3	9	41	1.55
323012--323061	20	2.3	22	86	10	68	26	4	12	58	1.51
328118--328199	26	3.2	26	89	0	110	28	18	24	29	1.98
338362--338409	17	2.7	18	80	3	62	54	14	14	16	1.72
340057--340298	122	2.0	122	99	0	475	22	21	22	34	1.97
354105--354129	12	2.1	12	100	0	50	24	12	16	48	1.79
368864--368913	23	2.2	23	89	7	75	80	10	10	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369318--369611	42	7.1	42	86	4	375	21	15	23	39	1.91
369337--369626	126	2.3	125	88	2	431	22	15	23	38	1.92
370287--370323	18	2.0	19	89	5	58	37	0	13	48	1.43
370000--370425	151	2.8	155	87	7	602	42	2	10	44	1.53
371524--372114	86	6.8	87	76	9	432	33	5	25	36	1.78
371588--371715	58	2.2	58	88	2	186	35	7	24	32	1.84
371530--371729	58	3.5	57	77	9	183	35	7	24	33	1.83
371779--371984	28	7.2	28	72	18	122	33	4	26	34	1.78
371524--372125	29	20.9	29	69	16	159	33	5	25	35	1.78
371829--372194	29	12.6	29	72	16	208	33	4	26	35	1.77
371548--372114	87	6.6	87	76	8	375	33	4	25	35	1.78
372156--372211	29	1.9	29	81	0	67	33	7	25	33	1.83
373381--373411	15	2.1	15	93	0	53	41	3	0	54	1.16
374056--374112	17	3.4	17	87	0	87	54	1	1	42	1.21
374056--374124	17	4.0	17	84	1	75	59	1	1	37	1.15
374505--374612	48	2.2	48	93	0	189	24	24	16	35	1.95
374546--374816	123	2.2	124	87	4	388	22	20	19	37	1.94
374700--376368	210	8.0	210	88	2	2386	21	23	18	36	1.95
376922--377323	50	8.1	50	78	8	286	18	31	15	34	1.93
377046--377313	49	5.4	49	80	7	181	19	31	16	33	1.93
376945--377327	98	3.9	98	77	8	269	19	31	15	34	1.92
378282--378332	9	5.4	10	83	6	63	1	23	0	74	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383598--383726	29	4.5	29	76	6	111	35	6	25	31	1.83
383821--384098	29	9.5	29	72	17	141	34	3	24	38	1.71
383793--383953	58	2.7	59	84	7	204	37	4	22	36	1.74
383873--384098	88	2.6	88	84	6	262	32	2	26	38	1.70
385349--385379	15	2.1	15	93	0	53	41	3	0	54	1.16
387089--387210	49	2.5	50	80	9	135	54	10	4	30	1.53
389752--390084	82	4.2	77	80	7	287	47	12	12	28	1.77
389788--390218	82	5.4	82	83	4	477	47	12	12	28	1.77
390659--390774	50	2.3	50	83	0	142	54	8	5	31	1.53
391023--391065	22	2.0	21	90	4	68	65	2	23	9	1.34

Tables:   1   2