genome.fa.s11744.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011744.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126738, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  444708

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6546--6603	32	1.9	28	86	13	80	55	0	13	31	1.39
8722--8783	16	4.1	15	76	15	65	20	6	11	61	1.52
8738--8791	16	3.3	16	79	5	72	20	5	14	59	1.55
10004--10037	5	6.8	5	93	0	59	38	0	20	41	1.53
13582--13628	22	2.2	22	84	3	60	70	4	0	25	1.05
15542--15582	20	2.1	19	86	4	55	78	2	0	19	0.87
15668--15697	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
15775--15851	4	19.2	4	75	19	72	75	3	0	20	0.96
15774--15851	17	4.9	16	79	17	74	75	3	0	20	0.95
15774--15851	21	3.7	20	78	18	79	75	3	0	20	0.95
17566--18238	102	6.7	102	79	5	661	26	17	20	35	1.94
17864--18288	50	8.4	50	69	5	260	26	18	19	35	1.95
17570--18238	204	3.3	202	85	3	805	26	16	20	36	1.94
19252--19303	7	7.9	7	76	20	58	0	13	0	86	0.57
19244--19296	18	3.1	17	84	10	72	0	15	0	84	0.61
19251--19303	13	4.2	12	83	9	61	0	13	0	86	0.56
19243--19303	26	2.3	26	85	5	86	0	16	0	83	0.64
21836--22023	95	2.0	95	91	2	306	29	22	22	25	1.99
29111--29166	18	3.1	18	84	5	69	21	19	28	30	1.98
30488--30524	19	1.9	19	89	10	58	64	18	2	13	1.39
53051--53079	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
53357--53606	90	2.8	88	81	9	276	41	2	20	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53358--53614	30	8.6	30	78	5	225	40	2	21	36	1.67
53358--53606	60	4.2	60	79	6	254	40	2	20	35	1.67
54665--54892	39	5.8	39	65	7	122	29	19	26	24	1.98
54704--54865	78	2.1	78	82	0	189	29	19	25	25	1.99
54743--54991	117	2.1	117	84	0	318	28	22	26	22	1.99
54860--55200	78	4.4	78	84	2	416	26	20	30	22	1.98
54902--55237	39	8.6	39	72	5	185	26	20	30	23	1.98
54881--55237	156	2.3	156	82	0	392	26	19	29	23	1.98
55542--56056	49	10.5	47	73	9	327	19	31	15	34	1.93
55627--56048	147	2.9	147	85	2	553	18	31	16	34	1.93
57003--57052	9	5.3	9	79	9	55	2	20	0	78	0.86
56999--57058	29	2.1	28	90	3	93	1	20	0	78	0.84
56998--57059	7	8.6	7	76	13	63	1	19	0	79	0.82
56998--57069	22	3.2	23	83	13	80	4	18	0	77	0.92
58032--58252	60	3.7	59	77	9	200	41	2	20	35	1.65
58032--58252	30	7.4	29	78	6	169	41	2	20	35	1.65
58032--58252	90	2.5	88	81	7	241	41	2	20	35	1.65
65168--65360	39	5.0	39	87	1	262	21	18	22	37	1.94
65132--65356	77	2.9	78	80	2	256	22	17	20	39	1.93
66626--66667	21	2.0	21	95	0	75	61	7	0	30	1.22
66859--66919	4	15.5	4	76	10	63	73	1	3	21	1.06
67087--67162	4	18.8	4	73	20	52	75	5	0	19	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67101--67160	5	12.6	5	81	16	58	78	3	0	18	0.89
67082--67160	19	3.9	19	80	14	79	74	5	0	20	1.00
70594--70627	17	2.0	17	94	0	59	38	23	5	32	1.79
80505--80557	23	2.3	23	96	0	97	45	3	11	39	1.58
80634--80762	24	5.4	24	77	7	118	42	10	19	27	1.84
80634--80762	48	2.7	48	82	7	145	42	10	19	27	1.84
88897--88963	30	2.2	30	82	15	75	11	16	0	71	1.14
97117--97156	21	2.0	21	90	5	64	17	12	7	62	1.52
98990--99022	15	2.3	15	90	10	52	66	0	33	0	0.92
114528--114588	26	2.3	26	88	0	95	40	13	27	18	1.87
116375--116410	15	2.4	15	90	0	54	13	13	5	66	1.41
118743--118776	18	1.9	18	88	5	52	23	14	5	55	1.61
119380--119430	21	2.4	21	93	0	84	76	0	23	0	0.79
124873--124922	25	2.0	25	88	0	73	50	16	10	24	1.75
126675--126765	30	3.0	30	91	0	137	38	12	18	30	1.87
