genome.fa.s11782.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011782.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126777, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  289247

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
580--627	24	1.9	26	84	16	66	43	0	25	31	1.55
690--785	23	4.2	23	86	5	140	11	23	22	41	1.87
690--828	46	3.2	46	80	14	168	11	23	22	43	1.85
8383--8442	30	2.0	30	96	0	111	30	11	23	35	1.90
9380--9476	30	3.2	30	83	2	115	38	1	25	35	1.63
10264--10599	85	4.0	85	90	0	431	25	21	13	39	1.90
10433--11345	208	4.4	209	89	1	1253	23	21	16	38	1.92
10848--11007	85	1.9	85	82	2	205	21	22	15	40	1.91
11056--11222	85	2.0	85	84	2	219	23	22	15	37	1.93
11274--11396	48	2.6	48	86	2	167	26	21	14	37	1.92
12022--12193	49	3.5	48	77	7	177	22	22	16	38	1.93
11910--12204	98	3.0	97	77	6	276	21	22	15	40	1.90
20996--21644	148	4.4	148	85	7	766	44	9	2	42	1.52
21153--21426	51	5.5	49	71	13	175	45	7	2	44	1.43
21391--21644	139	1.8	139	85	4	361	43	10	3	42	1.56
22059--22109	3	17.3	3	95	4	95	64	0	0	35	0.94
22108--22133	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
22585--22896	42	7.4	42	87	1	444	37	24	18	20	1.94
22585--22896	85	3.7	84	86	2	446	37	24	18	20	1.94
22585--22896	127	2.5	127	86	2	448	37	24	18	20	1.94
23296--23340	10	4.7	9	81	13	54	4	11	2	82	0.91
30251--30289	19	2.0	20	90	10	62	20	17	0	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31562--31717	85	1.8	85	81	2	197	23	23	14	38	1.92
31436--32575	209	5.4	209	88	0	1557	24	21	16	37	1.94
31979--32146	85	2.0	85	83	4	214	23	23	16	36	1.94
32771--33157	49	7.8	49	73	7	255	18	30	16	34	1.93
32771--33114	98	3.5	98	82	5	295	18	30	17	34	1.94
32841--33157	99	3.2	99	84	4	381	18	29	16	35	1.93
33620--33880	103	2.5	103	83	0	297	39	13	22	24	1.90
34193--34247	10	5.6	10	80	8	60	3	10	0	85	0.72
34193--34236	17	2.6	16	79	10	52	4	6	0	88	0.62
34668--35183	257	2.0	257	99	0	1014	32	18	14	34	1.91
38619--38676	22	2.7	20	80	17	62	41	18	5	34	1.73
45936--45981	20	2.3	20	82	14	51	34	8	2	54	1.43
50931--50968	19	2.0	19	94	0	67	34	21	7	36	1.82
51411--51461	15	3.4	15	68	10	50	41	0	29	29	1.57
51533--51591	30	2.0	30	100	0	118	50	0	28	20	1.48
51697--51757	30	2.0	31	87	6	90	42	0	36	21	1.53
53198--53245	18	2.7	18	96	0	87	31	27	0	41	1.56
53208--53254	24	2.0	24	86	0	67	29	27	0	42	1.56
53201--53255	18	3.1	18	91	0	83	27	27	0	45	1.54
59196--59238	10	3.9	11	76	11	52	6	6	25	60	1.48
59846--59906	30	2.0	31	87	3	88	19	14	8	57	1.62
61385--61446	15	3.9	15	76	6	52	67	1	0	30	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61383--61440	26	2.2	26	79	14	66	67	1	0	31	1.01
61400--61446	15	3.1	15	81	3	58	70	0	0	29	0.88
65687--65716	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
66482--66511	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
71084--71126	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
92068--92121	20	2.7	21	72	18	60	75	0	16	7	1.01
96934--96977	22	2.0	22	95	0	79	45	11	29	13	1.79
100625--100708	3	28.0	3	92	0	141	70	0	29	0	0.88
102804--103278	49	9.7	48	78	4	412	33	14	28	22	1.94
102804--103281	98	4.9	98	86	1	580	33	14	28	23	1.94
102804--103326	147	3.6	146	75	8	497	33	14	28	22	1.94