128384--128796	46	9.0	46	83	7	464	26	17	23	31	1.97
128384--128796	187	2.2	182	84	6	523	26	17	23	31	1.97
128814--129281	96	4.9	95	83	3	532	23	21	18	36	1.94
130259--130322	6	10.8	6	80	15	64	0	20	0	79	0.73
130261--130334	5	14.0	5	74	20	62	1	21	0	77	0.85
130260--130312	25	2.1	25	86	6	72	0	18	0	81	0.70
130258--130341	39	2.2	38	87	6	116	1	23	0	75	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130860--131120	130	2.0	130	93	0	441	20	13	19	45	1.84
131379--131417	14	2.8	13	85	11	51	0	23	0	76	0.78
135420--135468	24	2.0	24	96	0	89	18	16	22	42	1.88
135805--135857	16	3.4	16	74	10	65	45	0	0	54	0.99
135805--135878	29	2.5	30	95	2	132	47	1	0	51	1.09
137294--137352	22	2.9	21	69	20	61	47	3	23	25	1.67
137347--137520	59	2.9	58	78	6	179	36	7	22	33	1.82
137330--137529	89	2.2	91	82	7	255	37	7	23	33	1.81
137330--137520	30	6.4	30	77	12	160	37	7	23	31	1.82
140036--140071	18	2.0	18	88	0	54	25	27	0	47	1.52
150137--150428	52	5.6	52	83	1	343	27	14	24	33	1.94
150381--150494	60	1.9	61	83	1	149	31	14	20	34	1.92
152389--152609	116	1.9	117	91	2	365	33	26	11	28	1.92
152389--152644	116	2.2	116	87	2	361	31	27	10	29	1.91
154294--154348	20	2.6	21	74	11	58	40	10	0	49	1.38
156496--156827	6	55.3	6	80	9	86	6	14	0	78	0.96
156513--156822	14	22.2	14	87	7	266	5	15	0	78	0.95
156513--156753	1	241.0	1	65	0	68	2	15	0	80	0.85
159566--159771	43	4.8	43	85	5	222	30	21	9	38	1.85
161545--161582	12	3.1	13	85	11	53	76	2	0	21	0.91
161662--161688	13	2.1	13	100	0	54	70	0	0	29	0.88
161665--161754	37	2.4	37	88	3	128	61	6	5	26	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164578--164610	11	3.0	11	90	0	57	33	0	3	63	1.10
164601--164630	14	2.1	14	93	0	51	20	6	3	70	1.25
167381--167612	52	4.5	52	93	0	383	27	15	21	34	1.94
168375--168419	21	2.1	21	88	8	65	35	13	17	33	1.89
172001--172040	16	2.5	17	80	15	50	52	5	0	42	1.23
174494--174519	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
184273--184325	21	2.5	21	100	0	106	37	9	11	41	1.73
191916--192002	44	2.0	44	86	0	120	41	5	4	48	1.48
192724--192800	23	3.4	23	87	1	93	23	19	10	46	1.80
193274--193303	16	1.9	16	93	6	53	43	6	3	46	1.46
196192--196248	29	2.1	27	84	15	73	45	3	0	50	1.18
196247--196286	13	2.9	14	82	17	57	52	0	0	47	1.00
196247--196288	12	3.3	12	79	20	50	50	0	0	50	1.00
196823--196879	28	2.0	28	80	12	64	36	5	8	49	1.57
197133--197168	18	2.0	18	88	0	54	63	0	2	33	1.08
197154--197192	18	2.2	18	95	4	71	46	0	0	53	1.00
201584--201642	28	2.0	29	83	6	75	23	3	1	71	1.11
203087--203159	29	2.4	29	93	4	119	49	0	17	32	1.47
209641--209676	9	4.0	9	92	0	54	50	13	11	25	1.75
209638--209675	18	2.1	18	95	0	67	50	13	10	26	1.73
209810--209884	34	2.2	34	88	6	109	30	20	0	49	1.49
212119--212160	15	2.7	16	77	3	50	61	4	16	16	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212652--212706	28	2.0	28	92	0	92	27	16	32	23	1.96
215696--215764	36	1.9	36	94	2	122	36	14	30	18	1.91
216980--217045	25	2.6	25	90	4	98	31	22	19	25	1.98
217004--217056	25	2.1	25	85	0	70	33	22	16	26	1.96
225306--225375	32	2.2	32	82	5	88	38	2	27	31	1.71
232680--232729	26	1.9	26	87	0	73	62	0	0	38	0.96
232697--232742	17	2.6	18	82	10	58	58	0	0	41	0.98
232656--232772	45	2.6	44	82	8	139	60	0	1	36	1.13
232657--232772	44	2.6	44	82	9	130	60	0	1	37	1.13
232718--232789	37	2.0	35	86	5	99	61	4	2	31	1.29

Tables:   1   2