103596--103643	23	2.1	23	92	0	78	60	22	0	16	1.36
107448--107660	70	3.0	70	90	0	327	31	7	21	38	1.82
119354--119392	18	2.2	17	86	4	51	23	0	0	76	0.78
119411--119458	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
119760--119829	20	3.5	20	100	0	140	14	35	25	24	1.93
121173--121223	18	2.8	18	88	5	68	54	5	27	11	1.59
124020--124044	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
133412--133476	30	2.2	30	91	0	103	24	23	30	21	1.99
147092--147217	60	2.2	59	81	9	145	29	19	3	47	1.67
151918--151979	12	5.7	12	78	14	64	66	0	33	0	0.92
151920--151973	16	3.4	16	82	10	74	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153567--153594	8	3.5	8	100	0	56	42	0	0	57	0.99
159064--159102	20	1.9	21	89	5	62	30	33	10	25	1.89
159343--159559	107	2.0	107	100	0	434	30	19	17	32	1.95
162666--162724	17	3.5	17	73	0	55	49	11	15	23	1.77
173982--174084	37	2.8	37	85	4	118	34	22	9	33	1.87
174100--174150	26	2.0	26	92	0	84	27	21	21	29	1.99
178138--178246	38	2.9	38	90	0	164	32	23	11	33	1.90
178145--178268	38	3.3	37	84	7	144	31	23	12	33	1.91
183535--183612	39	2.0	39	97	0	147	50	15	14	20	1.78
186888--186943	27	2.0	30	86	10	82	58	0	5	35	1.21
186883--186933	20	2.7	19	82	11	61	62	0	3	33	1.13
186885--186947	27	2.3	27	81	5	74	57	0	4	38	1.20
191989--192024	16	2.2	16	90	0	54	25	8	13	52	1.68
196327--196548	111	2.0	110	95	0	399	33	20	15	30	1.94
198851--199006	80	2.0	80	82	5	190	31	22	21	24	1.98
232944--232976	8	4.2	8	92	3	50	15	39	0	45	1.46
236092--236218	56	2.3	56	94	0	218	22	12	25	39	1.89
236092--236238	56	2.6	56	89	0	177	23	12	25	39	1.89
238627--238665	21	1.9	21	89	5	62	30	0	7	61	1.24
239158--239210	21	2.6	21	84	3	63	35	7	24	32	1.84
239158--239223	21	3.1	21	78	8	62	39	6	22	31	1.79
239172--239225	20	2.5	21	76	11	56	42	3	18	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240110--240426	123	2.6	122	82	2	386	40	14	24	21	1.90
240141--240430	41	7.1	41	80	1	305	38	14	25	22	1.91
242443--242588	41	3.5	40	81	5	148	37	13	27	21	1.91
248708--248845	66	2.1	66	83	5	172	42	19	23	15	1.89
249121--249252	43	3.1	43	86	1	194	26	18	27	28	1.98
252236--252269	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
253508--253547	18	2.2	18	100	0	80	30	10	15	45	1.78
275997--276085	44	2.0	44	95	0	160	28	15	12	43	1.83
279221--279281	20	3.0	20	79	18	63	80	0	13	6	0.90
279221--279281	19	3.1	19	83	9	61	80	0	13	6	0.90
279932--279958	12	2.2	12	100	0	54	11	7	33	48	1.67
280273--280318	25	1.9	25	86	8	69	32	2	6	58	1.36
281339--281403	32	2.0	32	87	0	94	44	24	4	26	1.73
281395--281555	29	5.6	29	87	0	205	40	16	7	35	1.77
281427--281503	15	5.3	15	75	6	77	38	16	10	33	1.83
281369--281555	29	6.4	29	84	1	196	41	17	7	33	1.77
283536--283599	21	3.0	21	88	0	92	45	9	15	29	1.78
287612--287651	12	3.2	13	85	7	55	77	0	12	10	0.99
288057--288126	17	4.1	16	82	10	77	40	0	4	55	1.19
288056--288116	17	3.6	18	84	8	83	39	0	3	57	1.15
288088--288142	6	9.5	6	73	15	53	43	1	1	52	1.22
288089--288128	11	3.5	11	86	3	53	42	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288074--288141	29	2.4	28	87	5	91	39	1	2	55	1.24
288056--288128	35	2.1	34	85	12	96	39	0	4	56	1.19
288054--288142	46	1.9	46	90	0	142	40	1	3	55	1.24

Tables:   1

The End!